Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0003

Experiment: L-Aspartic Acid (N)

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	L-Aspartic Acid (N)
597	+				+0.7
597	+				+0.9
597	+				-2.8
597	+				-1.3
597	+				+0.4
597	+				-0.5
597	+				+1.6
598	-				-2.2
598	-				-0.3
598	-				-0.2
598	-				+0.6
598	-				+2.1
601	+				-1.9
601	+				-0.6
602	-				-0.8
602	-				+2.5
602	-				+0.4
602	-				+0.0
609	+				+2.4
609	+				-1.8
609	+				+3.4
609	+				-0.6
609	+				-0.1
610	-				+0.5
610	-				-1.4
610	-				+2.1
610	-				+1.2
610	-				+0.2
610	-				+0.2
610	-				-0.3
610	-				-1.7
656	+				+0.3
656	+				-0.0
712	+				-1.8
712	+				+0.2
712	+				-2.0
712	+				-0.4
713	-				-0.4
754	+		Sama_0002	0.11	-2.4
754	+		Sama_0002	0.11	-0.9
755	-		Sama_0002	0.11	-0.1
755	-		Sama_0002	0.11	+0.3
783	-		Sama_0002	0.14	-2.3
851	+		Sama_0002	0.21	+0.0
852	-		Sama_0002	0.21	+4.7
852	-		Sama_0002	0.21	-0.2
868	+		Sama_0002	0.23	-1.3
869	-		Sama_0002	0.23	+2.3
920	+		Sama_0002	0.29	-1.9
921	-		Sama_0002	0.29	-0.4
955	+		Sama_0002	0.33	+0.7
955	+		Sama_0002	0.33	-0.3
955	+		Sama_0002	0.33	-2.0
955	+		Sama_0002	0.33	+2.1
956	-		Sama_0002	0.33	-0.3
956	-		Sama_0002	0.33	-0.2
956	-		Sama_0002	0.33	-0.2
956	-		Sama_0002	0.33	-2.1
956	-		Sama_0002	0.33	+0.5
956	-		Sama_0002	0.33	+0.0
956	-		Sama_0002	0.33	-0.8
961	+		Sama_0002	0.33	-2.0
983	+		Sama_0002	0.36	+0.8
1,019	+		Sama_0002	0.40	-1.9
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.0
1,028	+		Sama_0002	0.41	-0.2
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.4
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.3
1,029	-		Sama_0002	0.41	-1.2
1,029	-		Sama_0002	0.41	-2.3
1,029	-		Sama_0002	0.41	-1.2
1,062	+		Sama_0002	0.44	-1.0
1,062	+		Sama_0002	0.44	+0.4
1,063	-		Sama_0002	0.44	-1.6
1,063	-		Sama_0002	0.44	+0.7
1,115	-		Sama_0002	0.50	+0.2
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.9
1,120	+		Sama_0002	0.51	+2.0
1,120	+		Sama_0002	0.51	-2.5
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.6
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.2
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.9
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.4
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.6
1,164	+		Sama_0002	0.55	-1.1
1,164	+		Sama_0002	0.55	-2.5
1,164	+		Sama_0002	0.55	+0.3
1,165	-		Sama_0002	0.56	-0.5
1,165	-		Sama_0002	0.56	-1.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	+1.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	-1.8
1,186	+		Sama_0002	0.58	+1.0
1,186	+		Sama_0002	0.58	-1.6
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.4
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.5
1,187	-		Sama_0002	0.58	+2.3
1,187	-		Sama_0002	0.58	-1.8
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.0
1,187	-		Sama_0002	0.58	-1.2
1,187	-		Sama_0002	0.58	-1.3
1,200	-		Sama_0002	0.59	-0.2
1,200	-		Sama_0002	0.59	-1.2
1,273	+		Sama_0002	0.67	-2.0
1,273	+		Sama_0002	0.67	+0.2
1,274	-		Sama_0002	0.67	+0.7
1,274	-		Sama_0002	0.67	+0.2
1,274	-		Sama_0002	0.67	+0.2
1,313	+		Sama_0002	0.72	-0.6
1,313	+		Sama_0002	0.72	-1.1
1,314	-		Sama_0002	0.72	-0.5
1,384	+		Sama_0002	0.79	-0.6
1,384	+		Sama_0002	0.79	+0.8
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.0
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.7
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.2
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.9
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	+3.7
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.4
1,418	+		Sama_0002	0.83	+0.3
1,419	-		Sama_0002	0.83	+1.3
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.2
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.1
1,441	-		Sama_0002	0.86	+0.4
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.8
1,450	+		Sama_0002	0.87	-0.0
