Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0004

Experiment: Motility assay, center cut sample 1

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Motility assay, center cut sample 1
1,384	+		Sama_0002	0.79	+0.2
1,384	+		Sama_0002	0.79	+0.5
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	-1.4
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.0
1,403	+		Sama_0002	0.82	+2.9
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.8
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.1
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.3
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.5
1,418	+		Sama_0002	0.83	-3.0
1,419	-		Sama_0002	0.83	+1.0
1,419	-		Sama_0002	0.83	+0.6
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.6
1,441	-		Sama_0002	0.86	-0.5
1,450	+		Sama_0002	0.87	-2.5
1,450	+		Sama_0002	0.87	+1.6
1,450	+		Sama_0002	0.87	-0.7
1,450	+		Sama_0002	0.87	-2.4
1,451	-		Sama_0002	0.87	-2.8
1,451	-		Sama_0002	0.87	-2.7
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.5
1,505	+				+2.4
1,505	+				-0.8
1,505	+				-0.0
1,505	+				+0.0
1,506	-				-0.9
1,523	+				-1.4
1,523	+				+1.0
1,524	-				-1.0
1,524	-				+0.0
1,524	-				-0.4
1,524	-				+1.4
1,524	-				+0.1
1,586	+				-1.3
1,586	+				-0.8
1,586	+				+2.3
1,586	+				+0.9
1,586	+				-1.7
1,586	+				-0.4
1,587	-				+0.9
1,587	-				+2.0
1,587	-				-2.8
1,587	-				+0.2
1,589	+				+1.4
1,589	+				-1.0
1,589	+				+0.2
1,590	-				-0.4
1,590	-				-2.1
1,590	-				-0.5
1,590	-				-1.3
1,590	-				-1.7
1,602	-				-1.7
1,602	-				+0.0
1,685	-		Sama_0003	0.19	-0.5
1,685	-		Sama_0003	0.19	+0.3
1,685	-		Sama_0003	0.19	-1.9
1,725	+		Sama_0003	0.24	+0.9
1,763	+		Sama_0003	0.28	-1.4
1,763	+		Sama_0003	0.28	-1.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.0
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.8
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.0
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.2
1,796	+		Sama_0003	0.32	+1.0
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.9
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.8
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.0
1,797	-		Sama_0003	0.33	-1.4
1,797	-		Sama_0003	0.33	+0.8
1,839	+		Sama_0003	0.37	+0.5
1,839	+		Sama_0003	0.37	+1.4
1,839	+		Sama_0003	0.37	-1.0
1,840	-		Sama_0003	0.38	-1.4
1,845	+		Sama_0003	0.38	-0.1
1,845	+		Sama_0003	0.38	-0.4
1,846	-		Sama_0003	0.38	+0.9
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.3
1,894	+		Sama_0003	0.44	+0.7
1,894	+		Sama_0003	0.44	-0.6
1,895	-		Sama_0003	0.44	+1.0
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.5
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.1
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	-3.0
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.3
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	-2.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.1
1,998	-		Sama_0003	0.56	-2.8
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.5
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	+1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	+1.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	-3.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	+1.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.8
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,004	-		Sama_0003	0.57	-0.4
2,004	-		Sama_0003	0.57	-2.3
2,004	-		Sama_0003	0.57	+1.8
2,020	-		Sama_0003	0.59	-0.3
2,048	+		Sama_0003	0.62	+2.2
2,048	+		Sama_0003	0.62	+1.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	-1.4
2,222	+		Sama_0003	0.83	-2.3
2,223	-		Sama_0003	0.83	-2.5
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.1
2,234	-		Sama_0003	0.84	-2.1
2,312	+				-3.1
2,312	+				-0.4
2,312	+				+0.6
2,312	+				+1.9
2,312	+				+1.4
2,312	+				-0.8
2,312	+				-0.1
2,313	-				+0.3
2,313	-				-1.8
2,313	-				-2.0
2,313	-				-2.5
2,313	-				+2.0
2,313	-				-0.5
2,313	-				-1.3
2,313	-				-1.0
2,313	-				-2.3
2,354	-				+0.5
2,354	-				+0.6
2,354	-				-0.3
2,354	-				+0.4
2,377	+				-0.5
2,378	+				+0.5
2,378	+				+0.7
2,379	-				-2.5
2,379	-				-1.5
2,379	-				+0.0
2,379	-				+1.9
2,379	-				-0.3
2,382	+				-1.0
2,382	+				-0.4
2,383	-				-0.0
2,383	-				+1.3
2,383	-				-1.1
2,390	+				-0.3
2,475	+				-0.5
2,475	+				+0.5
2,476	-				-0.8
2,476	-				-0.6
2,476	-				-1.1
2,476	-				-1.5
2,507	+		Sama_0004	0.11	-0.0
2,508	-		Sama_0004	0.12	+1.0
2,508	-		Sama_0004	0.12	-1.1
2,508	-		Sama_0004	0.12	+0.7
2,508	-		Sama_0004	0.12	-1.1
