Strain Fitness in Shewanella amazonensis SB2B around Sama_0003

Experiment: pyruvate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	pyruvate
597	+				-0.4
597	+				-1.0
597	+				-0.5
597	+				-0.2
597	+				-1.1
597	+				-0.6
597	+				-1.6
598	-				+0.3
598	-				+2.4
598	-				-0.7
598	-				+0.1
598	-				+1.0
601	+				-0.3
601	+				-1.3
602	-				+0.7
602	-				+0.8
602	-				-0.3
602	-				+0.1
609	+				-0.1
609	+				+0.9
609	+				+0.8
609	+				-0.7
609	+				-0.7
610	-				-0.2
610	-				+0.9
610	-				+0.4
610	-				-0.9
610	-				-0.1
610	-				-0.3
610	-				+0.3
610	-				-0.7
656	+				-2.2
656	+				-0.1
712	+				-0.1
712	+				-0.1
712	+				-0.0
712	+				+0.4
713	-				+0.9
754	+		Sama_0002	0.11	-0.3
754	+		Sama_0002	0.11	-0.3
755	-		Sama_0002	0.11	+0.7
755	-		Sama_0002	0.11	-1.0
783	-		Sama_0002	0.14	-0.1
851	+		Sama_0002	0.21	+0.4
852	-		Sama_0002	0.21	+0.4
852	-		Sama_0002	0.21	+0.7
868	+		Sama_0002	0.23	-0.9
869	-		Sama_0002	0.23	+0.0
920	+		Sama_0002	0.29	+0.4
921	-		Sama_0002	0.29	-0.5
955	+		Sama_0002	0.33	-0.1
955	+		Sama_0002	0.33	-0.7
955	+		Sama_0002	0.33	-1.2
955	+		Sama_0002	0.33	-0.2
956	-		Sama_0002	0.33	+0.7
956	-		Sama_0002	0.33	-0.7
956	-		Sama_0002	0.33	-1.2
956	-		Sama_0002	0.33	-1.9
956	-		Sama_0002	0.33	+1.3
956	-		Sama_0002	0.33	-0.3
956	-		Sama_0002	0.33	+0.6
961	+		Sama_0002	0.33	+0.3
983	+		Sama_0002	0.36	-0.1
1,019	+		Sama_0002	0.40	+0.0
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.5
1,028	+		Sama_0002	0.41	+0.3
1,028	+		Sama_0002	0.41	-1.0
1,029	-		Sama_0002	0.41	+0.4
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.8
1,029	-		Sama_0002	0.41	-0.5
1,029	-		Sama_0002	0.41	-2.8
1,062	+		Sama_0002	0.44	-1.9
1,062	+		Sama_0002	0.44	+0.1
1,063	-		Sama_0002	0.44	-1.4
1,063	-		Sama_0002	0.44	+0.3
1,115	-		Sama_0002	0.50	+0.9
1,120	+		Sama_0002	0.51	+2.1
1,120	+		Sama_0002	0.51	-1.6
1,120	+		Sama_0002	0.51	-0.2
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.5
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.3
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.7
1,120	+		Sama_0002	0.51	+0.5
1,164	+		Sama_0002	0.55	+0.5
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.6
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.1
1,164	+		Sama_0002	0.55	-0.3
1,165	-		Sama_0002	0.56	+0.8
1,165	-		Sama_0002	0.56	-1.1
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.6
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.7
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.7
1,186	+		Sama_0002	0.58	+0.0
1,186	+		Sama_0002	0.58	-0.2
1,186	+		Sama_0002	0.58	-1.1
1,187	-		Sama_0002	0.58	+0.4
1,187	-		Sama_0002	0.58	-0.1
1,187	-		Sama_0002	0.58	+1.3
1,187	-		Sama_0002	0.58	-1.9
1,187	-		Sama_0002	0.58	-2.3
1,200	-		Sama_0002	0.59	+0.1
1,200	-		Sama_0002	0.59	+0.7
1,273	+		Sama_0002	0.67	-0.0
1,273	+		Sama_0002	0.67	-0.1
1,274	-		Sama_0002	0.67	+1.0
1,274	-		Sama_0002	0.67	-0.6
1,274	-		Sama_0002	0.67	+2.3
1,313	+		Sama_0002	0.72	-0.2
1,313	+		Sama_0002	0.72	+0.2
1,314	-		Sama_0002	0.72	-0.6
1,384	+		Sama_0002	0.79	+0.8
1,384	+		Sama_0002	0.79	-1.5
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.3
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.0
