Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0811

Experiment: Motility assay, center cut sample 2

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Motility assay, center cut sample 2
994,865	+				-2.2
994,865	+				+0.4
994,865	+				-1.3
994,865	+				-0.5
994,865	+				+1.7
994,866	-				-0.7
994,866	-				+1.2
994,866	-				+0.7
994,915	+				+2.6
994,915	+				-2.3
994,916	-				-0.9
995,067	-		Sama_0810	0.19	+0.4
995,122	+		Sama_0810	0.25	-1.2
995,122	+		Sama_0810	0.25	-2.8
995,122	+		Sama_0810	0.25	+2.2
995,122	+		Sama_0810	0.25	-0.1
995,122	+		Sama_0810	0.25	-0.2
995,122	+		Sama_0810	0.25	-0.8
995,122	+		Sama_0810	0.25	-0.3
995,122	+		Sama_0810	0.25	+1.5
995,122	+		Sama_0810	0.25	-2.2
995,122	+		Sama_0810	0.25	-2.5
995,122	+		Sama_0810	0.25	-1.8
995,122	+		Sama_0810	0.25	-0.2
995,122	+		Sama_0810	0.25	-1.0
995,123	-		Sama_0810	0.25	+2.1
995,123	-		Sama_0810	0.25	+0.2
995,123	-		Sama_0810	0.25	-0.6
995,123	-		Sama_0810	0.25	-1.3
995,123	-		Sama_0810	0.25	-1.3
995,123	-		Sama_0810	0.25	-0.0
995,123	-		Sama_0810	0.25	-2.6
995,123	-		Sama_0810	0.25	+0.7
995,123	-		Sama_0810	0.25	+2.7
995,157	-		Sama_0810	0.29	-0.3
995,157	-		Sama_0810	0.29	-2.0
995,190	+		Sama_0810	0.32	-2.8
995,190	+		Sama_0810	0.32	+0.7
995,191	-		Sama_0810	0.32	+2.7
995,191	-		Sama_0810	0.32	+0.1
995,204	+		Sama_0810	0.34	-1.6
995,204	+		Sama_0810	0.34	+0.4
995,204	+		Sama_0810	0.34	-0.3
995,205	-		Sama_0810	0.34	-0.3
995,205	-		Sama_0810	0.34	-2.0
995,205	-		Sama_0810	0.34	-0.0
995,205	-		Sama_0810	0.34	-3.0
995,205	-		Sama_0810	0.34	-2.4
995,213	+		Sama_0810	0.34	-0.2
995,213	+		Sama_0810	0.34	-0.8
995,214	-		Sama_0810	0.35	-2.3
995,241	+		Sama_0810	0.37	+0.5
995,241	+		Sama_0810	0.37	+1.0
995,241	+		Sama_0810	0.37	-0.7
995,241	+		Sama_0810	0.37	-1.2
995,241	+		Sama_0810	0.37	-1.7
995,242	-		Sama_0810	0.38	+0.7
995,242	-		Sama_0810	0.38	-1.5
995,242	-		Sama_0810	0.38	-1.3
995,360	-		Sama_0810	0.50	+2.4
995,385	+		Sama_0810	0.53	-0.9
995,385	+		Sama_0810	0.53	+3.1
995,385	+		Sama_0810	0.53	-1.3
995,385	+		Sama_0810	0.53	+0.2
995,386	-		Sama_0810	0.53	-0.2
995,408	+		Sama_0810	0.55	+0.1
995,408	+		Sama_0810	0.55	-1.3
995,408	+		Sama_0810	0.55	-1.8
995,408	+		Sama_0810	0.55	-0.8
995,408	+		Sama_0810	0.55	+0.2
995,408	+		Sama_0810	0.55	+1.7
995,408	+		Sama_0810	0.55	-0.2
995,408	+		Sama_0810	0.55	-0.7
995,408	+		Sama_0810	0.55	-0.5
995,409	-		Sama_0810	0.55	-0.5
995,409	-		Sama_0810	0.55	+0.1
995,460	+		Sama_0810	0.60	-0.5
995,460	+		Sama_0810	0.60	-2.0
995,466	+		Sama_0810	0.61	-1.4
995,466	+		Sama_0810	0.61	-2.3
995,467	-		Sama_0810	0.61	-1.3
995,467	-		Sama_0810	0.61	-0.1
995,496	+		Sama_0810	0.64	+0.0
995,556	+		Sama_0810	0.70	-1.3
995,557	-		Sama_0810	0.71	+1.8
995,557	-		Sama_0810	0.71	-2.3
995,589	-		Sama_0810	0.74	-2.0
995,589	-		Sama_0810	0.74	-2.0
995,604	-		Sama_0810	0.75	-0.4
995,637	+		Sama_0810	0.79	-1.7
995,710	+		Sama_0810	0.87	-1.0
995,710	+		Sama_0810	0.87	-2.9
995,710	+		Sama_0810	0.87	-2.7
