Strain Fitness in Pantoea sp. MT58 around IAI47_04260

Experiment: Defined media, anaerobic, with FW303 groundwater

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Defined media, anaerobic, with FW303 groundwater
897,534	+		IAI47_04255	0.74	+1.6
897,534	+		IAI47_04255	0.74	-1.8
897,534	+		IAI47_04255	0.74	-0.4
897,534	+		IAI47_04255	0.74	-1.2
897,535	-		IAI47_04255	0.75	-0.2
897,535	-		IAI47_04255	0.75	-1.3
897,535	-		IAI47_04255	0.75	+0.2
897,573	-		IAI47_04255	0.76	+0.2
897,573	-		IAI47_04255	0.76	-0.3
897,573	-		IAI47_04255	0.76	-1.1
897,668	+		IAI47_04255	0.78	-0.4
897,669	-		IAI47_04255	0.78	-2.3
897,669	-		IAI47_04255	0.78	-1.1
897,669	-		IAI47_04255	0.78	+0.3
897,671	+		IAI47_04255	0.78	-0.3
897,671	+		IAI47_04255	0.78	-1.6
897,671	+		IAI47_04255	0.78	+0.3
897,672	-		IAI47_04255	0.78	-1.5
897,672	-		IAI47_04255	0.78	-1.1
897,758	+		IAI47_04255	0.80	-1.0
897,804	+		IAI47_04255	0.82	-0.8
897,804	+		IAI47_04255	0.82	-1.9
897,804	+		IAI47_04255	0.82	-0.1
897,804	+		IAI47_04255	0.82	-1.5
897,804	+		IAI47_04255	0.82	+0.4
897,805	-		IAI47_04255	0.82	-1.2
897,805	-		IAI47_04255	0.82	-0.2
897,817	-		IAI47_04255	0.82	-0.3
897,817	-		IAI47_04255	0.82	-1.0
897,817	-		IAI47_04255	0.82	-2.1
897,873	+		IAI47_04255	0.83	+0.4
897,874	-		IAI47_04255	0.84	+0.2
897,921	+		IAI47_04255	0.85	-1.3
897,921	+		IAI47_04255	0.85	-1.7
897,922	-		IAI47_04255	0.85	-0.4
897,922	-		IAI47_04255	0.85	-0.3
897,980	+		IAI47_04255	0.86	-0.2
898,041	+		IAI47_04255	0.88	-0.6
898,041	+		IAI47_04255	0.88	+0.1
898,042	-		IAI47_04255	0.88	-0.1
898,042	-		IAI47_04255	0.88	-0.4
898,042	-		IAI47_04255	0.88	-1.8
898,042	-		IAI47_04255	0.88	+0.4
898,133	+				-1.3
898,211	+				-2.4
898,224	+				-1.6
898,224	+				-1.0
898,224	+				-1.5
898,224	+				+1.5
898,224	+				-0.5
898,224	+				-1.1
898,225	-				-1.5
898,225	-				-2.1
898,225	-				+0.3
898,286	+				+0.2
898,286	+				-1.2
898,293	-				-1.0
898,328	+				-0.9
898,329	-				-2.1
898,329	-				-2.0
898,341	+				+1.3
898,364	+				-1.2
898,364	+				-1.6
898,364	+				-0.1
898,364	+				-0.8
898,364	+				+0.1
898,364	+				-1.4
898,364	+				-1.1
898,364	+				-1.8
898,365	-				-0.7
898,365	-				+0.5
898,365	-				-0.3
898,365	-				-0.2
898,365	-				-0.2
898,365	-				-1.5
898,365	-				-1.5
898,365	-				-0.3
898,365	-				-0.9
898,368	+				-1.7
898,368	+				-1.3
898,368	+				-0.5
898,368	+				-1.5
898,368	+				-0.7
898,369	-				-0.4
898,369	-				-3.7
898,371	+				+0.2
898,371	+				-1.3
898,371	+				+0.1
898,371	+				-0.3
898,372	-				-1.2
898,372	-				-0.3
898,431	-				-1.2
898,431	-				-1.0
898,431	-				-0.4
898,438	+				-0.6
898,438	+				+0.0
898,439	-				-1.3
898,439	-				-0.6
898,439	-				-0.2
898,483	+				-0.6
898,484	-				-0.4
898,484	-				-1.7
898,484	-				-1.2
898,537	+				+0.3
898,537	+				+0.3
898,538	-				-1.0
898,567	+				-1.3
898,568	-				+0.2
898,568	-				-1.0
898,601	+				-2.2
898,601	+				+0.0
898,601	+				-1.4
898,602	-				-0.6
898,602	-				-0.1
898,787	+		IAI47_04260	0.19	-0.0
898,787	+		IAI47_04260	0.19	-0.1
898,787	+		IAI47_04260	0.19	-0.3
898,787	+		IAI47_04260	0.19	-1.7
898,788	-		IAI47_04260	0.19	-0.5
898,788	-		IAI47_04260	0.19	-0.9
