Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0428

Experiment: Paraquat dichloride 0.03125 mg/ml

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Paraquat dichloride 0.03125 mg/ml
524,189	-				+1.7
524,189	-				+1.0
524,189	-				+0.4
524,189	-				-0.3
524,189	-				+0.6
524,191	-				-0.6
524,191	-				-1.2
524,196	+				-1.5
524,197	-				+0.2
524,197	-				-0.3
524,197	-				-1.9
524,242	+				-0.9
524,242	+				+0.8
524,242	+				-0.1
524,243	-				+1.2
524,243	-				-1.1
524,322	+		Sama_0427	0.15	+1.5
524,322	+		Sama_0427	0.15	+0.7
524,322	+		Sama_0427	0.15	-1.0
524,322	+		Sama_0427	0.15	-0.5
524,322	+		Sama_0427	0.15	-1.6
524,322	+		Sama_0427	0.15	-0.3
524,322	+		Sama_0427	0.15	-1.6
524,322	+		Sama_0427	0.15	-0.6
524,322	+		Sama_0427	0.15	-0.9
524,323	-		Sama_0427	0.15	+1.1
524,323	-		Sama_0427	0.15	+0.4
524,323	-		Sama_0427	0.15	+1.3
524,323	-		Sama_0427	0.15	-0.8
524,323	-		Sama_0427	0.15	+0.7
524,323	-		Sama_0427	0.15	-2.3
524,323	-		Sama_0427	0.15	-0.3
524,323	-		Sama_0427	0.15	-2.4
524,323	-		Sama_0427	0.15	-0.2
524,323	-		Sama_0427	0.15	+0.4
524,469	-		Sama_0427	0.43	-0.0
524,469	-		Sama_0427	0.43	+0.6
524,469	-		Sama_0427	0.43	-0.6
524,469	-		Sama_0427	0.43	-1.1
524,470	+		Sama_0427	0.43	-0.0
524,471	-		Sama_0427	0.43	+1.4
524,471	-		Sama_0427	0.43	-1.9
524,484	-		Sama_0427	0.46	-1.4
524,668	-		Sama_0427	0.81	-1.3
524,678	+		Sama_0427	0.83	-0.8
524,679	-		Sama_0427	0.83	-1.6
524,679	-		Sama_0427	0.83	-1.5
524,699	+		Sama_0427	0.87	-0.3
524,699	+		Sama_0427	0.87	+0.3
524,700	-		Sama_0427	0.87	-1.5
524,700	-		Sama_0427	0.87	-1.1
524,716	+				-0.2
524,716	+				-0.6
524,716	+				+0.8
524,716	+				-0.1
524,717	-				+1.5
524,726	+				-0.1
524,726	+				-1.9
524,726	+				-0.6
524,726	+				-0.3
524,726	+				-2.8
524,726	+				+0.3
524,726	+				-1.8
524,726	+				+0.1
524,726	+				-1.6
524,726	+				+1.4
524,727	-				-1.0
524,727	-				-0.9
524,727	-				-0.0
524,727	-				+0.2
524,727	-				+1.7
524,727	-				-1.1
524,728	+				+0.4
524,728	+				+0.5
524,728	+				-0.3
524,728	+				+1.2
524,728	+				-0.8
524,728	+				-0.6
524,728	+				-0.3
524,728	+				+1.1
524,729	-				+0.2
524,729	-				+0.3
524,729	-				-0.5
524,729	-				-1.9
524,729	-				+1.4
524,729	-				-0.2
524,729	-				-2.0
524,729	-				+0.5
524,766	-				+1.1
524,768	+				+0.2
524,768	+				-1.9
524,768	+				+1.8
524,768	+				+0.7
524,803	+				-0.6
524,916	+				+0.5
524,916	+				-0.6
524,916	+				+0.3
524,916	+				-0.4
524,916	+				+0.1
524,916	+				-0.1
524,916	+				+0.3
524,916	+				+0.5
524,916	+				-2.7
524,916	+				-1.5
524,916	+				-1.4
524,916	+				-0.2
524,917	-				+0.7
524,917	-				-1.9
524,917	-				-2.1
524,917	-				+0.1
524,917	-				+0.4
