Strain Fitness in Pantoea sp. MT58 around IAI47_00020

Experiment: Ying_all64 rep A; time point 1

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Ying_all64 rep A; time point 1
2,380	+		IAI47_00015	0.11	-2.0
2,381	-		IAI47_00015	0.11	-0.3
2,381	-		IAI47_00015	0.11	+0.3
2,381	-		IAI47_00015	0.11	-0.7
2,381	-		IAI47_00015	0.11	+1.6
2,393	+		IAI47_00015	0.12	+0.3
2,393	+		IAI47_00015	0.12	+0.3
2,394	-		IAI47_00015	0.12	-0.6
2,394	-		IAI47_00015	0.12	+1.6
2,394	-		IAI47_00015	0.12	+0.2
2,394	-		IAI47_00015	0.12	-0.2
2,394	-		IAI47_00015	0.12	+0.4
2,549	+		IAI47_00015	0.26	+0.4
2,549	+		IAI47_00015	0.26	-1.0
2,549	+		IAI47_00015	0.26	-0.6
2,570	+		IAI47_00015	0.28	-0.8
2,570	+		IAI47_00015	0.28	-0.8
2,570	+		IAI47_00015	0.28	+1.0
2,570	+		IAI47_00015	0.28	-0.8
2,570	+		IAI47_00015	0.28	-0.4
2,570	+		IAI47_00015	0.28	+0.5
2,571	-		IAI47_00015	0.28	+2.5
2,571	-		IAI47_00015	0.28	+0.4
2,608	+		IAI47_00015	0.32	+1.0
2,627	+		IAI47_00015	0.34	+0.2
2,627	+		IAI47_00015	0.34	-0.6
2,628	-		IAI47_00015	0.34	+1.3
2,628	-		IAI47_00015	0.34	+0.2
2,652	+		IAI47_00015	0.36	+0.4
2,653	-		IAI47_00015	0.36	-3.2
2,664	+		IAI47_00015	0.37	-0.3
2,664	+		IAI47_00015	0.37	+0.8
2,664	+		IAI47_00015	0.37	+0.6
2,664	+		IAI47_00015	0.37	-0.6
2,664	+		IAI47_00015	0.37	+2.2
2,664	+		IAI47_00015	0.37	+0.5
2,664	+		IAI47_00015	0.37	-1.4
2,665	-		IAI47_00015	0.37	-0.2
2,665	-		IAI47_00015	0.37	-0.6
2,688	-		IAI47_00015	0.39	+0.4
2,720	+		IAI47_00015	0.42	+0.5
2,720	+		IAI47_00015	0.42	+0.2
2,721	-		IAI47_00015	0.42	-0.6
2,721	-		IAI47_00015	0.42	+0.5
2,721	-		IAI47_00015	0.42	-1.1
2,721	-		IAI47_00015	0.42	-0.8
2,721	-		IAI47_00015	0.42	+0.8
2,721	-		IAI47_00015	0.42	-0.5
2,735	+		IAI47_00015	0.44	+3.4
2,736	-		IAI47_00015	0.44	+0.2
2,736	-		IAI47_00015	0.44	+0.4
2,772	+		IAI47_00015	0.47	+0.6
2,773	-		IAI47_00015	0.47	+2.1
2,844	+		IAI47_00015	0.54	-2.2
2,844	+		IAI47_00015	0.54	+1.3
2,844	+		IAI47_00015	0.54	-1.0
2,845	-		IAI47_00015	0.54	+1.2
2,845	-		IAI47_00015	0.54	+0.8
2,857	+		IAI47_00015	0.55	+0.2
2,858	-		IAI47_00015	0.55	+0.2
2,882	+		IAI47_00015	0.57	+0.1
2,949	+		IAI47_00015	0.63	+0.4
2,950	-		IAI47_00015	0.63	+1.5
2,970	-		IAI47_00015	0.65	+0.8
2,970	-		IAI47_00015	0.65	-1.1
2,970	-		IAI47_00015	0.65	-0.8
2,997	+		IAI47_00015	0.68	-0.8
2,997	+		IAI47_00015	0.68	-1.0
2,997	+		IAI47_00015	0.68	+0.9
2,997	+		IAI47_00015	0.68	+0.8
2,997	+		IAI47_00015	0.68	+0.6
2,997	+		IAI47_00015	0.68	-1.4
2,998	-		IAI47_00015	0.68	+1.0
2,998	-		IAI47_00015	0.68	-0.2
2,998	-		IAI47_00015	0.68	+1.2
2,998	-		IAI47_00015	0.68	+0.8
2,998	-		IAI47_00015	0.68	+0.4
2,998	-		IAI47_00015	0.68	-0.3
2,998	-		IAI47_00015	0.68	-0.6
3,000	-		IAI47_00015	0.68	-0.7
3,017	+		IAI47_00015	0.70	-1.1
3,064	+		IAI47_00015	0.74	+0.9
3,064	+		IAI47_00015	0.74	+0.2
3,064	+		IAI47_00015	0.74	-0.0
3,065	-		IAI47_00015	0.74	+0.2
3,152	+		IAI47_00015	0.82	+2.4
3,152	+		IAI47_00015	0.82	-0.1
3,152	+		IAI47_00015	0.82	-1.2
3,152	+		IAI47_00015	0.82	+0.4
3,152	+		IAI47_00015	0.82	+0.5
3,152	+		IAI47_00015	0.82	+0.1
