Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0403

Experiment: Spectinomycin 0.0125 mg/ml

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Spectinomycin 0.0125 mg/ml
499,908	+				+0.1
499,908	+				-0.5
499,908	+				-1.2
499,908	+				-0.2
499,908	+				-1.8
499,908	+				+1.5
499,908	+				-0.1
499,908	+				+1.6
499,908	+				-0.6
499,909	-				-0.7
499,909	-				-0.8
499,909	-				+0.3
499,909	-				-3.1
499,909	-				-0.4
499,909	-				-0.2
499,931	+				+0.4
499,932	-				-1.4
499,953	+		Sama_0402	0.10	+0.1
499,954	-		Sama_0402	0.10	-1.4
499,954	-		Sama_0402	0.10	+0.5
499,954	-		Sama_0402	0.10	-0.6
499,954	-		Sama_0402	0.10	+0.3
499,967	+		Sama_0402	0.12	+0.4
499,978	+		Sama_0402	0.13	-0.5
499,978	+		Sama_0402	0.13	+0.2
499,978	+		Sama_0402	0.13	-1.5
499,978	+		Sama_0402	0.13	-0.2
500,029	+		Sama_0402	0.18	-0.4
500,031	+		Sama_0402	0.18	-0.2
500,031	+		Sama_0402	0.18	+0.2
500,031	+		Sama_0402	0.18	-0.8
500,031	+		Sama_0402	0.18	+0.4
500,031	+		Sama_0402	0.18	-0.9
500,031	+		Sama_0402	0.18	-1.8
500,031	+		Sama_0402	0.18	-0.5
500,031	+		Sama_0402	0.18	+0.2
500,031	+		Sama_0402	0.18	+0.2
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.4
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.0
500,032	-		Sama_0402	0.18	+1.0
500,032	-		Sama_0402	0.18	+0.2
500,032	-		Sama_0402	0.18	-2.2
500,032	-		Sama_0402	0.18	+3.4
500,032	-		Sama_0402	0.18	+0.6
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.2
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.0
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.7
500,032	-		Sama_0402	0.18	-0.0
500,268	+		Sama_0402	0.40	-0.2
500,268	+		Sama_0402	0.40	-0.5
500,268	+		Sama_0402	0.40	-0.0
500,269	-		Sama_0402	0.40	-0.7
500,269	-		Sama_0402	0.40	-0.6
500,463	-		Sama_0402	0.59	-1.9
500,523	+		Sama_0402	0.65	-0.7
500,523	+		Sama_0402	0.65	-0.3
500,523	+		Sama_0402	0.65	-0.2
500,523	+		Sama_0402	0.65	-1.5
500,523	+		Sama_0402	0.65	-0.7
500,523	+		Sama_0402	0.65	-0.7
500,524	-		Sama_0402	0.65	-1.1
500,524	-		Sama_0402	0.65	-0.3
500,524	-		Sama_0402	0.65	-1.4
500,524	-		Sama_0402	0.65	+0.8
500,524	-		Sama_0402	0.65	-0.6
500,572	+		Sama_0402	0.69	-0.0
500,572	+		Sama_0402	0.69	-0.5
500,572	+		Sama_0402	0.69	-0.1
500,573	-		Sama_0402	0.70	+0.2
500,591	+		Sama_0402	0.71	-0.5
500,719	+		Sama_0402	0.83	-0.0
500,719	+		Sama_0402	0.83	-0.2
500,719	+		Sama_0402	0.83	-1.0
500,720	-		Sama_0402	0.84	-1.6
500,761	+		Sama_0402	0.87	-0.3
500,836	+				-0.2
500,836	+				-0.0
500,836	+				-2.7
500,837	-				-0.1
500,837	-				-0.6
500,941	+				+0.8
500,941	+				-1.4
500,941	+				-1.0
500,948	+				+0.0
500,948	+				-0.7
501,000	+				-0.9
501,000	+				-1.3
501,000	+				-0.6
501,000	+				-0.8
501,000	+				-2.5
501,000	+				-0.4
501,001	-				-0.6
501,001	-				-0.2
501,001	-				+0.0
501,100	+		Sama_0403	0.12	-0.8
501,120	-		Sama_0403	0.14	+0.5
501,120	-		Sama_0403	0.14	-2.6
501,183	+		Sama_0403	0.18	-0.8
501,186	+		Sama_0403	0.18	-0.4
501,187	-		Sama_0403	0.18	-0.8
501,196	-		Sama_0403	0.18	-2.0
501,233	+		Sama_0403	0.21	-0.7
501,233	+		Sama_0403	0.21	-0.7
501,233	+		Sama_0403	0.21	-2.6
