Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS18610

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
4,007,559	+		DZA65_RS18605	0.49	-0.0
4,007,559	+		DZA65_RS18605	0.49	-0.5
4,007,559	+		DZA65_RS18605	0.49	+0.5
4,007,560	-		DZA65_RS18605	0.49	-2.0
4,007,560	-		DZA65_RS18605	0.49	+1.0
4,007,560	-		DZA65_RS18605	0.49	-0.4
4,007,560	-		DZA65_RS18605	0.49	+0.8
4,007,560	-		DZA65_RS18605	0.49	+0.0
4,007,587	+		DZA65_RS18605	0.51	-0.1
4,007,587	+		DZA65_RS18605	0.51	-1.2
4,007,587	+		DZA65_RS18605	0.51	+1.0
4,007,643	+		DZA65_RS18605	0.57	-1.3
4,007,807	+		DZA65_RS18605	0.73	-0.6
4,007,808	-		DZA65_RS18605	0.73	+2.2
4,007,811	+		DZA65_RS18605	0.74	+0.2
4,007,811	+		DZA65_RS18605	0.74	-0.8
4,007,811	+		DZA65_RS18605	0.74	+0.7
4,007,812	-		DZA65_RS18605	0.74	-0.7
4,007,812	-		DZA65_RS18605	0.74	+1.0
4,007,812	-		DZA65_RS18605	0.74	-1.1
4,007,812	-		DZA65_RS18605	0.74	+0.8
4,007,844	+		DZA65_RS18605	0.77	-0.5
4,007,845	-		DZA65_RS18605	0.77	-1.0
4,007,845	-		DZA65_RS18605	0.77	+0.2
4,007,881	+		DZA65_RS18605	0.81	+0.5
4,007,881	+		DZA65_RS18605	0.81	-0.6
4,007,881	+		DZA65_RS18605	0.81	-1.0
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	+1.1
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	+0.3
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-1.0
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-1.2
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-1.0
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-0.7
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	+0.1
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-0.4
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	+0.6
4,007,882	-		DZA65_RS18605	0.81	-0.1
4,007,948	-		DZA65_RS18605	0.87	-2.6
4,008,010	+				+0.4
4,008,010	+				+1.6
4,008,011	-				-0.1
4,008,110	+				-0.5
4,008,110	+				-1.0
4,008,110	+				-0.5
4,008,111	-				+0.6
4,008,111	-				+0.2
4,008,111	-				-1.4
4,008,111	-				+0.8
4,008,111	-				-0.6
4,008,111	-				+0.3
4,008,111	-				+0.6
4,008,116	+				+1.9
4,008,117	-				+0.3
4,008,117	-				-0.7
4,008,192	+				+0.9
4,008,211	-				-0.2
4,008,378	+				-1.6
4,008,379	-				+1.5
4,008,379	-				-0.2
4,008,394	+				-0.1
4,008,395	-				+0.9
4,008,395	-				-0.6
4,008,444	+				-0.1
4,008,444	+				+0.5
4,008,444	+				-0.1
4,008,528	+		DZA65_RS18610	0.13	+0.1
4,008,588	+		DZA65_RS18610	0.19	-1.7
4,008,588	+		DZA65_RS18610	0.19	-1.8
4,008,588	+		DZA65_RS18610	0.19	-1.0
4,008,588	+		DZA65_RS18610	0.19	+2.0
4,008,589	-		DZA65_RS18610	0.19	-0.2
4,008,589	-		DZA65_RS18610	0.19	+0.3
4,008,589	-		DZA65_RS18610	0.19	-2.2
4,008,589	-		DZA65_RS18610	0.19	-2.6
4,008,604	+		DZA65_RS18610	0.20	+0.9
4,008,604	+		DZA65_RS18610	0.20	+0.9
4,008,604	+		DZA65_RS18610	0.20	+0.9
4,008,604	+		DZA65_RS18610	0.20	-0.1
4,008,605	-				+0.9
4,008,605	-		DZA65_RS18610	0.20	+1.0
4,008,605	-		DZA65_RS18610	0.20	-0.8
4,008,605	-		DZA65_RS18610	0.20	-0.4
4,008,611	-		DZA65_RS18610	0.21	+0.6
4,008,611	-		DZA65_RS18610	0.21	+0.4
4,008,626	-		DZA65_RS18610	0.22	-1.4
4,008,626	-		DZA65_RS18610	0.22	-1.0
4,008,626	-		DZA65_RS18610	0.22	-0.1
4,008,626	-		DZA65_RS18610	0.22	-0.9
4,008,687	+		DZA65_RS18610	0.27	-0.7
4,008,687	+		DZA65_RS18610	0.27	-1.3
4,008,687	+		DZA65_RS18610	0.27	+0.2
4,008,687	+		DZA65_RS18610	0.27	-0.6
4,008,688	-		DZA65_RS18610	0.27	-2.6
4,008,688	-		DZA65_RS18610	0.27	+2.0
4,008,688	-		DZA65_RS18610	0.27	+0.1
4,008,691	-		DZA65_RS18610	0.28	-0.4
4,008,691	-		DZA65_RS18610	0.28	-0.6
4,008,691	-		DZA65_RS18610	0.28	-0.6
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	+0.6
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	+0.6
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	+1.6
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.4
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-2.4
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	+1.0
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-0.6
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.1
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.6
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+1.3
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-1.7
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-1.8
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-0.2
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-1.0
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-0.4
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-0.8
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.2
4,008,790	+				+0.0
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	-0.4
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	-0.5
4,008,791	-		DZA65_RS18610	0.36	-1.0
4,008,852	+		DZA65_RS18610	0.42	-0.5
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.4
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.8
4,008,853	-				+0.0
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	-1.0
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.4
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.3
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	-0.6
4,008,885	+		DZA65_RS18610	0.45	+0.4
4,008,886	-		DZA65_RS18610	0.45	+2.1
4,008,886	-		DZA65_RS18610	0.45	+0.1
4,008,895	+		DZA65_RS18610	0.46	-1.4
4,008,895	+		DZA65_RS18610	0.46	-0.4
4,008,896	-		DZA65_RS18610	0.46	-0.4
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+0.4
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+0.6
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+0.3
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+0.6
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	-1.0
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	-0.0
4,008,937	-				+1.3
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	-0.5
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	-0.6
4,009,117	+		DZA65_RS18610	0.65	-0.7
4,009,118	-		DZA65_RS18610	0.65	-0.3
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+1.0
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+1.9
