Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11135

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
2,359,184	+		DZA65_RS11130	0.18	+0.9
2,359,285	+		DZA65_RS11130	0.29	-0.6
2,359,286	-		DZA65_RS11130	0.29	-0.5
2,359,286	-		DZA65_RS11130	0.29	+2.0
2,359,294	+		DZA65_RS11130	0.30	-0.2
2,359,330	-		DZA65_RS11130	0.34	+0.2
2,359,334	+		DZA65_RS11130	0.34	+0.2
2,359,335	-		DZA65_RS11130	0.35	+0.2
2,359,335	-		DZA65_RS11130	0.35	+0.4
2,359,420	-		DZA65_RS11130	0.44	-0.5
2,359,501	+		DZA65_RS11130	0.52	+0.2
2,359,501	+		DZA65_RS11130	0.52	+0.9
2,359,501	+		DZA65_RS11130	0.52	+0.7
2,359,509	+		DZA65_RS11130	0.53	+0.3
2,359,510	-		DZA65_RS11130	0.53	-0.6
2,359,557	+		DZA65_RS11130	0.58	-1.2
2,359,558	-		DZA65_RS11130	0.59	+0.4
2,359,604	-		DZA65_RS11130	0.64	-1.2
2,359,604	-		DZA65_RS11130	0.64	-1.9
2,359,618	+		DZA65_RS11130	0.65	-0.0
2,359,618	+		DZA65_RS11130	0.65	+1.1
2,359,618	+		DZA65_RS11130	0.65	+0.9
2,359,619	-		DZA65_RS11130	0.65	-0.3
2,359,619	-		DZA65_RS11130	0.65	+0.7
2,359,622	+		DZA65_RS11130	0.65	+2.6
2,359,622	+		DZA65_RS11130	0.65	+0.6
2,359,623	-		DZA65_RS11130	0.66	-0.6
2,359,623	-		DZA65_RS11130	0.66	+0.5
2,359,776	+		DZA65_RS11130	0.82	-2.7
2,359,776	+		DZA65_RS11130	0.82	-0.8
2,359,776	+		DZA65_RS11130	0.82	+1.3
2,359,776	+		DZA65_RS11130	0.82	-0.3
2,359,776	+		DZA65_RS11130	0.82	-2.4
2,359,777	-		DZA65_RS11130	0.82	+0.1
2,359,777	-		DZA65_RS11130	0.82	-0.6
2,359,777	-		DZA65_RS11130	0.82	-0.6
2,359,915	-				+1.0
2,359,931	+				+1.2
2,359,932	-				+1.0
2,359,932	-				-0.1
2,359,932	-				-1.1
2,359,942	+				+0.6
2,359,942	+				-0.3
2,359,942	+				+0.0
2,359,942	+				+2.3
2,359,942	+				-0.6
2,359,942	+				+1.3
2,359,942	+				+0.4
2,359,943	-				-0.8
2,359,943	-				+1.9
2,359,943	-				+1.3
2,359,971	-				+1.2
2,359,974	+				-0.0
2,359,974	+				-0.3
2,359,974	+				-0.8
2,359,974	+				+0.4
2,359,974	+				+0.7
2,359,974	+				+0.5
2,359,975	-				-0.1
2,359,975	-				+0.7
2,359,975	-				-2.4
2,359,975	-				+0.8
2,359,975	-				+0.1
2,359,975	-				+0.2
2,359,975	-				+0.2
2,359,979	+				-0.6
2,359,979	+				+0.4
2,359,980	-				-2.9
2,359,980	-				-0.6
2,359,980	-				+0.7
2,359,985	-				-0.9
2,360,096	+				+0.4
2,360,096	+				-0.2
2,360,096	+				-1.0
2,360,097	-				-0.1
2,360,097	-				-1.2
2,360,099	+				-0.8
2,360,099	+				+0.9
2,360,100	-				-0.2
2,360,136	-				+0.4
2,360,147	+				-0.6
2,360,147	+				+1.1
2,360,148	-				-0.6
2,360,258	+				-2.2
2,360,286	+				+1.7
2,360,286	+				-0.9
2,360,287	-				-0.6
2,360,287	-				+0.2
2,360,287	-				-0.6
2,360,309	+		DZA65_RS11135	0.12	-0.6
2,360,310	-		DZA65_RS11135	0.12	+2.0
2,360,310	-		DZA65_RS11135	0.12	+0.2
2,360,312	+		DZA65_RS11135	0.12	-0.0
2,360,312	+		DZA65_RS11135	0.12	-0.2
2,360,313	-		DZA65_RS11135	0.12	-0.8
2,360,313	-		DZA65_RS11135	0.12	-0.9
2,360,313	-		DZA65_RS11135	0.12	+0.4
2,360,324	+		DZA65_RS11135	0.13	+0.4
2,360,325	-		DZA65_RS11135	0.13	+0.4
2,360,555	+		DZA65_RS11135	0.31	-0.7
2,360,555	+		DZA65_RS11135	0.31	+1.1
2,360,555	+		DZA65_RS11135	0.31	-1.2
2,360,555	+		DZA65_RS11135	0.31	-0.6
2,360,570	+		DZA65_RS11135	0.32	+0.9
2,360,591	-		DZA65_RS11135	0.34	-0.8