898,788	-		IAI47_04260	0.19	-0.7
898,788	-		IAI47_04260	0.19	-2.3
898,788	-		IAI47_04260	0.19	-0.7
898,790	+		IAI47_04260	0.19	-0.8
898,790	+		IAI47_04260	0.19	-0.3
898,790	+		IAI47_04260	0.19	-0.5
898,791	-		IAI47_04260	0.19	-0.3
898,791	-		IAI47_04260	0.19	-1.9
898,791	-		IAI47_04260	0.19	-0.6
898,811	+		IAI47_04260	0.21	-1.0
898,811	+		IAI47_04260	0.21	-1.0
898,812	-		IAI47_04260	0.21	-0.1
898,841	-		IAI47_04260	0.23	-0.4
898,841	-		IAI47_04260	0.23	-1.7
898,991	+		IAI47_04260	0.32	-0.6
898,992	-		IAI47_04260	0.32	+1.1
899,021	+		IAI47_04260	0.34	+0.1
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-0.6
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-1.0
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-2.0
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-1.1
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-0.5
899,021	+		IAI47_04260	0.34	+0.6
899,021	+		IAI47_04260	0.34	-1.2
899,022	-		IAI47_04260	0.34	-0.8
899,022	-		IAI47_04260	0.34	-1.5
899,022	-		IAI47_04260	0.34	-0.8
899,022	-		IAI47_04260	0.34	+1.2
899,022	-		IAI47_04260	0.34	-1.2
899,022	-		IAI47_04260	0.34	-0.7
899,050	+		IAI47_04260	0.36	-1.2
899,090	+		IAI47_04260	0.39	-3.5
899,091	-		IAI47_04260	0.39	-1.1
899,091	-		IAI47_04260	0.39	-1.3
899,091	-		IAI47_04260	0.39	-2.3
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-1.6
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-0.9
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-0.7
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-1.2
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-1.0
899,131	+		IAI47_04260	0.41	-0.9
899,132	-		IAI47_04260	0.42	-0.1
899,132	-		IAI47_04260	0.42	-0.0
899,132	-		IAI47_04260	0.42	-0.7
899,171	+		IAI47_04260	0.44	-1.6
899,183	+		IAI47_04260	0.45	-1.0
899,183	+		IAI47_04260	0.45	-1.1
899,183	+		IAI47_04260	0.45	-0.6
899,183	+		IAI47_04260	0.45	-0.3
899,184	-		IAI47_04260	0.45	-2.2
899,236	+		IAI47_04260	0.48	-0.4
899,236	+		IAI47_04260	0.48	-0.8
899,236	+		IAI47_04260	0.48	+0.1
899,236	+		IAI47_04260	0.48	-1.6
899,237	-		IAI47_04260	0.48	-0.7
899,237	-		IAI47_04260	0.48	-0.5
899,291	+		IAI47_04260	0.52	+0.1
899,309	+		IAI47_04260	0.53	-0.3
899,309	+		IAI47_04260	0.53	-0.6
899,310	-		IAI47_04260	0.53	-2.3
899,310	-		IAI47_04260	0.53	-0.3
899,363	+		IAI47_04260	0.57	-0.4
899,364	-		IAI47_04260	0.57	-0.7
899,380	+		IAI47_04260	0.58	-0.9
899,380	+		IAI47_04260	0.58	-0.9
899,381	-		IAI47_04260	0.58	-1.9
899,381	-		IAI47_04260	0.58	-0.5
899,381	-		IAI47_04260	0.58	-0.4
899,395	+		IAI47_04260	0.59	-0.2
899,395	+		IAI47_04260	0.59	-2.2
899,396	-		IAI47_04260	0.59	-1.3
899,396	-		IAI47_04260	0.59	+0.6
899,477	+		IAI47_04260	0.64	-0.8
899,480	-		IAI47_04260	0.64	-0.6
899,480	-		IAI47_04260	0.64	-1.1
899,480	-		IAI47_04260	0.64	-0.5
899,480	-		IAI47_04260	0.64	+0.3
899,525	+		IAI47_04260	0.67	+0.6
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.6
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.3
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-1.1
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-1.0
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.3
