Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0005

Experiment: Thymidine

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Thymidine
2,774	+		Sama_0004	0.35	-1.5
2,774	+		Sama_0004	0.35	+1.7
2,774	+		Sama_0004	0.35	+0.6
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.6
2,775	-		Sama_0004	0.35	-1.7
2,775	-		Sama_0004	0.35	-1.3
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.7
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.4
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.6
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.6
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.4
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.3
2,830	-		Sama_0004	0.40	+0.2
2,830	-		Sama_0004	0.40	-1.0
2,830	-		Sama_0004	0.40	-1.3
2,830	-		Sama_0004	0.40	-1.0
2,830	-		Sama_0004	0.40	+1.4
2,841	+		Sama_0004	0.41	-0.1
2,842	-		Sama_0004	0.41	-2.3
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.8
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.4
2,847	+		Sama_0004	0.41	-1.3
2,847	+		Sama_0004	0.41	+0.7
2,848	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,848	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-2.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-2.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	+2.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-2.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,896	+		Sama_0004	0.46	+1.7
2,896	+		Sama_0004	0.46	-0.6
2,931	+		Sama_0004	0.49	-0.8
2,931	+		Sama_0004	0.49	+0.2
2,931	+		Sama_0004	0.49	-0.3
2,931	+		Sama_0004	0.49	-0.3
2,973	+		Sama_0004	0.53	+1.1
2,973	+		Sama_0004	0.53	+1.0
2,974	-		Sama_0004	0.53	-0.4
2,974	-		Sama_0004	0.53	+1.0
2,974	-		Sama_0004	0.53	-2.2
3,047	-		Sama_0004	0.59	-0.6
3,047	-		Sama_0004	0.59	+1.3
3,065	+		Sama_0004	0.61	+0.1
3,065	+		Sama_0004	0.61	+0.5
3,066	-		Sama_0004	0.61	+0.2
3,066	-		Sama_0004	0.61	-1.6
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.2
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.3
3,092	+		Sama_0004	0.63	-2.6
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.3
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.7
3,092	+		Sama_0004	0.63	-1.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.2
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.5
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.7
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.2
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.5
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.6
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.4
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.6
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.6
3,098	+		Sama_0004	0.64	+0.7
3,098	+		Sama_0004	0.64	+2.7
3,098	+		Sama_0004	0.64	-0.1
3,098	+		Sama_0004	0.64	-1.7
3,099	-		Sama_0004	0.64	-0.0
3,117	+		Sama_0004	0.65	+0.2
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.4
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.2
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.7
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.4
3,119	+		Sama_0004	0.65	+1.0
3,119	+		Sama_0004	0.65	-0.6
3,119	+		Sama_0004	0.65	-0.1
3,120	-		Sama_0004	0.66	-1.3
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.4
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.0
3,120	-		Sama_0004	0.66	-1.6
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.7
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.7
3,210	+		Sama_0004	0.73	-0.1
3,210	+		Sama_0004	0.73	+0.2
3,210	+		Sama_0004	0.73	+0.7
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.4
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.4
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.7
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.3
3,211	-		Sama_0004	0.74	-2.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	-1.4
3,233	+		Sama_0004	0.75	+0.3
3,233	+		Sama_0004	0.75	-0.1
3,234	-		Sama_0004	0.76	+0.5
3,234	-		Sama_0004	0.76	-0.2
3,331	+		Sama_0004	0.84	+0.9
3,331	+		Sama_0004	0.84	-2.3
3,332	-		Sama_0004	0.84	-0.3
3,360	+		Sama_0004	0.87	+0.1
3,361	-		Sama_0004	0.87	+1.1
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.4
3,396	+		Sama_0004	0.90	+1.2
3,396	+		Sama_0004	0.90	+1.2
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.4
3,397	-				-1.0
3,397	-				-1.5
3,397	-				+0.2
3,451	+				-1.5
3,451	+				+1.3
3,451	+				+0.1
3,451	+				+1.2
3,451	+				-0.1
3,451	+				+0.7
3,451	+				-0.8
3,452	-				+0.9
3,452	-				-1.8
3,452	-				-0.1
3,452	-				-1.3
3,452	-				+0.9
3,492	+				+0.4
3,493	-				+0.2
3,493	-				-0.5
3,493	-				-0.0
3,493	-				-0.1
3,493	-				-1.1
3,493	-				-1.0
3,493	-				+0.0
3,493	-				+0.5
3,496	-				-3.0
