Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16815

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	-0.3
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	-0.5
3,628,028	-		DZA65_RS16805	0.65	+0.3
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+0.6
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-0.0
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-0.5
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-0.1
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+0.4
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-1.3
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-1.0
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+0.1
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-0.6
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	-0.7
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	-0.8
3,628,101	-		DZA65_RS16805	0.71	-0.8
3,628,168	+		DZA65_RS16805	0.78	+0.7
3,628,169	-		DZA65_RS16805	0.78	-1.8
3,628,182	+		DZA65_RS16805	0.79	-1.2
3,628,183	-				+1.6
3,628,183	-		DZA65_RS16805	0.79	-1.2
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-0.8
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+0.5
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-0.2
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+1.1
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.0
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.3
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.0
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.6
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.5
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.0
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.3
3,628,211	-				+1.3
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	-1.0
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	+1.0
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	+2.0
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	+0.6
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	-0.2
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	+0.6
3,628,243	+		DZA65_RS16805	0.84	+0.8
3,628,244	-		DZA65_RS16805	0.84	-0.2
3,628,268	+		DZA65_RS16805	0.87	+0.1
3,628,269	-		DZA65_RS16805	0.87	+0.2
3,628,304	+		DZA65_RS16805	0.90	-0.6
3,628,305	-				-0.0
3,628,328	-				+0.1
3,628,367	+				+0.8
3,628,368	-				-2.5
3,628,383	+				-0.5
3,628,383	+				-0.8
3,628,384	-				-0.3
3,628,384	-				+0.8
3,628,571	-		DZA65_RS16810	0.21	-0.5
3,628,609	+		DZA65_RS16810	0.32	+0.2
3,628,609	+		DZA65_RS16810	0.32	-1.4
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	-0.6
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	-0.6
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	-2.2
3,628,624	+				+0.6
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-0.5
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-2.5
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-0.5
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-1.7
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-1.5
3,628,625	-		DZA65_RS16810	0.37	-1.2
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-0.0
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-0.2
3,628,686	+				-1.0
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	+0.1
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-2.1
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-1.0
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-1.8
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.3
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-1.1
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-2.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-1.2
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.8
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.2
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.8
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.6
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.8
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.0
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.4
3,628,738	+		DZA65_RS16810	0.71	-0.6
3,628,739	-		DZA65_RS16810	0.71	-0.8
3,628,778	+		DZA65_RS16810	0.82	-1.5
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-0.1
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-2.2
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-0.8
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-0.9
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	-0.9
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	-0.7
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	-0.6
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	+0.4
3,628,813	+				-1.3
3,628,814	-				-0.0
3,628,816	+				+1.7
3,628,817	-				-2.0
3,628,849	-				+1.2
3,628,858	+				-2.2
3,628,858	+				+0.5
3,628,858	+				-2.0
3,628,858	+				-0.7
3,628,858	+				-0.2
3,628,858	+				-2.0
3,628,858	+				-1.0
3,628,858	+				-1.5
3,628,858	+				+0.5
3,628,859	-				-1.3
3,628,859	-				+0.6
3,628,859	-				-0.4
3,628,859	-				+0.2
3,628,859	-				-0.2
3,628,859	-				-0.2
3,628,859	-				-0.3
3,628,859	-				-0.1
3,628,859	-				+0.3
3,628,859	-				+0.4
3,628,862	+				+0.2
3,628,863	-				-0.8
3,628,863	-				-0.4
3,628,913	+				-2.2
3,628,918	+				-0.6
3,628,919	-				+1.0
3,628,919	-				+0.1
3,628,919	-				-0.1
3,628,919	-				+0.1
3,628,919	-				-0.3
3,628,924	+				-0.6
3,628,924	+				-0.1
3,628,925	-				-0.5
3,628,925	-				-1.1
3,628,925	-				+0.7
3,628,925	-				+0.5
3,629,000	+				-0.1
3,629,031	+				+1.4
3,629,032	-				+1.6
3,629,040	+				-1.5
3,629,040	+				-0.7
3,629,040	+				+0.6
3,629,041	-				+0.7
3,629,041	-				-0.6
3,629,045	+				+0.5
3,629,053	+				+0.4
3,629,053	+				+0.4
3,629,053	+				+0.1
3,629,053	+				+0.4
3,629,053	+				+1.1
3,629,054	-				-0.8
3,629,054	-				-1.1
3,629,054	-				+1.5
3,629,054	-				-0.1
3,629,054	-				-1.8
3,629,054	-				-0.3
3,629,054	-				+0.9
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	-0.2
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	+0.3
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	-1.0
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	+0.9
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	+1.2
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+0.7
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+0.3
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+0.1
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+1.3
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+0.4
3,629,090	+		DZA65_RS16815	0.12	+0.2
3,629,090	+		DZA65_RS16815	0.12	+1.0