1,403	+		Sama_0002	0.82	+0.6
1,403	+		Sama_0002	0.82	-0.1
1,404	-		Sama_0002	0.82	+0.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.7
1,404	-		Sama_0002	0.82	-1.2
1,404	-		Sama_0002	0.82	-0.2
1,418	+		Sama_0002	0.83	-0.7
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.1
1,419	-		Sama_0002	0.83	-0.9
1,419	-		Sama_0002	0.83	-1.3
1,441	-		Sama_0002	0.86	-0.5
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.8
1,450	+		Sama_0002	0.87	-1.1
1,450	+		Sama_0002	0.87	+0.1
1,450	+		Sama_0002	0.87	+1.4
1,451	-		Sama_0002	0.87	-0.3
1,451	-		Sama_0002	0.87	+0.4
1,451	-		Sama_0002	0.87	-1.6
1,505	+				+1.1
1,505	+				-1.3
1,505	+				-0.4
1,505	+				-0.2
1,506	-				+1.9
1,523	+				-0.1
1,523	+				+1.3
1,524	-				+0.5
1,524	-				+0.7
1,524	-				+0.4
1,524	-				-0.3
1,524	-				+0.1
1,586	+				-0.1
1,586	+				-0.7
1,586	+				-1.0
1,586	+				+0.1
1,586	+				-0.5
1,586	+				-0.9
1,587	-				+0.7
1,587	-				-1.1
1,587	-				-1.4
1,587	-				-0.5
1,589	+				-0.7
1,589	+				-0.1
1,589	+				-1.9
1,590	-				-1.3
1,590	-				-1.2
1,590	-				+0.9
1,590	-				-1.1
1,590	-				+1.0
1,602	-				-0.9
1,602	-				+0.8
1,685	-		Sama_0003	0.19	-0.2
1,685	-		Sama_0003	0.19	+0.4
1,685	-		Sama_0003	0.19	+1.4
1,725	+		Sama_0003	0.24	-0.2
1,763	+		Sama_0003	0.28	-1.1
1,763	+		Sama_0003	0.28	-0.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	+1.0
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.1
1,796	+		Sama_0003	0.32	+1.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	+0.2
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.4
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.3
1,796	+		Sama_0003	0.32	-1.9
1,796	+		Sama_0003	0.32	-0.6
1,797	-		Sama_0003	0.33	-1.4
1,797	-		Sama_0003	0.33	-1.1
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.7
1,839	+		Sama_0003	0.37	+1.4
1,839	+		Sama_0003	0.37	-0.3
1,840	-		Sama_0003	0.38	+2.5
1,845	+		Sama_0003	0.38	+0.4
1,845	+		Sama_0003	0.38	-2.3
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.2
1,846	-		Sama_0003	0.38	-0.9
1,894	+		Sama_0003	0.44	+0.8
1,894	+		Sama_0003	0.44	-1.5
1,895	-		Sama_0003	0.44	+0.1
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.7
1,997	+		Sama_0003	0.56	-2.8
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.9
1,997	+		Sama_0003	0.56	+1.1
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.4
1,997	+		Sama_0003	0.56	+0.9
1,997	+		Sama_0003	0.56	-1.0
1,997	+		Sama_0003	0.56	-0.1
1,998	-		Sama_0003	0.56	-1.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	+1.3
1,998	-		Sama_0003	0.56	-2.1
1,998	-		Sama_0003	0.56	-0.0
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.3
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.7
1,998	-		Sama_0003	0.56	+0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	-1.0
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	+0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.3
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.6
2,003	+		Sama_0003	0.57	-0.4
2,004	-		Sama_0003	0.57	-1.4
2,004	-		Sama_0003	0.57	-0.7
2,004	-		Sama_0003	0.57	-0.7
2,020	-		Sama_0003	0.59	+1.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	+0.9
2,048	+		Sama_0003	0.62	-1.4
2,048	+		Sama_0003	0.62	-1.6