3,510	+				-0.7
3,510	+				-0.3
3,510	+				-0.1
3,510	+				-2.3
3,510	+				+0.6
3,511	-				-0.8
3,511	-				+2.7
3,511	-				-0.6
3,511	-				-1.3
3,511	-				-0.4
3,511	-				-1.0
3,511	-				-0.3
3,558	+				+0.9
3,558	+				-0.8
3,558	+				-1.1
3,559	-				-0.9
3,559	-				+0.7
3,564	+				-0.3
3,564	+				-0.3
3,565	-				-0.3
3,565	-				-0.9
3,565	-				+0.5
3,565	-				-0.1
3,565	-				-0.2
3,565	-				-1.0
3,565	-				+0.5
3,567	+				+0.2
3,567	+				-0.9
3,567	+				-0.8
3,567	+				-1.1
3,567	+				+0.7
3,567	+				-0.6
3,567	+				+0.2
3,568	-				-1.8
3,621	-				-0.4
3,658	-				-0.5
3,661	+				+0.5
3,681	+				+1.5
3,681	+				+1.7
3,739	+				+0.5
3,739	+				-0.3
3,740	-				-1.3
3,769	+				+1.0
3,831	-		Sama_0005	0.17	-0.5
3,838	+		Sama_0005	0.17	+0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.2
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.7
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.8
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.3
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.8
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.9
3,844	+		Sama_0005	0.18	-1.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.8
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.6
3,844	+		Sama_0005	0.18	+1.2
3,844	+		Sama_0005	0.18	-1.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.7
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.0
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.4
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.6
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.2
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.3
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.5
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.9
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.3
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.7
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.3
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.6
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.4
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.5
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+1.2
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.0
3,879	-		Sama_0005	0.22	-0.7
3,879	-		Sama_0005	0.22	-0.5
3,962	-		Sama_0005	0.32	+0.4
3,962	-		Sama_0005	0.32	-2.1
3,967	+		Sama_0005	0.32	+0.6
3,968	-		Sama_0005	0.32	-0.8
3,968	-		Sama_0005	0.32	+1.2
3,982	+		Sama_0005	0.34	-0.1
3,982	+		Sama_0005	0.34	+0.7
3,982	+		Sama_0005	0.34	-0.1
3,983	-		Sama_0005	0.34	+0.4
3,983	-		Sama_0005	0.34	+0.3
3,983	-		Sama_0005	0.34	-0.4
3,983	-		Sama_0005	0.34	-2.1
3,983	-		Sama_0005	0.34	+0.3
3,986	+		Sama_0005	0.34	-2.5
3,986	+		Sama_0005	0.34	+0.2
3,986	+		Sama_0005	0.34	-1.4
3,986	+		Sama_0005	0.34	-2.4
3,986	+		Sama_0005	0.34	-1.1
3,987	-		Sama_0005	0.34	+1.4
3,987	-		Sama_0005	0.34	-1.3
3,987	-		Sama_0005	0.34	+0.0
3,998	+		Sama_0005	0.36	+0.1
3,998	+		Sama_0005	0.36	-2.2
3,998	+		Sama_0005	0.36	+0.3
3,999	-		Sama_0005	0.36	+1.2
3,999	-		Sama_0005	0.36	+0.7
3,999	-		Sama_0005	0.36	+0.6
3,999	-		Sama_0005	0.36	+1.2
3,999	-		Sama_0005	0.36	+0.9
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.6
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.7
4,022	+		Sama_0005	0.38	-1.1
4,022	+		Sama_0005	0.38	+1.7
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.4
4,022	+		Sama_0005	0.38	+0.2
4,023	-		Sama_0005	0.39	-2.0
4,023	-		Sama_0005	0.39	+1.7
4,023	-		Sama_0005	0.39	+0.2
4,023	-		Sama_0005	0.39	-0.5
4,023	-		Sama_0005	0.39	-0.9
4,023	-		Sama_0005	0.39	-2.2
4,023	-		Sama_0005	0.39	-0.7
4,023	-		Sama_0005	0.39	+1.6
4,067	-		Sama_0005	0.44	+0.6
4,173	-		Sama_0005	0.56	+0.6
4,173	-		Sama_0005	0.56	+0.7
4,173	-		Sama_0005	0.56	+0.1
4,173	-		Sama_0005	0.56	-0.1
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.5
4,193	+		Sama_0005	0.58	-1.4
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.4
4,193	+		Sama_0005	0.58	-1.2
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.0
4,194	-		Sama_0005	0.58	-0.6
4,194	-		Sama_0005	0.58	-0.6
4,194	-		Sama_0005	0.58	-2.4
4,194	-		Sama_0005	0.58	+1.0
4,194	-		Sama_0005	0.58	-0.4
4,342	+		Sama_0005	0.75	-0.8
4,342	+		Sama_0005	0.75	-0.9
4,343	-		Sama_0005	0.75	+0.5
4,343	-		Sama_0005	0.75	-0.5
4,343	-		Sama_0005	0.75	-0.1
4,377	+		Sama_0005	0.79	+0.3
4,378	-		Sama_0005	0.79	-1.8
4,394	+		Sama_0005	0.81	-0.8
4,394	+		Sama_0005	0.81	+0.4
4,394	+		Sama_0005	0.81	-0.4
4,394	+		Sama_0005	0.81	-1.8
4,395	-		Sama_0005	0.81	-1.5
4,395	-		Sama_0005	0.81	+0.1
4,395	-		Sama_0005	0.81	+0.3
4,395	-		Sama_0005	0.81	-0.6
4,395	-		Sama_0005	0.81	+1.3
4,397	+		Sama_0005	0.81	+2.5
4,397	+		Sama_0005	0.81	-0.3
4,397	+		Sama_0005	0.81	+0.4
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