Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0498

Experiment: A22 0.0109375 mg/ml

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	A22 0.0109375 mg/ml
611,951	+		Sama_0497	0.40	+0.5
611,952	-		Sama_0497	0.41	-0.1
611,952	-		Sama_0497	0.41	-0.6
612,007	+		Sama_0497	0.44	-1.1
612,007	+		Sama_0497	0.44	+0.9
612,007	+		Sama_0497	0.44	-1.2
612,007	+		Sama_0497	0.44	-3.0
612,007	+		Sama_0497	0.44	-2.0
612,008	-		Sama_0497	0.44	-2.0
612,008	-		Sama_0497	0.44	-2.7
612,055	-		Sama_0497	0.48	-1.1
612,055	-		Sama_0497	0.48	+0.0
612,096	+		Sama_0497	0.50	-1.2
612,096	+		Sama_0497	0.50	-1.0
612,142	+		Sama_0497	0.54	+1.4
612,142	+		Sama_0497	0.54	-0.4
612,142	+		Sama_0497	0.54	+0.2
612,143	-		Sama_0497	0.54	-0.2
612,143	-		Sama_0497	0.54	-0.3
612,143	-		Sama_0497	0.54	-1.1
612,143	-		Sama_0497	0.54	+0.1
612,143	-		Sama_0497	0.54	-0.1
612,143	-		Sama_0497	0.54	-0.5
612,222	+		Sama_0497	0.59	-1.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.3
612,232	+		Sama_0497	0.60	-2.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.4
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.4
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.4
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.7
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.8
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.3
612,232	+		Sama_0497	0.60	-2.0
612,232	+		Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.1
612,232	+		Sama_0497	0.60	-1.2
612,232	+		Sama_0497	0.60	-0.4
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.7
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.2
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.6
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.7
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.0
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.0
612,233	-		Sama_0497	0.60	+0.8
612,233	-		Sama_0497	0.60	-1.2
612,233	-		Sama_0497	0.60	-2.4
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.2
612,233	-		Sama_0497	0.60	-0.3
612,233	-		Sama_0497	0.60	-1.8
612,234	+		Sama_0497	0.60	-1.9
612,234	+		Sama_0497	0.60	+0.7
612,235	-		Sama_0497	0.60	+0.3
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.8
612,235	-		Sama_0497	0.60	-1.0
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.1
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.4
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.0
612,235	-		Sama_0497	0.60	-0.5
612,236	+		Sama_0497	0.60	-0.8
612,236	+		Sama_0497	0.60	+0.0
612,237	-		Sama_0497	0.60	+0.2
612,237	-		Sama_0497	0.60	-3.2
612,237	-		Sama_0497	0.60	-1.0
612,237	-		Sama_0497	0.60	-0.2
612,324	+		Sama_0497	0.66	+0.2
612,325	-		Sama_0497	0.66	+0.0
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.1
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.3
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.9
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.7
612,362	+		Sama_0497	0.69	-0.8
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.6
612,362	+		Sama_0497	0.69	-1.6
612,362	+		Sama_0497	0.69	+0.5
612,363	-		Sama_0497	0.69	+1.1
612,363	-		Sama_0497	0.69	-0.3
612,363	-		Sama_0497	0.69	-1.2
612,381	+		Sama_0497	0.70	-0.7
612,381	+		Sama_0497	0.70	+0.8
612,382	-		Sama_0497	0.70	+1.2
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.7
612,397	-		Sama_0497	0.71	-1.1
