Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0501

Experiment: L-Aspartic Acid (N)

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	L-Aspartic Acid (N)
613,949	+		Sama_0499	0.20	+3.0
613,950	-		Sama_0499	0.20	+1.0
613,965	-		Sama_0499	0.22	+0.6
613,965	-		Sama_0499	0.22	+2.1
613,965	-		Sama_0499	0.22	-1.2
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.5
613,976	+		Sama_0499	0.24	-0.2
613,976	+		Sama_0499	0.24	-1.8
613,976	+		Sama_0499	0.24	+1.3
613,977	-		Sama_0499	0.24	+0.4
613,977	-		Sama_0499	0.24	-1.1
613,977	-		Sama_0499	0.24	-0.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-2.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-2.7
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.1
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-2.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.2
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.8
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	+1.0
613,978	+		Sama_0499	0.25	+3.6
613,978	+		Sama_0499	0.25	+0.9
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.8
613,978	+		Sama_0499	0.25	+5.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-1.4
613,978	+		Sama_0499	0.25	-0.8
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	+2.7
613,979	-		Sama_0499	0.25	-3.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-0.9
613,979	-		Sama_0499	0.25	+1.2
613,979	-		Sama_0499	0.25	-3.5
613,979	-		Sama_0499	0.25	-1.4
613,979	-		Sama_0499	0.25	-2.3
614,031	+		Sama_0499	0.33	+0.2
614,031	+		Sama_0499	0.33	-0.0
614,032	-		Sama_0499	0.33	-1.5
614,122	+		Sama_0499	0.48	-0.6
614,135	+		Sama_0499	0.50	+0.3
614,135	+		Sama_0499	0.50	+0.4
614,135	+		Sama_0499	0.50	-1.5
614,136	-		Sama_0499	0.50	-2.9
614,188	+		Sama_0499	0.59	+0.8
614,188	+		Sama_0499	0.59	+0.5
614,188	+		Sama_0499	0.59	-0.3
614,189	-		Sama_0499	0.59	-1.1
614,189	-		Sama_0499	0.59	+1.4
614,191	+		Sama_0499	0.59	-1.1
614,191	+		Sama_0499	0.59	+2.1
614,192	-		Sama_0499	0.59	+2.1
614,192	-		Sama_0499	0.59	+2.0
614,192	-		Sama_0499	0.59	+2.5
614,192	-		Sama_0499	0.59	+3.2
614,192	-		Sama_0499	0.59	-2.0
614,279	-		Sama_0499	0.73	-1.3
614,279	-		Sama_0499	0.73	+0.4
614,279	-		Sama_0499	0.73	-1.4
614,279	-		Sama_0499	0.73	-1.2
614,283	+		Sama_0499	0.74	+0.6
614,283	+		Sama_0499	0.74	-1.8
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.1
614,283	+		Sama_0499	0.74	-1.9
614,283	+		Sama_0499	0.74	-2.0
614,283	+		Sama_0499	0.74	+2.3
614,283	+		Sama_0499	0.74	-0.3
614,284	-		Sama_0499	0.74	+4.0
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.0
614,284	-		Sama_0499	0.74	-0.0
614,284	-		Sama_0499	0.74	+0.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	-1.2
614,284	-		Sama_0499	0.74	-2.5
614,284	-		Sama_0499	0.74	-2.0
614,295	+		Sama_0499	0.76	+1.0
614,295	+		Sama_0499	0.76	-0.2
614,296	-		Sama_0499	0.76	+0.4
614,296	-		Sama_0499	0.76	+5.5
614,308	+		Sama_0499	0.78	+3.9
614,309	-		Sama_0499	0.78	+0.5
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.4
614,347	-		Sama_0499	0.85	-0.0
614,347	-		Sama_0499	0.85	-1.4
614,370	+		Sama_0499	0.88	+1.8
614,370	+		Sama_0499	0.88	+0.6
614,396	-				+1.4
614,396	-				+1.0
