Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B

Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0498

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

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Per-strain Table

Position	Strand	LocusTag	Fraction	Putrescine
				remove
611,951	+	Sama_0497	0.40	-2.1
611,952	-	Sama_0497	0.41	+0.2
611,952	-	Sama_0497	0.41	-0.4
612,007	+	Sama_0497	0.44	-1.9
612,007	+	Sama_0497	0.44	-1.7
612,007	+	Sama_0497	0.44	-0.4
612,007	+	Sama_0497	0.44	-1.8
612,007	+	Sama_0497	0.44	-0.4
612,008	-	Sama_0497	0.44	-1.9
612,008	-	Sama_0497	0.44	+0.8
612,055	-	Sama_0497	0.48	+0.0
612,055	-	Sama_0497	0.48	+0.5
612,096	+	Sama_0497	0.50	+0.7
612,096	+	Sama_0497	0.50	-2.2
612,142	+	Sama_0497	0.54	-0.1
612,142	+	Sama_0497	0.54	-0.6
612,142	+	Sama_0497	0.54	+0.1
612,143	-	Sama_0497	0.54	-0.5
612,143	-	Sama_0497	0.54	-0.2
612,143	-	Sama_0497	0.54	+0.1
612,143	-	Sama_0497	0.54	-0.8
612,143	-	Sama_0497	0.54	-0.5
612,143	-	Sama_0497	0.54	-0.3
612,222	+	Sama_0497	0.59	+0.4
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.4
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.8
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.2
612,232	+	Sama_0497	0.60	+1.1
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.2
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.6
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.9
612,232	+	Sama_0497	0.60	+1.2
612,232	+	Sama_0497	0.60	+1.6
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.3
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.5
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.0
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.9
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.1
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.2
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.2
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.6
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.9
612,232	+	Sama_0497	0.60	+1.1
612,232	+	Sama_0497	0.60	+0.8
612,232	+	Sama_0497	0.60	+2.1
612,232	+	Sama_0497	0.60	-0.0
612,233	-	Sama_0497	0.60	+1.3
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.5
612,233	-	Sama_0497	0.60	-1.5
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.9
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.1
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.4
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.4
612,233	-	Sama_0497	0.60	-0.5
612,233	-	Sama_0497	0.60	-0.6
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.5
612,233	-	Sama_0497	0.60	+0.1
612,233	-	Sama_0497	0.60	-0.5
612,234	+	Sama_0497	0.60	-0.8
612,234	+	Sama_0497	0.60	+0.7
612,235	-	Sama_0497	0.60	+0.4
612,235	-	Sama_0497	0.60	+0.2
612,235	-	Sama_0497	0.60	-0.0
612,235	-	Sama_0497	0.60	-0.8
612,235	-	Sama_0497	0.60	+0.5
612,235	-	Sama_0497	0.60	-0.7
612,235	-	Sama_0497	0.60	-0.6
612,236	+	Sama_0497	0.60	+0.2
612,236	+	Sama_0497	0.60	+0.3
612,237	-	Sama_0497	0.60	-0.1
612,237	-	Sama_0497	0.60	-0.7
612,237	-	Sama_0497	0.60	-0.8
612,237	-	Sama_0497	0.60	-0.3
612,324	+	Sama_0497	0.66	+0.9
612,325	-	Sama_0497	0.66	-0.7
612,362	+	Sama_0497	0.69	+0.3
612,362	+	Sama_0497	0.69	+0.2