1,450	+		Sama_0002	0.87	-1.9
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.2
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.4
1,451	-		Sama_0002	0.87	+1.2
1,451	-		Sama_0002	0.87	-0.5
1,505	+				+4.3
1,505	+				-1.5
1,505	+				-1.6
1,505	+				+1.6
1,506	-				-1.9
1,523	+				+1.6
1,523	+				-1.1
1,524	-				-0.4
1,524	-				+0.2
1,524	-				-2.1
1,524	-				+0.9
1,524	-				-1.6
1,586	+				+0.3
1,586	+				+2.7
1,586	+				-0.9
1,586	+				+0.2
1,586	+				-2.1
1,586	+				+4.5
1,587	-				+1.4
1,587	-				+0.4
1,587	-				-2.0
1,587	-				-2.6
1,589	+				-0.5
1,589	+				+0.6
1,589	+				+5.0
1,590	-				-2.0
1,590	-				-2.2
1,590	-				-1.6
1,590	-				-0.5
1,590	-				+2.3
1,602	-				+0.5
1,602	-				-0.2
1,685	-		Sama_0003	0.19	-2.2
1,685	-		Sama_0003	0.19	+4.0
1,685	-		Sama_0003	0.19	+4.6
1,725	+		Sama_0003	0.24	-1.8
1,763	+		Sama_0003	0.28	-1.4
1,763	+		Sama_0003	0.28	+3.5
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	+3.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.8
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.6
1,796	+		Sama_0003	0.32	-2.5
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.8
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.6
1,797	-		Sama_0003	0.33	-0.9
1,797	-		Sama_0003	0.33	+0.4
1,839	+		Sama_0003	0.37	+1.5
1,839	+		Sama_0003	0.37	+1.9
1,839	+		Sama_0003	0.37	+0.6
1,840	-		Sama_0003	0.38	-0.1
1,845	+		Sama_0003	0.38	-1.4
1,845	+		Sama_0003	0.38	-2.8
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.9
1,846	-		Sama_0003	0.38	-1.0
1,894	+		Sama_0003	0.44	+0.4
1,894	+		Sama_0003	0.44	-1.6
1,895	-		Sama_0003	0.44	-0.4
1,997	+		Sama_0003	0.56	+2.6
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.9
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.0
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.2
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.5
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	-2.0
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.9
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.6
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.6
1,998	-		Sama_0003	0.56	-2.3
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.2
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.7
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.5
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.2
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,004	-		Sama_0003	0.57	-1.3
2,004	-		Sama_0003	0.57	-1.3
2,004	-		Sama_0003	0.57	+2.5
2,020	-		Sama_0003	0.59	-1.0
2,048	+		Sama_0003	0.62	-1.5
2,048	+		Sama_0003	0.62	+3.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	+4.3
2,222	+		Sama_0003	0.83	+2.3
2,223	-		Sama_0003	0.83	+1.9
2,223	-		Sama_0003	0.83	+0.2
2,234	-		Sama_0003	0.84	-0.6
2,312	+				+0.0
2,312	+				-1.3
2,312	+				-1.9
2,312	+				-1.2
2,312	+				-0.5
2,312	+				+5.1
2,312	+				-0.2
2,313	-				-1.6
2,313	-				-1.5
2,313	-				+0.7
2,313	-				-0.9
2,313	-				-0.8
2,313	-				+0.7
2,313	-				-0.6
2,313	-				+0.2
2,313	-				-1.7
2,354	-				+3.6
2,354	-				+0.7
2,354	-				+1.4
2,354	-				-1.7
2,377	+				-0.4
2,378	+				+1.2
2,378	+				-0.2
2,379	-				+0.2
2,379	-				+1.0
2,379	-				+3.8
2,379	-				-1.6
2,379	-				-1.3
2,382	+				-0.3
2,382	+				-1.2
2,383	-				+2.2
2,383	-				-0.5
2,383	-				-1.5
2,390	+				+0.4
2,475	+				+1.2
2,475	+				-1.4
2,476	-				+0.4
2,476	-				-2.0
2,476	-				+3.6
2,476	-				+3.0
2,507	+		Sama_0004	0.11	-2.0
2,508	-		Sama_0004	0.12	+3.7
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.3
2,508	-		Sama_0004	0.12	+1.0
2,508	-		Sama_0004	0.12	-0.3
2,520	+		Sama_0004	0.13	+1.7
2,520	+		Sama_0004	0.13	-1.0
2,521	-		Sama_0004	0.13	+3.3
2,521	-		Sama_0004	0.13	-1.8
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.8
2,546	-		Sama_0004	0.15	+4.1
