Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0107

Experiment: sodium fluoride 50 mM

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	sodium fluoride 50 mM
119,151	+		Sama_0105	0.77	+1.5
119,151	+		Sama_0105	0.77	+0.1
119,151	+		Sama_0105	0.77	-0.9
119,151	+		Sama_0105	0.77	+0.8
119,151	+		Sama_0105	0.77	+0.7
119,151	+		Sama_0105	0.77	+1.0
119,151	+		Sama_0105	0.77	-0.6
119,152	-		Sama_0105	0.77	+0.7
119,152	-		Sama_0105	0.77	+1.7
119,152	-		Sama_0105	0.77	-2.8
119,152	-		Sama_0105	0.77	+0.1
119,152	-		Sama_0105	0.77	+1.4
119,152	-		Sama_0105	0.77	+1.1
119,152	-		Sama_0105	0.77	-1.4
119,152	-		Sama_0105	0.77	-0.8
119,152	-		Sama_0105	0.77	+0.4
119,152	-		Sama_0105	0.77	+0.2
119,233	+		Sama_0105	0.85	+0.4
119,233	+		Sama_0105	0.85	+0.4
119,234	-		Sama_0105	0.85	+0.3
119,234	-		Sama_0105	0.85	-0.6
119,240	+		Sama_0105	0.86	-0.2
119,240	+		Sama_0105	0.86	+1.7
119,240	+		Sama_0105	0.86	-0.6
119,240	+		Sama_0105	0.86	+0.7
119,240	+		Sama_0105	0.86	-0.6
119,240	+		Sama_0105	0.86	-0.9
119,240	+		Sama_0105	0.86	-0.5
119,240	+		Sama_0105	0.86	-1.1
119,240	+		Sama_0105	0.86	+0.5
119,241	-		Sama_0105	0.86	-0.8
119,241	-		Sama_0105	0.86	+0.5
119,241	-		Sama_0105	0.86	-0.9
119,241	-		Sama_0105	0.86	-1.1
119,241	-		Sama_0105	0.86	-1.0
119,241	-		Sama_0105	0.86	-1.1
119,241	-		Sama_0105	0.86	-1.5
119,241	-		Sama_0105	0.86	-0.6
119,241	-		Sama_0105	0.86	+0.2
119,241	-		Sama_0105	0.86	-0.0
119,241	-		Sama_0105	0.86	-0.2
119,241	-		Sama_0105	0.86	+1.7
119,246	-		Sama_0105	0.87	+0.2
119,258	+		Sama_0105	0.88	-0.9
119,258	+		Sama_0105	0.88	-0.6
119,259	-		Sama_0105	0.88	-0.5
119,259	-		Sama_0105	0.88	-0.7
119,275	+		Sama_0105	0.89	+1.5
119,276	-		Sama_0105	0.90	+1.1
119,276	-		Sama_0105	0.90	-0.2
119,322	+				-0.6
119,323	-				+0.0
119,342	+				+0.3
119,353	+				-0.1
119,353	+				+0.3
119,353	+				-0.7
119,353	+				+0.1
119,353	+				+0.1
119,353	+				-1.1
119,354	-				-1.4
119,354	-				-0.5
119,354	-				+0.4
119,354	-				+1.4
119,354	-				-1.4
119,354	-				-2.5
119,354	-				-0.6
119,354	-				-0.8
119,354	-				+0.1
119,354	-				-1.3
119,356	+				-0.3
119,357	-				+0.1
119,357	-				+1.5
119,357	-				+1.1
119,357	-				+0.5
119,377	+				-0.1
119,377	+				-0.3
119,377	+				-0.0
119,377	+				+0.2
119,378	-				+1.1
119,378	-				-1.9
119,378	-				-0.6
119,383	+				-1.6
119,383	+				+3.4
119,384	-				+1.0
119,384	-				-0.8
119,432	+				-0.1
119,432	+				+0.4
119,433	-				-0.1
119,433	-				-2.2
119,453	+				+1.0
119,453	+				+1.5
119,454	-				-0.6
119,454	-				+0.4
119,505	-		Sama_0106	0.11	+0.3
119,517	+		Sama_0106	0.12	+1.5
119,540	+		Sama_0106	0.15	+1.7
119,540	+		Sama_0106	0.15	+1.1
119,540	+		Sama_0106	0.15	-0.1
119,540	+		Sama_0106	0.15	-0.5
119,540	+		Sama_0106	0.15	+2.6
119,541	-		Sama_0106	0.16	+1.0
119,551	+		Sama_0106	0.17	+2.5
119,552	-		Sama_0106	0.17	-0.1
119,552	-		Sama_0106	0.17	+2.2
119,552	-		Sama_0106	0.17	+1.2
119,552	-		Sama_0106	0.17	+1.4
119,552	-		Sama_0106	0.17	+0.7
119,552	-		Sama_0106	0.17	+3.3
119,552	-		Sama_0106	0.17	-0.1
119,552	-		Sama_0106	0.17	+0.3
119,553	+		Sama_0106	0.17	+0.1
119,553	+		Sama_0106	0.17	+2.3
119,553	+		Sama_0106	0.17	+3.7
119,554	-		Sama_0106	0.17	+1.8
119,554	-		Sama_0106	0.17	+0.7
119,554	-		Sama_0106	0.17	+0.5
119,554	-		Sama_0106	0.17	+2.4
