Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11455

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
2,437,046	+				+0.3
2,437,047	-				+0.4
2,437,089	+				+0.7
2,437,124	+				-0.3
2,437,146	-				+0.3
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+0.2
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+0.6
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+0.2
2,437,186	-		DZA65_RS11450	0.13	-1.4
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.4
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	-2.4
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	+0.3
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	+1.6
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.4
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.6
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+1.0
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.4
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+0.4
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	+1.2
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	+0.5
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-0.8
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-1.7
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-1.7
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+0.2
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+0.7
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+1.0
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-1.2
2,437,269	+				+0.2
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.3
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.4
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	+0.7
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.6
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.2
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-2.8
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.3
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.2
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-1.7
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.3
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	+0.5
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	+1.0
2,437,375	+		DZA65_RS11450	0.33	-0.9
2,437,481	+		DZA65_RS11450	0.44	-1.8
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.2
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+2.0
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.2
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+2.4
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+2.0
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.7
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.2
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-2.4
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.5
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.2
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.2
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.1
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.8
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.1
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+2.7
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.4
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-1.4
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.2
2,437,613	+		DZA65_RS11450	0.57	-0.2
2,437,677	+		DZA65_RS11450	0.64	-0.2
2,437,726	+		DZA65_RS11450	0.69	-1.6
2,437,775	+		DZA65_RS11450	0.74	+0.4
2,437,945	-				-0.3
2,437,967	+				-0.3
2,437,968	-				+0.0
2,437,968	-				+1.1
2,437,968	-				-0.3
2,437,968	-				-0.9
2,437,968	-				-0.2
2,438,004	+				+0.9
2,438,005	-				+0.2
2,438,005	-				+1.2
2,438,015	+				-0.1
2,438,016	-				+0.2
2,438,016	-				-1.4
2,438,027	+				+0.4
2,438,027	+				-0.1
2,438,028	-				+0.2
2,438,028	-				+1.0
2,438,037	+				+1.5
2,438,037	+				+2.8
2,438,038	-				-2.8
2,438,038	-				-0.4
2,438,038	-				-1.2
2,438,100	+				+0.3
2,438,219	+		DZA65_RS11455	0.11	-0.6
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	+0.9
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	-1.4
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	-0.3
2,438,220	-		DZA65_RS11455	0.11	-0.8
2,438,224	-		DZA65_RS11455	0.11	+1.9
2,438,230	+		DZA65_RS11455	0.11	-0.5
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.2
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.3
2,438,239	+				+1.7
2,438,239	+		DZA65_RS11455	0.12	+0.7
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.4
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-2.2
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.1
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.1
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.4
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.3
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.1
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.1
2,438,240	-				-1.8
2,438,240	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.3
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	+0.4
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	+1.0
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	-1.2
2,438,241	+		DZA65_RS11455	0.12	-0.8
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	+1.1
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	+1.2
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	-0.8
2,438,242	-		DZA65_RS11455	0.12	-1.5
2,438,256	+		DZA65_RS11455	0.13	+0.2
2,438,257	-		DZA65_RS11455	0.13	+0.2
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	-1.4
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	-0.6
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	+0.3
2,438,390	-		DZA65_RS11455	0.21	+0.7
2,438,451	-		DZA65_RS11455	0.24	-0.3
2,438,451	-		DZA65_RS11455	0.24	+0.0
2,438,540	-		DZA65_RS11455	0.29	-1.8
2,438,541	+		DZA65_RS11455	0.29	+0.5
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.2
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-1.3
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.2
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.4
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.4
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.0
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.1
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.0
2,438,575	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-1.2
