Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0500

Experiment: Cisplatin 0.01 mg/ml

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Cisplatin 0.01 mg/ml
613,456	-		Sama_0498	0.61	-1.3
613,456	-		Sama_0498	0.61	-2.8
613,459	+		Sama_0498	0.61	+0.8
613,459	+		Sama_0498	0.61	-1.6
613,459	+		Sama_0498	0.61	+0.1
613,459	+		Sama_0498	0.61	-0.3
613,460	-		Sama_0498	0.61	+2.6
613,460	-		Sama_0498	0.61	+0.2
613,460	-		Sama_0498	0.61	-0.5
613,475	+		Sama_0498	0.63	+0.9
613,475	+		Sama_0498	0.63	-1.3
613,476	-		Sama_0498	0.63	+0.2
613,476	-		Sama_0498	0.63	+4.0
613,476	-		Sama_0498	0.63	-2.0
613,476	-		Sama_0498	0.63	+0.1
613,521	+		Sama_0498	0.67	-1.2
613,521	+		Sama_0498	0.67	-1.9
613,522	-		Sama_0498	0.68	-0.5
613,560	+		Sama_0498	0.72	-0.4
613,601	-		Sama_0498	0.76	-1.1
613,601	-		Sama_0498	0.76	-1.1
613,601	-		Sama_0498	0.76	+0.4
613,601	-		Sama_0498	0.76	+0.3
613,647	-		Sama_0498	0.81	-2.2
613,673	+		Sama_0498	0.83	-1.1
613,674	-		Sama_0498	0.83	-0.7
613,718	+		Sama_0498	0.88	-0.9
613,719	-		Sama_0498	0.88	+7.0
613,719	-		Sama_0498	0.88	-0.9
613,742	+				-1.3
613,742	+				-1.9
613,743	-				-1.8
613,743	-				-0.4
613,743	-				-1.6
613,789	+				+1.1
613,789	+				-0.6
613,789	+				-2.5
613,789	+				+2.6
613,789	+				+0.1
613,790	-				+0.3
613,803	+				-0.9
613,803	+				-1.9
613,803	+				+0.3
613,804	-				+1.0
613,807	-				+2.3
613,807	-				+0.5
613,807	-				-2.0
613,949	+		Sama_0499	0.20	-1.0
613,950	-		Sama_0499	0.20	+1.3
613,965	-		Sama_0499	0.22	-0.9
613,965	-		Sama_0499	0.22	+1.9
613,965	-		Sama_0499	0.22	+1.0
613,976	+		Sama_0499	0.24	-2.8
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.5
613,976	+		Sama_0499	0.24	+0.5
613,976	+		Sama_0499	0.24	+0.4
613,977	-		Sama_0499	0.24	+3.3
613,977	-		Sama_0499	0.24	-0.4
613,977	-		Sama_0499	0.24	+1.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.5
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.8
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.6
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	+2.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	+1.8
613,979	-		Sama_0499	0.25	+2.5
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.1
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.3
613,979	-		Sama_0499	0.25	-2.3
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-1.3
613,979	-		Sama_0499	0.25	+2.2
614,031	+		Sama_0499	0.33	-0.6
614,031	+		Sama_0499	0.33	-0.3
614,032	-		Sama_0499	0.33	-1.8
614,122	+		Sama_0499	0.48	-1.9
614,135	+		Sama_0499	0.50	-0.3
614,135	+		Sama_0499	0.50	-1.3
614,135	+		Sama_0499	0.50	-0.6
614,136	-		Sama_0499	0.50	-1.5
614,188	+		Sama_0499	0.59	+1.8
614,188	+		Sama_0499	0.59	-0.6
614,188	+		Sama_0499	0.59	+0.1
614,189	-		Sama_0499	0.59	-1.8
614,189	-		Sama_0499	0.59	-0.9
614,191	+		Sama_0499	0.59	-1.5
614,191	+		Sama_0499	0.59	+0.6
614,192	-		Sama_0499	0.59	-0.9
614,192	-		Sama_0499	0.59	-2.4
614,192	-		Sama_0499	0.59	+1.5
614,192	-		Sama_0499	0.59	+0.7
614,192	-		Sama_0499	0.59	-1.7
614,279	-		Sama_0499	0.73	-0.5
614,279	-		Sama_0499	0.73	+1.8
614,279	-		Sama_0499	0.73	-0.8
614,279	-		Sama_0499	0.73	+3.2
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.1
614,283	+		Sama_0499	0.74	-2.7
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.4
614,283	+		Sama_0499	0.74	+2.5
614,283	+		Sama_0499	0.74	+3.4
614,283	+		Sama_0499	0.74	+1.8
614,283	+		Sama_0499	0.74	+2.0
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.1
614,284	-		Sama_0499	0.74	+1.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.9
614,284	-		Sama_0499	0.74	+0.7
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.8
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.4
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.4
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.8
614,295	+		Sama_0499	0.76	-1.5
614,295	+		Sama_0499	0.76	-0.6
614,296	-		Sama_0499	0.76	-1.3
614,296	-		Sama_0499	0.76	-2.5
614,308	+		Sama_0499	0.78	+2.0
614,309	-		Sama_0499	0.78	+0.6
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.8
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.3
614,347	-		Sama_0499	0.85	+2.3
614,370	+		Sama_0499	0.88	-0.9
614,370	+		Sama_0499	0.88	-2.0
614,396	-				+1.1
614,396	-				+1.0
614,439	+				-1.2
614,440	-				-2.2
614,492	+		Sama_0500	0.23	+0.3
614,492	+		Sama_0500	0.23	+0.1
614,492	+		Sama_0500	0.23	-1.2
614,492	+		Sama_0500	0.23	-2.0