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.4
612,397	-		Sama_0497	0.71	+0.6
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.6
612,397	-		Sama_0497	0.71	+0.9
612,397	-		Sama_0497	0.71	+0.5
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.3
612,397	-		Sama_0497	0.71	-1.2
612,397	-		Sama_0497	0.71	-2.0
612,397	-		Sama_0497	0.71	-0.8
612,397	-		Sama_0497	0.71	-1.5
612,465	+		Sama_0497	0.76	-1.1
612,465	+		Sama_0497	0.76	-1.1
612,465	+		Sama_0497	0.76	+0.4
612,466	-		Sama_0497	0.76	-1.8
612,466	-		Sama_0497	0.76	+0.3
612,466	-		Sama_0497	0.76	-1.1
612,466	-		Sama_0497	0.76	-0.2
612,519	-		Sama_0497	0.80	+0.4
612,522	+		Sama_0497	0.80	+0.9
612,522	+		Sama_0497	0.80	+0.3
612,522	+		Sama_0497	0.80	-1.4
612,522	+		Sama_0497	0.80	-0.9
612,522	+		Sama_0497	0.80	-1.2
612,523	-		Sama_0497	0.80	+0.3
612,523	-		Sama_0497	0.80	-0.4
612,523	-		Sama_0497	0.80	-0.6
612,523	-		Sama_0497	0.80	-0.6
612,523	-		Sama_0497	0.80	+2.1
612,523	-		Sama_0497	0.80	+1.0
612,564	+		Sama_0497	0.83	-1.0
612,565	-		Sama_0497	0.83	-1.6
612,571	-		Sama_0497	0.83	-0.6
612,623	-		Sama_0497	0.87	+0.7
612,623	-		Sama_0497	0.87	+1.3
612,746	-				+1.1
612,773	+				-0.0
612,773	+				-0.1
612,774	-				+0.3
612,793	+				-0.7
612,793	+				-1.7
612,793	+				-1.4
612,793	+				+1.2
612,793	+				-0.7
612,793	+				+0.7
612,793	+				+0.9
612,793	+				-0.6
612,793	+				+1.0
612,793	+				-1.3
612,794	-				+0.5
612,794	-				-1.1
612,794	-				+0.1
612,794	-				+0.1
612,794	-				-0.7
612,794	-				+0.7
612,794	-				-0.1
612,794	-				-0.1
612,909	+				-0.3
612,909	+				-0.9
612,909	+				-0.6
612,913	+				-0.0
612,913	+				+1.1
612,913	+				-1.2
612,913	+				-1.2
612,914	-				-0.9
612,978	+		Sama_0498	0.10	-0.2
612,979	-		Sama_0498	0.10	-0.5
612,979	-		Sama_0498	0.10	-0.2
612,979	-		Sama_0498	0.10	-2.1
612,979	-		Sama_0498	0.10	-2.4
612,990	+		Sama_0498	0.12	-1.2
612,991	-		Sama_0498	0.12	+0.2
613,116	+		Sama_0498	0.25	+0.5
613,116	+		Sama_0498	0.25	-0.7
613,116	+		Sama_0498	0.25	-0.3
613,116	+		Sama_0498	0.25	-1.2
613,116	+		Sama_0498	0.25	-3.2
613,117	-		Sama_0498	0.25	+0.2
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.2
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.0
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.4
613,135	+		Sama_0498	0.27	-0.7
613,135	+		Sama_0498	0.27	+0.1
613,136	-		Sama_0498	0.27	+0.8
613,136	-		Sama_0498	0.27	-0.7
613,150	+		Sama_0498	0.28	-0.2
613,162	+		Sama_0498	0.30	+0.9
613,162	+		Sama_0498	0.30	+0.2
613,162	+		Sama_0498	0.30	-0.5
613,162	+		Sama_0498	0.30	-0.7
613,162	+		Sama_0498	0.30	-1.0
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.5
613,297	+		Sama_0498	0.44	-1.2
613,297	+		Sama_0498	0.44	-1.5
613,297	+		Sama_0498	0.44	+0.7
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.1
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.2
613,297	+		Sama_0498	0.44	-0.5
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.4
613,298	-		Sama_0498	0.44	-1.1
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.5
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.9
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.4
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.7
613,298	-		Sama_0498	0.44	-1.1
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.1
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.3