995,711	-		Sama_0810	0.87	+0.8
995,711	-		Sama_0810	0.87	-1.3
995,711	-		Sama_0810	0.87	+1.8
995,732	+		Sama_0810	0.89	-1.3
995,748	+				+1.3
995,749	-				-0.0
995,749	-				+1.8
995,772	+				+0.4
995,772	+				-0.8
995,772	+				-0.6
995,772	+				-0.3
995,773	-				+1.3
995,790	+				+0.2
995,791	-				-0.1
995,791	-				+2.1
995,791	-				-0.3
995,827	-				+0.1
995,832	+				-0.9
995,844	-				-0.2
995,844	-				-0.4
995,864	+				-0.9
995,905	+				-1.7
995,905	+				+2.2
995,905	+				-0.6
995,905	+				+0.0
995,905	+				-0.7
995,905	+				+0.9
995,905	+				+2.4
995,905	+				+1.2
995,906	-				+0.5
995,906	-				-0.3
995,906	-				-1.5
995,906	-				-0.3
995,906	-				-0.9
995,906	-				-1.5
995,906	-				-0.7
995,910	-				+0.4
996,075	-		Sama_0811	0.15	+0.3
996,147	-		Sama_0811	0.20	-0.2
996,321	+		Sama_0811	0.32	+0.1
996,328	+		Sama_0811	0.32	-0.3
996,328	+		Sama_0811	0.32	+0.1
996,329	-		Sama_0811	0.32	-1.3
996,361	+		Sama_0811	0.35	+1.2
996,421	+		Sama_0811	0.39	-0.3
996,421	+		Sama_0811	0.39	+5.7
996,421	+		Sama_0811	0.39	+2.3
996,422	-		Sama_0811	0.39	-0.8
996,449	+		Sama_0811	0.41	+0.8
996,449	+		Sama_0811	0.41	-2.5
996,449	+		Sama_0811	0.41	-0.8
996,449	+		Sama_0811	0.41	+1.3
996,449	+		Sama_0811	0.41	+1.6
996,449	+		Sama_0811	0.41	+0.1
996,449	+		Sama_0811	0.41	+2.0
996,450	-		Sama_0811	0.41	-3.0
996,450	-		Sama_0811	0.41	+0.7
996,452	+		Sama_0811	0.41	+1.4
996,452	+		Sama_0811	0.41	-1.3
996,452	+		Sama_0811	0.41	+1.3
996,453	-		Sama_0811	0.41	-0.1
996,453	-		Sama_0811	0.41	-2.2
996,453	-		Sama_0811	0.41	-0.1
996,473	+		Sama_0811	0.43	-0.5
996,474	-		Sama_0811	0.43	+0.1
996,597	+		Sama_0811	0.51	+0.4
996,598	-		Sama_0811	0.51	-1.0
996,598	-		Sama_0811	0.51	+0.5
996,616	+		Sama_0811	0.53	+0.2
996,616	+		Sama_0811	0.53	-1.1
996,616	+		Sama_0811	0.53	-0.3
996,616	+		Sama_0811	0.53	+0.6
996,616	+		Sama_0811	0.53	+1.1
996,617	-		Sama_0811	0.53	+0.3
996,617	-		Sama_0811	0.53	+1.5
996,777	-		Sama_0811	0.64	+0.6
996,884	+		Sama_0811	0.71	-3.2
996,884	+		Sama_0811	0.71	+1.0
996,884	+		Sama_0811	0.71	-1.1
996,885	-		Sama_0811	0.71	-1.6
996,885	-		Sama_0811	0.71	-0.2
996,885	-		Sama_0811	0.71	-1.4
996,937	+		Sama_0811	0.75	+0.7
996,954	-		Sama_0811	0.76	-0.0
997,068	+		Sama_0811	0.84	+0.1
997,068	+		Sama_0811	0.84	-1.4
997,068	+		Sama_0811	0.84	-0.7
997,069	-		Sama_0811	0.84	-0.8
997,082	+		Sama_0811	0.85	+0.1
997,082	+		Sama_0811	0.85	+1.1
997,083	-		Sama_0811	0.85	-0.9
997,083	-		Sama_0811	0.85	-0.5
997,088	+		Sama_0811	0.86	+0.1
997,088	+		Sama_0811	0.86	+3.0
997,089	-		Sama_0811	0.86	+1.7
997,133	+		Sama_0811	0.89	-0.2
997,133	+		Sama_0811	0.89	+0.4
997,137	+		Sama_0811	0.89	+0.3
997,137	+		Sama_0811	0.89	-1.0
997,137	+		Sama_0811	0.89	-0.1
997,137	+		Sama_0811	0.89	-2.2
997,137	+		Sama_0811	0.89	-0.3
997,137	+		Sama_0811	0.89	+0.8
997,137	+		Sama_0811	0.89	+3.2
997,138	-		Sama_0811	0.89	+0.8
997,138	-		Sama_0811	0.89	-0.1
997,138	-		Sama_0811	0.89	-1.7
997,138	-		Sama_0811	0.89	-1.2
997,138	-		Sama_0811	0.89	+0.7