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.6
2,774	+		Sama_0004	0.35	+0.5
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.5
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.7
2,775	-		Sama_0004	0.35	+0.7
2,775	-		Sama_0004	0.35	-1.6
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	-1.8
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.9
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.4
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.5
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.2
2,830	-		Sama_0004	0.40	-1.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	+5.0
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.5
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.7
2,841	+		Sama_0004	0.41	+0.1
2,842	-		Sama_0004	0.41	+0.2
2,847	+		Sama_0004	0.41	+0.1
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.6
2,847	+		Sama_0004	0.41	+1.5
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.0
2,848	-		Sama_0004	0.42	+0.9
2,848	-		Sama_0004	0.42	-3.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.9
2,851	+		Sama_0004	0.42	+5.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.8
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	+2.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+2.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.1
2,896	+		Sama_0004	0.46	-1.4
2,896	+		Sama_0004	0.46	+0.7
2,931	+		Sama_0004	0.49	-1.0
2,931	+		Sama_0004	0.49	+0.3
2,931	+		Sama_0004	0.49	+1.7
2,931	+		Sama_0004	0.49	-1.6
2,973	+		Sama_0004	0.53	-0.3
2,973	+		Sama_0004	0.53	+0.7
2,974	-		Sama_0004	0.53	+0.0
2,974	-		Sama_0004	0.53	-1.3
2,974	-		Sama_0004	0.53	+0.5
3,047	-		Sama_0004	0.59	-0.1
3,047	-		Sama_0004	0.59	-0.7
3,065	+		Sama_0004	0.61	-1.6
3,065	+		Sama_0004	0.61	-1.3
3,066	-		Sama_0004	0.61	+1.0
3,066	-		Sama_0004	0.61	-2.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.9
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.3
3,092	+		Sama_0004	0.63	+1.8
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.8
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.6
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.2
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.9
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.6
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	+1.1
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.6
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.6
3,098	+		Sama_0004	0.64	+2.0
3,098	+		Sama_0004	0.64	+1.6
3,098	+		Sama_0004	0.64	-2.2
3,098	+		Sama_0004	0.64	-1.2
3,099	-		Sama_0004	0.64	+3.7
3,117	+		Sama_0004	0.65	+0.4
3,118	-		Sama_0004	0.65	-1.1
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.7
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.6
3,118	-		Sama_0004	0.65	-3.0
3,119	+		Sama_0004	0.65	-1.0
3,119	+		Sama_0004	0.65	-1.2
3,119	+		Sama_0004	0.65	-0.7
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.9
3,120	-		Sama_0004	0.66	-0.0
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.5
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.5
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.4
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.2
3,210	+		Sama_0004	0.73	-1.5
3,210	+		Sama_0004	0.73	-1.7
3,210	+		Sama_0004	0.73	-0.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	-1.9
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.1
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.9
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.5
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.1
3,211	-		Sama_0004	0.74	-2.4
3,233	+		Sama_0004	0.75	-3.2
3,233	+		Sama_0004	0.75	-0.3
3,234	-		Sama_0004	0.76	-0.7
3,234	-		Sama_0004	0.76	+3.4
3,331	+		Sama_0004	0.84	-1.4
3,331	+		Sama_0004	0.84	+0.6
3,332	-		Sama_0004	0.84	+3.0
3,360	+		Sama_0004	0.87	+0.2
3,361	-		Sama_0004	0.87	+2.8