2,222	+		Sama_0003	0.83	+0.1
2,223	-		Sama_0003	0.83	-0.5
2,223	-		Sama_0003	0.83	-1.1
2,234	-		Sama_0003	0.84	-1.7
2,312	+				+0.5
2,312	+				-2.1
2,312	+				+0.2
2,312	+				+0.1
2,312	+				-0.0
2,312	+				-1.5
2,312	+				+0.4
2,313	-				-1.4
2,313	-				+2.1
2,313	-				+1.1
2,313	-				+1.5
2,313	-				+0.2
2,313	-				-0.2
2,313	-				-1.6
2,313	-				-0.1
2,313	-				+0.1
2,354	-				-0.5
2,354	-				-0.3
2,354	-				-0.3
2,354	-				+0.1
2,377	+				+0.2
2,378	+				-0.7
2,378	+				+0.3
2,379	-				-0.8
2,379	-				-0.9
2,379	-				+0.8
2,379	-				-0.4
2,379	-				-0.6
2,382	+				-0.4
2,382	+				-1.1
2,383	-				-0.7
2,383	-				+1.3
2,383	-				-0.9
2,390	+				-0.7
2,475	+				+1.3
2,475	+				-0.3
2,476	-				-0.4
2,476	-				+0.4
2,476	-				-0.6
2,476	-				+0.3
2,507	+		Sama_0004	0.11	+0.3
2,508	-		Sama_0004	0.12	-1.3
2,508	-		Sama_0004	0.12	+0.8
2,508	-		Sama_0004	0.12	-1.7
2,508	-		Sama_0004	0.12	+0.8
2,520	+		Sama_0004	0.13	+1.3
2,520	+		Sama_0004	0.13	-0.9
2,521	-		Sama_0004	0.13	+0.7
2,521	-		Sama_0004	0.13	-0.3
2,521	-		Sama_0004	0.13	+0.4
2,546	-		Sama_0004	0.15	-1.6
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.5
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.7
2,774	+		Sama_0004	0.35	-0.7
2,775	-		Sama_0004	0.35	-1.1
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.2
2,775	-		Sama_0004	0.35	-0.6
2,775	-		Sama_0004	0.35	+1.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	-1.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	+1.1
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.5
2,829	+		Sama_0004	0.40	+0.3
2,829	+		Sama_0004	0.40	-0.9
2,830	-		Sama_0004	0.40	-1.9
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.8
2,830	-		Sama_0004	0.40	+0.2
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.1
2,830	-		Sama_0004	0.40	-0.1
2,841	+		Sama_0004	0.41	-1.9
2,842	-		Sama_0004	0.41	-0.9
2,847	+		Sama_0004	0.41	+1.1
2,847	+		Sama_0004	0.41	-0.4
2,847	+		Sama_0004	0.41	+1.1
2,847	+		Sama_0004	0.41	+2.5
2,848	-		Sama_0004	0.42	+0.3
2,848	-		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.8
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.2
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.6
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.8
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-1.7
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+0.0
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	+1.4
2,851	+		Sama_0004	0.42	-2.1
2,851	+		Sama_0004	0.42	-0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.5
2,852	-		Sama_0004	0.42	-1.4
2,852	-		Sama_0004	0.42	+1.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.6
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.1
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.9
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.8
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.3
2,852	-		Sama_0004	0.42	-0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.7
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.2
2,852	-		Sama_0004	0.42	+0.4
2,896	+		Sama_0004	0.46	-2.1
2,896	+		Sama_0004	0.46	-1.6
2,931	+		Sama_0004	0.49	-1.0
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