Pairwise Alignments

Query, 339 a.a., transcription initiation factor IIB from Methanococcus maripaludis S2

Subject, 339 a.a., transcription initiation factor IIB from Methanococcus maripaludis JJ

 Score =  662 bits (1709), Expect = 0.0
 Identities = 337/339 (99%), Positives = 338/339 (99%)

Query: 1   MKVESVTKEDTKKSERKIKIAIAKPEDYSNKNVILEKEEELICPVCGSKSIIKDYERAEI 60
           MK+ESVTKEDTKK ERKIKIAIAKPEDYSNKNVILEKEEELICPVCGSKSIIKDYERAEI
Sbjct: 1   MKIESVTKEDTKKPERKIKIAIAKPEDYSNKNVILEKEEELICPVCGSKSIIKDYERAEI 60

Query: 61  VCEMCGCVLQQNLFDVGPEWRAFDHEQRVKRSRVGAPMTYTIHDKGLSTVIDWRNKDSYG 120
           VCEMCGCVLQQNLFDVGPEWRAFDHEQRVKRSRVGAPMTYTIHDKGLSTVIDWRNKDSYG
Sbjct: 61  VCEMCGCVLQQNLFDVGPEWRAFDHEQRVKRSRVGAPMTYTIHDKGLSTVIDWRNKDSYG 120

Query: 121 KDISADKRAQLYRLRKWQRRIRVSDASERNLAFALSELDRIASKLGLPRNVRENAAVLYR 180
           KDISADKRAQLYRLRKWQRRIRVSDASERNLAFALSELDRIASKLGLPRNVRENAAVLYR
Sbjct: 121 KDISADKRAQLYRLRKWQRRIRVSDASERNLAFALSELDRIASKLGLPRNVRENAAVLYR 180

Query: 181 GAVEKGLIRGRSIEGVAAAALYAACRRCKVPRTLDEIAEVSRVDRKEIGRTYRFISRELN 240
           GAVEKGLIRGRSIEGVAAAALYAACRRCKVPRTLDEIAEVSRVDRKEIGRTYRFISRELN
Sbjct: 181 GAVEKGLIRGRSIEGVAAAALYAACRRCKVPRTLDEIAEVSRVDRKEIGRTYRFISRELN 240

Query: 241 IRLAPTNPVDYVPRFASELKLPGEVESKAISILQKAGERGLTSGRGPTGVAAAAIYIASV 300
           IRLAPTNPVDYVPRFASELKLPGEVESKAISILQKAGERGLTSGRGPTGVAAAAIYIASV
Sbjct: 241 IRLAPTNPVDYVPRFASELKLPGEVESKAISILQKAGERGLTSGRGPTGVAAAAIYIASV 300

Query: 301 LQGTRRTQREVADVAGVTEVTIRNRYKELTEHLDIDVTL 339
           LQGTRRTQREVADVAGVTEVTIRNRYKELTEHLDIDVTL
Sbjct: 301 LQGTRRTQREVADVAGVTEVTIRNRYKELTEHLDIDVTL 339