Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0002

Experiment: L-Lysine 200 mM

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	L-Lysine 200 mM
3	+				+0.2
30	+				-0.7
31	-				-0.4
31	-				-0.4
136	+		Sama_0001	0.15	-2.4
136	+		Sama_0001	0.15	-1.4
137	-		Sama_0001	0.15	-0.8
137	-		Sama_0001	0.15	-0.8
153	+		Sama_0001	0.19	-0.8
187	+		Sama_0001	0.27	-2.6
187	+		Sama_0001	0.27	-0.8
227	+		Sama_0001	0.36	-2.0
227	+		Sama_0001	0.36	+0.2
228	-		Sama_0001	0.36	+0.2
262	+		Sama_0001	0.44	-0.4
263	-		Sama_0001	0.44	-1.6
263	-		Sama_0001	0.44	-2.2
353	-		Sama_0001	0.64	+0.2
353	-		Sama_0001	0.64	-0.8
359	-		Sama_0001	0.66	-2.2
376	-		Sama_0001	0.69	+1.2
437	-		Sama_0001	0.83	-1.2
437	-		Sama_0001	0.83	-0.8
461	+		Sama_0001	0.89	-1.8
461	+		Sama_0001	0.89	-1.4
462	-		Sama_0001	0.89	-1.4
462	-		Sama_0001	0.89	-1.2
462	-		Sama_0001	0.89	+1.2
462	-		Sama_0001	0.89	-0.8
514	+				-0.8
514	+				-1.6
514	+				-2.5
514	+				-0.8
514	+				-0.8
515	-				-1.8
515	-				-3.8
515	-				-3.1
515	-				+0.5
597	+				+0.5
597	+				-0.4
597	+				+0.3
597	+				+0.2
597	+				-1.4
597	+				-0.3
597	+				+0.6
598	-				-0.4
598	-				+1.2
598	-				-0.8
598	-				-1.0
598	-				+0.4
601	+				-1.3
601	+				-0.2
602	-				-0.8
602	-				-0.1
602	-				+0.6
602	-				-1.1
609	+				-0.5
609	+				-0.3
609	+				-0.1
609	+				+0.2
609	+				+1.7
610	-				-0.2
610	-				-1.0
610	-				-0.5
610	-				-1.4
610	-				-1.9
610	-				-0.8
610	-				+0.2
610	-				-1.3
656	+				+1.6
656	+				+0.3
712	+				+0.5
712	+				-0.8
712	+				-0.5
712	+				+1.4
713	-				-0.2
754	+		Sama_0002	0.11	-0.9
754	+		Sama_0002	0.11	+0.5
755	-		Sama_0002	0.11	-1.0
755	-		Sama_0002	0.11	+0.0
783	-		Sama_0002	0.14	-0.6
851	+		Sama_0002	0.21	-1.2
852	-		Sama_0002	0.21	+0.4
852	-		Sama_0002	0.21	+0.4
868	+		Sama_0002	0.23	-1.3
869	-		Sama_0002	0.23	-0.7
920	+		Sama_0002	0.29	-0.3
921	-		Sama_0002	0.29	-1.3
955	+		Sama_0002	0.33	+4.0
955	+		Sama_0002	0.33	-0.3
955	+		Sama_0002	0.33	+0.3
955	+		Sama_0002	0.33	+0.4
956	-		Sama_0002	0.33	-1.6
956	-		Sama_0002	0.33	-0.4
956	-		Sama_0002	0.33	-0.4
956	-		Sama_0002	0.33	+0.3
956	-		Sama_0002	0.33	-0.3
956	-		Sama_0002	0.33	+0.6
956	-		Sama_0002	0.33	-0.2
961	+		Sama_0002	0.33	-0.3
983	+		Sama_0002	0.36	+0.4
1,019	+		Sama_0002	0.40	+0.9
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.3
1,028	+		Sama_0002	0.41	-2.3
1,028	+		Sama_0002	0.41	+1.2
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.8
1,029	-		Sama_0002	0.41	-1.2
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.4
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.7
1,062	+		Sama_0002	0.44	-0.0
1,062	+		Sama_0002	0.44	+0.3
1,063	-		Sama_0002	0.44	-0.3
1,063	-		Sama_0002	0.44	+0.0
1,115	-		Sama_0002	0.50	-0.6
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.7
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.5
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.0
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.6
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.0
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.7
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.8
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.6
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.4
1,164	+		Sama_0002	0.55	+0.7
1,164	+		Sama_0002	0.55	-1.6
1,165	-		Sama_0002	0.56	-1.8
1,165	-		Sama_0002	0.56	+1.0
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.8
1,186	+		Sama_0002	0.58	-1.0
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.1
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.1
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.8
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.5
1,187	-		Sama_0002	0.58	+2.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.3
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.2
1,200	-		Sama_0002	0.59	-0.6
1,200	-		Sama_0002	0.59	-1.6
1,273	+		Sama_0002	0.67	-0.6
1,273	+		Sama_0002	0.67	-0.0
1,274	-		Sama_0002	0.67	-1.0
1,274	-		Sama_0002	0.67	+0.4
1,274	-		Sama_0002	0.67	-1.2
1,313	+		Sama_0002	0.72	+0.2
1,313	+		Sama_0002	0.72	-0.0
1,314	-		Sama_0002	0.72	-0.8
1,384	+		Sama_0002	0.79	-0.4
1,384	+		Sama_0002	0.79	-0.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	+2.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.5
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.4
