Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_2528

Experiment: outer cut, LB soft agar motility assay

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	outer cut, LB soft agar motility assay
3,036,407	+		Sama_2527	0.16	+1.0
3,036,407	+		Sama_2527	0.16	-0.1
3,036,408	-		Sama_2527	0.16	-0.2
3,036,408	-		Sama_2527	0.16	+3.4
3,036,408	-		Sama_2527	0.16	-0.6
3,036,408	-		Sama_2527	0.16	-0.5
3,036,443	+		Sama_2527	0.19	-0.7
3,036,444	-		Sama_2527	0.19	-0.3
3,036,454	+		Sama_2527	0.20	-2.3
3,036,454	+		Sama_2527	0.20	-0.0
3,036,455	-		Sama_2527	0.20	+2.1
3,036,455	-		Sama_2527	0.20	+1.3
3,036,522	-		Sama_2527	0.26	-3.7
3,036,522	-		Sama_2527	0.26	-1.9
3,036,522	-		Sama_2527	0.26	+2.1
3,036,544	+		Sama_2527	0.29	+1.3
3,036,544	+		Sama_2527	0.29	+2.3
3,036,639	+		Sama_2527	0.37	+0.3
3,036,639	+		Sama_2527	0.37	+0.8
3,036,640	-		Sama_2527	0.38	+0.1
3,036,640	-		Sama_2527	0.38	-1.1
3,036,658	+		Sama_2527	0.39	-0.5
3,036,698	+		Sama_2527	0.43	-2.6
3,036,698	+		Sama_2527	0.43	-0.4
3,036,698	+		Sama_2527	0.43	-2.7
3,036,698	+		Sama_2527	0.43	+0.6
3,036,822	+		Sama_2527	0.55	+0.1
3,036,822	+		Sama_2527	0.55	-0.3
3,036,822	+		Sama_2527	0.55	+0.1
3,036,822	+		Sama_2527	0.55	-0.6
3,036,822	+		Sama_2527	0.55	-1.7
3,036,823	-		Sama_2527	0.55	-1.9
3,036,823	-		Sama_2527	0.55	-1.6
3,036,823	-		Sama_2527	0.55	-0.6
3,036,823	-		Sama_2527	0.55	+1.0
3,036,823	-		Sama_2527	0.55	-2.4
3,036,838	+		Sama_2527	0.56	-1.0
3,036,839	-		Sama_2527	0.56	-1.2
3,036,839	-		Sama_2527	0.56	-0.3
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	+2.6
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	+1.0
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	+1.3
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	-1.2
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	-0.1
3,036,841	+		Sama_2527	0.56	-0.2
3,036,842	-		Sama_2527	0.56	+0.4
3,036,842	-		Sama_2527	0.56	-0.6
3,036,842	-		Sama_2527	0.56	+1.3
3,036,875	-		Sama_2527	0.60	+1.8
3,036,875	-		Sama_2527	0.60	+1.3
3,036,917	+		Sama_2527	0.63	+0.2
3,036,917	+		Sama_2527	0.63	-0.0
3,036,917	+		Sama_2527	0.63	-1.3
3,036,917	+		Sama_2527	0.63	-0.7
3,036,918	-		Sama_2527	0.64	+0.3
3,036,918	-		Sama_2527	0.64	-0.1
3,036,943	+		Sama_2527	0.66	-1.5
3,036,963	+		Sama_2527	0.68	-2.1
3,036,964	-		Sama_2527	0.68	-2.2
3,036,964	-		Sama_2527	0.68	+0.7
3,036,964	-		Sama_2527	0.68	-1.6
3,036,990	+		Sama_2527	0.70	-0.3
3,036,991	-		Sama_2527	0.70	+1.4
3,037,018	+		Sama_2527	0.73	-0.9
3,037,027	+		Sama_2527	0.74	+1.6
3,037,027	+		Sama_2527	0.74	-0.9
3,037,027	+		Sama_2527	0.74	-2.7
3,037,027	+		Sama_2527	0.74	-2.3
3,037,027	+		Sama_2527	0.74	-1.7
3,037,028	-		Sama_2527	0.74	-1.2
3,037,028	-		Sama_2527	0.74	-0.2
3,037,028	-		Sama_2527	0.74	+0.3
3,037,029	+		Sama_2527	0.74	+0.4
3,037,049	+		Sama_2527	0.76	-1.1
3,037,050	-		Sama_2527	0.76	-1.3
3,037,050	-		Sama_2527	0.76	+1.3
3,037,071	+		Sama_2527	0.78	-1.6
3,037,071	+		Sama_2527	0.78	-0.1
3,037,072	-		Sama_2527	0.78	+0.5
3,037,072	-		Sama_2527	0.78	+0.0
3,037,072	-		Sama_2527	0.78	-0.2
3,037,125	+		Sama_2527	0.83	-2.2
3,037,125	+		Sama_2527	0.83	-1.1
3,037,126	-		Sama_2527	0.83	+1.3