614,493	-		Sama_0500	0.24	+1.3
614,493	-		Sama_0500	0.24	-1.9
614,493	-		Sama_0500	0.24	-0.7
614,493	-		Sama_0500	0.24	-1.3
614,566	+		Sama_0500	0.45	+0.2
614,566	+		Sama_0500	0.45	-0.6
614,578	+		Sama_0500	0.49	-2.0
614,578	+		Sama_0500	0.49	+1.7
614,579	-		Sama_0500	0.49	+0.2
614,579	-		Sama_0500	0.49	+1.5
614,579	-		Sama_0500	0.49	+1.7
614,579	-		Sama_0500	0.49	-1.0
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.4
614,609	+		Sama_0500	0.58	+0.4
614,610	-		Sama_0500	0.58	-0.6
614,610	-		Sama_0500	0.58	-0.6
614,610	-		Sama_0500	0.58	-1.1
614,613	+		Sama_0500	0.59	-1.7
614,613	+		Sama_0500	0.59	+0.1
614,614	-		Sama_0500	0.59	-0.3
614,650	+		Sama_0500	0.70	+4.2
614,650	+		Sama_0500	0.70	+2.2
614,650	+		Sama_0500	0.70	-1.1
614,651	-		Sama_0500	0.70	-1.2
614,656	+		Sama_0500	0.72	-0.7
614,656	+		Sama_0500	0.72	-0.6
614,656	+		Sama_0500	0.72	-1.6
614,657	-		Sama_0500	0.72	+0.1
614,657	-		Sama_0500	0.72	+0.9
614,710	+		Sama_0500	0.88	-2.5
614,710	+		Sama_0500	0.88	-1.5
614,711	-		Sama_0500	0.88	-2.6
614,711	-		Sama_0500	0.88	+0.4
614,721	+				-0.1
614,721	+				-0.0
614,721	+				-1.8
614,722	-				-1.8
614,722	-				+1.6
614,722	-				-0.6
614,722	-				-1.2
614,722	-				+0.4
614,722	-				+3.0
614,729	-				-0.8
614,745	+				-1.2
614,778	+				+1.8
614,778	+				-0.6
614,778	+				-0.3
614,778	+				-0.7
614,778	+				-1.1
614,779	-				-2.2
614,779	-				+1.1
614,779	-				+2.7
614,779	-				-0.1
614,779	-				-1.1
614,779	-				+0.1
614,821	+				+2.0
614,821	+				-1.8
614,821	+				-1.8
614,821	+				+1.4
614,821	+				-1.0
614,821	+				-0.3
614,822	-				-1.1
614,822	-				-1.1
614,822	-				+0.9
614,822	-				+1.1
614,822	-				+0.2
614,822	-				-0.3
614,831	+				-2.2
614,832	-				-1.3
614,850	+				-1.2
614,850	+				-2.0
614,850	+				-1.8
614,851	-				-0.1
614,853	+				-0.5
614,854	-				-0.5
614,878	+				+1.3
615,008	+		Sama_0501	0.29	+0.9
615,008	+		Sama_0501	0.29	+1.3
615,008	+		Sama_0501	0.29	-1.1
615,009	-		Sama_0501	0.29	+4.0
615,018	+		Sama_0501	0.31	+1.2
615,018	+		Sama_0501	0.31	+1.6
615,018	+		Sama_0501	0.31	-1.2
615,018	+		Sama_0501	0.31	+0.4
615,052	-		Sama_0501	0.36	-0.9
615,078	+		Sama_0501	0.41	+0.7
615,160	-		Sama_0501	0.55	-0.1
615,218	-		Sama_0501	0.64	-1.8
615,232	+		Sama_0501	0.67	+0.9
615,233	-		Sama_0501	0.67	+0.9
615,239	+		Sama_0501	0.68	+0.3
615,239	+		Sama_0501	0.68	+0.8
615,239	+		Sama_0501	0.68	-0.5
615,240	-		Sama_0501	0.68	+0.3
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.1
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	+2.2
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.1
615,299	+		Sama_0501	0.78	+1.1
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.1
615,299	+		Sama_0501	0.78	+1.2
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	-2.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.3
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.8
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.8
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.2
615,299	+		Sama_0501	0.78	+1.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.6
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.3
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.2
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.3
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	-2.3
615,300	-		Sama_0501	0.78	+2.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.6
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.2
615,300	-		Sama_0501	0.78	+0.5
615,300	-		Sama_0501	0.78	+0.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	+0.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.7
615,300	-		Sama_0501	0.78	+5.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.5
615,412	+				-1.8
615,412	+				-1.8
615,412	+				+2.7
615,413	-				+1.8
615,413	-				-1.5
615,413	-				+2.6
615,434	+				+2.3
615,434	+				-1.5
615,434	+				-1.3
615,435	-				-0.6
615,435	-				-1.3
615,522	+				-0.8
615,522	+				-1.6
615,540	-				+1.1
615,594	+				-1.2
615,594	+				-1.0
615,594	+				-1.2
615,595	-				-1.9
615,595	-				-0.3
615,621	-				+0.9
615,621	-				-1.0
615,636	-				-0.1
615,636	-				-0.1
615,664	-				+1.0
615,664	-				+2.3
615,725	-		Sama_0502	0.11	+1.0
615,725	-		Sama_0502	0.11	+5.3
615,725	-		Sama_0502	0.11	+1.5
615,743	+		Sama_0502	0.12	-0.0
615,744	-		Sama_0502	0.12	-1.0
615,744	-		Sama_0502	0.12	-1.3