2,520	+		Sama_0004	0.13	+2.5
2,520	+		Sama_0004	0.13	-2.3
2,521	-		Sama_0004	0.13	+0.2
2,521	-		Sama_0004	0.13	+1.4
2,521	-		Sama_0004	0.13	-1.9
2,546	-		Sama_0004	0.15	-0.6
2,774	+		Sama_0004	0.35	+0.1
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.5
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.2
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.8
2,775	-		Sama_0004	0.35	+2.1
2,775	-		Sama_0004	0.35	+1.3
2,775	-		Sama_0004	0.35	+1.3
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	+1.2
2,829	+		Sama_0004	0.40	+1.6
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.5
2,829	+		Sama_0004	0.40	-1.2
2,830	-		Sama_0004	0.40	+0.6
2,830	-		Sama_0004	0.40	-2.0
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.2
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.4
2,830	-		Sama_0004	0.40	+0.5
2,841	+		Sama_0004	0.41	-0.3
2,842	-		Sama_0004	0.41	+0.0
2,847	+		Sama_0004	0.41	-2.2
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.3
2,847	+		Sama_0004	0.41	-1.3
2,847	+		Sama_0004	0.41	+3.0
2,848	-		Sama_0004	0.42	+2.2
2,848	-		Sama_0004	0.42	-1.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-2.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-3.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.9
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	+2.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.3
2,896	+		Sama_0004	0.46	-1.2
2,896	+		Sama_0004	0.46	-0.3
2,931	+		Sama_0004	0.49	-1.1
2,931	+		Sama_0004	0.49	-2.2
2,931	+		Sama_0004	0.49	+0.0
2,931	+		Sama_0004	0.49	-1.6
2,973	+		Sama_0004	0.53	+2.3
2,973	+		Sama_0004	0.53	-1.4
2,974	-		Sama_0004	0.53	+1.9
2,974	-		Sama_0004	0.53	+1.8
2,974	-		Sama_0004	0.53	+0.6
3,047	-		Sama_0004	0.59	-2.7
3,047	-		Sama_0004	0.59	+1.6
3,065	+		Sama_0004	0.61	+1.5
3,065	+		Sama_0004	0.61	+2.0
3,066	-		Sama_0004	0.61	-1.3
3,066	-		Sama_0004	0.61	-0.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.3
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.5
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.0
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.8
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	+1.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.8
3,093	-		Sama_0004	0.63	-2.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-2.1
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.8
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.5
3,093	-		Sama_0004	0.63	-2.1
3,093	-		Sama_0004	0.63	-2.1
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.1
3,098	+		Sama_0004	0.64	-0.5
3,098	+		Sama_0004	0.64	-1.0
3,098	+		Sama_0004	0.64	-0.5
3,098	+		Sama_0004	0.64	-1.3
3,099	-		Sama_0004	0.64	+1.7
3,117	+		Sama_0004	0.65	-0.8
3,118	-		Sama_0004	0.65	-1.3
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.0
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.5
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.5
3,119	+		Sama_0004	0.65	-0.5
3,119	+		Sama_0004	0.65	-2.0
3,119	+		Sama_0004	0.65	+1.2
3,120	-		Sama_0004	0.66	-0.4
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.3
3,120	-		Sama_0004	0.66	-0.5
3,120	-		Sama_0004	0.66	-1.3
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.6
3,120	-		Sama_0004	0.66	-0.5
3,210	+		Sama_0004	0.73	-2.0
3,210	+		Sama_0004	0.73	-0.5
3,210	+		Sama_0004	0.73	+2.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.1
3,211	-		Sama_0004	0.74	-2.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.7
3,211	-		Sama_0004	0.74	-1.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.5
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.7
3,233	+		Sama_0004	0.75	-0.6
3,233	+		Sama_0004	0.75	-0.1
3,234	-		Sama_0004	0.76	+0.9
3,234	-		Sama_0004	0.76	-0.0
3,331	+		Sama_0004	0.84	+1.9
3,331	+		Sama_0004	0.84	+0.1
3,332	-		Sama_0004	0.84	+2.4
3,360	+		Sama_0004	0.87	-0.2
3,361	-		Sama_0004	0.87	-0.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	+1.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	-1.3
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.0
3,397	-				+0.5
3,397	-				+1.6
3,397	-				-0.8
3,451	+				+1.2
3,451	+				-0.1
3,451	+				-1.9
3,451	+				+1.7
3,451	+				+0.4
3,451	+				+0.6
3,451	+				+0.0
3,452	-				+0.6
3,452	-				-1.0
3,452	-				+0.7
3,452	-				+1.3
3,452	-				-2.9
3,492	+				+1.0
3,493	-				-1.8
3,493	-				+2.1
3,493	-				+3.5
3,493	-				-2.0
3,493	-				-0.5
3,493	-				-0.9
3,493	-				+0.3
3,493	-				-0.8
3,496	-				+1.4
3,510	+				+2.0
3,510	+				-3.0
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