3,037,126	-		Sama_2527	0.83	-0.4
3,037,126	-		Sama_2527	0.83	-1.2
3,037,148	+		Sama_2527	0.85	-0.7
3,037,148	+		Sama_2527	0.85	-2.2
3,037,149	-		Sama_2527	0.85	+2.8
3,037,149	-		Sama_2527	0.85	-1.2
3,037,149	-		Sama_2527	0.85	-1.6
3,037,149	-		Sama_2527	0.85	+1.4
3,037,170	+		Sama_2527	0.87	+2.3
3,037,170	+		Sama_2527	0.87	-1.6
3,037,170	+		Sama_2527	0.87	+1.7
3,037,170	+		Sama_2527	0.87	-1.8
3,037,171	-		Sama_2527	0.87	-1.3
3,037,171	-		Sama_2527	0.87	-0.4
3,037,171	-		Sama_2527	0.87	-1.6
3,037,171	-		Sama_2527	0.87	-0.3
3,037,236	+				+0.9
3,037,236	+				-0.6
3,037,237	-				+0.1
3,037,289	-				-0.6
3,037,289	-				-2.3
3,037,310	+				-2.3
3,037,310	+				-0.3
3,037,311	-				+0.7
3,037,311	-				-1.6
3,037,328	+				-1.1
3,037,329	-				+0.8
3,037,329	-				+1.4
3,037,393	+				-0.9
3,037,393	+				-0.1
3,037,412	+				+1.2
3,037,412	+				+0.7
3,037,412	+				-1.3
3,037,412	+				-0.7
3,037,413	-				-2.1
3,037,416	-				-0.6
3,037,416	-				-3.3
3,037,568	+				-3.0
3,037,590	+				-1.3
3,037,590	+				-0.0
3,037,590	+				-1.2
3,037,590	+				-0.2
3,037,591	-				-2.2
3,037,591	-				-0.3
3,037,591	-				-1.8
3,037,685	+		Sama_2528	0.15	+0.1
3,037,685	+		Sama_2528	0.15	+0.6
3,037,685	+		Sama_2528	0.15	+1.7
3,037,731	-		Sama_2528	0.17	+0.8
3,037,761	-		Sama_2528	0.18	+0.2
3,037,897	-		Sama_2528	0.25	+0.2
3,037,897	-		Sama_2528	0.25	+1.6
3,037,897	-		Sama_2528	0.25	+0.7
3,037,935	+		Sama_2528	0.27	-0.1
3,037,935	+		Sama_2528	0.27	+0.6
3,037,935	+		Sama_2528	0.27	+1.6
3,037,936	-		Sama_2528	0.27	+1.6
3,037,953	+		Sama_2528	0.28	-2.0
3,037,953	+		Sama_2528	0.28	-1.3
3,037,953	+		Sama_2528	0.28	-0.2
3,037,954	-		Sama_2528	0.28	+1.5
3,037,954	-		Sama_2528	0.28	+2.2
3,037,954	-		Sama_2528	0.28	+0.7
3,037,954	-		Sama_2528	0.28	-0.4
3,037,954	-		Sama_2528	0.28	-1.3
3,037,977	+		Sama_2528	0.29	+2.6
3,037,977	+		Sama_2528	0.29	-1.2
3,038,002	-		Sama_2528	0.31	+2.7
3,038,102	+		Sama_2528	0.36	-1.3
3,038,241	+		Sama_2528	0.42	+1.0
3,038,241	+		Sama_2528	0.42	+1.2
3,038,241	+		Sama_2528	0.42	+1.2
3,038,501	+		Sama_2528	0.56	-1.0
3,038,502	-		Sama_2528	0.56	+1.2
3,038,502	-		Sama_2528	0.56	-0.3
3,038,578	+		Sama_2528	0.59	+2.0
3,038,579	-		Sama_2528	0.59	+0.5
3,038,579	-		Sama_2528	0.59	+0.4
3,038,591	+		Sama_2528	0.60	-0.2
3,038,592	-		Sama_2528	0.60	+0.7
3,038,651	+		Sama_2528	0.63	+1.5
3,038,651	+		Sama_2528	0.63	+0.2
3,038,696	+		Sama_2528	0.65	-0.2
3,038,696	+		Sama_2528	0.65	-2.9
3,038,710	+		Sama_2528	0.66	-0.8
3,038,711	-		Sama_2528	0.66	+1.2
3,038,711	-		Sama_2528	0.66	-0.8
3,038,761	+		Sama_2528	0.69	+1.5
3,038,762	-		Sama_2528	0.69	+0.3
3,038,765	+		Sama_2528	0.69	+0.5
3,038,765	+		Sama_2528	0.69	+1.0
3,038,766	-		Sama_2528	0.69	+0.9
3,038,796	-		Sama_2528	0.70	+1.1
3,038,802	-		Sama_2528	0.71	+0.0
3,038,848	+		Sama_2528	0.73	+0.2
3,038,849	-		Sama_2528	0.73	+3.8
3,038,877	-		Sama_2528	0.74	-1.3
3,038,965	+		Sama_2528	0.79	-1.5
3,038,966	-		Sama_2528	0.79	-0.1
3,038,966	-		Sama_2528	0.79	+2.4
3,038,968	+		Sama_2528	0.79	-2.2
3,038,968	+		Sama_2528	0.79	-0.9
3,038,969	-		Sama_2528	0.79	+1.3
3,039,048	-		Sama_2528	0.83	+0.4
3,039,079	+		Sama_2528	0.84	-2.5
3,039,080	-		Sama_2528	0.84	-1.4