3,152	+		IAI47_00015	0.82	-0.6
3,153	-		IAI47_00015	0.82	+1.1
3,153	-		IAI47_00015	0.82	+0.4
3,153	-		IAI47_00015	0.82	+0.8
3,153	-		IAI47_00015	0.82	-0.5
3,153	-		IAI47_00015	0.82	+0.1
3,156	+		IAI47_00015	0.82	-0.5
3,156	+				-0.2
3,156	+		IAI47_00015	0.82	-0.1
3,157	-		IAI47_00015	0.82	-2.0
3,157	-		IAI47_00015	0.82	+0.4
3,157	-		IAI47_00015	0.82	+0.1
3,157	-		IAI47_00015	0.82	+0.1
3,157	-		IAI47_00015	0.82	-1.3
3,157	-		IAI47_00015	0.82	+1.0
3,221	-		IAI47_00015	0.88	+0.6
3,254	+				+0.0
3,271	+				+0.2
3,271	+				+1.4
3,271	+				-1.2
3,271	+				-0.6
3,272	-				+1.1
3,272	-				-0.6
3,272	-				-1.2
3,272	-				+0.3
3,320	+				-1.4
3,320	+				-0.5
5,768	+				-1.6
5,768	+				-1.4
5,772	+				+1.1
5,772	+				-0.1
5,773	-				-0.3
5,788	+				-0.4
5,789	-				+0.5
5,789	-				-1.2
5,789	-				-0.0
5,884	+				+0.4
5,885	-				+0.8
5,902	+				+0.2
5,903	-				+0.2
5,903	-				+1.1
5,996	+				+0.1
5,997	-				+0.6
6,006	+				+0.3
6,006	+				-1.4
6,006	+				+0.4
6,006	+				+0.2
6,020	+				-2.2
6,031	+				+0.8
6,031	+				+0.8
6,031	+				-0.4
6,031	+				-0.6
6,031	+				-0.2
6,031	+				+1.4
6,031	+				+0.3
6,031	+				+0.1
6,031	+				+0.8
6,031	+				+0.8
6,031	+				+3.4
6,031	+				-0.6
6,031	+				-0.0
6,031	+				+0.1
6,031	+				-0.6
6,031	+				+0.2
6,032	-				-0.2
6,032	-				-0.6
6,032	-				+1.1
6,032	-				+0.5
6,032	-				-1.2
6,032	-				-0.7
6,032	-				+0.1
6,032	-				+0.2
6,032	-				-0.2
6,032	-				-0.2
6,032	-				-0.5
6,032	-				+0.8
6,032	-				+1.2
6,032	-				-0.2
6,032	-				+2.4
6,032	-				+1.5
6,032	-				-0.0
6,032	-				+0.8
6,032	-				-1.2
6,032	-				+0.2
6,032	-				-1.2
6,032	-				-0.1
6,032	-				+1.0
6,038	-				+0.8
6,038	-				+0.4
6,038	-				-1.2
6,040	+				-0.6
6,040	+				+0.3
6,040	+				-0.9
6,040	+				-0.2
6,040	+				-0.2
6,041	-				+0.6
6,041	-				-1.7
6,188	+		IAI47_00025	0.19	-0.8
6,189	-		IAI47_00025	0.19	-0.0
6,189	-		IAI47_00025	0.19	-0.2
6,205	+		IAI47_00025	0.21	+2.4
6,206	-		IAI47_00025	0.21	-0.8
6,224	+		IAI47_00025	0.24	-0.4
6,225	-		IAI47_00025	0.24	-0.1
6,225	-		IAI47_00025	0.24	-0.6
6,231	+		IAI47_00025	0.25	+0.2
6,231	+		IAI47_00025	0.25	+2.2
6,232	-		IAI47_00025	0.25	-0.2
6,308	+		IAI47_00025	0.34	-0.6
6,308	+		IAI47_00025	0.34	+0.8
6,308	+		IAI47_00025	0.34	+0.0
6,308	+		IAI47_00025	0.34	-1.1
6,309	-		IAI47_00025	0.34	+0.0
6,309	-		IAI47_00025	0.34	+2.4
6,309	-		IAI47_00025	0.34	-0.7
6,309	-		IAI47_00025	0.34	-0.0
6,309	-		IAI47_00025	0.34	+1.6
6,309	-		IAI47_00025	0.34	+0.6
6,314	+		IAI47_00025	0.35	-1.1
6,314	+		IAI47_00025	0.35	-2.9
6,314	+		IAI47_00025	0.35	+2.4
6,314	+		IAI47_00025	0.35	+0.2
6,314	+		IAI47_00025	0.35	+0.3
6,314	+		IAI47_00025	0.35	-1.0
6,314	+		IAI47_00025	0.35	+0.8
6,314	+		IAI47_00025	0.35	+0.8
6,315	-		IAI47_00025	0.35	-0.2
6,315	-		IAI47_00025	0.35	+0.2
6,315	-		IAI47_00025	0.35	+0.2
6,315	-		IAI47_00025	0.35	-1.2
6,315	-		IAI47_00025	0.35	+0.4
6,315	-		IAI47_00025	0.35	+0.6
6,315	-		IAI47_00025	0.35	+0.8
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.2
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-1.2
