Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS05265

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
1,081,752	+		DZA65_RS05260	0.31	-0.9
1,081,753	-		DZA65_RS05260	0.31	+0.2
1,081,868	+		DZA65_RS05260	0.47	-0.7
1,081,869	-		DZA65_RS05260	0.47	-1.3
1,081,869	-		DZA65_RS05260	0.47	+1.2
1,081,869	-		DZA65_RS05260	0.47	+0.7
1,081,906	+		DZA65_RS05260	0.52	-0.0
1,081,907	-		DZA65_RS05260	0.53	+0.1
1,081,907	-		DZA65_RS05260	0.53	-0.5
1,081,928	+		DZA65_RS05260	0.56	+0.4
1,081,973	+		DZA65_RS05260	0.62	+0.1
1,082,185	+				-0.3
1,082,185	+				+0.7
1,082,185	+				+0.7
1,082,185	+				+0.7
1,082,185	+				-0.9
1,082,185	+				+1.5
1,082,185	+				+0.2
1,082,185	+				+0.7
1,082,185	+				-1.1
1,082,185	+				-1.8
1,082,185	+				-0.3
1,082,185	+				+1.0
1,082,185	+				+0.3
1,082,185	+				+0.8
1,082,185	+				-2.8
1,082,185	+				-2.2
1,082,186	-				-0.1
1,082,186	-				+0.9
1,082,186	-				+0.9
1,082,186	-				-3.3
1,082,186	-				+0.6
1,082,186	-				+0.3
1,082,186	-				-0.0
1,082,186	-				+0.9
1,082,186	-				+1.4
1,082,186	-				+0.5
1,082,186	-				-1.4
1,082,186	-				+1.0
1,082,186	-				+0.7
1,082,186	-				-1.5
1,082,186	-				-1.3
1,082,186	-				-0.1
1,082,189	+				+0.9
1,082,255	-				+2.8
1,082,255	-				+0.4
1,082,257	+				-1.1
1,082,257	+				+1.2
1,082,257	+				-1.9
1,082,270	-				+0.7
1,082,270	-				-0.3
1,082,336	-				-1.3
1,082,458	-				+0.1
1,082,512	+				-1.2
1,082,512	+				+1.7
1,082,561	-				+1.3
1,082,561	-				-0.3
1,082,561	-				+0.7
1,082,571	+				+0.8
1,082,571	+				-2.3
1,082,571	+				-0.0
1,082,571	+				+0.7
1,082,572	-				+0.7
1,082,572	-				+0.3
1,082,612	+				+1.2
1,082,718	+				-0.3
1,082,800	-				+0.7
1,082,801	+				-0.3
1,082,838	+				+0.9
1,082,851	-				+0.4
1,082,851	-				+1.5
1,082,870	+				+0.3
1,082,870	+				+0.7
1,082,871	-				+0.9
1,082,900	+				-2.3
1,082,903	+				-0.5
1,082,903	+				-1.3
1,082,903	+				-1.7
1,082,904	-				-1.3
1,082,950	+				+0.0
1,082,950	+				-2.3
1,082,950	+				-0.3
1,082,950	+				-0.1
1,082,950	+				+1.5
1,082,951	-				-0.8
1,082,951	-				+0.7
1,082,951	-				+0.6
1,082,952	+				-0.1
1,082,952	+				-1.3
1,082,952	+				-0.6
1,082,952	+				-0.1
1,082,952	+				+1.7
1,082,952	+				+0.3
1,082,952	+				+1.0
1,082,953	-				-0.4
1,082,953	-				+1.2
1,082,953	-				+2.2
1,082,953	-				+1.3
1,082,958	+				-0.7
1,083,202	+		DZA65_RS05265	0.15	-2.1
1,083,202	+		DZA65_RS05265	0.15	+1.7
1,083,202	+		DZA65_RS05265	0.15	+2.2
1,083,202	+		DZA65_RS05265	0.15	+0.1
1,083,202	+		DZA65_RS05265	0.15	+0.5
1,083,203	-		DZA65_RS05265	0.15	-0.3
1,083,203	-		DZA65_RS05265	0.15	-1.5
1,083,203	-		DZA65_RS05265	0.15	-0.3
1,083,203	-		DZA65_RS05265	0.15	+0.2
1,083,203	-		DZA65_RS05265	0.15	-0.0
1,083,204	+		DZA65_RS05265	0.15	-0.9
1,083,205	-		DZA65_RS05265	0.15	+0.7
1,083,205	-		DZA65_RS05265	0.15	-1.9
1,083,218	+		DZA65_RS05265	0.16	-0.0
1,083,234	+		DZA65_RS05265	0.16	+0.2
1,083,235	-		DZA65_RS05265	0.16	-0.2
1,083,297	+		DZA65_RS05265	0.18	-0.2
1,083,298	-		DZA65_RS05265	0.18	+0.7
1,083,346	+		DZA65_RS05265	0.20	-2.2
1,083,346	+		DZA65_RS05265	0.20	-1.5
1,083,347	-		DZA65_RS05265	0.20	-0.3
1,083,378	+		DZA65_RS05265	0.21	+0.7
1,083,378	+		DZA65_RS05265	0.21	+0.9
1,083,379	-		DZA65_RS05265	0.21	-0.1
1,083,379	-		DZA65_RS05265	0.21	-0.8
1,083,395	-		DZA65_RS05265	0.21	-0.1
1,083,395	-		DZA65_RS05265	0.21	+1.1
1,083,395	-		DZA65_RS05265	0.21	-0.9
1,083,396	+		DZA65_RS05265	0.21	+1.7
1,083,396	+		DZA65_RS05265	0.21	-1.7
1,083,434	+		DZA65_RS05265	0.23	-1.2
1,083,434	+		DZA65_RS05265	0.23	-1.5
1,083,495	+		DZA65_RS05265	0.24	+0.9
1,083,495	+		DZA65_RS05265	0.24	-0.3
1,083,496	-		DZA65_RS05265	0.25	-0.0