614,439	+				-1.5
614,440	-				-1.9
614,492	+		Sama_0500	0.23	+1.8
614,492	+		Sama_0500	0.23	-0.3
614,492	+		Sama_0500	0.23	-1.1
614,492	+		Sama_0500	0.23	+0.5
614,493	-		Sama_0500	0.24	-0.3
614,493	-		Sama_0500	0.24	-0.5
614,493	-		Sama_0500	0.24	-1.7
614,493	-		Sama_0500	0.24	-1.0
614,566	+		Sama_0500	0.45	-1.0
614,566	+		Sama_0500	0.45	-0.3
614,578	+		Sama_0500	0.49	+0.6
614,578	+		Sama_0500	0.49	-0.0
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.6
614,579	-		Sama_0500	0.49	+0.6
614,579	-		Sama_0500	0.49	+2.7
614,579	-		Sama_0500	0.49	-0.3
614,579	-		Sama_0500	0.49	-1.9
614,609	+		Sama_0500	0.58	+2.9
614,610	-		Sama_0500	0.58	-0.0
614,610	-		Sama_0500	0.58	-1.7
614,610	-		Sama_0500	0.58	-0.0
614,613	+		Sama_0500	0.59	+0.7
614,613	+		Sama_0500	0.59	-0.4
614,614	-		Sama_0500	0.59	-1.5
614,650	+		Sama_0500	0.70	-0.0
614,650	+		Sama_0500	0.70	-1.1
614,650	+		Sama_0500	0.70	+1.6
614,651	-		Sama_0500	0.70	-0.1
614,656	+		Sama_0500	0.72	-0.8
614,656	+		Sama_0500	0.72	-2.1
614,656	+		Sama_0500	0.72	+1.1
614,657	-		Sama_0500	0.72	+0.1
614,657	-		Sama_0500	0.72	-0.4
614,710	+		Sama_0500	0.88	-0.1
614,710	+		Sama_0500	0.88	+0.1
614,711	-		Sama_0500	0.88	+1.2
614,711	-		Sama_0500	0.88	+0.6
614,721	+				-0.3
614,721	+				+1.9
614,721	+				-1.1
614,722	-				-0.7
614,722	-				+0.0
614,722	-				-1.6
614,722	-				-0.8
614,722	-				+2.8
614,722	-				-0.6
614,729	-				+0.7
614,745	+				+1.7
614,778	+				+4.2
614,778	+				-0.1
614,778	+				-0.4
614,778	+				+3.3
614,778	+				-1.2
614,779	-				-0.3
614,779	-				-0.9
614,779	-				-0.8
614,779	-				+4.5
614,779	-				-0.2
614,779	-				-1.5
614,821	+				+1.5
614,821	+				+1.1
614,821	+				+1.4
614,821	+				+0.6
614,821	+				+1.7
614,821	+				+0.5
614,822	-				-0.2
614,822	-				+0.1
614,822	-				-0.2
614,822	-				-1.2
614,822	-				+5.1
614,822	-				+5.7
614,831	+				-0.1
614,832	-				+2.8
614,850	+				-2.4
614,850	+				+0.8
614,850	+				-0.6
614,851	-				+0.8
614,853	+				-1.3
614,854	-				-1.4
614,878	+				-2.8
615,008	+		Sama_0501	0.29	+1.2
615,008	+		Sama_0501	0.29	-0.8
615,008	+		Sama_0501	0.29	+2.4
615,009	-		Sama_0501	0.29	+0.1
615,018	+		Sama_0501	0.31	-0.5
615,018	+		Sama_0501	0.31	-2.8
615,018	+		Sama_0501	0.31	+0.1
615,018	+		Sama_0501	0.31	-0.8
615,052	-		Sama_0501	0.36	+5.4
615,078	+		Sama_0501	0.41	+0.4
615,160	-		Sama_0501	0.55	+2.0
615,218	-		Sama_0501	0.64	+0.7
615,232	+		Sama_0501	0.67	-0.6
615,233	-		Sama_0501	0.67	-0.8
615,239	+		Sama_0501	0.68	-2.1
615,239	+		Sama_0501	0.68	-1.5
615,239	+		Sama_0501	0.68	-2.3
615,240	-		Sama_0501	0.68	-0.3
615,299	+		Sama_0501	0.78	+1.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.3
615,299	+		Sama_0501	0.78	+2.8
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.8
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.1
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.6
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.2
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.7
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.5
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.8
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.0