3,039,080	-		Sama_2528	0.84	+0.2
3,039,087	+		Sama_2528	0.85	-2.0
3,039,087	+		Sama_2528	0.85	-0.1
3,039,087	+		Sama_2528	0.85	+0.6
3,039,087	+		Sama_2528	0.85	-1.3
3,039,087	+		Sama_2528	0.85	-1.1
3,039,088	-		Sama_2528	0.85	-1.3
3,039,088	-		Sama_2528	0.85	+2.7
3,039,097	+		Sama_2528	0.85	+1.2
3,039,136	+		Sama_2528	0.87	-1.2
3,039,137	-		Sama_2528	0.87	-2.8
3,039,143	+		Sama_2528	0.88	+0.7
3,039,197	+				+1.8
3,039,197	+				-2.3
3,039,198	-				-0.6
3,039,198	-				+0.2
3,039,208	+				-1.5
3,039,209	-				-0.3
3,039,209	-				-0.2
3,039,266	+				-0.1
3,039,267	-				-0.8
3,039,267	-				-1.3
3,039,267	-				-2.8
3,039,267	-				-2.6
3,039,325	-				+1.7
3,039,351	+				+1.0
3,039,352	-				-0.1
3,039,361	-				-0.9
3,039,380	+				-0.8
3,039,380	+				-2.1
3,039,380	+				+0.0
3,039,380	+				-2.1
3,039,380	+				-2.5
3,039,380	+				-1.6
3,039,381	-				+0.2
3,039,381	-				-1.1
3,039,381	-				+1.2
3,039,381	-				+0.2
3,039,381	-				-1.9
3,039,409	+				-2.1
3,039,409	+				-0.1
3,039,409	+				-3.0
3,039,409	+				+0.6
3,039,410	-				+1.4
3,039,440	+				-1.8
3,039,440	+				+0.7
3,039,441	-				+1.7
3,039,449	+				-0.9
3,039,461	-				+1.1
3,039,491	+				-0.3
3,039,534	+				-1.9
3,039,534	+				-0.3
3,039,550	+				-0.3
3,039,550	+				+0.5
3,039,551	-				-0.9
3,039,553	-				-1.1
3,039,572	+				+1.5
3,039,576	+				-2.2
3,039,576	+				+2.6
3,039,577	-				-0.1
3,039,577	-				-1.8
3,039,577	-				+0.1
3,039,577	-				-1.6
3,039,577	-				+0.2
3,039,577	-				+1.5
3,039,577	-				-0.9
3,039,580	+				-2.2
3,039,580	+				+2.1
3,039,580	+				-0.8
3,039,607	+				-1.9
3,039,630	+				+0.4
3,039,631	-				+1.5
3,039,658	+		Sama_2529	0.15	+2.8
3,039,659	-		Sama_2529	0.16	+0.9
3,039,715	+		Sama_2529	0.28	-1.0
3,039,715	+		Sama_2529	0.28	-2.6
3,039,716	-		Sama_2529	0.28	-0.9
3,039,716	-		Sama_2529	0.28	+1.4
3,039,716	-		Sama_2529	0.28	-1.1
3,039,744	-		Sama_2529	0.34	+2.1
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	-1.6
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+0.7
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+1.9
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+0.0
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+0.9
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	-1.0
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+0.2
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+0.2
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	-1.1
3,039,772	+		Sama_2529	0.40	+1.1
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	+1.8
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	-0.9
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	-0.9
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	+1.8
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	+2.1
3,039,773	-		Sama_2529	0.40	-1.6
3,039,778	+		Sama_2529	0.41	+2.8
3,039,815	+		Sama_2529	0.49	+0.5
3,039,815	+		Sama_2529	0.49	+1.6
3,039,815	+		Sama_2529	0.49	+3.1
3,039,816	-		Sama_2529	0.49	+1.6
3,039,816	-		Sama_2529	0.49	-1.1
3,039,819	+		Sama_2529	0.50	-2.1
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3,040,033	-				-0.8
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