1,083,496	-		DZA65_RS05265	0.25	+0.1
1,083,511	-		DZA65_RS05265	0.25	-1.7
1,083,559	+		DZA65_RS05265	0.26	-1.2
1,083,560	-		DZA65_RS05265	0.27	+1.2
1,083,560	-		DZA65_RS05265	0.27	+0.2
1,083,560	-		DZA65_RS05265	0.27	+2.1
1,083,560	-		DZA65_RS05265	0.27	-0.2
1,083,634	+		DZA65_RS05265	0.29	-0.5
1,083,634	+		DZA65_RS05265	0.29	-1.7
1,083,635	-		DZA65_RS05265	0.29	+0.9
1,083,635	-		DZA65_RS05265	0.29	+0.1
1,083,635	-		DZA65_RS05265	0.29	-2.3
1,083,636	+		DZA65_RS05265	0.29	+0.3
1,083,636	+		DZA65_RS05265	0.29	+0.7
1,083,636	+		DZA65_RS05265	0.29	+0.9
1,083,636	+		DZA65_RS05265	0.29	-0.3
1,083,636	+		DZA65_RS05265	0.29	-2.3
1,083,637	-		DZA65_RS05265	0.29	-1.9
1,083,637	-		DZA65_RS05265	0.29	-1.3
1,083,656	+		DZA65_RS05265	0.30	-1.7
1,083,656	+		DZA65_RS05265	0.30	-0.1
1,083,656	+		DZA65_RS05265	0.30	+0.8
1,083,657	-		DZA65_RS05265	0.30	-1.3
1,083,657	-		DZA65_RS05265	0.30	+1.5
1,083,666	-		DZA65_RS05265	0.30	-1.3
1,083,666	-		DZA65_RS05265	0.30	+1.0
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	+0.5
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	-0.2
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	-0.1
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	+0.7
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	+1.8
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	+0.0
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	-1.3
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	-0.7
1,083,724	+		DZA65_RS05265	0.32	+0.7
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	-0.9
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	+1.4
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	-0.3
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	+0.4
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	+0.2
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	-0.9
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	-0.9
1,083,725	-		DZA65_RS05265	0.32	+1.3
1,083,766	+		DZA65_RS05265	0.33	+0.5
1,083,766	+		DZA65_RS05265	0.33	-2.2
1,083,766	+		DZA65_RS05265	0.33	-1.2
1,083,766	+		DZA65_RS05265	0.33	+2.9
1,083,828	+		DZA65_RS05265	0.35	-1.9
1,083,828	+		DZA65_RS05265	0.35	-0.3
1,083,828	+		DZA65_RS05265	0.35	-1.7
1,083,829	-		DZA65_RS05265	0.35	-0.1
1,083,829	-		DZA65_RS05265	0.35	-0.3
1,083,829	-		DZA65_RS05265	0.35	+0.3
1,083,829	-		DZA65_RS05265	0.35	+0.3
1,083,865	+		DZA65_RS05265	0.36	-0.6
1,083,865	+		DZA65_RS05265	0.36	+0.1
1,083,866	-		DZA65_RS05265	0.36	+0.8
1,083,866	-		DZA65_RS05265	0.36	+0.2
1,083,866	-		DZA65_RS05265	0.36	-0.5
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-0.2
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-0.7
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-1.3
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-0.9
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-0.3
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	+1.7
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	+1.2
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-0.8
1,083,907	+		DZA65_RS05265	0.37	-2.3
1,083,908	-		DZA65_RS05265	0.37	-0.9
1,083,908	-		DZA65_RS05265	0.37	-0.9
1,083,908	-		DZA65_RS05265	0.37	+2.7
1,083,908	-		DZA65_RS05265	0.37	-0.6
1,083,951	+		DZA65_RS05265	0.39	-0.3
1,083,952	-		DZA65_RS05265	0.39	-0.2
1,083,952	-		DZA65_RS05265	0.39	+0.9
1,083,952	-		DZA65_RS05265	0.39	+1.1
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-1.2
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-1.2
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-1.9
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-2.2
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.9