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+0.8
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.6
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.4
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.6
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+1.4
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+0.1
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.6
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+0.4
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+0.1
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.4
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+1.0
6,375	+		IAI47_00025	0.42	+0.2
6,375	+		IAI47_00025	0.42	-0.1
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.6
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.8
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.6
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.2
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.7
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.4
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.1
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.2
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.8
6,376	-		IAI47_00025	0.42	+0.6
6,376	-		IAI47_00025	0.42	-0.7
6,376	-		IAI47_00025	0.42	+0.8
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.8
6,377	+		IAI47_00025	0.43	-0.0
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.4
6,377	+		IAI47_00025	0.43	-0.7
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.7
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+1.1
6,377	+		IAI47_00025	0.43	-1.0
6,377	+		IAI47_00025	0.43	-0.6
6,377	+		IAI47_00025	0.43	-0.6
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.1
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.0
6,377	+		IAI47_00025	0.43	+0.0
6,378	-		IAI47_00025	0.43	+0.1
6,378	-		IAI47_00025	0.43	-0.4
6,378	-		IAI47_00025	0.43	-0.3
6,378	-		IAI47_00025	0.43	+0.0
6,378	-		IAI47_00025	0.43	+0.4
6,378	-		IAI47_00025	0.43	+1.3
6,388	+		IAI47_00025	0.44	-0.1
6,388	+		IAI47_00025	0.44	-1.7
6,389	-		IAI47_00025	0.44	-1.6
6,404	+		IAI47_00025	0.46	-0.0
6,404	+		IAI47_00025	0.46	-0.7
6,404	+		IAI47_00025	0.46	-0.2
6,404	+		IAI47_00025	0.46	+1.4
6,404	+		IAI47_00025	0.46	+1.2
6,405	-		IAI47_00025	0.46	-0.1
6,405	-		IAI47_00025	0.46	-0.2
6,405	-		IAI47_00025	0.46	+1.3
6,405	-		IAI47_00025	0.46	-0.9
6,405	-		IAI47_00025	0.46	+0.8
6,405	-		IAI47_00025	0.46	-1.2
6,405	-		IAI47_00025	0.46	-0.6
6,563	+		IAI47_00025	0.66	+0.8
6,563	+		IAI47_00025	0.66	+1.0
6,563	+		IAI47_00025	0.66	+0.7
6,563	+		IAI47_00025	0.66	-1.6
6,563	+		IAI47_00025	0.66	-1.5
6,563	+		IAI47_00025	0.66	-0.7
6,563	+		IAI47_00025	0.66	+0.4
6,563	+		IAI47_00025	0.66	+1.8
6,563	+		IAI47_00025	0.66	-0.6
6,564	-		IAI47_00025	0.66	+1.1
6,564	-		IAI47_00025	0.66	-1.8
6,564	-		IAI47_00025	0.66	+0.0
6,564	-		IAI47_00025	0.66	+0.4
6,564	-		IAI47_00025	0.66	-0.4
6,564	-		IAI47_00025	0.66	-0.2
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