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	-0.6
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	+0.1
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	+0.6
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	+0.1
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	+0.3
3,629,102	+		DZA65_RS16815	0.13	-2.3
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	+1.2
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	-0.4
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	-0.2
3,629,260	-		DZA65_RS16815	0.25	-0.2
3,629,319	-		DZA65_RS16815	0.30	+0.4
3,629,375	-		DZA65_RS16815	0.34	+0.2
3,629,377	+		DZA65_RS16815	0.34	-0.4
3,629,378	-		DZA65_RS16815	0.34	+1.0
3,629,378	-		DZA65_RS16815	0.34	-0.2
3,629,418	+		DZA65_RS16815	0.37	-0.7
3,629,419	-		DZA65_RS16815	0.37	+0.1
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-1.3
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.1
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.6
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.2
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-1.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-1.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.3
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.8
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.1
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.4
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-2.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.1
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.1
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.3
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.6
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.4
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-1.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	-0.0
3,629,460	+		DZA65_RS16815	0.40	+0.1
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-0.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-1.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+1.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+1.1
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+1.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.7
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-0.1
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.5
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.3
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-0.8
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-0.4
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.1
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.8
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.5
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	+0.2
3,629,461	-		DZA65_RS16815	0.40	-1.2
3,629,487	+		DZA65_RS16815	0.42	-0.2
3,629,487	+		DZA65_RS16815	0.42	-0.3
3,629,506	-		DZA65_RS16815	0.44	-1.3
3,629,506	-		DZA65_RS16815	0.44	+0.8
3,629,589	+		DZA65_RS16815	0.50	-0.3
3,629,643	+		DZA65_RS16815	0.54	+1.2
3,629,644	-		DZA65_RS16815	0.54	-2.3
3,629,693	+		DZA65_RS16815	0.58	-0.8
3,629,778	+		DZA65_RS16815	0.64	-0.7
3,629,826	+		DZA65_RS16815	0.67	-0.7
3,629,826	+		DZA65_RS16815	0.67	-0.2
3,629,827	-		DZA65_RS16815	0.68	-0.5
3,629,827	-		DZA65_RS16815	0.68	+1.7
3,629,827	-		DZA65_RS16815	0.68	+0.1
3,629,832	-		DZA65_RS16815	0.68	-0.7
3,629,832	-		DZA65_RS16815	0.68	+0.6
3,629,894	+		DZA65_RS16815	0.73	-0.2
3,629,895	-		DZA65_RS16815	0.73	+0.5
3,629,895	-		DZA65_RS16815	0.73	-0.4
3,629,895	-		DZA65_RS16815	0.73	+1.1
3,629,917	+		DZA65_RS16815	0.74	-0.3
3,629,918	-		DZA65_RS16815	0.74	-0.6
3,629,918	-		DZA65_RS16815	0.74	+0.4
3,629,918	-		DZA65_RS16815	0.74	-0.9
3,629,918	-		DZA65_RS16815	0.74	+0.9
3,629,918	-		DZA65_RS16815	0.74	-0.0
3,629,958	+		DZA65_RS16815	0.77	-0.8
3,629,993	+		DZA65_RS16815	0.80	-0.3
3,629,994	-		DZA65_RS16815	0.80	+0.3
3,630,183	+				+0.4
3,630,364	+		DZA65_RS16820	0.14	-1.0
3,630,364	+		DZA65_RS16820	0.14	+0.5
3,630,409	+		DZA65_RS16820	0.19	+0.0
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-0.2
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-2.2
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	+2.2
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-0.7
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	+0.5
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	+0.5
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-1.2
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-0.1
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-0.9
3,630,533	+		DZA65_RS16820	0.35	-1.2
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	+1.2
3,630,534	-				-1.0
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	-0.0
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	-0.1
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	+0.7
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	-0.3
3,630,534	-		DZA65_RS16820	0.35	-0.1
3,630,544	+		DZA65_RS16820	0.37	+1.4
3,630,617	-		DZA65_RS16820	0.46	-0.2
3,630,771	+		DZA65_RS16820	0.65	+0.5
3,630,829	+		DZA65_RS16820	0.73	-0.3
3,630,829	+		DZA65_RS16820	0.73	+0.1
3,630,829	+		DZA65_RS16820	0.73	-1.0
3,630,829	+		DZA65_RS16820	0.73	+1.6
3,630,829	+		DZA65_RS16820	0.73	+0.1
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+1.8
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+1.0
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	-0.3
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+0.3
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	-0.4
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	-0.1
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+0.1
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+0.4
3,630,830	-		DZA65_RS16820	0.73	+0.7
3,630,831	-		DZA65_RS16820	0.73	+0.1
3,630,837	+				-0.0
3,630,869	+		DZA65_RS16820	0.78	+0.3
3,630,869	+		DZA65_RS16820	0.78	+0.2
3,630,870	-		DZA65_RS16820	0.78	-1.2
3,630,870	-		DZA65_RS16820	0.78	+1.2
3,630,870	-		DZA65_RS16820	0.78	-0.1
3,630,870	-		DZA65_RS16820	0.78	-0.0
3,630,936	-		DZA65_RS16820	0.86	-0.0
3,631,010	+				+0.2
3,631,010	+				+1.0
3,631,025	+				+0.2
3,631,025	+				-0.3
3,631,025	+				+1.9
3,631,026	-				+0.1
3,631,026	-				-2.7
3,631,026	-				+0.4
3,631,046	+				+0.3
3,631,046	+				-0.3
3,631,047	-				+0.2
3,631,047	-				-0.4
3,631,066	+				+0.5
3,631,066	+				-0.4
3,631,066	+				+1.4
3,631,066	+				-0.7
3,631,066	+				-0.2
3,631,067	-				-0.6
3,631,067	-				+1.6
3,631,074	+				-0.6
3,631,177	+				+0.6
3,631,178	-				+0.4
3,631,178	-				-0.3
3,631,254	+		DZA65_RS16825	0.15	-0.2