119,554	-		Sama_0106	0.17	+0.1
119,555	+		Sama_0106	0.18	+2.3
119,555	+		Sama_0106	0.18	+1.8
119,555	+		Sama_0106	0.18	+2.8
119,555	+		Sama_0106	0.18	+2.5
119,555	+		Sama_0106	0.18	+0.9
119,555	+		Sama_0106	0.18	+0.6
119,555	+		Sama_0106	0.18	+1.0
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.8
119,556	-		Sama_0106	0.18	+0.5
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.6
119,556	-		Sama_0106	0.18	+2.4
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.1
119,556	-		Sama_0106	0.18	+0.4
119,556	-		Sama_0106	0.18	+2.7
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.5
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.1
119,556	-		Sama_0106	0.18	-0.6
119,556	-		Sama_0106	0.18	+1.9
119,556	-		Sama_0106	0.18	-0.5
119,556	-		Sama_0106	0.18	-0.5
119,556	-		Sama_0106	0.18	+2.0
119,639	+		Sama_0106	0.29	+3.2
119,639	+		Sama_0106	0.29	+0.6
119,639	+		Sama_0106	0.29	+2.1
119,639	+		Sama_0106	0.29	+2.7
119,640	-		Sama_0106	0.29	+0.5
119,640	-		Sama_0106	0.29	+1.3
119,640	-		Sama_0106	0.29	+1.0
119,643	-		Sama_0106	0.30	+1.7
119,643	-		Sama_0106	0.30	+1.9
119,643	-		Sama_0106	0.30	+0.7
119,668	+		Sama_0106	0.33	+2.2
119,669	-		Sama_0106	0.33	+2.0
119,729	+		Sama_0106	0.42	+2.0
119,729	+		Sama_0106	0.42	+1.8
119,729	+		Sama_0106	0.42	+1.3
119,730	-		Sama_0106	0.42	-0.1
119,730	-		Sama_0106	0.42	+0.7
119,758	+		Sama_0106	0.46	+1.0
119,758	+		Sama_0106	0.46	+1.4
119,768	+		Sama_0106	0.47	+0.2
119,768	+		Sama_0106	0.47	+0.9
119,768	+		Sama_0106	0.47	+1.8
119,769	-		Sama_0106	0.47	-0.6
119,769	-		Sama_0106	0.47	+0.0
119,769	-		Sama_0106	0.47	+1.7
119,769	-		Sama_0106	0.47	+2.8
119,803	-		Sama_0106	0.52	+2.0
119,820	+		Sama_0106	0.54	+1.2
119,821	-		Sama_0106	0.54	+1.0
119,821	-		Sama_0106	0.54	+2.4
119,821	-		Sama_0106	0.54	+2.1
119,821	-		Sama_0106	0.54	+0.6
119,821	-		Sama_0106	0.54	+0.5
119,824	+		Sama_0106	0.55	+2.1
119,824	+		Sama_0106	0.55	+0.7
119,824	+		Sama_0106	0.55	+2.7
119,824	+		Sama_0106	0.55	+1.4
119,824	+		Sama_0106	0.55	+1.7
119,824	+		Sama_0106	0.55	+2.4
119,824	+		Sama_0106	0.55	+1.0
119,824	+		Sama_0106	0.55	+0.7
119,824	+		Sama_0106	0.55	+1.8
119,824	+		Sama_0106	0.55	+2.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	+3.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	-0.4
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.2
119,825	-		Sama_0106	0.55	+1.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	+1.4
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.8
119,825	-		Sama_0106	0.55	+1.8
119,825	-		Sama_0106	0.55	-0.1
119,825	-		Sama_0106	0.55	+2.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.6
119,825	-		Sama_0106	0.55	+1.7
119,825	-		Sama_0106	0.55	+2.2
119,825	-		Sama_0106	0.55	+1.3
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.9
119,825	-		Sama_0106	0.55	+0.2
119,825	-		Sama_0106	0.55	-0.3
119,857	+		Sama_0106	0.59	+2.3
119,858	-		Sama_0106	0.59	+1.7
119,858	-		Sama_0106	0.59	+1.5
119,858	-		Sama_0106	0.59	+2.4
119,858	-		Sama_0106	0.59	+1.1
119,876	+		Sama_0106	0.62	+2.1
119,876	+		Sama_0106	0.62	+0.1
119,981	+		Sama_0106	0.76	+2.1
119,982	-		Sama_0106	0.77	+0.7
120,012	+		Sama_0106	0.81	+2.2
120,083	+				+0.7
120,084	-				-0.6
120,098	+				+2.3
120,099	-				-1.1
120,145	+				+3.7