612,362	+	Sama_0497	0.69	-0.4
612,362	+	Sama_0497	0.69	-0.1
612,362	+	Sama_0497	0.69	-0.3
612,362	+	Sama_0497	0.69	-1.5
612,362	+	Sama_0497	0.69	+0.1
612,362	+	Sama_0497	0.69	-0.7
612,363	-	Sama_0497	0.69	-0.1
612,363	-	Sama_0497	0.69	+0.0
612,363	-	Sama_0497	0.69	+0.9
612,381	+	Sama_0497	0.70	-0.1
612,381	+	Sama_0497	0.70	+0.2
612,382	-	Sama_0497	0.70	+0.6
612,397	-	Sama_0497	0.71	-0.8
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.1
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.6
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.7
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.6
612,397	-	Sama_0497	0.71	-1.5
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.6
612,397	-	Sama_0497	0.71	+0.6
612,397	-	Sama_0497	0.71	-1.9
612,397	-	Sama_0497	0.71	+1.2
612,397	-	Sama_0497	0.71	+1.8
612,397	-	Sama_0497	0.71	-0.4
612,465	+	Sama_0497	0.76	+2.2
612,465	+	Sama_0497	0.76	-0.4
612,465	+	Sama_0497	0.76	-0.9
612,466	-	Sama_0497	0.76	-0.6
612,466	-	Sama_0497	0.76	+2.2
612,466	-	Sama_0497	0.76	+0.3
612,466	-	Sama_0497	0.76	-0.9
612,519	-	Sama_0497	0.80	+1.4
612,522	+	Sama_0497	0.80	+0.1
612,522	+	Sama_0497	0.80	+0.7
612,522	+	Sama_0497	0.80	-0.4
612,522	+	Sama_0497	0.80	-0.5
612,522	+	Sama_0497	0.80	+0.5
612,523	-	Sama_0497	0.80	+0.8
612,523	-	Sama_0497	0.80	-0.6
612,523	-	Sama_0497	0.80	+0.5
612,523	-	Sama_0497	0.80	-1.0
612,523	-	Sama_0497	0.80	-1.2
612,523	-	Sama_0497	0.80	+0.2
612,564	+	Sama_0497	0.83	+0.4
612,565	-	Sama_0497	0.83	+0.5
612,571	-	Sama_0497	0.83	-0.9
612,623	-	Sama_0497	0.87	-0.4
612,623	-	Sama_0497	0.87	-0.0
612,746	-			-1.4
612,773	+			-2.4
612,773	+			-0.1
612,774	-			+0.7
612,793	+			+1.1
612,793	+			+0.3
612,793	+			+1.8
612,793	+			+0.5
612,793	+			-1.1
612,793	+			+0.3
612,793	+			-1.5
612,793	+			-0.4
612,793	+			-0.5
612,793	+			-0.8
612,794	-			+1.2
612,794	-			+0.2
612,794	-			+2.7
612,794	-			-1.2
612,794	-			-1.2
612,794	-			+1.4
612,794	-			+1.1
612,794	-			-0.2
612,909	+			-0.3
612,909	+			+1.4
612,909	+			+1.2
612,913	+			-0.8
612,913	+			-0.1
612,913	+			-0.4
612,913	+			-2.5
612,914	-			-0.7
612,978	+	Sama_0498	0.10	-1.2
612,979	-	Sama_0498	0.10	+0.1
612,979	-	Sama_0498	0.10	-0.3
612,979	-	Sama_0498	0.10	-0.2
612,979	-	Sama_0498	0.10	-0.1
612,990	+	Sama_0498	0.12	-1.4
612,991	-	Sama_0498	0.12	-0.7
613,116	+	Sama_0498	0.25	-1.7
613,116	+	Sama_0498	0.25	-1.7
613,116	+	Sama_0498	0.25	-1.8
613,116	+	Sama_0498	0.25	-0.4
613,116	+	Sama_0498	0.25	-0.0
613,117	-	Sama_0498	0.25	-0.2
613,135	+	Sama_0498	0.27	+1.1
613,135	+	Sama_0498	0.27	-0.7
613,135	+	Sama_0498	0.27	+1.7
613,135	+	Sama_0498	0.27	+0.4
613,135	+	Sama_0498	0.27	-1.1
613,136	-	Sama_0498	0.27	-0.1
613,136	-	Sama_0498	0.27	-0.1
613,150	+	Sama_0498	0.28	-0.2
613,162	+	Sama_0498	0.30	+0.5
613,162	+	Sama_0498	0.30	-1.9
613,162	+	Sama_0498	0.30	-1.7
613,162	+	Sama_0498	0.30	-0.9
613,162	+	Sama_0498	0.30	+0.5
613,297	+	Sama_0498	0.44	-0.7
613,297	+	Sama_0498	0.44	-2.2
613,297	+	Sama_0498	0.44	+0.4
613,297	+	Sama_0498	0.44	-0.4
613,297	+	Sama_0498	0.44	-0.0
613,297	+	Sama_0498	0.44	+0.1
613,297	+	Sama_0498	0.44	-0.1
613,298	-	Sama_0498	0.44	-1.5
613,298	-	Sama_0498	0.44	-1.5
