Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0002

Experiment: D-Cycloserine 0.03125 mg/ml

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	D-Cycloserine 0.03125 mg/ml
3	+				+0.6
30	+				+0.9
31	-				+0.0
31	-				+0.6
136	+		Sama_0001	0.15	-1.4
136	+		Sama_0001	0.15	-0.8
137	-		Sama_0001	0.15	-0.5
137	-		Sama_0001	0.15	-0.4
153	+		Sama_0001	0.19	-0.2
187	+		Sama_0001	0.27	-2.5
187	+		Sama_0001	0.27	-1.2
227	+		Sama_0001	0.36	-1.2
227	+		Sama_0001	0.36	-1.4
228	-		Sama_0001	0.36	-1.2
262	+		Sama_0001	0.44	-0.8
263	-		Sama_0001	0.44	-1.5
263	-		Sama_0001	0.44	-1.2
353	-		Sama_0001	0.64	-1.2
353	-		Sama_0001	0.64	+1.8
359	-		Sama_0001	0.66	-2.5
376	-		Sama_0001	0.69	-0.5
437	-		Sama_0001	0.83	-1.8
437	-		Sama_0001	0.83	+1.2
461	+		Sama_0001	0.89	-2.4
461	+		Sama_0001	0.89	-1.5
462	-		Sama_0001	0.89	-0.5
462	-		Sama_0001	0.89	-2.2
462	-		Sama_0001	0.89	-1.2
462	-		Sama_0001	0.89	-0.5
514	+				-1.8
514	+				-1.9
514	+				-2.3
514	+				-0.8
514	+				-1.5
515	-				-0.1
515	-				-0.1
515	-				-0.8
515	-				-0.2
597	+				-0.2
597	+				-0.3
597	+				-0.7
597	+				+0.7
597	+				-1.2
597	+				+0.7
597	+				+0.2
598	-				-0.2
598	-				-1.4
598	-				+1.2
598	-				-0.2
598	-				-2.1
601	+				-1.7
601	+				-0.0
602	-				-1.6
602	-				-1.2
602	-				+1.2
602	-				-0.4
609	+				-0.9
609	+				-2.7
609	+				+0.5
609	+				-0.8
609	+				+1.0
610	-				-0.2
610	-				-2.4
610	-				-0.3
610	-				-0.1
610	-				-1.4
610	-				-0.9
610	-				-2.0
610	-				-1.3
656	+				+0.2
656	+				+0.4
712	+				+0.0
712	+				-0.9
712	+				+0.2
712	+				-0.5
713	-				-1.6
754	+		Sama_0002	0.11	+0.6
754	+		Sama_0002	0.11	-0.8
755	-		Sama_0002	0.11	+0.4
755	-		Sama_0002	0.11	-0.1
783	-		Sama_0002	0.14	+0.7
851	+		Sama_0002	0.21	-1.2
852	-		Sama_0002	0.21	+0.0
852	-		Sama_0002	0.21	-1.0
868	+		Sama_0002	0.23	-1.2
869	-		Sama_0002	0.23	-0.2
920	+		Sama_0002	0.29	+1.1
921	-		Sama_0002	0.29	+0.3
955	+		Sama_0002	0.33	-0.5
955	+		Sama_0002	0.33	+0.4
955	+		Sama_0002	0.33	-0.8
955	+		Sama_0002	0.33	+1.0
956	-		Sama_0002	0.33	+1.2
956	-		Sama_0002	0.33	-0.4
956	-		Sama_0002	0.33	+0.7
956	-		Sama_0002	0.33	-0.6
956	-		Sama_0002	0.33	-1.0
956	-		Sama_0002	0.33	-0.1
956	-		Sama_0002	0.33	-0.9
961	+		Sama_0002	0.33	-1.0
983	+		Sama_0002	0.36	-0.6
1,019	+		Sama_0002	0.40	-1.6
1,028	+		Sama_0002	0.41	-0.3
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.2
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.4
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.2
1,029	-		Sama_0002	0.41	+0.6
1,029	-		Sama_0002	0.41	-1.1
1,029	-		Sama_0002	0.41	-1.1
1,062	+		Sama_0002	0.44	+0.5
1,062	+		Sama_0002	0.44	-3.1
1,063	-		Sama_0002	0.44	-0.4
1,063	-		Sama_0002	0.44	+0.1
1,115	-		Sama_0002	0.50	-1.5
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.5
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.0
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.8
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.2
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.4
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.2
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.4
1,164	+		Sama_0002	0.55	-2.3
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.7
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.9
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.5
1,165	-		Sama_0002	0.56	-2.0
1,165	-		Sama_0002	0.56	+0.8
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.1
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.8
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	+1.1
1,186	+		Sama_0002	0.58	-1.0
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	-2.7
1,187	-		Sama_0002	0.58	-1.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	+0.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	+0.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.2
1,200	-		Sama_0002	0.59	-0.8
1,200	-		Sama_0002	0.59	+0.0
1,273	+		Sama_0002	0.67	+1.2
1,273	+		Sama_0002	0.67	-0.5
1,274	-		Sama_0002	0.67	+0.8
1,274	-		Sama_0002	0.67	-0.5
1,274	-		Sama_0002	0.67	-0.8
1,313	+		Sama_0002	0.72	-0.9
1,313	+		Sama_0002	0.72	+0.8
1,314	-		Sama_0002	0.72	-0.6
1,384	+		Sama_0002	0.79	-1.2
1,384	+		Sama_0002	0.79	-0.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.5
1,403	+		Sama_0002	0.82	-1.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	-3.5
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.7
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.6