524,917	-				+0.8
524,917	-				-0.6
524,917	-				+0.4
524,917	-				-2.1
524,967	+				+1.4
524,967	+				-0.9
524,967	+				+1.1
524,967	+				-2.3
524,967	+				+0.4
524,967	+				-0.2
524,967	+				-0.5
524,968	-				-0.5
524,968	-				-0.5
524,968	-				-0.9
524,968	-				-0.1
524,968	-				+1.0
524,980	+				+0.6
524,980	+				-0.9
524,980	+				+0.7
524,980	+				-0.6
524,981	-				+0.7
525,138	+		Sama_0428	0.14	-1.8
525,138	+		Sama_0428	0.14	-0.2
525,138	+		Sama_0428	0.14	+0.1
525,138	+		Sama_0428	0.14	+0.5
525,138	+		Sama_0428	0.14	-1.2
525,138	+		Sama_0428	0.14	-1.6
525,138	+		Sama_0428	0.14	+0.4
525,139	-		Sama_0428	0.14	-0.1
525,139	-		Sama_0428	0.14	-0.0
525,139	-		Sama_0428	0.14	+0.6
525,139	-		Sama_0428	0.14	+0.4
525,156	+		Sama_0428	0.14	+4.0
525,157	-		Sama_0428	0.15	-0.6
525,157	-		Sama_0428	0.15	+0.1
525,157	-		Sama_0428	0.15	-0.3
525,157	-		Sama_0428	0.15	+1.3
525,241	+		Sama_0428	0.18	-0.3
525,241	+		Sama_0428	0.18	-1.9
525,242	-		Sama_0428	0.18	-0.7
525,261	+		Sama_0428	0.19	+0.5
525,276	+		Sama_0428	0.20	-0.2
525,276	+		Sama_0428	0.20	+0.4
525,360	+		Sama_0428	0.23	+0.7
525,361	-		Sama_0428	0.23	-1.1
525,361	-		Sama_0428	0.23	+0.1
525,369	+		Sama_0428	0.24	+0.7
525,390	+		Sama_0428	0.25	-0.2
525,390	+		Sama_0428	0.25	+0.6
525,390	+		Sama_0428	0.25	+0.2
525,390	+		Sama_0428	0.25	-0.5
525,390	+		Sama_0428	0.25	+1.8
525,391	-		Sama_0428	0.25	+0.7
525,391	-		Sama_0428	0.25	-0.1
525,391	-		Sama_0428	0.25	-0.4
525,391	-		Sama_0428	0.25	+0.8
525,394	+		Sama_0428	0.25	-0.5
525,395	-		Sama_0428	0.25	-1.1
525,444	+		Sama_0428	0.27	+0.1
525,445	-		Sama_0428	0.27	+0.3
525,459	+		Sama_0428	0.27	-0.5
525,495	+		Sama_0428	0.29	-0.8
525,495	+		Sama_0428	0.29	+1.0
525,495	+		Sama_0428	0.29	-1.1
525,495	+		Sama_0428	0.29	-1.6
525,495	+		Sama_0428	0.29	-0.7
525,495	+		Sama_0428	0.29	+1.1
525,496	-		Sama_0428	0.29	+1.7
525,496	-		Sama_0428	0.29	-1.9
525,496	-		Sama_0428	0.29	+0.6
525,496	-		Sama_0428	0.29	-1.1
525,496	-		Sama_0428	0.29	+0.7
525,496	-		Sama_0428	0.29	-0.6
525,573	+		Sama_0428	0.32	+1.1
525,573	+		Sama_0428	0.32	-0.1
525,629	+		Sama_0428	0.35	-1.1
525,629	+		Sama_0428	0.35	-0.0
525,704	+		Sama_0428	0.38	-1.8
525,705	-		Sama_0428	0.38	-0.9
525,705	-		Sama_0428	0.38	+1.4
525,720	+		Sama_0428	0.39	-0.7
525,721	-		Sama_0428	0.39	+0.1
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.1
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.1
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.1
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.6
525,765	+		Sama_0428	0.41	-1.6
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.7
525,765	+		Sama_0428	0.41	-2.7