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.4
613,298	-		Sama_0498	0.44	+0.2
613,298	-		Sama_0498	0.44	-0.1
613,319	+		Sama_0498	0.46	+0.5
613,319	+		Sama_0498	0.46	-0.7
613,319	+		Sama_0498	0.46	-0.8
613,364	+		Sama_0498	0.51	-0.9
613,364	+		Sama_0498	0.51	-0.4
613,364	+		Sama_0498	0.51	-0.2
613,364	+		Sama_0498	0.51	+0.5
613,365	-		Sama_0498	0.51	-0.4
613,365	-		Sama_0498	0.51	-0.2
613,365	-		Sama_0498	0.51	+0.6
613,365	-		Sama_0498	0.51	-0.5
613,396	+		Sama_0498	0.54	+0.5
613,396	+		Sama_0498	0.54	+0.0
613,396	+		Sama_0498	0.54	+0.4
613,396	+		Sama_0498	0.54	+0.4
613,397	-		Sama_0498	0.54	-0.5
613,456	-		Sama_0498	0.61	-0.1
613,456	-		Sama_0498	0.61	+0.9
613,459	+		Sama_0498	0.61	-0.6
613,459	+		Sama_0498	0.61	-1.4
613,459	+		Sama_0498	0.61	+0.1
613,459	+		Sama_0498	0.61	+0.0
613,460	-		Sama_0498	0.61	-0.4
613,460	-		Sama_0498	0.61	-0.1
613,460	-		Sama_0498	0.61	-1.6
613,475	+		Sama_0498	0.63	+0.5
613,475	+		Sama_0498	0.63	-0.8
613,476	-		Sama_0498	0.63	+1.5
613,476	-		Sama_0498	0.63	-0.2
613,476	-		Sama_0498	0.63	-0.5
613,476	-		Sama_0498	0.63	-1.1
613,521	+		Sama_0498	0.67	-0.7
613,521	+		Sama_0498	0.67	-1.9
613,522	-		Sama_0498	0.68	+1.2
613,560	+		Sama_0498	0.72	-1.7
613,601	-		Sama_0498	0.76	-0.5
613,601	-		Sama_0498	0.76	-1.5
613,601	-		Sama_0498	0.76	+0.7
613,601	-		Sama_0498	0.76	-1.0
613,647	-		Sama_0498	0.81	-0.7
613,673	+		Sama_0498	0.83	+1.0
613,674	-		Sama_0498	0.83	-1.0
613,718	+		Sama_0498	0.88	-0.3
613,719	-		Sama_0498	0.88	-1.2
613,719	-		Sama_0498	0.88	-0.7
613,742	+				+0.5
613,742	+				+0.1
613,743	-				+0.4
613,743	-				+0.1
613,743	-				-1.2
613,789	+				-1.1
613,789	+				-0.6
613,789	+				-0.1
613,789	+				-1.6
613,789	+				+0.2
613,790	-				+0.2
613,803	+				-0.3
613,803	+				+0.9
613,803	+				+0.2
613,804	-				+0.1
613,807	-				+0.4
613,807	-				-0.7
613,807	-				-0.6
613,949	+		Sama_0499	0.20	+0.2
613,950	-		Sama_0499	0.20	-0.9
613,965	-		Sama_0499	0.22	-0.3
613,965	-		Sama_0499	0.22	+0.0
613,965	-		Sama_0499	0.22	+0.1
613,976	+		Sama_0499	0.24	+0.4
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.8
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.2
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.8
613,977	-		Sama_0499	0.24	-0.4
613,977	-		Sama_0499	0.24	-1.6
613,977	-		Sama_0499	0.24	-0.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.5
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.5
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.5
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.5
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.3
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-2.0
613,979	-		Sama_0499	0.25	+0.3
613,979	-		Sama_0499	0.25	+0.2
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.5
613,979	-		Sama_0499	0.25	+0.1
613,979	-		Sama_0499	0.25	-1.1
613,979	-		Sama_0499	0.25	-1.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.9
614,031	+		Sama_0499	0.33	+0.1
614,031	+		Sama_0499	0.33	-0.4
614,032	-		Sama_0499	0.33	-0.1
614,122	+		Sama_0499	0.48	+0.1
614,135	+		Sama_0499	0.50	+1.0
614,135	+		Sama_0499	0.50	+0.2
614,135	+		Sama_0499	0.50	+1.5
614,136	-		Sama_0499	0.50	-0.5
614,188	+		Sama_0499	0.59	-1.0
614,188	+		Sama_0499	0.59	+2.1
614,188	+		Sama_0499	0.59	+0.8
614,189	-		Sama_0499	0.59	+0.5
614,189	-		Sama_0499	0.59	-1.1