613,298	-	Sama_0498	0.44	-0.1
613,298	-	Sama_0498	0.44	+1.6
613,298	-	Sama_0498	0.44	-2.0
613,298	-	Sama_0498	0.44	-0.6
613,298	-	Sama_0498	0.44	+0.5
613,298	-	Sama_0498	0.44	+0.7
613,298	-	Sama_0498	0.44	+0.1
613,298	-	Sama_0498	0.44	+1.1
613,298	-	Sama_0498	0.44	+0.1
613,298	-	Sama_0498	0.44	-3.5
613,319	+	Sama_0498	0.46	-0.4
613,319	+	Sama_0498	0.46	+0.2
613,319	+	Sama_0498	0.46	+0.8
613,364	+	Sama_0498	0.51	-0.2
613,364	+	Sama_0498	0.51	-0.6
613,364	+	Sama_0498	0.51	+0.4
613,364	+	Sama_0498	0.51	-0.9
613,365	-	Sama_0498	0.51	+0.1
613,365	-	Sama_0498	0.51	-2.1
613,365	-	Sama_0498	0.51	-1.0
613,365	-	Sama_0498	0.51	-1.1
613,396	+	Sama_0498	0.54	-0.0
613,396	+	Sama_0498	0.54	+0.5
613,396	+	Sama_0498	0.54	-0.0
613,396	+	Sama_0498	0.54	+0.1
613,397	-	Sama_0498	0.54	-0.9
613,456	-	Sama_0498	0.61	+0.5
613,456	-	Sama_0498	0.61	-0.4
613,459	+	Sama_0498	0.61	-0.0
613,459	+	Sama_0498	0.61	-0.0
613,459	+	Sama_0498	0.61	-1.6
613,459	+	Sama_0498	0.61	-0.1
613,460	-	Sama_0498	0.61	+0.3
613,460	-	Sama_0498	0.61	-0.1
613,460	-	Sama_0498	0.61	-1.2
613,475	+	Sama_0498	0.63	-0.1
613,475	+	Sama_0498	0.63	+1.5
613,476	-	Sama_0498	0.63	-0.0
613,476	-	Sama_0498	0.63	-1.9
613,476	-	Sama_0498	0.63	-1.2
613,476	-	Sama_0498	0.63	-0.8
613,521	+	Sama_0498	0.67	-0.4
613,521	+	Sama_0498	0.67	-0.2
613,522	-	Sama_0498	0.68	+0.4
613,560	+	Sama_0498	0.72	-0.8
613,601	-	Sama_0498	0.76	-1.2
613,601	-	Sama_0498	0.76	+3.7
613,601	-	Sama_0498	0.76	-2.2
613,601	-	Sama_0498	0.76	-1.1
613,647	-	Sama_0498	0.81	+0.4
613,673	+	Sama_0498	0.83	-1.6
613,674	-	Sama_0498	0.83	-0.8
613,718	+	Sama_0498	0.88	+0.1
613,719	-	Sama_0498	0.88	+0.9
613,719	-	Sama_0498	0.88	-0.0
613,742	+			-0.4
613,742	+			+0.4
613,743	-			+0.6
613,743	-			-0.6
613,743	-			-1.7
613,789	+			+0.3
613,789	+			-0.4
613,789	+			-0.1
613,789	+			-0.7
613,789	+			-2.5
613,790	-			-1.4
613,803	+			-0.1
613,803	+			+1.2
613,803	+			+0.2
613,804	-			+0.8
613,807	-			-0.4
613,807	-			+0.5
613,807	-			-1.5
613,949	+	Sama_0499	0.20	-2.2
613,950	-	Sama_0499	0.20	+0.1
613,965	-	Sama_0499	0.22	+0.3
613,965	-	Sama_0499	0.22	+0.5
613,965	-	Sama_0499	0.22	+0.9
613,976	+	Sama_0499	0.24	+0.1
613,976	+	Sama_0499	0.24	-0.7
613,976	+	Sama_0499	0.24	-0.5
613,976	+	Sama_0499	0.24	-1.9
613,977	-	Sama_0499	0.24	+1.2
613,977	-	Sama_0499	0.24	-0.1
613,977	-	Sama_0499	0.24	-2.9
613,978	+	Sama_0499	0.25	+1.7
613,978	+	Sama_0499	0.25	+1.3
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.3
613,978	+	Sama_0499	0.25	-2.0
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.5
613,978	+	Sama_0499	0.25	-1.8
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.1
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.8
613,978	+	Sama_0499	0.25	-1.5
613,978	+	Sama_0499	0.25	-0.9
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.8
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.5
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.2
613,978	+	Sama_0499	0.25	-0.7
613,978	+	Sama_0499	0.25	+1.7
613,978	+	Sama_0499	0.25	+0.4
613,978	+	Sama_0499	0.25	+1.1
613,979	-	Sama_0499	0.25	-0.7
613,979	-	Sama_0499	0.25	-0.3
613,979	-	Sama_0499	0.25	+0.7
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