501,442	+		Sama_0403	0.34	-1.4
501,442	+		Sama_0403	0.34	-1.8
501,442	+		Sama_0403	0.34	-0.0
501,442	+		Sama_0403	0.34	-1.3
501,442	+		Sama_0403	0.34	-0.2
501,442	+		Sama_0403	0.34	-1.2
501,442	+		Sama_0403	0.34	-0.9
501,443	-		Sama_0403	0.34	-0.8
501,443	-		Sama_0403	0.34	-1.6
501,443	-		Sama_0403	0.34	-1.0
501,443	-		Sama_0403	0.34	-2.1
501,443	-		Sama_0403	0.34	-0.6
501,443	-		Sama_0403	0.34	-0.7
501,445	-		Sama_0403	0.34	+0.1
501,445	-		Sama_0403	0.34	-2.0
501,470	+		Sama_0403	0.36	-1.4
501,487	+		Sama_0403	0.37	-0.3
501,487	+		Sama_0403	0.37	-2.0
501,547	-		Sama_0403	0.41	-0.7
501,650	+		Sama_0403	0.47	+0.2
501,650	+		Sama_0403	0.47	-1.6
501,650	+		Sama_0403	0.47	-1.8
501,650	+		Sama_0403	0.47	-1.6
501,651	-		Sama_0403	0.47	-3.6
501,679	+		Sama_0403	0.49	-1.6
501,726	-		Sama_0403	0.52	+2.8
501,760	+		Sama_0403	0.54	-1.4
501,761	-		Sama_0403	0.54	-0.1
501,796	+		Sama_0403	0.56	-1.0
501,796	+		Sama_0403	0.56	-0.6
501,796	+		Sama_0403	0.56	-2.0
501,797	-		Sama_0403	0.56	-2.0
501,801	+		Sama_0403	0.57	-1.2
501,801	+		Sama_0403	0.57	-1.4
501,811	+		Sama_0403	0.57	-0.1
501,811	+		Sama_0403	0.57	-0.8
501,812	-		Sama_0403	0.57	-0.7
501,828	+		Sama_0403	0.58	-0.9
501,828	+		Sama_0403	0.58	-0.6
501,828	+		Sama_0403	0.58	+0.8
501,828	+		Sama_0403	0.58	+0.4
501,829	-		Sama_0403	0.58	-2.2
501,829	-		Sama_0403	0.58	-1.8
501,829	-		Sama_0403	0.58	-1.6
501,829	-		Sama_0403	0.58	-1.6
501,829	-		Sama_0403	0.58	-1.2
501,832	+		Sama_0403	0.58	-0.2
501,833	-		Sama_0403	0.59	-0.9
501,833	-		Sama_0403	0.59	+0.4
501,833	-		Sama_0403	0.59	-2.4
501,833	-		Sama_0403	0.59	+0.2
501,833	-		Sama_0403	0.59	-0.6
501,833	-		Sama_0403	0.59	-1.0
501,902	+		Sama_0403	0.63	-1.0
501,902	+		Sama_0403	0.63	-1.2
501,902	+		Sama_0403	0.63	-0.4
501,903	-		Sama_0403	0.63	-0.2
501,906	+		Sama_0403	0.63	+0.0
501,906	+		Sama_0403	0.63	-0.7
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.4
501,906	+		Sama_0403	0.63	-0.8
501,906	+		Sama_0403	0.63	+0.4
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.0
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.4
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.3
501,906	+		Sama_0403	0.63	-0.9
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.5
501,906	+		Sama_0403	0.63	-0.2
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.0
501,906	+		Sama_0403	0.63	-2.2
501,906	+		Sama_0403	0.63	-1.6
501,907	-		Sama_0403	0.63	-1.1
501,907	-		Sama_0403	0.63	+1.4
501,907	-		Sama_0403	0.63	-0.2
501,907	-		Sama_0403	0.63	-0.7
501,973	+		Sama_0403	0.67	-0.0
501,973	+		Sama_0403	0.67	-0.2
501,973	+		Sama_0403	0.67	-0.6
501,973	+		Sama_0403	0.67	-0.6
501,973	+		Sama_0403	0.67	-3.1
501,973	+		Sama_0403	0.67	-0.8
501,974	-		Sama_0403	0.67	-2.8
501,974	-		Sama_0403	0.67	-1.9
501,974	-		Sama_0403	0.67	-0.5
501,976	+		Sama_0403	0.68	-1.7
501,976	+		Sama_0403	0.68	-1.6
501,977	-		Sama_0403	0.68	+0.4
501,977	-		Sama_0403	0.68	-1.4
501,990	+		Sama_0403	0.68	-1.6
501,990	+		Sama_0403	0.68	-0.8
501,990	+		Sama_0403	0.68	-0.7
501,991	-		Sama_0403	0.68	-2.9
501,991	-		Sama_0403	0.68	-2.4
502,003	+		Sama_0403	0.69	-0.4