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.3
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.1
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.5
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.8
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.4
525,765	+		Sama_0428	0.41	-1.3
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.8
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.3
525,765	+		Sama_0428	0.41	+0.4
525,765	+		Sama_0428	0.41	-0.6
525,766	-		Sama_0428	0.41	-0.0
525,766	-		Sama_0428	0.41	-0.9
525,766	-		Sama_0428	0.41	+0.2
525,766	-		Sama_0428	0.41	+1.4
525,766	-		Sama_0428	0.41	-1.2
525,766	-		Sama_0428	0.41	+0.6
525,766	-		Sama_0428	0.41	-0.0
525,766	-		Sama_0428	0.41	+0.8
525,766	-		Sama_0428	0.41	-1.3
525,789	+		Sama_0428	0.42	-0.3
525,789	+		Sama_0428	0.42	-1.2
525,790	-		Sama_0428	0.42	+0.1
525,861	+		Sama_0428	0.45	-2.0
525,861	+		Sama_0428	0.45	-1.3
525,861	+		Sama_0428	0.45	-1.5
525,861	+		Sama_0428	0.45	-0.0
525,862	-		Sama_0428	0.45	+0.2
525,862	-		Sama_0428	0.45	-0.1
525,862	-		Sama_0428	0.45	-0.4
525,871	+		Sama_0428	0.45	-0.5
525,871	+		Sama_0428	0.45	+0.7
525,871	+		Sama_0428	0.45	-0.2
525,891	+		Sama_0428	0.46	+0.4
525,891	+		Sama_0428	0.46	+0.1
525,891	+		Sama_0428	0.46	-0.0
525,891	+		Sama_0428	0.46	+0.2
525,892	-		Sama_0428	0.46	-1.3
525,892	-		Sama_0428	0.46	-0.2
525,892	-		Sama_0428	0.46	-1.1
525,892	-		Sama_0428	0.46	-1.0
525,892	-		Sama_0428	0.46	+0.8
525,912	+		Sama_0428	0.47	-0.5
525,912	+		Sama_0428	0.47	+0.2
525,912	+		Sama_0428	0.47	+2.3
525,912	+		Sama_0428	0.47	-2.0
525,912	+		Sama_0428	0.47	+0.2
525,913	-		Sama_0428	0.47	-0.9
525,913	-		Sama_0428	0.47	-3.0
525,913	-		Sama_0428	0.47	-0.5
525,913	-		Sama_0428	0.47	+0.4
525,913	-		Sama_0428	0.47	-0.6
525,915	+		Sama_0428	0.47	+0.8
525,915	+		Sama_0428	0.47	+0.1
525,915	+		Sama_0428	0.47	+0.1
525,915	+		Sama_0428	0.47	+0.3
525,916	-		Sama_0428	0.47	+0.8
525,916	-		Sama_0428	0.47	-0.8
525,916	-		Sama_0428	0.47	+1.0
525,916	-		Sama_0428	0.47	+0.2
525,925	+		Sama_0428	0.48	+0.5
525,925	+		Sama_0428	0.48	-1.4
525,934	+		Sama_0428	0.48	-0.6
525,935	-		Sama_0428	0.48	-2.1
525,935	-		Sama_0428	0.48	-0.2
525,966	+		Sama_0428	0.49	+0.1
525,966	+		Sama_0428	0.49	+1.4
525,966	+		Sama_0428	0.49	-1.2
525,966	+		Sama_0428	0.49	+1.4
525,967	-		Sama_0428	0.49	-0.6
525,967	-		Sama_0428	0.49	+1.2
525,994	+		Sama_0428	0.50	-0.7
525,994	+		Sama_0428	0.50	+0.6
526,078	+		Sama_0428	0.54	+0.7
526,098	+		Sama_0428	0.55	+0.7
526,098	+		Sama_0428	0.55	+0.1
526,099	-		Sama_0428	0.55	+0.2
526,099	-		Sama_0428	0.55	+0.6
526,099	-		Sama_0428	0.55	+0.8
526,151	+		Sama_0428	0.57	-0.2
526,151	+		Sama_0428	0.57	+0.2