615,299	+		Sama_0501	0.78	-1.4
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.7
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.2
615,299	+		Sama_0501	0.78	+2.6
615,299	+		Sama_0501	0.78	-0.3
615,299	+		Sama_0501	0.78	+0.4
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.2
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.4
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.5
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.9
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.5
615,300	-		Sama_0501	0.78	+0.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	+1.1
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.2
615,300	-		Sama_0501	0.78	-1.0
615,300	-		Sama_0501	0.78	-2.2
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.7
615,300	-		Sama_0501	0.78	-0.2
615,412	+				-2.3
615,412	+				+1.3
615,412	+				-1.9
615,413	-				-1.2
615,413	-				-0.9
615,413	-				+1.0
615,434	+				-0.0
615,434	+				-1.7
615,434	+				+0.3
615,435	-				-2.5
615,435	-				-0.3
615,522	+				-0.5
615,522	+				+2.5
615,540	-				-1.8
615,594	+				+0.6
615,594	+				-0.9
615,594	+				+3.2
615,595	-				+1.9
615,595	-				-0.6
615,621	-				-1.2
615,621	-				+0.1
615,636	-				-0.9
615,636	-				-0.1
615,664	-				-1.8
615,664	-				-0.3
615,725	-		Sama_0502	0.11	+0.8
615,725	-		Sama_0502	0.11	-1.0
615,725	-		Sama_0502	0.11	-2.0
615,743	+		Sama_0502	0.12	-1.7
615,744	-		Sama_0502	0.12	-0.7
615,744	-		Sama_0502	0.12	+0.2
615,787	+		Sama_0502	0.15	+4.8
615,787	+		Sama_0502	0.15	-0.8
615,788	-		Sama_0502	0.15	+2.2
615,791	+		Sama_0502	0.15	-0.2
615,791	+		Sama_0502	0.15	+0.1
615,791	+		Sama_0502	0.15	-2.1
615,791	+		Sama_0502	0.15	+1.1
615,791	+		Sama_0502	0.15	+1.5
615,791	+		Sama_0502	0.15	+1.6
615,791	+		Sama_0502	0.15	+0.2
615,791	+		Sama_0502	0.15	-0.0
615,791	+		Sama_0502	0.15	-1.7
615,792	-		Sama_0502	0.15	-2.0
615,792	-		Sama_0502	0.15	+0.0
615,792	-		Sama_0502	0.15	-0.2
615,792	-		Sama_0502	0.15	-1.5
615,812	+		Sama_0502	0.16	+3.1
615,812	+		Sama_0502	0.16	-1.0
615,813	-		Sama_0502	0.17	-1.1
615,859	+		Sama_0502	0.19	-1.2
615,859	+		Sama_0502	0.19	+0.5
615,859	+		Sama_0502	0.19	+0.4
615,859	+		Sama_0502	0.19	+0.0
615,859	+		Sama_0502	0.19	-3.0
615,873	+		Sama_0502	0.20	-1.1
615,874	-		Sama_0502	0.20	-0.9
615,876	-		Sama_0502	0.20	+1.3
615,876	-		Sama_0502	0.20	+0.1
615,876	-		Sama_0502	0.20	+4.0
615,915	+		Sama_0502	0.23	-0.0
615,916	-		Sama_0502	0.23	-1.4
615,916	-		Sama_0502	0.23	+0.5
615,956	+		Sama_0502	0.25	-2.4
615,956	+		Sama_0502	0.25	-2.8
615,956	+		Sama_0502	0.25	-2.6
615,956	+		Sama_0502	0.25	-0.9
615,956	+		Sama_0502	0.25	+0.9
615,957	-		Sama_0502	0.25	+4.1
615,957	-		Sama_0502	0.25	-0.6
615,978	-		Sama_0502	0.26	+0.3
616,025	+		Sama_0502	0.29	-1.1
616,026	-		Sama_0502	0.29	+2.1
616,026	-		Sama_0502	0.29	-1.5
616,088	+		Sama_0502	0.33	-0.3
616,088	+		Sama_0502	0.33	-1.7
616,089	-		Sama_0502	0.33	-1.2
616,089	-		Sama_0502	0.33	+1.0
616,089	-		Sama_0502	0.33	+0.2
616,141	-		Sama_0502	0.36	+1.5
616,166	+		Sama_0502	0.38	-1.3
616,166	+		Sama_0502	0.38	-2.3
616,166	+		Sama_0502	0.38	-2.6
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