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-0.5
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-0.3
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.1
1,083,985	+				+1.1
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-1.3
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.6
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.5
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-1.6
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.4
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	-0.1
1,083,985	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.4
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+2.2
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.5
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.9
1,083,986	-				-0.9
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.3
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-2.7
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.6
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-1.7
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.7
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.3
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.8
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.7
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.9
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.9
1,083,986	-				+0.7
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-1.3
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.9
1,083,986	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.5
1,083,987	+		DZA65_RS05265	0.40	-0.3
1,083,987	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.4
1,083,987	+		DZA65_RS05265	0.40	+1.4
1,083,987	+		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.1
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	+1.2
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	+0.2
1,083,988	-				+0.7
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.1
1,083,988	-		DZA65_RS05265	0.40	-0.3
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	-0.8
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	-0.7
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	-0.0
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	-0.6
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	+0.9
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	+1.4
1,084,047	+		DZA65_RS05265	0.42	-0.1
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1,084,553	+				+1.7
1,084,554	-		DZA65_RS05265	0.58	+0.1
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1,084,982	-		DZA65_RS05265	0.71	+0.0
1,085,046	+		DZA65_RS05265	0.73	+0.5
1,085,046	+		DZA65_RS05265	0.73	+0.7
1,085,046	+		DZA65_RS05265	0.73	-1.2
1,085,046	+		DZA65_RS05265	0.73	+0.2
1,085,047	-		DZA65_RS05265	0.73	+0.7
1,085,047	-		DZA65_RS05265	0.73	+0.7
1,085,047	-		DZA65_RS05265	0.73	-0.1
1,085,047	-		DZA65_RS05265	0.73	+0.0
1,085,095	+		DZA65_RS05265	0.75	-1.3
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	-0.6
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	+0.8
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	+0.2
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	-1.7
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	-0.5
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	-0.9
1,085,140	+		DZA65_RS05265	0.76	+0.5
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1,085,141	-		DZA65_RS05265	0.76	+1.1
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1,085,141	-		DZA65_RS05265	0.76	-0.3
1,085,141	-		DZA65_RS05265	0.76	-1.9
1,085,141	-		DZA65_RS05265	0.76	-0.9