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	-1.2
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+1.3
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+0.4
4,009,147	-		DZA65_RS18610	0.68	+0.0
4,009,147	-		DZA65_RS18610	0.68	-0.1
4,009,290	+		DZA65_RS18610	0.80	-0.9
4,009,290	+		DZA65_RS18610	0.80	-2.0
4,009,291	-		DZA65_RS18610	0.80	+0.4
4,009,291	-		DZA65_RS18610	0.80	-0.4
4,009,309	+		DZA65_RS18610	0.82	-1.4
4,009,309	+		DZA65_RS18610	0.82	+1.0
4,009,310	-		DZA65_RS18610	0.82	-0.9
4,009,310	-		DZA65_RS18610	0.82	+0.1
4,009,375	+		DZA65_RS18610	0.88	-0.3
4,009,376	-		DZA65_RS18610	0.88	+0.3
4,009,376	-		DZA65_RS18610	0.88	+0.8
4,009,409	-				+0.2
4,009,409	-				-0.8
4,009,409	-				+0.6
4,009,428	+				-0.4
4,009,428	+				-1.9
4,009,428	+				-1.1
4,009,428	+				+0.4
4,009,428	+				-1.4
4,009,428	+				-0.7
4,009,429	-				+0.7
4,009,429	-				+0.6
4,009,429	-				-1.2
4,009,429	-				+0.1
4,009,528	-				+0.0
4,009,596	+				-0.3
4,009,596	+				+1.3
4,009,596	+				+0.0
4,009,596	+				+0.1
4,009,597	-				+0.8
4,009,597	-				+0.3
4,009,597	-				-0.2
4,009,600	+				+0.3
4,009,601	-				+1.1
4,009,607	+				-2.7
4,009,607	+				+0.2
4,009,607	+				-0.7
4,009,608	-				+1.5
4,009,608	-				+0.9
4,009,608	-				+0.9
4,009,608	-				-1.2
4,009,608	-				-1.2
4,009,642	+				+1.6
4,009,642	+				-0.6
4,009,642	+				-0.7
4,009,651	+				+2.2
4,009,651	+				+0.9
4,009,652	-				+0.5
4,009,680	+				+2.0
4,009,742	+				+0.9
4,009,743	-				-0.3
4,009,743	-				+0.3
4,009,743	-				+1.1
4,009,754	+				+0.0
4,009,755	-				+0.0
4,009,755	-				-1.7
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.6
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	-0.9
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	-1.4
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.4
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	+0.1
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	+1.8
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	-1.9
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	+1.6
4,009,870	-		DZA65_RS18615	0.16	-0.4
4,009,878	+		DZA65_RS18615	0.17	-1.7
4,009,878	+		DZA65_RS18615	0.17	-1.7
4,009,879	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.6
4,009,879	-		DZA65_RS18615	0.18	-1.7
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.4
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.0
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-1.7
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.2
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.9
4,009,928	+		DZA65_RS18615	0.23	-0.3
4,009,929	-		DZA65_RS18615	0.23	-0.9
4,010,021	-		DZA65_RS18615	0.34	+1.9
4,010,038	+		DZA65_RS18615	0.35	+1.0
4,010,038	+		DZA65_RS18615	0.35	+0.6
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-0.4
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-0.7
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	+0.6
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	+1.3
4,010,050	-		DZA65_RS18615	0.37	-0.4
4,010,050	-		DZA65_RS18615	0.37	-0.2
4,010,127	+		DZA65_RS18615	0.46	+1.2
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	+1.4
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	+0.3
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	-0.4
4,010,135	-		DZA65_RS18615	0.46	+0.2
4,010,135	-				+1.0
4,010,167	-		DZA65_RS18615	0.50	-0.4
4,010,309	+		DZA65_RS18615	0.66	+0.2
4,010,309	+		DZA65_RS18615	0.66	-1.0
4,010,334	-		DZA65_RS18615	0.69	-1.2
4,010,334	-		DZA65_RS18615	0.69	-0.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.7
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.9
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+3.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.9
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.4
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.4
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.9
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.2
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.6
4,010,409	-				-0.4
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.4
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.0
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.4
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.4
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.0
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.1
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.1
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.4
4,010,410	+		DZA65_RS18615	0.78	-0.3
4,010,410	+		DZA65_RS18615	0.78	+0.8
4,010,411	-		DZA65_RS18615	0.78	-1.4
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-0.3
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-0.8
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-0.6
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-1.2
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	+0.9
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-1.6
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.6
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.3
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+1.3
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.7
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+0.7
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+1.6
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-1.1
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.6
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.6
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.6
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.7
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-1.0
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-1.0
4,010,509	-				+2.2
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	-0.1
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	-1.7
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+0.7
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+1.6
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	-1.4