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	-0.4
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	-0.0
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	+0.4
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	-0.2
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	-1.7
2,360,612	+		DZA65_RS11135	0.36	+0.1
2,360,613	-				+1.7
2,360,613	-		DZA65_RS11135	0.36	-0.9
2,360,613	-		DZA65_RS11135	0.36	+0.5
2,360,642	+		DZA65_RS11135	0.38	-0.7
2,360,642	+		DZA65_RS11135	0.38	-1.4
2,360,642	+		DZA65_RS11135	0.38	-2.3
2,360,643	-		DZA65_RS11135	0.38	-2.6
2,360,643	-		DZA65_RS11135	0.38	-1.2
2,360,643	-		DZA65_RS11135	0.38	-0.5
2,360,643	-		DZA65_RS11135	0.38	+1.4
2,360,643	-		DZA65_RS11135	0.38	-0.6
2,360,696	-		DZA65_RS11135	0.43	-1.2
2,360,910	+		DZA65_RS11135	0.60	-0.6
2,360,910	+		DZA65_RS11135	0.60	-1.2
2,360,910	+		DZA65_RS11135	0.60	+0.9
2,360,910	+		DZA65_RS11135	0.60	+0.6
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+0.2
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-2.6
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.6
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.6
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+0.4
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.3
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-1.3
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.3
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.3
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-1.2
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-1.0
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+1.2
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.4
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+0.1
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+0.2
2,360,927	+		DZA65_RS11135	0.61	+1.9
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	+0.4
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-0.3
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	+0.2
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	+0.4
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-0.5
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-2.4
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-1.8
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-1.7
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	-0.9
2,360,928	-		DZA65_RS11135	0.61	+0.8
2,360,929	+		DZA65_RS11135	0.61	-1.7
2,360,929	+		DZA65_RS11135	0.61	-1.0
2,360,929	+		DZA65_RS11135	0.61	-0.3
2,360,930	-		DZA65_RS11135	0.61	+0.5
2,360,978	+		DZA65_RS11135	0.65	-2.1
2,360,978	+		DZA65_RS11135	0.65	-0.3
2,361,054	+		DZA65_RS11135	0.71	+1.2
2,361,055	-		DZA65_RS11135	0.71	-0.6
2,361,154	+		DZA65_RS11135	0.79	-0.1
2,361,154	+		DZA65_RS11135	0.79	-0.0
2,361,155	-		DZA65_RS11135	0.79	+1.4
2,361,155	-		DZA65_RS11135	0.79	-1.6
2,361,155	-		DZA65_RS11135	0.79	+0.0
2,361,155	-		DZA65_RS11135	0.79	-0.4
2,361,155	-		DZA65_RS11135	0.79	-0.8
2,361,171	+		DZA65_RS11135	0.80	-1.3
2,361,171	+		DZA65_RS11135	0.80	-1.9
2,361,172	-		DZA65_RS11135	0.81	-0.6
2,361,174	+		DZA65_RS11135	0.81	+4.6
2,361,174	+		DZA65_RS11135	0.81	-0.4