526,152	-		Sama_0428	0.57	+0.6
526,152	-		Sama_0428	0.57	-0.9
526,173	+		Sama_0428	0.58	+0.5
526,173	+		Sama_0428	0.58	-3.1
526,173	+		Sama_0428	0.58	-2.3
526,174	-		Sama_0428	0.58	-1.5
526,174	-		Sama_0428	0.58	+0.5
526,174	-		Sama_0428	0.58	-0.2
526,179	+		Sama_0428	0.58	+0.2
526,179	+		Sama_0428	0.58	-0.9
526,179	+		Sama_0428	0.58	-2.4
526,180	-		Sama_0428	0.58	-1.6
526,180	-		Sama_0428	0.58	-0.6
526,180	-		Sama_0428	0.58	+0.9
526,180	-		Sama_0428	0.58	-2.1
526,180	-		Sama_0428	0.58	+0.2
526,180	-		Sama_0428	0.58	+1.4
526,180	-		Sama_0428	0.58	-0.5
526,233	+		Sama_0428	0.61	+1.0
526,234	-		Sama_0428	0.61	+0.9
526,234	-		Sama_0428	0.61	-0.7
526,234	-		Sama_0428	0.61	-0.3
526,245	+		Sama_0428	0.61	+0.9
526,246	-		Sama_0428	0.61	+0.1
526,291	-		Sama_0428	0.63	-1.3
526,302	+		Sama_0428	0.64	+0.1
526,302	+		Sama_0428	0.64	+0.4
526,302	+		Sama_0428	0.64	-1.5
526,302	+		Sama_0428	0.64	+1.0
526,302	+		Sama_0428	0.64	+0.0
526,302	+		Sama_0428	0.64	-1.1
526,302	+		Sama_0428	0.64	-0.2
526,302	+		Sama_0428	0.64	-0.0
526,302	+		Sama_0428	0.64	-1.3
526,302	+		Sama_0428	0.64	+0.0
526,303	-		Sama_0428	0.64	-0.5
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527,400	+				-1.1
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527,500	-		Sama_0429	0.19	-1.5
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527,500	-		Sama_0429	0.19	-2.3
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527,500	-		Sama_0429	0.19	-0.6
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527,556	+		Sama_0429	0.33	-3.3
527,593	+		Sama_0429	0.43	-1.4
527,601	+		Sama_0429	0.45	-3.6
527,601	+		Sama_0429	0.45	-2.2
527,601	+		Sama_0429	0.45	-1.8
527,601	+		Sama_0429	0.45	-1.7
527,602	-		Sama_0429	0.45	-2.9
527,602	-		Sama_0429	0.45	-2.0
527,602	-		Sama_0429	0.45	-2.9
527,605	+		Sama_0429	0.46	-2.3
527,605	+		Sama_0429	0.46	-2.6
527,605	+		Sama_0429	0.46	-2.9
527,606	-		Sama_0429	0.46	-2.9
527,610	-		Sama_0429	0.48	-1.8
527,610	-		Sama_0429	0.48	-1.1
527,644	+		Sama_0429	0.56	-1.3
527,644	+		Sama_0429	0.56	-3.1
527,645	-		Sama_0429	0.57	-1.6
527,645	-		Sama_0429	0.57	+0.1
527,697	+		Sama_0429	0.70	-3.3
527,697	+		Sama_0429	0.70	-3.3
527,698	-		Sama_0429	0.71	-3.1
527,698	-		Sama_0429	0.71	-2.8
527,727	+		Sama_0429	0.78	-3.4
527,727	+		Sama_0429	0.78	-1.5
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527,783	-				-1.1
527,789	+				-0.1
527,789	+				-2.5
527,789	+				-2.5
527,789	+				-1.2
527,790	-				-1.5
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527,830	+				-0.6
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528,134	+				-0.1
528,134	+				+0.5
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