1,085,141	-		DZA65_RS05265	0.76	-0.3
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1,085,287	+		DZA65_RS05265	0.81	+0.3
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1,085,335	+		DZA65_RS05265	0.82	-1.3
1,085,335	+		DZA65_RS05265	0.82	-2.3
1,085,336	-		DZA65_RS05265	0.83	+0.9
1,085,336	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.9
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1,085,336	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.2
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-0.9
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-0.9
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1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-0.6
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-0.9
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	+0.2
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-1.7
1,085,341	+		DZA65_RS05265	0.83	-0.1
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.3
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	+2.0
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	+0.1
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.6
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-2.0
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	+0.7
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-2.7
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.1
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	+2.0
1,085,342	-		DZA65_RS05265	0.83	-0.6
1,085,464	-		DZA65_RS05265	0.87	+0.4
1,085,464	-		DZA65_RS05265	0.87	-0.6
1,085,466	+		DZA65_RS05265	0.87	+1.4
1,085,466	+		DZA65_RS05265	0.87	-1.7
1,085,467	-		DZA65_RS05265	0.87	+1.3
1,085,486	-		DZA65_RS05265	0.87	-1.7
1,085,486	-		DZA65_RS05265	0.87	-1.3
1,085,612	+				+0.3
1,085,612	+				+0.6
1,085,612	+				+0.4
1,085,613	-				-0.1
1,085,613	-				+0.3
1,085,672	+				+0.3
1,085,754	+				-0.6
1,085,755	-				+0.4
1,085,757	+				-0.8
1,085,802	+				+0.2
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1,085,877	+				-0.0
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1,085,893	+				-1.7
1,085,894	-				-0.6
1,085,978	+				-0.6
1,086,050	+				+0.2
1,086,172	+		DZA65_RS05270	0.20	-0.6
1,086,172	+		DZA65_RS05270	0.20	+0.7
1,086,172	+		DZA65_RS05270	0.20	-0.5
1,086,172	+		DZA65_RS05270	0.20	-0.3
1,086,173	-		DZA65_RS05270	0.20	-1.0
1,086,173	-		DZA65_RS05270	0.20	+0.7
1,086,233	+		DZA65_RS05270	0.26	+1.2
1,086,233	+		DZA65_RS05270	0.26	+0.1
1,086,234	-		DZA65_RS05270	0.26	-0.2
1,086,234	-		DZA65_RS05270	0.26	-0.3
1,086,268	+		DZA65_RS05270	0.29	-1.3
1,086,268	+		DZA65_RS05270	0.29	+0.3
1,086,268	+		DZA65_RS05270	0.29	-0.3
1,086,268	+		DZA65_RS05270	0.29	+2.2
1,086,304	+		DZA65_RS05270	0.33	+0.1
1,086,304	+		DZA65_RS05270	0.33	-1.2
1,086,304	+		DZA65_RS05270	0.33	-1.3
1,086,378	-		DZA65_RS05270	0.40	-0.6
1,086,378	-		DZA65_RS05270	0.40	-1.7
1,086,378	-				+0.1
1,086,380	-		DZA65_RS05270	0.40	+0.5
1,086,478	+		DZA65_RS05270	0.50	-0.9
1,086,478	+		DZA65_RS05270	0.50	+0.2
1,086,478	+		DZA65_RS05270	0.50	+1.1
1,086,478	+		DZA65_RS05270	0.50	+0.4
1,086,479	-		DZA65_RS05270	0.50	-1.3
1,086,479	-		DZA65_RS05270	0.50	-0.3
1,086,479	-		DZA65_RS05270	0.50	+0.3
1,086,489	-				+0.2
1,086,559	+		DZA65_RS05270	0.57	-0.5
1,086,559	+		DZA65_RS05270	0.57	+1.0
1,086,559	+		DZA65_RS05270	0.57	+0.0
1,086,559	+		DZA65_RS05270	0.57	-0.9
1,086,560	-		DZA65_RS05270	0.58	-1.9
1,086,560	-		DZA65_RS05270	0.58	-0.6
1,086,565	+		DZA65_RS05270	0.58	+0.2
1,086,565	+		DZA65_RS05270	0.58	-0.3
1,086,566	-		DZA65_RS05270	0.58	-0.3
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