Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0005

Experiment: acetate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	acetate
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.7
2,774	+		Sama_0004	0.35	+0.4
2,774	+		Sama_0004	0.35	-1.1
2,775	-		Sama_0004	0.35	-1.3
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.5
2,775	-		Sama_0004	0.35	+0.6
2,775	-		Sama_0004	0.35	+0.3
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.3
2,829	+		Sama_0004	0.40	-2.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.3
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.6
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	+2.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.0
2,830	-		Sama_0004	0.40	-2.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	+0.3
2,830	-		Sama_0004	0.40	+1.2
2,841	+		Sama_0004	0.41	+0.1
2,842	-		Sama_0004	0.41	-0.7
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.2
2,847	+		Sama_0004	0.41	+1.0
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.2
2,847	+		Sama_0004	0.41	+0.0
2,848	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,848	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-2.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.8
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.5
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.0
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.1
2,896	+		Sama_0004	0.46	+0.8
2,896	+		Sama_0004	0.46	-0.3
2,931	+		Sama_0004	0.49	+0.8
2,931	+		Sama_0004	0.49	+0.3
2,931	+		Sama_0004	0.49	+1.0
2,931	+		Sama_0004	0.49	-0.4
2,973	+		Sama_0004	0.53	+0.8
2,973	+		Sama_0004	0.53	+1.3
2,974	-		Sama_0004	0.53	-0.5
2,974	-		Sama_0004	0.53	-0.7
2,974	-		Sama_0004	0.53	+0.1
3,047	-		Sama_0004	0.59	+0.7
3,047	-		Sama_0004	0.59	+0.0
3,065	+		Sama_0004	0.61	-0.2
3,065	+		Sama_0004	0.61	-1.0
3,066	-		Sama_0004	0.61	+0.4
3,066	-		Sama_0004	0.61	+0.0
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.5
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.8
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.1
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.4
3,092	+		Sama_0004	0.63	-0.8
3,092	+		Sama_0004	0.63	+1.9
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.2
3,092	+		Sama_0004	0.63	+0.4
3,093	-		Sama_0004	0.63	+1.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.2
3,093	-		Sama_0004	0.63	+0.5
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.2
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.3
3,093	-		Sama_0004	0.63	+1.0
3,093	-		Sama_0004	0.63	-0.9
3,093	-		Sama_0004	0.63	-1.3
3,098	+		Sama_0004	0.64	-1.0
3,098	+		Sama_0004	0.64	+3.0
3,098	+		Sama_0004	0.64	-0.2
3,098	+		Sama_0004	0.64	-0.9
3,099	-		Sama_0004	0.64	-0.4
3,117	+		Sama_0004	0.65	+1.4
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.1
3,118	-		Sama_0004	0.65	-0.6
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.7
3,118	-		Sama_0004	0.65	+0.1
3,119	+		Sama_0004	0.65	-0.3
3,119	+		Sama_0004	0.65	+0.7
3,119	+		Sama_0004	0.65	-1.8
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.0
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.3
3,120	-		Sama_0004	0.66	+0.1
3,120	-		Sama_0004	0.66	-0.3
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.0
3,120	-		Sama_0004	0.66	+1.0
3,210	+		Sama_0004	0.73	-0.7
3,210	+		Sama_0004	0.73	+1.3
3,210	+		Sama_0004	0.73	+1.0
3,211	-		Sama_0004	0.74	-1.1
3,211	-		Sama_0004	0.74	+1.3
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.7
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.9
3,211	-		Sama_0004	0.74	-0.7
3,211	-		Sama_0004	0.74	+0.2
3,233	+		Sama_0004	0.75	-1.0
3,233	+		Sama_0004	0.75	-0.2
3,234	-		Sama_0004	0.76	-0.1
3,234	-		Sama_0004	0.76	-0.9
3,331	+		Sama_0004	0.84	+0.9
3,331	+		Sama_0004	0.84	-1.5
3,332	-		Sama_0004	0.84	+0.6
3,360	+		Sama_0004	0.87	+0.2
3,361	-		Sama_0004	0.87	+0.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.7
3,396	+		Sama_0004	0.90	+1.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.0
3,396	+		Sama_0004	0.90	+0.7
3,397	-				-0.7
3,397	-				+0.2
3,397	-				+0.2
3,451	+				-1.2
3,451	+				-0.2
3,451	+				+0.1
3,451	+				-1.6
3,451	+				-0.7
3,451	+				-0.6
3,451	+				-0.6
3,452	-				+0.6
3,452	-				-0.3
3,452	-				-0.5
3,452	-				+0.3
3,452	-				+0.2
3,492	+				+0.3
3,493	-				+0.8
3,493	-				+0.0
3,493	-				+0.4
3,493	-				-0.4
3,493	-				-0.2
3,493	-				+0.2
3,493	-				+0.6
3,493	-				-0.1
3,496	-				-0.4
3,510	+				-0.9
3,510	+				-0.1
3,510	+				-1.2
3,510	+				-0.7
3,510	+				+0.1
3,511	-				+0.8
3,511	-				+1.4
3,511	-				+0.0
3,511	-				+0.8
3,511	-				-0.3
