Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16305

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
3,534,446	+				+0.7
3,534,446	+				+0.6
3,534,463	-				+1.0
3,534,463	-				-1.8
3,534,463	-				+0.2
3,534,463	-				-1.7
3,534,537	+				-0.7
3,534,537	+				-0.1
3,534,538	-				-0.4
3,534,538	-				-0.7
3,534,749	-		DZA65_RS16300	0.28	-0.7
3,534,809	-		DZA65_RS16300	0.34	-0.2
3,534,862	+		DZA65_RS16300	0.40	-1.7
3,534,887	-		DZA65_RS16300	0.43	+0.6
3,534,887	-		DZA65_RS16300	0.43	-0.6
3,535,075	+		DZA65_RS16300	0.63	-1.4
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	-1.6
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	+0.6
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	-0.2
3,535,150	+		DZA65_RS16300	0.71	-0.5
3,535,158	+		DZA65_RS16300	0.72	-0.4
3,535,159	-		DZA65_RS16300	0.72	-0.3
3,535,173	+		DZA65_RS16300	0.74	-1.0
3,535,174	-		DZA65_RS16300	0.74	-0.9
3,535,230	+		DZA65_RS16300	0.80	-0.5
3,535,250	-		DZA65_RS16300	0.82	+0.5
3,535,257	-		DZA65_RS16300	0.83	+0.9
3,535,261	+		DZA65_RS16300	0.83	+0.1
3,535,261	+		DZA65_RS16300	0.83	-0.3
3,535,280	+		DZA65_RS16300	0.85	-0.9
3,535,280	+		DZA65_RS16300	0.85	+0.5
3,535,281	-		DZA65_RS16300	0.85	-0.2
3,535,288	-		DZA65_RS16300	0.86	-0.9
3,535,367	+				-0.6
3,535,379	+				-2.7
3,535,379	+				+0.5
3,535,380	-				-0.3
3,535,384	+				-0.2
3,535,384	+				-1.3
3,535,384	+				-0.6
3,535,413	-				-0.1
3,535,499	+		DZA65_RS16305	0.14	-0.4
3,535,499	+		DZA65_RS16305	0.14	+0.8
3,535,500	-		DZA65_RS16305	0.14	-0.2
3,535,543	+		DZA65_RS16305	0.17	+0.3
3,535,544	-		DZA65_RS16305	0.17	-0.5
3,535,544	-		DZA65_RS16305	0.17	-0.4
3,535,586	-		DZA65_RS16305	0.21	-0.1
3,535,586	-		DZA65_RS16305	0.21	-0.5
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	+0.3
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	-0.4
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	-0.3
3,535,680	-		DZA65_RS16305	0.28	+0.3
3,535,680	-		DZA65_RS16305	0.28	+0.1
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.2
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-1.1
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.4
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.4
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.6
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-2.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.1
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.7
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-1.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.2
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.3
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.4
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.7
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.7
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.8
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.3
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.2
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+1.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-2.2
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.2
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.6
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.0
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.4
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.2
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.3
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.0
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.7
3,535,760	-				-0.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.4
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.8
3,535,802	+		DZA65_RS16305	0.38	+0.9
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	-0.7
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	+0.9
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	-0.7
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	-0.9
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	-0.2
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	-0.8
3,535,808	-		DZA65_RS16305	0.38	+0.4
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	-1.0
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	-1.4
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	+0.6
3,535,893	-				+2.3
3,535,893	-		DZA65_RS16305	0.45	-0.9
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-0.1
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-0.1
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-1.6
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	-1.7
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	+0.2
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	-0.9
3,536,049	-		DZA65_RS16305	0.58	-2.8
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.2
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	+0.9
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-1.4
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	+0.1
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.4