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.5
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.6
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-1.5
899,549	+		IAI47_04260	0.69	+0.6
899,549	+		IAI47_04260	0.69	-0.7
899,550	-		IAI47_04260	0.69	-1.4
899,651	+		IAI47_04260	0.75	-0.5
899,651	+		IAI47_04260	0.75	-1.0
899,651	+		IAI47_04260	0.75	+0.6
899,651	+		IAI47_04260	0.75	-1.0
899,652	-		IAI47_04260	0.75	-0.2
899,652	-		IAI47_04260	0.75	-0.8
899,652	-		IAI47_04260	0.75	-0.6
899,652	-		IAI47_04260	0.75	-0.8
899,652	-		IAI47_04260	0.75	-0.2
899,729	+		IAI47_04260	0.80	-0.9
899,729	+		IAI47_04260	0.80	-1.4
899,729	+		IAI47_04260	0.80	-1.5
899,729	+		IAI47_04260	0.80	-1.8
899,729	+		IAI47_04260	0.80	-0.8
899,730	-		IAI47_04260	0.80	+0.2
899,730	-		IAI47_04260	0.80	-0.9
899,730	-		IAI47_04260	0.80	-2.2
899,730	-		IAI47_04260	0.80	-1.1
899,730	-		IAI47_04260	0.80	-1.0
899,764	+		IAI47_04260	0.82	+1.3
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.4
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.5
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.6
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.9
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-1.3
899,816	+		IAI47_04260	0.86	+0.1
899,816	+		IAI47_04260	0.86	+0.1
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-1.1
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.4
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.9
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-0.4
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-2.5
899,816	+		IAI47_04260	0.86	+0.7
899,816	+		IAI47_04260	0.86	-1.2
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-1.1
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-0.2
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-0.8
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-0.6
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-3.1
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-0.2
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-1.2
899,817	-		IAI47_04260	0.86	-0.7
899,817	-		IAI47_04260	0.86	+0.6
899,822	+		IAI47_04260	0.86	-1.5
899,822	+		IAI47_04260	0.86	-0.9
899,823	-		IAI47_04260	0.86	-2.3
899,840	+		IAI47_04260	0.87	+0.1
899,840	+		IAI47_04260	0.87	-0.1
899,840	+		IAI47_04260	0.87	-1.7
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-0.0
899,841	-		IAI47_04260	0.87	+0.6
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-0.1
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-0.5
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-1.7
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-1.2
899,841	-		IAI47_04260	0.87	-0.2
899,920	+				+0.7
899,920	+				-0.5
899,980	+				-0.7
899,980	+				-0.3
899,981	-				-0.9
899,981	-				+0.3
899,994	-				-0.7
900,087	+				-0.5
900,087	+				-1.2
900,088	-				-0.9
900,088	-				-1.0
900,094	+				+0.1
900,094	+				-0.6
900,135	+		IAI47_04265	0.14	-1.1
900,136	-		IAI47_04265	0.14	-2.8
900,136	-		IAI47_04265	0.14	-0.8
900,169	-		IAI47_04265	0.19	+0.2
900,169	-		IAI47_04265	0.19	-1.1
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