3,511	-				-0.3
3,511	-				-2.0
3,558	+				-0.1
3,558	+				-1.6
3,558	+				+0.3
3,559	-				-0.3
3,559	-				+1.6
3,564	+				+0.0
3,564	+				+0.4
3,565	-				-0.1
3,565	-				-0.9
3,565	-				-0.4
3,565	-				+0.6
3,565	-				+0.5
3,565	-				+0.3
3,565	-				+0.7
3,567	+				+0.4
3,567	+				+0.8
3,567	+				-0.2
3,567	+				-0.9
3,567	+				+0.6
3,567	+				+0.8
3,567	+				+0.1
3,568	-				+0.6
3,621	-				-0.9
3,658	-				+0.5
3,661	+				+0.5
3,681	+				-1.6
3,681	+				+1.2
3,739	+				+0.2
3,739	+				+0.6
3,740	-				+0.0
3,769	+				-1.0
3,831	-		Sama_0005	0.17	-0.4
3,838	+		Sama_0005	0.17	+0.0
3,844	+		Sama_0005	0.18	+1.8
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.0
3,844	+		Sama_0005	0.18	+2.3
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.2
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.6
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.2
3,844	+		Sama_0005	0.18	-1.6
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	+1.3
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.1
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.2
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.4
3,844	+		Sama_0005	0.18	+0.3
3,844	+		Sama_0005	0.18	-0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.7
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.0
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.7
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.7
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.2
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.4
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.3
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.4
3,845	-		Sama_0005	0.18	+1.0
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.1
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.3
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.4
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.0
3,845	-		Sama_0005	0.18	-1.8
3,845	-		Sama_0005	0.18	+0.5
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.8
3,845	-		Sama_0005	0.18	-0.7
3,879	-		Sama_0005	0.22	+1.0
3,879	-		Sama_0005	0.22	+0.0
3,962	-		Sama_0005	0.32	+0.8
3,962	-		Sama_0005	0.32	-1.4
3,967	+		Sama_0005	0.32	-1.1
3,968	-		Sama_0005	0.32	-0.2
3,968	-		Sama_0005	0.32	+1.4
3,982	+		Sama_0005	0.34	-0.3
3,982	+		Sama_0005	0.34	+0.1
3,982	+		Sama_0005	0.34	+0.9
3,983	-		Sama_0005	0.34	-1.3
3,983	-		Sama_0005	0.34	+0.4
3,983	-		Sama_0005	0.34	-0.4
3,983	-		Sama_0005	0.34	-0.8
3,983	-		Sama_0005	0.34	-0.2
3,986	+		Sama_0005	0.34	-0.2
3,986	+		Sama_0005	0.34	-1.6
3,986	+		Sama_0005	0.34	-1.1
3,986	+		Sama_0005	0.34	-0.3
3,986	+		Sama_0005	0.34	+0.8
3,987	-		Sama_0005	0.34	+1.4
3,987	-		Sama_0005	0.34	+0.3
3,987	-		Sama_0005	0.34	-0.7
3,998	+		Sama_0005	0.36	+0.1
3,998	+		Sama_0005	0.36	-0.6
3,998	+		Sama_0005	0.36	+0.4
3,999	-		Sama_0005	0.36	-0.6
3,999	-		Sama_0005	0.36	+2.3
3,999	-		Sama_0005	0.36	-1.1
3,999	-		Sama_0005	0.36	+0.3
3,999	-		Sama_0005	0.36	+0.5
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.3
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.4
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.5
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.3
4,022	+		Sama_0005	0.38	-0.1
4,022	+		Sama_0005	0.38	+0.0
4,023	-		Sama_0005	0.39	+0.1
4,023	-		Sama_0005	0.39	+1.0
4,023	-		Sama_0005	0.39	-1.1
4,023	-		Sama_0005	0.39	-0.5
4,023	-		Sama_0005	0.39	-2.4
4,023	-		Sama_0005	0.39	+0.3
4,023	-		Sama_0005	0.39	-0.4
4,023	-		Sama_0005	0.39	+0.6
4,067	-		Sama_0005	0.44	+0.6
4,173	-		Sama_0005	0.56	-0.7
4,173	-		Sama_0005	0.56	+2.0
4,173	-		Sama_0005	0.56	+0.9
4,173	-		Sama_0005	0.56	-1.8
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.5
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.1
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.5
4,193	+		Sama_0005	0.58	+0.6
4,193	+		Sama_0005	0.58	-0.7
4,194	-		Sama_0005	0.58	-0.9
4,194	-		Sama_0005	0.58	+0.6
4,194	-		Sama_0005	0.58	+0.9
4,194	-		Sama_0005	0.58	-1.3
4,194	-		Sama_0005	0.58	-0.1
4,342	+		Sama_0005	0.75	+1.2
4,342	+		Sama_0005	0.75	-0.6
4,343	-		Sama_0005	0.75	-0.8
4,343	-		Sama_0005	0.75	-0.0
4,343	-		Sama_0005	0.75	+0.4
4,377	+		Sama_0005	0.79	-0.1
4,378	-		Sama_0005	0.79	+0.0
4,394	+		Sama_0005	0.81	+0.0
4,394	+		Sama_0005	0.81	-0.7
4,394	+		Sama_0005	0.81	-0.4
4,394	+		Sama_0005	0.81	-1.2
4,395	-		Sama_0005	0.81	-0.3
4,395	-		Sama_0005	0.81	+0.0
4,395	-		Sama_0005	0.81	-0.6
4,395	-		Sama_0005	0.81	+0.1
4,395	-		Sama_0005	0.81	-2.0
4,397	+		Sama_0005	0.81	+1.4
4,397	+		Sama_0005	0.81	+0.3
4,397	+		Sama_0005	0.81	+1.0
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