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.6
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.7
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.7
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.4
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.6
2,438,576	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.8
2,438,576	-				-0.8
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	+1.8
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.2
2,438,577	+		DZA65_RS11455	0.31	-0.4
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	-2.2
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+1.2
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	-0.3
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+1.2
2,438,578	-		DZA65_RS11455	0.31	+0.0
2,438,579	+		DZA65_RS11455	0.31	+0.6
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-1.0
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-0.7
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-0.2
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	+0.4
2,438,580	-		DZA65_RS11455	0.32	-1.0
2,438,624	+		DZA65_RS11455	0.34	-0.6
2,438,624	+		DZA65_RS11455	0.34	-0.2
2,438,625	-		DZA65_RS11455	0.34	-0.8
2,438,625	-		DZA65_RS11455	0.34	+0.5
2,438,632	-		DZA65_RS11455	0.35	-0.2
2,438,715	+		DZA65_RS11455	0.39	-0.5
2,438,716	-		DZA65_RS11455	0.39	+0.2
2,438,726	-		DZA65_RS11455	0.40	+1.0
2,438,726	-		DZA65_RS11455	0.40	+0.4
2,438,749	+		DZA65_RS11455	0.41	-0.6
2,438,751	+		DZA65_RS11455	0.41	+0.2
2,438,751	+		DZA65_RS11455	0.41	+0.4
2,438,752	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.2
2,438,752	-		DZA65_RS11455	0.42	-0.4
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.6
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.2
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.8
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.3
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-1.3
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+0.2
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.1
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.0
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	-0.7
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.2
2,438,756	+		DZA65_RS11455	0.42	+1.5
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	-0.8
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.7
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	-0.2
2,438,757	-		DZA65_RS11455	0.42	+0.2
2,438,759	+				+0.7
2,438,771	+		DZA65_RS11455	0.43	-0.8
2,438,772	-		DZA65_RS11455	0.43	+2.6
2,438,782	+		DZA65_RS11455	0.43	-1.4
2,438,783	-		DZA65_RS11455	0.43	+0.7
2,438,783	-		DZA65_RS11455	0.43	+1.6
2,438,857	-		DZA65_RS11455	0.48	+0.2
2,438,873	+		DZA65_RS11455	0.49	-1.8
2,438,874	-		DZA65_RS11455	0.49	-0.7
2,438,900	-		DZA65_RS11455	0.50	+0.6
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	-0.2
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	-0.2
2,438,948	-		DZA65_RS11455	0.53	+0.3
2,438,952	+		DZA65_RS11455	0.53	+0.2
2,438,952	+		DZA65_RS11455	0.53	-0.2
2,439,017	+		DZA65_RS11455	0.57	+2.3
2,439,017	+				+0.7
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	+0.2
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	-0.4
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	+0.5
2,439,018	-		DZA65_RS11455	0.57	-0.3
2,439,026	+		DZA65_RS11455	0.57	+1.3
2,439,026	+		DZA65_RS11455	0.57	+1.4
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	+1.0
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	+0.6
2,439,027	-		DZA65_RS11455	0.57	-1.4
2,439,038	+		DZA65_RS11455	0.58	-1.2
2,439,105	+		DZA65_RS11455	0.62	+1.0
2,439,105	+		DZA65_RS11455	0.62	+0.3
2,439,106	-		DZA65_RS11455	0.62	+0.6
2,439,106	-		DZA65_RS11455	0.62	+0.6
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	+0.8
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	+0.2
2,439,114	+		DZA65_RS11455	0.62	-0.5
2,439,138	+		DZA65_RS11455	0.64	-3.2
2,439,230	+		DZA65_RS11455	0.69	+0.8
2,439,258	+		DZA65_RS11455	0.71	+1.2
2,439,259	-		DZA65_RS11455	0.71	+0.6
2,439,259	-		DZA65_RS11455	0.71	+0.2
2,439,259	-		DZA65_RS11455	0.71	+1.2
2,439,259	-		DZA65_RS11455	0.71	-0.1
2,439,308	-		DZA65_RS11455	0.74	-0.3
2,439,310	+		DZA65_RS11455	0.74	-0.2
2,439,310	+		DZA65_RS11455	0.74	-0.7
2,439,311	-		DZA65_RS11455	0.74	-1.2
2,439,311	-		DZA65_RS11455	0.74	-0.8
2,439,311	-		DZA65_RS11455	0.74	-0.4
2,439,311	-		DZA65_RS11455	0.74	+0.2
2,439,311	-		DZA65_RS11455	0.74	-0.0
2,439,327	+		DZA65_RS11455	0.75	+0.0
2,439,339	+		DZA65_RS11455	0.76	+1.2
2,439,339	+		DZA65_RS11455	0.76	-1.2
2,439,339	+		DZA65_RS11455	0.76	+0.2
2,439,339	+		DZA65_RS11455	0.76	+0.2
2,439,340	-		DZA65_RS11455	0.76	+1.3
2,439,340	-		DZA65_RS11455	0.76	+0.3
2,439,340	-		DZA65_RS11455	0.76	+0.3
2,439,350	+		DZA65_RS11455	0.76	-0.3
2,439,360	-		DZA65_RS11455	0.77	-0.4
2,439,367	+		DZA65_RS11455	0.77	-0.8
2,439,432	+		DZA65_RS11455	0.81	-1.4
2,439,432	+		DZA65_RS11455	0.81	-0.1
2,439,433	-		DZA65_RS11455	0.81	+0.1
2,439,433	-		DZA65_RS11455	0.81	+0.6
2,439,601	+				-0.2
2,439,601	+				+0.4
2,439,601	+				-0.4
2,439,602	-				+0.0
2,439,675	-				+0.8
2,439,695	-				+1.2
2,439,785	+				-0.1
2,439,785	+				-0.4
2,439,799	+				+0.5
2,439,800	-				-0.4
2,439,801	+				+0.6
2,439,820	-				-0.8
2,439,852	-				+0.6
2,439,852	-				-0.1
2,440,097	+				-0.8
2,440,099	+				+0.3
2,440,101	+				+0.1
2,440,101	+				+0.2
2,440,102	-				-0.7
2,440,102	-				+0.2
2,440,102	-				+0.2
2,440,102	-				-0.6
2,440,102	-				-0.1
2,440,102	-				+1.5
2,440,121	-				-2.3
2,440,168	+				-1.0
2,440,406	-		DZA65_RS11465	0.29	-0.8
2,440,441	+		DZA65_RS11465	0.32	-0.7
2,440,500	+		DZA65_RS11465	0.38	+1.4
2,440,564	+		DZA65_RS11465	0.44	+0.8
2,440,564	+		DZA65_RS11465	0.44	+0.8
2,440,565	-		DZA65_RS11465	0.44	+0.4
2,440,616	-		DZA65_RS11465	0.49	+0.4
2,440,621	+		DZA65_RS11465	0.50	-0.5
2,440,621	+				+1.5
2,440,621	+		DZA65_RS11465	0.50	+0.3
2,440,621	+		DZA65_RS11465	0.50	+0.3
2,440,621	+		DZA65_RS11465	0.50	-0.4
2,440,622	-		DZA65_RS11465	0.50	+0.7
2,440,622	-		DZA65_RS11465	0.50	+0.2
2,440,675	+		DZA65_RS11465	0.55	-0.1
2,440,676	-		DZA65_RS11465	0.55	-1.6
2,440,676	-		DZA65_RS11465	0.55	-1.8
2,440,711	+		DZA65_RS11465	0.59	-1.6
2,440,712	-		DZA65_RS11465	0.59	-0.8
2,440,712	-		DZA65_RS11465	0.59	-0.6
2,440,712	-		DZA65_RS11465	0.59	+0.7