Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0498

Experiment: Motility assay, center cut sample 1

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Motility assay, center cut sample 1
611,951	+		Sama_0497	0.40	-0.8
611,952	-		Sama_0497	0.41	+0.2
611,952	-		Sama_0497	0.41	-1.9
612,007	+		Sama_0497	0.44	+0.1
612,007	+		Sama_0497	0.44	-0.3
612,007	+		Sama_0497	0.44	+0.7
612,007	+		Sama_0497	0.44	+1.1
612,007	+		Sama_0497	0.44	+1.4
612,008	-		Sama_0497	0.44	-1.1
612,008	-		Sama_0497	0.44	+0.3
612,055	-		Sama_0497	0.48	-1.8
612,055	-		Sama_0497	0.48	-0.4
612,096	+		Sama_0497	0.50	-0.8
612,096	+		Sama_0497	0.50	-2.3
612,142	+		Sama_0497	0.54	+0.1
612,142	+		Sama_0497	0.54	+0.4
612,142	+		Sama_0497	0.54	+1.1
612,143	-		Sama_0497	0.54	+0.8
612,143	-		Sama_0497	0.54	-1.4
612,143	-		Sama_0497	0.54	-3.5
612,143	-		Sama_0497	0.54	+1.3
612,143	-		Sama_0497	0.54	+0.7
612,143	-		Sama_0497	0.54	-1.0
612,222	+		Sama_0497	0.59	-0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.6
612,232	+		Sama_0497	0.60	-2.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.6
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.7
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	-2.5
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.3
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.3
612,232	+		Sama_0497	0.60	+1.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.3
612,232	+		Sama_0497	0.60	+2.5
612,232	+		Sama_0497	0.60	+1.4
612,232	+		Sama_0497	0.60	+2.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-2.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.1
612,233	-		Sama_0497	0.60	-1.7
612,233	-		Sama_0497	0.60	+1.6
612,233	-		Sama_0497	0.60	-1.3
612,233	-		Sama_0497	0.60	+1.4
612,233	-		Sama_0497	0.60	-1.1
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.4
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.7
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.8
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.2
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.4
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.7
612,233	-		Sama_0497	0.60	+1.2
612,234	+		Sama_0497	0.60	-0.7
612,234	+		Sama_0497	0.60	+1.2
612,235	-		Sama_0497	0.60	+1.8
612,235	-		Sama_0497	0.60	-1.0
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.6
612,235	-		Sama_0497	0.60	-2.9
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.9
612,235	-		Sama_0497	0.60	+0.8
612,235	-		Sama_0497	0.60	-1.2
612,236	+		Sama_0497	0.60	-1.5
612,236	+		Sama_0497	0.60	+1.2
612,237	-		Sama_0497	0.60	+1.2
612,237	-		Sama_0497	0.60	+0.7
612,237	-		Sama_0497	0.60	-0.5
612,237	-		Sama_0497	0.60	-0.8
612,324	+		Sama_0497	0.66	-1.9
612,325	-		Sama_0497	0.66	+1.0
612,362	+		Sama_0497	0.69	+1.2
612,362	+		Sama_0497	0.69	+1.1
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.9
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.9
612,362	+		Sama_0497	0.69	-1.9
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.3
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.5
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.7
612,363	-		Sama_0497	0.69	+0.6