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	+0.7
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.1
3,536,109	-		DZA65_RS16305	0.62	-1.3
3,536,109	-		DZA65_RS16305	0.62	-0.5
3,536,116	+		DZA65_RS16305	0.63	-0.2
3,536,116	+		DZA65_RS16305	0.63	-0.1
3,536,117	-		DZA65_RS16305	0.63	-1.4
3,536,133	+		DZA65_RS16305	0.64	-1.1
3,536,133	+		DZA65_RS16305	0.64	-1.1
3,536,134	-		DZA65_RS16305	0.64	-1.4
3,536,134	-		DZA65_RS16305	0.64	-0.8
3,536,135	+		DZA65_RS16305	0.65	-0.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.4
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	+0.9
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-2.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	+0.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.1
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-2.6
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-1.4
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-1.2
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.7
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.7
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+0.4
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.4
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-1.0
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+1.1
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.7
3,536,248	-		DZA65_RS16305	0.74	-0.7
3,536,248	-		DZA65_RS16305	0.74	+0.1
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-0.9
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-0.1
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-1.4
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-0.8
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	+0.2
3,536,493	-				-1.2
3,536,563	+				-0.2
3,536,563	+				-0.5
3,536,563	+				-0.1
3,536,591	+				-1.2
3,536,591	+				+0.2
3,536,591	+				+0.1
3,536,592	-				-0.1
3,536,592	-				+0.1
3,536,592	-				-1.3
3,536,703	+		DZA65_RS16310	0.27	+0.9
3,536,703	+		DZA65_RS16310	0.27	-0.1
3,536,704	-		DZA65_RS16310	0.28	+0.0
3,536,704	-		DZA65_RS16310	0.28	+1.1
3,536,704	-		DZA65_RS16310	0.28	-1.7
3,536,704	-		DZA65_RS16310	0.28	-0.3
3,536,704	-		DZA65_RS16310	0.28	-1.1
3,536,936	+		DZA65_RS16310	0.78	+0.7
3,536,936	+		DZA65_RS16310	0.78	-0.9
3,536,936	+		DZA65_RS16310	0.78	-0.1
3,536,936	+		DZA65_RS16310	0.78	-0.6
3,536,936	+		DZA65_RS16310	0.78	-0.1
3,536,937	-		DZA65_RS16310	0.78	-0.7
3,536,937	-		DZA65_RS16310	0.78	-0.1
3,536,937	-		DZA65_RS16310	0.78	-0.4
3,537,012	+				-1.5
3,537,012	+				+0.2
3,537,012	+				-0.6
3,537,012	+				+0.6
3,537,012	+				-0.1
3,537,013	-				-1.1
3,537,013	-				-2.2
3,537,013	-				-0.9
3,537,036	-				+0.0
3,537,045	+				+1.3
3,537,045	+				-0.6
3,537,045	+				-0.1
3,537,045	+				-0.4
3,537,046	-				+2.5
3,537,046	-				-0.1
3,537,046	-				+0.4
3,537,060	+				+0.2
3,537,060	+				-0.7
3,537,061	-				-1.0
3,537,097	-				-0.6
3,537,108	-				-1.2
3,537,108	-				-0.4
3,537,108	-				+1.1
3,537,131	-				-0.3
3,537,134	+				-0.9
3,537,134	+				-0.1
3,537,134	+				+0.1
3,537,134	+				+1.1
3,537,134	+				+0.4
3,537,138	+				-1.1
3,537,138	+				+0.3
3,537,138	+				-2.1
3,537,139	-				-1.7
3,537,139	-				-0.2
3,537,139	-				-2.0
3,537,162	-		DZA65_RS16315	0.11	-0.1
3,537,220	-		DZA65_RS16315	0.17	-0.7
3,537,259	+		DZA65_RS16315	0.21	-1.1
3,537,259	+		DZA65_RS16315	0.21	+0.4
3,537,260	-		DZA65_RS16315	0.21	+1.9
3,537,273	-		DZA65_RS16315	0.22	-0.7
3,537,273	-		DZA65_RS16315	0.22	-0.7
3,537,309	+		DZA65_RS16315	0.26	+0.7
3,537,316	-		DZA65_RS16315	0.27	+0.7
3,537,318	+		DZA65_RS16315	0.27	+0.4
3,537,319	-		DZA65_RS16315	0.27	+1.2
3,537,348	+		DZA65_RS16315	0.30	+0.2
3,537,349	-		DZA65_RS16315	0.31	-2.4
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.2
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	+0.9
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.1
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.7
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.1
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.9
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.5
3,537,352	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.3
3,537,353	-		DZA65_RS16315	0.31	+0.3
3,537,353	-		DZA65_RS16315	0.31	-0.2
3,537,353	-		DZA65_RS16315	0.31	-0.2
3,537,353	-		DZA65_RS16315	0.31	-0.1
3,537,357	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.5
3,537,357	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.1
3,537,357	+		DZA65_RS16315	0.31	-0.7
3,537,358	-		DZA65_RS16315	0.32	+0.1
3,537,363	-		DZA65_RS16315	0.32	-0.1
3,537,363	-		DZA65_RS16315	0.32	-0.5
3,537,375	+		DZA65_RS16315	0.33	-0.2
3,537,383	+		DZA65_RS16315	0.34	+0.9
3,537,406	-		DZA65_RS16315	0.37	-0.4
3,537,413	-		DZA65_RS16315	0.37	+1.9
3,537,413	-		DZA65_RS16315	0.37	-0.1
3,537,414	+		DZA65_RS16315	0.38	-0.6
3,537,418	-		DZA65_RS16315	0.38	-0.5
3,537,418	-		DZA65_RS16315	0.38	-0.2
3,537,418	-		DZA65_RS16315	0.38	-0.3
3,537,466	-		DZA65_RS16315	0.43	-1.0
3,537,539	-		DZA65_RS16315	0.51	-0.1