Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS04860

Experiment: Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Upstate
1,005,747	+		DZA65_RS04855	0.86	+0.9
1,005,747	+		DZA65_RS04855	0.86	-0.3
1,005,748	-		DZA65_RS04855	0.86	+0.9
1,005,748	-		DZA65_RS04855	0.86	-0.4
1,005,748	-		DZA65_RS04855	0.86	+0.3
1,005,748	-		DZA65_RS04855	0.86	+0.4
1,005,759	-		DZA65_RS04855	0.87	-2.5
1,005,793	+		DZA65_RS04855	0.89	+0.4
1,005,794	-		DZA65_RS04855	0.90	+0.1
1,005,807	+				-0.1
1,005,807	+				-0.4
1,005,807	+				-0.2
1,005,807	+				-1.0
1,005,808	-				+2.5
1,005,808	-				-0.2
1,005,808	-				-1.2
1,006,213	-				-0.2
1,006,213	-				-1.4
1,006,414	+				+1.5
1,006,414	+				-1.2
1,006,414	+				+0.1
1,006,415	-				-0.9
1,006,418	+				+0.3
1,006,419	-				+0.4
1,006,419	-				+0.7
1,006,506	-				+0.9
1,006,525	+				-0.8
1,006,553	-				+0.4
1,006,573	+				-1.9
1,006,632	-				-0.6
1,006,652	+				+1.6
1,006,658	+				+0.8
1,006,740	-				-1.7
1,006,740	-				-1.4
1,006,756	+		DZA65_RS04860	0.12	+0.2
1,006,756	+		DZA65_RS04860	0.12	+0.2
1,006,756	+		DZA65_RS04860	0.12	-1.4
1,006,756	+		DZA65_RS04860	0.12	+0.4
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-2.0
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-1.9
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+0.2
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+1.0
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+1.2
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+0.0
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.4
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+0.3
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.1
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-1.7
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.6
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+1.0
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.9
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	-2.2
1,006,757	-		DZA65_RS04860	0.12	+0.1
1,006,761	+		DZA65_RS04860	0.12	+0.1
1,006,761	+		DZA65_RS04860	0.12	-0.2
1,006,762	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.3
1,006,762	-		DZA65_RS04860	0.12	-0.3
1,006,762	-		DZA65_RS04860	0.12	+0.4
1,006,800	+		DZA65_RS04860	0.17	-0.7
1,006,800	+		DZA65_RS04860	0.17	+0.1
1,006,801	-		DZA65_RS04860	0.17	-1.7
1,006,801	-		DZA65_RS04860	0.17	-2.7
1,006,801	-		DZA65_RS04860	0.17	+0.0
1,006,803	+		DZA65_RS04860	0.18	-0.6
1,006,804	-		DZA65_RS04860	0.18	+0.6
1,006,804	-		DZA65_RS04860	0.18	-0.0
1,006,833	+		DZA65_RS04860	0.21	-0.8
1,006,834	-		DZA65_RS04860	0.22	-0.3
1,006,834	-		DZA65_RS04860	0.22	+0.1
1,006,866	+		DZA65_RS04860	0.26	-0.2
1,006,866	+		DZA65_RS04860	0.26	-0.3
1,006,866	+		DZA65_RS04860	0.26	-1.0
1,006,866	+		DZA65_RS04860	0.26	+0.1
1,006,867	-		DZA65_RS04860	0.26	-1.2
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	-0.8
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	+1.4
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	-0.7
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	+0.1
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	-2.4
1,006,913	-		DZA65_RS04860	0.32	-0.5
1,006,919	+		DZA65_RS04860	0.33	-0.3
1,006,919	+		DZA65_RS04860	0.33	+0.0
1,006,920	-		DZA65_RS04860	0.33	-0.2
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.0
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-1.9
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.7
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.7
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.2
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.1
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.0
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-1.4
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.6
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.4
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.2
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.2
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.2
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-1.1
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+2.9
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	-0.1