612,363	-		Sama_0497	0.69	-2.3
612,363	-		Sama_0497	0.69	-0.6
612,381	+		Sama_0497	0.70	-0.3
612,381	+		Sama_0497	0.70	-0.8
612,382	-		Sama_0497	0.70	+1.1
612,397	-		Sama_0497	0.71	-2.0
612,397	-		Sama_0497	0.71	-2.6
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.9
612,397	-		Sama_0497	0.71	+1.1
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.8
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.2
612,397	-		Sama_0497	0.71	+1.6
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.2
612,397	-		Sama_0497	0.71	-1.2
612,397	-		Sama_0497	0.71	+1.0
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.3
612,397	-		Sama_0497	0.71	-2.7
612,465	+		Sama_0497	0.76	-0.6
612,465	+		Sama_0497	0.76	-0.3
612,465	+		Sama_0497	0.76	-2.9
612,466	-		Sama_0497	0.76	+0.6
612,466	-		Sama_0497	0.76	-1.0
612,466	-		Sama_0497	0.76	-2.4
612,466	-		Sama_0497	0.76	+1.5
612,519	-		Sama_0497	0.80	-0.3
612,522	+		Sama_0497	0.80	-0.3
612,522	+		Sama_0497	0.80	+0.8
612,522	+		Sama_0497	0.80	-0.6
612,522	+		Sama_0497	0.80	+1.2
612,522	+		Sama_0497	0.80	+0.4
612,523	-		Sama_0497	0.80	-0.3
612,523	-		Sama_0497	0.80	-0.3
612,523	-		Sama_0497	0.80	+0.1
612,523	-		Sama_0497	0.80	+0.0
612,523	-		Sama_0497	0.80	+2.2
612,523	-		Sama_0497	0.80	+0.9
612,564	+		Sama_0497	0.83	-3.1
612,565	-		Sama_0497	0.83	+0.2
612,571	-		Sama_0497	0.83	-1.9
612,623	-		Sama_0497	0.87	-0.9
612,623	-		Sama_0497	0.87	-1.1
612,746	-				-1.3
612,773	+				-1.8
612,773	+				-0.0
612,774	-				-0.7
612,793	+				-1.4
612,793	+				+0.5
612,793	+				+1.3
612,793	+				+0.3
612,793	+				-0.5
612,793	+				-1.5
612,793	+				-0.6
612,793	+				-2.5
612,793	+				+1.4
612,793	+				-0.2
612,794	-				-2.2
612,794	-				-2.5
612,794	-				+2.3
612,794	-				-0.0
612,794	-				-1.5
612,794	-				-0.8
612,794	-				-0.7
612,794	-				-1.5
612,909	+				+0.3
612,909	+				+0.3
612,909	+				+1.4
612,913	+				+0.0
612,913	+				-1.1
612,913	+				-0.3
612,913	+				-1.3
612,914	-				+0.9
612,978	+		Sama_0498	0.10	+0.2
612,979	-		Sama_0498	0.10	-1.7
612,979	-		Sama_0498	0.10	-1.0
612,979	-		Sama_0498	0.10	+3.0
612,979	-		Sama_0498	0.10	-0.8
612,990	+		Sama_0498	0.12	+0.3
612,991	-		Sama_0498	0.12	+0.4
613,116	+		Sama_0498	0.25	+1.5
613,116	+		Sama_0498	0.25	-1.5
613,116	+		Sama_0498	0.25	-1.8
613,116	+		Sama_0498	0.25	-0.1
613,116	+		Sama_0498	0.25	-0.3
613,117	-		Sama_0498	0.25	-2.3
613,135	+		Sama_0498	0.27	+1.4
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.0
613,135	+		Sama_0498	0.27	+1.0
613,135	+		Sama_0498	0.27	+2.5
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.6
613,136	-		Sama_0498	0.27	-1.8
613,136	-		Sama_0498	0.27	+1.1
613,150	+		Sama_0498	0.28	+0.6
613,162	+		Sama_0498	0.30	+2.0
613,162	+		Sama_0498	0.30	+1.0
613,162	+		Sama_0498	0.30	-0.0
613,162	+		Sama_0498	0.30	+0.7
613,162	+		Sama_0498	0.30	+1.4
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.6
613,297	+		Sama_0498	0.44	+0.7
613,297	+		Sama_0498	0.44	-3.1
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.4
613,297	+		Sama_0498	0.44	+3.3
613,297	+		Sama_0498	0.44	+0.1
613,297	+		Sama_0498	0.44	+1.0