997,141	+		Sama_0811	0.89	-0.1
997,142	-		Sama_0811	0.89	+0.3
997,150	+				-2.6
997,358	+		Sama_0812	0.12	-0.8
997,358	+		Sama_0812	0.12	-0.3
997,359	-		Sama_0812	0.12	-2.0
997,367	+		Sama_0812	0.14	+1.1
997,367	+		Sama_0812	0.14	-0.9
997,367	+		Sama_0812	0.14	+0.9
997,367	+		Sama_0812	0.14	-1.8
997,367	+		Sama_0812	0.14	-0.5
997,368	-		Sama_0812	0.14	+0.5
997,368	-		Sama_0812	0.14	+1.6
997,368	-		Sama_0812	0.14	-2.3
997,453	+		Sama_0812	0.31	-1.5
997,453	+		Sama_0812	0.31	+0.8
997,453	+		Sama_0812	0.31	+1.3
997,453	+		Sama_0812	0.31	-0.8
997,453	+		Sama_0812	0.31	+1.8
997,453	+		Sama_0812	0.31	-0.2
997,453	+		Sama_0812	0.31	+0.6
997,453	+		Sama_0812	0.31	-0.7
997,453	+		Sama_0812	0.31	-0.2
997,453	+		Sama_0812	0.31	-0.4
997,453	+		Sama_0812	0.31	+1.5
997,453	+		Sama_0812	0.31	+0.5
997,453	+		Sama_0812	0.31	-1.1
997,454	-		Sama_0812	0.31	-0.1
997,454	-		Sama_0812	0.31	+1.4
997,454	-		Sama_0812	0.31	-1.7
997,454	-		Sama_0812	0.31	-0.2
997,454	-		Sama_0812	0.31	-1.7
997,454	-		Sama_0812	0.31	-0.7
997,454	-		Sama_0812	0.31	-0.7
997,454	-		Sama_0812	0.31	-2.9
997,454	-		Sama_0812	0.31	-1.7
997,454	-		Sama_0812	0.31	-0.4
997,454	-		Sama_0812	0.31	+1.1
997,455	+		Sama_0812	0.32	-0.8
997,455	+		Sama_0812	0.32	-2.7
997,455	+		Sama_0812	0.32	-1.0
997,455	+		Sama_0812	0.32	+0.7
997,455	+		Sama_0812	0.32	-2.9
997,455	+		Sama_0812	0.32	-0.5
997,455	+		Sama_0812	0.32	+1.6
997,455	+		Sama_0812	0.32	+0.6
997,455	+		Sama_0812	0.32	-1.7
997,455	+		Sama_0812	0.32	+1.1
997,455	+		Sama_0812	0.32	-0.5
997,455	+		Sama_0812	0.32	-1.5
997,455	+		Sama_0812	0.32	-1.7
997,456	-		Sama_0812	0.32	-0.7
997,456	-		Sama_0812	0.32	+1.7
997,456	-		Sama_0812	0.32	-1.5
997,456	-		Sama_0812	0.32	+0.5
997,456	-		Sama_0812	0.32	+3.4
997,456	-		Sama_0812	0.32	-1.2
997,456	-		Sama_0812	0.32	-1.7
997,456	-		Sama_0812	0.32	-1.1
997,456	-		Sama_0812	0.32	+2.0
997,456	-		Sama_0812	0.32	-0.9
997,514	+		Sama_0812	0.43	-1.3
997,514	+		Sama_0812	0.43	-1.3
997,514	+		Sama_0812	0.43	-0.7
997,514	+		Sama_0812	0.43	+1.8
997,514	+		Sama_0812	0.43	-2.3
997,514	+		Sama_0812	0.43	-0.3
997,515	-		Sama_0812	0.43	-0.2
997,515	-		Sama_0812	0.43	+0.3
997,515	-		Sama_0812	0.43	-0.3
997,521	+		Sama_0812	0.45	-3.2
997,521	+		Sama_0812	0.45	+2.8
997,521	+		Sama_0812	0.45	+2.6
997,521	+		Sama_0812	0.45	-1.6
997,522	-		Sama_0812	0.45	+0.1
997,522	-		Sama_0812	0.45	+1.0
997,555	+		Sama_0812	0.51	+1.9
997,555	+		Sama_0812	0.51	-0.7
997,556	-		Sama_0812	0.52	-1.0
997,556	-		Sama_0812	0.52	-0.8
997,556	-		Sama_0812	0.52	+0.3
997,607	-		Sama_0812	0.62	-0.2
997,713	+		Sama_0812	0.83	-0.5
997,713	+		Sama_0812	0.83	+0.4
997,713	+		Sama_0812	0.83	+1.3
997,714	-		Sama_0812	0.83	+0.8
997,714	-		Sama_0812	0.83	+0.3
997,714	-		Sama_0812	0.83	+0.5
997,714	-		Sama_0812	0.83	+1.7
997,737	+		Sama_0812	0.88	+4.1
997,737	+		Sama_0812	0.88	+0.7
997,737	+		Sama_0812	0.88	-0.3
997,738	-		Sama_0812	0.88	-0.1
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