502,003	+		Sama_0403	0.69	-1.2
502,077	+		Sama_0403	0.74	-3.0
502,078	-		Sama_0403	0.74	-2.9
502,078	-		Sama_0403	0.74	-3.1
502,078	-		Sama_0403	0.74	-2.4
502,082	+		Sama_0403	0.74	-2.6
502,125	+		Sama_0403	0.77	-1.2
502,125	+		Sama_0403	0.77	-1.9
502,125	+		Sama_0403	0.77	-2.4
502,125	+		Sama_0403	0.77	-1.5
502,126	-		Sama_0403	0.77	-1.1
502,126	-		Sama_0403	0.77	-0.6
502,130	+		Sama_0403	0.77	-1.2
502,220	-		Sama_0403	0.83	-1.7
502,260	+		Sama_0403	0.85	-1.8
502,260	+		Sama_0403	0.85	-0.2
502,260	+		Sama_0403	0.85	-0.9
502,260	+		Sama_0403	0.85	-2.0
502,260	+		Sama_0403	0.85	-1.2
502,261	-		Sama_0403	0.85	+0.2
502,261	-		Sama_0403	0.85	-0.9
502,261	-		Sama_0403	0.85	-2.0
502,284	+		Sama_0403	0.87	-1.0
502,285	-		Sama_0403	0.87	-0.8
502,312	-		Sama_0403	0.89	-0.5
502,312	-		Sama_0403	0.89	-1.4
502,312	-		Sama_0403	0.89	-1.6
502,312	-		Sama_0403	0.89	-0.2
502,369	+				-2.7
502,369	+				-0.7
502,369	+				-1.3
502,369	+				-0.6
502,369	+				-1.7
502,369	+				-0.5
502,369	+				-1.0
502,369	+				-1.0
502,369	+				-1.9
502,369	+				-1.0
502,369	+				-0.6
502,369	+				-1.1
502,369	+				-1.8
502,369	+				-1.5
502,369	+				+0.2
502,369	+				-1.7
502,369	+				-1.3
502,369	+				-0.6
502,370	-				-0.1
502,370	-				-1.1
502,370	-				-1.3
502,370	-				-2.0
502,370	-				-1.8
502,370	-				-1.4
502,370	-				-1.2
502,370	-				-1.7
502,370	-				+0.8
502,370	-				-0.7
502,370	-				-2.2
502,370	-				-1.8
502,370	-				-1.2
502,382	-				-1.7
502,470	+				+0.0
502,470	+				+0.2
502,498	+				-0.4
502,498	+				+0.0
502,522	+				+0.8
502,528	+				+0.1
502,529	-				-1.2
502,529	-				+1.1
502,529	-				-0.2
502,569	+				-1.0
502,569	+				-0.8
502,569	+				+0.1
502,569	+				-0.3
502,569	+				-0.1
502,570	-				+0.0
502,602	+				-0.0
502,602	+				+0.5
502,603	-				+0.2
502,603	-				-0.6
502,603	-				-0.1
502,654	+		Sama_0404	0.11	+0.6
502,655	-		Sama_0404	0.11	+0.8
502,655	-		Sama_0404	0.11	-1.4
502,659	+		Sama_0404	0.12	-0.1
502,659	+		Sama_0404	0.12	-0.4
502,659	+		Sama_0404	0.12	-0.3
502,659	+		Sama_0404	0.12	-0.3
502,659	+		Sama_0404	0.12	-0.2
502,659	+		Sama_0404	0.12	+0.8
502,659	+		Sama_0404	0.12	+0.6
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.2
502,660	-		Sama_0404	0.12	+0.6
502,660	-		Sama_0404	0.12	+0.4
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.9
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.5
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.9
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.2
502,660	-		Sama_0404	0.12	-0.6
502,661	+		Sama_0404	0.13	-0.7
502,661	+		Sama_0404	0.13	+2.4
502,661	+		Sama_0404	0.13	+0.6
502,661	+		Sama_0404	0.13	+0.3
502,661	+		Sama_0404	0.13	-0.2
502,662	-		Sama_0404	0.13	-0.7
502,662	-		Sama_0404	0.13	-0.2
502,662	-		Sama_0404	0.13	+0.1
502,680	+		Sama_0404	0.17	+1.8
502,681	-		Sama_0404	0.17	-1.1
502,692	-		Sama_0404	0.19	-0.2
502,692	-		Sama_0404	0.19	+0.5
502,773	+		Sama_0404	0.37	-0.2
502,773	+		Sama_0404	0.37	+0.2
502,774	-		Sama_0404	0.37	+0.6
502,774	-		Sama_0404	0.37	+0.0
502,774	-		Sama_0404	0.37	+0.3
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