2,361,175	-		DZA65_RS11135	0.81	-0.4
2,361,175	-		DZA65_RS11135	0.81	+0.7
2,361,175	-		DZA65_RS11135	0.81	-0.7
2,361,175	-		DZA65_RS11135	0.81	-1.4
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	+0.5
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	-0.3
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	-1.2
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	-1.4
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	-1.3
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	-0.4
2,361,264	-		DZA65_RS11135	0.88	+1.6
2,361,268	+		DZA65_RS11135	0.88	+0.2
2,361,356	+				-1.3
2,361,357	-				-0.5
2,361,466	-				+0.0
2,361,493	+				+0.7
2,361,493	+				-0.9
2,361,494	-				+0.4
2,361,518	-				+0.2
2,361,541	+				-2.6
2,361,575	+				-0.8
2,361,575	+				-0.9
2,361,576	-				-0.4
2,361,576	-				-0.0
2,361,581	-				+0.2
2,361,636	+				+1.4
2,361,636	+				-0.4
2,361,637	-				-0.4
2,361,637	-				-0.6
2,361,666	-		DZA65_RS11140	0.12	-1.3
2,361,708	+		DZA65_RS11140	0.17	+0.5
2,361,784	-		DZA65_RS11140	0.25	+0.6
2,361,910	+		DZA65_RS11140	0.39	+0.8
2,361,911	-		DZA65_RS11140	0.39	+0.1
2,362,026	-		DZA65_RS11140	0.52	-1.2
2,362,067	+		DZA65_RS11140	0.56	+0.9
2,362,067	+		DZA65_RS11140	0.56	-0.9
2,362,067	+		DZA65_RS11140	0.56	-0.6
2,362,067	+		DZA65_RS11140	0.56	-1.2
2,362,068	-		DZA65_RS11140	0.56	+0.7
2,362,068	-		DZA65_RS11140	0.56	+0.1
2,362,068	-		DZA65_RS11140	0.56	-0.4
2,362,068	-		DZA65_RS11140	0.56	-1.5
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	-0.3
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	-1.2
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	-0.1
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	-0.6
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	+0.4
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	+0.2
2,362,110	+		DZA65_RS11140	0.61	+2.0
2,362,111	-		DZA65_RS11140	0.61	-0.3
2,362,111	-		DZA65_RS11140	0.61	-1.4
2,362,111	-		DZA65_RS11140	0.61	+0.6
2,362,111	-		DZA65_RS11140	0.61	-0.6
2,362,111	-		DZA65_RS11140	0.61	-0.5
2,362,113	+		DZA65_RS11140	0.61	-0.3
2,362,113	+		DZA65_RS11140	0.61	+1.7
2,362,114	-		DZA65_RS11140	0.61	-2.2
2,362,114	-		DZA65_RS11140	0.61	-1.0
2,362,114	-		DZA65_RS11140	0.61	-0.3
2,362,174	+		DZA65_RS11140	0.68	-0.6
2,362,204	+		DZA65_RS11140	0.71	-0.9
2,362,205	-		DZA65_RS11140	0.71	+1.5
2,362,205	-		DZA65_RS11140	0.71	+0.1
2,362,212	+		DZA65_RS11140	0.72	+0.2
2,362,219	+		DZA65_RS11140	0.73	-0.2
2,362,219	+		DZA65_RS11140	0.73	+1.2
2,362,219	+		DZA65_RS11140	0.73	-2.3
2,362,219	+		DZA65_RS11140	0.73	+0.0
2,362,219	+		DZA65_RS11140	0.73	+2.2
2,362,220	-		DZA65_RS11140	0.73	-1.4
2,362,220	-		DZA65_RS11140	0.73	+0.7
2,362,220	-		DZA65_RS11140	0.73	-1.2
2,362,220	-		DZA65_RS11140	0.73	+0.6
2,362,220	-		DZA65_RS11140	0.73	+0.4
2,362,333	+		DZA65_RS11140	0.85	-0.2
2,362,333	+		DZA65_RS11140	0.85	+0.2
2,362,334	-		DZA65_RS11140	0.85	+2.9
2,362,334	-		DZA65_RS11140	0.85	-2.7
2,362,334	-		DZA65_RS11140	0.85	-1.2
2,362,334	-		DZA65_RS11140	0.85	+0.4
2,362,334	-		DZA65_RS11140	0.85	+0.4
2,362,360	-		DZA65_RS11140	0.88	+0.4
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