Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11455

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
2,437,046	+				-0.4
2,437,047	-				-0.4
2,437,089	+				+0.3
2,437,124	+				+0.7
2,437,146	-				+0.7
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+1.2
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.3
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+1.0
2,437,186	-		DZA65_RS11450	0.13	-0.1
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.8
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.2
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	-0.1
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	+0.8
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+0.2
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+0.8
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+0.2
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.2
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.3
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-0.4
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-0.6
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	+0.8
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-1.4
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.2
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.7
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+0.2
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+0.2
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-1.9
2,437,269	+				+2.0
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+1.0
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.8
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	+0.5
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-1.3
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.9
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-1.6
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.2
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.9
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	+0.7
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	+1.2
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	+1.6
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	-0.0
2,437,375	+		DZA65_RS11450	0.33	-1.6
2,437,481	+		DZA65_RS11450	0.44	-0.5
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+5.4
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.6
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.6
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-1.0
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.2
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.0
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.6
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.6
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+2.4
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-2.2
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.9
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.0
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.7
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.1
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.1
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-1.2
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.6
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.6
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.6
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.8
2,437,613	+		DZA65_RS11450	0.57	+0.6
2,437,677	+		DZA65_RS11450	0.64	-0.5
2,437,726	+		DZA65_RS11450	0.69	-1.3
2,437,775	+		DZA65_RS11450	0.74	-0.0
2,437,945	-				-1.6
2,437,967	+				-1.0
2,437,968	-				-1.0
2,437,968	-				-0.8
2,437,968	-				-0.5
2,437,968	-				-0.9
2,437,968	-				+0.0
2,438,004	+				-0.2
2,438,005	-				-1.4
2,438,005	-				+1.0
2,438,015	+				-0.8
2,438,016	-				+3.7
2,438,016	-				+0.8
2,438,027	+				+0.3
2,438,027	+				+0.4
2,438,028	-				+0.2
2,438,028	-				+0.7
2,438,037	+				-0.6
2,438,037	+				-0.6
2,438,038	-				+0.7
2,438,038	-				-1.2
2,438,038	-				+0.7
2,438,100	+				+0.5
2,438,219	+		DZA65_RS11455	0.11	+0.1
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	+0.6
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	+0.6
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	+0.7
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	-1.6
2,438,224	-		DZA65_RS11455	0.11	+0.4
2,438,230	+		DZA65_RS11455	0.11	+0.3
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	+0.3
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	+0.4
2,438,239	+				+2.7
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	+1.3
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.2
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.1
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.4
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.6
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-2.2
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-2.6
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.3
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.4
2,438,240	-				-1.6
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.0
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	+0.7
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.0
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.6
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.6
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.5
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.1
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.6
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	+0.1
2,438,256	+		DZA65_RS11455	0.13	+2.4
2,438,257	-		DZA65_RS11455	0.13	+0.4
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	+0.8
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	-1.3
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	+0.2
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	-0.2
2,438,451	-		DZA65_RS11455	0.24	-0.3
2,438,451	-		DZA65_RS11455	0.24	+0.4
2,438,540	-		DZA65_RS11455	0.29	+0.4
2,438,541	+		DZA65_RS11455	0.29	+1.6
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-1.5
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.1
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+1.4
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.8
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.2
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-1.3
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.3
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.4
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.0
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.9
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	+2.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.1
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	+1.3
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-1.8
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.8
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,576	-				-0.0
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.1
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.7
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	-1.2
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.7
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.4
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	-1.4
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	-1.2
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.6
2,438,579	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.0
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	+0.1
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	+1.2
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-0.8
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-0.1
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	+0.2
2,438,624	+		DZA65_RS11455	0.34	-0.1
2,438,624	+		DZA65_RS11455	0.34	-2.9
2,438,625	-		DZA65_RS11455	0.34	-0.6
2,438,625	-		DZA65_RS11455	0.34	-0.6
2,438,632	-		DZA65_RS11455	0.35	-1.9
2,438,715	+		DZA65_RS11455	0.39	-0.8
2,438,716	-		DZA65_RS11455	0.39	-0.2
2,438,726	-		DZA65_RS11455	0.40	+1.1
2,438,726	-		DZA65_RS11455	0.40	-0.4
2,438,749	+		DZA65_RS11455	0.41	+0.4
2,438,751	+		DZA65_RS11455	0.41	+1.4
2,438,751	+		DZA65_RS11455	0.41	-0.5
2,438,752	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.4
2,438,752	-		DZA65_RS11455	0.42	-2.2
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.0
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.6
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.6
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.1
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.3
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.3
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.2
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.3
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.0
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.4
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.2
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.4
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	-0.8
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.4
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	-0.3
2,438,759	+				+1.4
2,438,771	+		DZA65_RS11455	0.43	-0.3
2,438,772	-		DZA65_RS11455	0.43	+0.4
2,438,782	+		DZA65_RS11455	0.43	-0.6
2,438,783	-		DZA65_RS11455	0.43	+0.1
2,438,783	-		DZA65_RS11455	0.43	-0.2
2,438,857	-		DZA65_RS11455	0.48	+1.2
2,438,873	+		DZA65_RS11455	0.49	-0.0
2,438,874	-		DZA65_RS11455	0.49	-0.2
2,438,900	-		DZA65_RS11455	0.50	+0.4
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	+0.1
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	+1.4
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	-0.0
2,438,952	+		DZA65_RS11455	0.53	-0.6
2,438,952	+		DZA65_RS11455	0.53	-1.7
2,439,017	+		DZA65_RS11455	0.57	-0.0
2,439,017	+				+1.0
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	-0.4
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	-0.2
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	+0.4
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	-2.0
2,439,026	+		DZA65_RS11455	0.57	+0.8
2,439,026	+		DZA65_RS11455	0.57	-0.2
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	+0.1
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	-1.2
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	-1.8
2,439,038	+		DZA65_RS11455	0.58	-0.3
2,439,105	+		DZA65_RS11455	0.62	+1.6
2,439,105	+		DZA65_RS11455	0.62	+1.0
2,439,106	-		DZA65_RS11455	0.62	-0.5
2,439,106	-		DZA65_RS11455	0.62	+0.1
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	-0.9
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	+0.8
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	-0.7
2,439,138	+		DZA65_RS11455	0.64	-0.3
2,439,230	+		DZA65_RS11455	0.69	-0.0
2,439,258	+		DZA65_RS11455	0.71	+0.9
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