120,146	-				+2.6
120,146	-				+1.3
120,146	-				+3.1
120,146	-				+0.8
120,146	-				+2.2
120,184	+				+0.0
120,184	+				-1.3
120,185	-				-1.6
120,200	+				+1.7
120,200	+				+2.3
120,200	+				-0.0
120,201	-				-1.4
120,201	-				+1.1
120,201	-				+0.8
120,201	-				+1.1
120,204	+				-0.4
120,204	+				-0.9
120,204	+				+0.2
120,204	+				+1.1
120,204	+				-0.6
120,204	+				-1.1
120,204	+				+1.4
120,205	-				-0.8
120,205	-				+0.8
120,205	-				-1.5
120,205	-				+1.5
120,205	-				+1.3
120,205	-				+1.0
120,205	-				+0.4
120,281	-				+0.4
120,368	+		Sama_0107	0.14	-0.0
120,405	-		Sama_0107	0.16	-0.3
120,409	+		Sama_0107	0.17	+0.5
120,420	-		Sama_0107	0.17	+0.0
120,430	+		Sama_0107	0.18	-0.5
120,430	+		Sama_0107	0.18	-0.6
120,430	+		Sama_0107	0.18	-0.1
120,441	+		Sama_0107	0.19	+1.6
120,469	+		Sama_0107	0.20	+0.4
120,470	-		Sama_0107	0.20	-0.6
120,470	-		Sama_0107	0.20	+0.4
120,470	-		Sama_0107	0.20	-0.8
120,470	-		Sama_0107	0.20	-2.1
120,471	+		Sama_0107	0.20	-0.7
120,471	+		Sama_0107	0.20	-0.4
120,472	-		Sama_0107	0.21	+3.7
120,472	-		Sama_0107	0.21	-0.4
120,503	+		Sama_0107	0.22	+0.5
120,526	-		Sama_0107	0.24	-0.2
120,526	-		Sama_0107	0.24	-0.7
120,537	-		Sama_0107	0.25	-0.6
120,540	-		Sama_0107	0.25	-1.0
120,540	-		Sama_0107	0.25	+2.1
120,557	-		Sama_0107	0.26	+0.3
120,609	-		Sama_0107	0.29	+0.1
120,622	+		Sama_0107	0.30	+1.2
120,623	-		Sama_0107	0.30	-0.8
120,634	-		Sama_0107	0.31	+0.3
120,677	+		Sama_0107	0.33	+1.6
120,678	-		Sama_0107	0.34	-0.4
120,678	-		Sama_0107	0.34	+1.1
120,678	-		Sama_0107	0.34	+0.0
120,699	+		Sama_0107	0.35	+0.6
120,699	+		Sama_0107	0.35	-0.4
120,699	+		Sama_0107	0.35	+0.2
120,743	+		Sama_0107	0.38	-0.6
120,743	+		Sama_0107	0.38	+1.4
120,750	-		Sama_0107	0.38	-1.0
120,787	+		Sama_0107	0.40	+1.1
120,787	+		Sama_0107	0.40	+0.1
120,787	+		Sama_0107	0.40	-0.8
120,787	+		Sama_0107	0.40	-1.8
120,788	-		Sama_0107	0.40	-0.9
120,788	-		Sama_0107	0.40	-1.2
120,788	-		Sama_0107	0.40	-0.9
120,788	-		Sama_0107	0.40	+2.3
120,829	-		Sama_0107	0.43	+0.7
120,829	-		Sama_0107	0.43	-0.1
120,829	-		Sama_0107	0.43	-1.8
120,834	-		Sama_0107	0.43	-0.1
120,834	-		Sama_0107	0.43	-0.2
120,868	+		Sama_0107	0.46	+0.0
120,868	+		Sama_0107	0.46	+0.2
120,869	-		Sama_0107	0.46	+0.9
120,869	-		Sama_0107	0.46	-0.3
120,869	-		Sama_0107	0.46	+0.2
120,898	+		Sama_0107	0.47	+1.7
120,898	+		Sama_0107	0.47	-0.3
120,898	+		Sama_0107	0.47	-0.3
120,898	+		Sama_0107	0.47	+0.7
120,898	+		Sama_0107	0.47	-0.4
120,898	+		Sama_0107	0.47	-0.3
120,899	-		Sama_0107	0.47	-0.2
120,899	-		Sama_0107	0.47	-0.1
120,899	-		Sama_0107	0.47	+0.4
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122,381	-		Sama_0109	0.20	+1.7
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122,483	+		Sama_0109	0.29	-0.3
122,484	-		Sama_0109	0.29	-1.4
122,489	+		Sama_0109	0.29	-0.4
122,489	+		Sama_0109	0.29	-1.9
122,489	+		Sama_0109	0.29	-0.3
122,489	+		Sama_0109	0.29	-0.5
122,489	+		Sama_0109	0.29	+0.1
122,489	+		Sama_0109	0.29	-1.0
122,489	+		Sama_0109	0.29	+0.2
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122,489	+		Sama_0109	0.29	+0.5
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122,490	-		Sama_0109	0.29	+0.3
122,490	-		Sama_0109	0.29	-0.5
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