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.9
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.4
1,418	+		Sama_0002	0.83	+0.5
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.5
1,419	-		Sama_0002	0.83	+1.2
1,419	-		Sama_0002	0.83	-1.4
1,441	-		Sama_0002	0.86	-0.9
1,450	+		Sama_0002	0.87	-1.0
1,450	+		Sama_0002	0.87	-0.8
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.0
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.2
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.2
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.0
1,451	-		Sama_0002	0.87	-1.5
1,505	+				+0.5
1,505	+				-0.9
1,505	+				+0.4
1,505	+				+0.2
1,506	-				-2.0
1,523	+				-0.4
1,523	+				-0.9
1,524	-				+0.1
1,524	-				-1.2
1,524	-				+0.7
1,524	-				-0.4
1,524	-				-0.3
1,586	+				-0.4
1,586	+				+0.1
1,586	+				+0.9
1,586	+				+0.6
1,586	+				+0.0
1,586	+				+0.2
1,587	-				-3.0
1,587	-				+1.4
1,587	-				-1.8
1,587	-				-0.4
1,589	+				+0.8
1,589	+				-1.6
1,589	+				+1.1
1,590	-				-0.4
1,590	-				+0.6
1,590	-				-2.0
1,590	-				-1.5
1,590	-				-1.6
1,602	-				-0.3
1,602	-				-0.2
1,685	-		Sama_0003	0.19	-0.7
1,685	-		Sama_0003	0.19	-1.4
1,685	-		Sama_0003	0.19	+0.6
1,725	+		Sama_0003	0.24	-0.8
1,763	+		Sama_0003	0.28	+2.0
1,763	+		Sama_0003	0.28	+0.2
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	+1.6
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.8
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.2
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.6
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.5
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.7
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.7
1,797	-		Sama_0003	0.33	-1.1
1,797	-		Sama_0003	0.33	-0.1
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.3
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.1
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.6
1,840	-		Sama_0003	0.38	+0.2
1,845	+		Sama_0003	0.38	-1.7
1,845	+		Sama_0003	0.38	-1.2
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.6
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.2
1,894	+		Sama_0003	0.44	-0.0
1,894	+		Sama_0003	0.44	-1.7
1,895	-		Sama_0003	0.44	+0.1
1,997	+		Sama_0003	0.56	+1.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	+1.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.6
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.8
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.7
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.8
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.1
1,998	-		Sama_0003	0.56	+1.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.9
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.1
2,003	+		Sama_0003	0.57	+1.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.1
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.1
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.1
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.2
2,004	-		Sama_0003	0.57	-0.1
2,004	-		Sama_0003	0.57	+0.1
2,004	-		Sama_0003	0.57	-2.3
2,020	-		Sama_0003	0.59	-0.7
2,048	+		Sama_0003	0.62	+1.6
2,048	+		Sama_0003	0.62	+0.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	-0.8
2,222	+		Sama_0003	0.83	+1.4
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.4
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.5
2,234	-		Sama_0003	0.84	-1.1
2,312	+				-0.4
2,312	+				-2.5
2,312	+				-0.8
2,312	+				-1.9
2,312	+				-0.1
2,312	+				-1.3
2,312	+				+1.8
2,313	-				-0.9
2,313	-				-1.5
2,313	-				+0.5
2,313	-				+0.2
2,313	-				+0.1
2,313	-				-0.1
2,313	-				+1.1
2,313	-				+1.1
2,313	-				-0.0
2,354	-				+0.5
2,354	-				+0.6
2,354	-				-0.0
2,354	-				-0.3
2,377	+				-0.2
2,378	+				-0.9
2,378	+				-1.6
2,379	-				-0.1
2,379	-				+2.5
2,379	-				-0.5
2,379	-				-2.5
2,379	-				-0.3
2,382	+				-2.3
2,382	+				-0.2
2,383	-				+0.4
2,383	-				+1.1
2,383	-				-0.3
2,390	+				+0.2
2,475	+				-0.8
2,475	+				-0.7
2,476	-				-0.4
2,476	-				-1.6
2,476	-				+0.9
2,476	-				+2.0
2,507	+		Sama_0004	0.11	+0.2
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.8
2,508	-		Sama_0004	0.12	+0.2
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.2
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.6
2,520	+		Sama_0004	0.13	+0.8
2,520	+		Sama_0004	0.13	-1.1
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.8
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.6
2,521	-		Sama_0004	0.13	+0.7
2,546	-		Sama_0004	0.15	-1.3