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.3
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.0
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.7
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.3
613,298	-		Sama_0498	0.44	-1.1
613,298	-		Sama_0498	0.44	-2.5
613,298	-		Sama_0498	0.44	-1.3
613,298	-		Sama_0498	0.44	-2.5
613,298	-		Sama_0498	0.44	-1.1
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.3
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.8
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.8
613,319	+		Sama_0498	0.46	+2.0
613,319	+		Sama_0498	0.46	+1.6
613,319	+		Sama_0498	0.46	-0.3
613,364	+		Sama_0498	0.51	+2.4
613,364	+		Sama_0498	0.51	-1.2
613,364	+		Sama_0498	0.51	+0.4
613,364	+		Sama_0498	0.51	-0.8
613,365	-		Sama_0498	0.51	+0.2
613,365	-		Sama_0498	0.51	+2.7
613,365	-		Sama_0498	0.51	+1.8
613,365	-		Sama_0498	0.51	+1.3
613,396	+		Sama_0498	0.54	-0.5
613,396	+		Sama_0498	0.54	-0.3
613,396	+		Sama_0498	0.54	+1.4
613,396	+		Sama_0498	0.54	-1.9
613,397	-		Sama_0498	0.54	-0.8
613,456	-		Sama_0498	0.61	+0.6
613,456	-		Sama_0498	0.61	-1.0
613,459	+		Sama_0498	0.61	-0.3
613,459	+		Sama_0498	0.61	-1.7
613,459	+		Sama_0498	0.61	+0.2
613,459	+		Sama_0498	0.61	-2.0
613,460	-		Sama_0498	0.61	+1.1
613,460	-		Sama_0498	0.61	-0.3
613,460	-		Sama_0498	0.61	-2.0
613,475	+		Sama_0498	0.63	-2.3
613,475	+		Sama_0498	0.63	+1.0
613,476	-		Sama_0498	0.63	+0.8
613,476	-		Sama_0498	0.63	-0.3
613,476	-		Sama_0498	0.63	-1.5
613,476	-		Sama_0498	0.63	-1.2
613,521	+		Sama_0498	0.67	-0.6
613,521	+		Sama_0498	0.67	-1.0
613,522	-		Sama_0498	0.68	+0.9
613,560	+		Sama_0498	0.72	+1.0
613,601	-		Sama_0498	0.76	+0.4
613,601	-		Sama_0498	0.76	+0.2
613,601	-		Sama_0498	0.76	-2.0
613,601	-		Sama_0498	0.76	-2.2
613,647	-		Sama_0498	0.81	+0.0
613,673	+		Sama_0498	0.83	+1.2
613,674	-		Sama_0498	0.83	-1.3
613,718	+		Sama_0498	0.88	-1.2
613,719	-		Sama_0498	0.88	+0.6
613,719	-		Sama_0498	0.88	-0.1
613,742	+				+0.1
613,742	+				-1.2
613,743	-				+1.5
613,743	-				+0.9
613,743	-				-0.6
613,789	+				+0.1
613,789	+				+1.6
613,789	+				-0.9
613,789	+				+2.2
613,789	+				-1.2
613,790	-				+1.5
613,803	+				+0.1
613,803	+				+0.5
613,803	+				+0.5
613,804	-				-0.7
613,807	-				-1.8
613,807	-				-0.3
613,807	-				+2.1
613,949	+		Sama_0499	0.20	+0.5
613,950	-		Sama_0499	0.20	-2.2
613,965	-		Sama_0499	0.22	-2.4
613,965	-		Sama_0499	0.22	-2.2
613,965	-		Sama_0499	0.22	-0.0
613,976	+		Sama_0499	0.24	+1.1
613,976	+		Sama_0499	0.24	-1.2
613,976	+		Sama_0499	0.24	+0.8
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.1
613,977	-		Sama_0499	0.24	-1.5
613,977	-		Sama_0499	0.24	+1.7
613,977	-		Sama_0499	0.24	-1.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.8
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.6
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.8
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-2.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.2
613,979	-		Sama_0499	0.25	+0.5
613,979	-		Sama_0499	0.25	+1.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.7
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