614,191	+		Sama_0499	0.59	+0.2
614,191	+		Sama_0499	0.59	-0.9
614,192	-		Sama_0499	0.59	-0.2
614,192	-		Sama_0499	0.59	-0.1
614,192	-		Sama_0499	0.59	-1.2
614,192	-		Sama_0499	0.59	+0.1
614,192	-		Sama_0499	0.59	+0.3
614,279	-		Sama_0499	0.73	-1.1
614,279	-		Sama_0499	0.73	-0.6
614,279	-		Sama_0499	0.73	-0.4
614,279	-		Sama_0499	0.73	+0.2
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.3
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.2
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.4
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.1
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.5
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.8
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.2
614,284	-		Sama_0499	0.74	+1.0
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	+0.1
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.4
614,284	-		Sama_0499	0.74	+0.1
614,284	-		Sama_0499	0.74	-2.2
614,284	-		Sama_0499	0.74	+0.0
614,295	+		Sama_0499	0.76	+0.3
614,295	+		Sama_0499	0.76	+1.1
614,296	-		Sama_0499	0.76	-2.7
614,296	-		Sama_0499	0.76	-0.7
614,308	+		Sama_0499	0.78	-1.6
614,309	-		Sama_0499	0.78	-1.6
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.9
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.1
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.8
614,370	+		Sama_0499	0.88	-0.4
614,370	+		Sama_0499	0.88	+0.5
614,396	-				-0.7
614,396	-				+0.1
614,439	+				-1.0
614,440	-				+0.8
614,492	+		Sama_0500	0.23	-1.4
614,492	+		Sama_0500	0.23	+0.1
614,492	+		Sama_0500	0.23	-0.9
614,492	+		Sama_0500	0.23	-0.4
614,493	-		Sama_0500	0.24	-0.1
614,493	-		Sama_0500	0.24	+0.6
614,493	-		Sama_0500	0.24	+0.6
614,493	-		Sama_0500	0.24	-1.7
614,566	+		Sama_0500	0.45	-0.0
614,566	+		Sama_0500	0.45	-0.7
614,578	+		Sama_0500	0.49	-0.5
614,578	+		Sama_0500	0.49	-0.2
614,579	-		Sama_0500	0.49	+0.0
614,579	-		Sama_0500	0.49	-1.0
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.2
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.7
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.2
614,609	+		Sama_0500	0.58	-0.1
614,610	-		Sama_0500	0.58	-0.9
614,610	-		Sama_0500	0.58	-1.2
614,610	-		Sama_0500	0.58	-1.2
614,613	+		Sama_0500	0.59	+0.2
614,613	+		Sama_0500	0.59	-0.0
614,614	-		Sama_0500	0.59	-0.9
614,650	+		Sama_0500	0.70	+0.3
614,650	+		Sama_0500	0.70	-0.7
614,650	+		Sama_0500	0.70	-0.5
614,651	-		Sama_0500	0.70	+0.6
614,656	+		Sama_0500	0.72	-0.9
614,656	+		Sama_0500	0.72	+0.3
614,656	+		Sama_0500	0.72	+1.7
614,657	-		Sama_0500	0.72	+0.1
614,657	-		Sama_0500	0.72	-1.7
614,710	+		Sama_0500	0.88	-1.5
614,710	+		Sama_0500	0.88	-0.9
614,711	-		Sama_0500	0.88	-0.0
614,711	-		Sama_0500	0.88	+0.1
614,721	+				+0.5
614,721	+				-1.6
614,721	+				+1.8
614,722	-				-1.4
614,722	-				-0.9
614,722	-				-1.5
614,722	-				+0.8
614,722	-				+0.3
614,722	-				-0.9
614,729	-				-0.3
614,745	+				-0.6
614,778	+				-0.9
614,778	+				+0.8
614,778	+				-0.9
614,778	+				+0.4
614,778	+				-1.0
614,779	-				-1.2
614,779	-				-0.1
614,779	-				+0.2
614,779	-				+0.7
614,779	-				-1.1
614,779	-				-0.7
614,821	+				-0.6
614,821	+				-1.2
614,821	+				+0.2
614,821	+				+0.9
614,821	+				+0.1
614,821	+				-1.0
614,822	-				-1.9
614,822	-				-0.3
614,822	-				-0.8
614,822	-				-0.1
614,822	-				+0.9
614,822	-				+0.5