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.9
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.4
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.5
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.3
1,418	+		Sama_0002	0.83	+0.4
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.6
1,419	-		Sama_0002	0.83	-1.5
1,419	-		Sama_0002	0.83	+0.3
1,441	-		Sama_0002	0.86	-0.4
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.6
1,450	+		Sama_0002	0.87	-0.4
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.0
1,450	+		Sama_0002	0.87	-0.4
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.3
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.3
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.7
1,505	+				-0.5
1,505	+				-0.4
1,505	+				-0.3
1,505	+				+0.1
1,506	-				-2.5
1,523	+				+0.2
1,523	+				+0.2
1,524	-				+0.3
1,524	-				+1.6
1,524	-				+0.5
1,524	-				-0.2
1,524	-				-0.3
1,586	+				+0.2
1,586	+				-0.6
1,586	+				+1.1
1,586	+				-0.9
1,586	+				+0.0
1,586	+				-0.6
1,587	-				-0.7
1,587	-				-1.4
1,587	-				+0.5
1,587	-				-0.5
1,589	+				+0.4
1,589	+				+0.4
1,589	+				+1.6
1,590	-				-0.2
1,590	-				+0.0
1,590	-				-2.8
1,590	-				+0.6
1,590	-				-0.9
1,602	-				-0.1
1,602	-				+3.2
1,685	-		Sama_0003	0.19	+0.3
1,685	-		Sama_0003	0.19	-1.0
1,685	-		Sama_0003	0.19	+1.0
1,725	+		Sama_0003	0.24	-0.5
1,763	+		Sama_0003	0.28	-0.1
1,763	+		Sama_0003	0.28	-0.6
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.9
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.0
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.6
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.5
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.6
1,797	-		Sama_0003	0.33	-0.1
1,797	-		Sama_0003	0.33	+0.4
1,839	+		Sama_0003	0.37	+0.2
1,839	+		Sama_0003	0.37	-2.7
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.0
1,840	-		Sama_0003	0.38	+1.2
1,845	+		Sama_0003	0.38	-0.1
1,845	+		Sama_0003	0.38	+0.7
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.1
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.9
1,894	+		Sama_0003	0.44	+0.7
1,894	+		Sama_0003	0.44	-0.2
1,895	-		Sama_0003	0.44	-1.3
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.4
1,997	+		Sama_0003	0.56	+1.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.4
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.3
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.4
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.4
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.1
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.4
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.8
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.8
2,003	+		Sama_0003	0.57	-2.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.3
2,004	-		Sama_0003	0.57	+0.2
2,004	-		Sama_0003	0.57	+0.1
2,004	-		Sama_0003	0.57	+0.7
2,020	-		Sama_0003	0.59	-0.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	+1.2
2,048	+		Sama_0003	0.62	-1.7
2,048	+		Sama_0003	0.62	-0.6
2,222	+		Sama_0003	0.83	+0.2
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.3
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.2
2,234	-		Sama_0003	0.84	+0.3
2,312	+				-0.2
2,312	+				-0.2
2,312	+				-0.2
2,312	+				+0.2
2,312	+				-0.3
2,312	+				-0.6
2,312	+				-0.5
2,313	-				-0.1
2,313	-				-2.6
2,313	-				+1.2
2,313	-				-1.6
2,313	-				-0.5
2,313	-				-1.2
2,313	-				-0.4
2,313	-				-0.1
2,313	-				+0.9
2,354	-				-0.1
2,354	-				+0.5
2,354	-				+0.7
2,354	-				-0.1
2,377	+				+0.2
2,378	+				+0.2
2,378	+				+0.0
2,379	-				+0.0
2,379	-				-0.2
2,379	-				-0.4
2,379	-				+0.2
2,379	-				+0.4
2,382	+				+0.2
2,382	+				-1.1
2,383	-				+0.6
2,383	-				-0.2
2,383	-				+0.7
2,390	+				+1.5
2,475	+				+0.6
2,475	+				-0.4
2,476	-				-0.3
2,476	-				-1.4
2,476	-				+0.2
2,476	-				-0.2
2,507	+		Sama_0004	0.11	+0.4
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.8
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.8
2,508	-		Sama_0004	0.12	+1.2
2,508	-		Sama_0004	0.12	-2.0
2,520	+		Sama_0004	0.13	+0.7
2,520	+		Sama_0004	0.13	-1.0
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.4
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.2
2,521	-		Sama_0004	0.13	-1.4
2,546	-		Sama_0004	0.15	+1.0