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.0
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.8
1,006,956	+		DZA65_RS04860	0.37	+0.2
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-1.9
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-0.5
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-0.2
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	+1.8
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	+2.6
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	+0.2
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	+0.4
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-0.1
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-0.9
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-1.3
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	-0.1
1,006,957	-		DZA65_RS04860	0.37	+0.1
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+0.2
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-0.4
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+1.0
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-0.8
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+0.1
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-1.6
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-0.3
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-1.2
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-0.7
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	-0.8
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+0.4
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+0.6
1,006,960	+		DZA65_RS04860	0.38	+1.2
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	+0.1
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	+0.3
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	+2.0
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	+0.1
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-0.3
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-0.4
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-0.7
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-2.2
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-1.2
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-0.4
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	+0.8
1,006,961	-		DZA65_RS04860	0.38	-0.6
1,006,969	-		DZA65_RS04860	0.39	-0.0
1,007,044	-		DZA65_RS04860	0.49	-0.4
1,007,086	+		DZA65_RS04860	0.54	-1.2
1,007,086	+		DZA65_RS04860	0.54	+0.7
1,007,086	+		DZA65_RS04860	0.54	-0.6
1,007,086	+		DZA65_RS04860	0.54	+2.9
1,007,086	+		DZA65_RS04860	0.54	+0.4
1,007,087	-		DZA65_RS04860	0.54	-0.1
1,007,087	-				+1.0
1,007,087	-		DZA65_RS04860	0.54	+0.1
1,007,110	+		DZA65_RS04860	0.57	+0.1
1,007,110	+		DZA65_RS04860	0.57	+1.0
1,007,110	+		DZA65_RS04860	0.57	-1.2
1,007,110	+		DZA65_RS04860	0.57	+1.1
1,007,111	-		DZA65_RS04860	0.57	-0.6
1,007,111	-		DZA65_RS04860	0.57	-2.9
1,007,111	-		DZA65_RS04860	0.57	-0.4
1,007,116	-		DZA65_RS04860	0.58	+0.3
1,007,134	+		DZA65_RS04860	0.60	-0.9
1,007,134	+		DZA65_RS04860	0.60	+0.9
1,007,135	-		DZA65_RS04860	0.60	+0.4
1,007,149	-		DZA65_RS04860	0.62	-0.4
1,007,149	-		DZA65_RS04860	0.62	-2.4
1,007,169	+		DZA65_RS04860	0.65	-0.9
1,007,169	+		DZA65_RS04860	0.65	-0.6
1,007,169	+		DZA65_RS04860	0.65	+0.6
1,007,169	+		DZA65_RS04860	0.65	-0.3
1,007,169	+		DZA65_RS04860	0.65	-1.4
1,007,173	+				-0.6
1,007,173	+		DZA65_RS04860	0.65	+3.2
1,007,173	+		DZA65_RS04860	0.65	+1.0
1,007,209	+		DZA65_RS04860	0.70	-1.4
1,007,209	+		DZA65_RS04860	0.70	+0.4
1,007,209	+		DZA65_RS04860	0.70	-0.6
1,007,209	+		DZA65_RS04860	0.70	-0.1
1,007,209	+		DZA65_RS04860	0.70	+0.8
1,007,210	-		DZA65_RS04860	0.70	-1.2
1,007,537	+				+0.4
1,007,592	+				+0.8
1,007,593	-				-0.4
1,007,593	-				-0.3
1,007,604	+				-0.4
1,007,665	+		DZA65_RS04865	0.11	-0.2
1,007,675	+		DZA65_RS04865	0.12	-0.0
1,007,732	+		DZA65_RS04865	0.14	-1.2
1,007,732	+		DZA65_RS04865	0.14	-0.2
1,007,734	+		DZA65_RS04865	0.15	-0.5
1,007,735	-		DZA65_RS04865	0.15	-1.7
1,007,735	-		DZA65_RS04865	0.15	+1.1
1,007,788	-		DZA65_RS04865	0.17	+0.1
1,007,798	+		DZA65_RS04865	0.18	+0.1
1,007,810	-		DZA65_RS04865	0.18	-0.2
1,007,868	-		DZA65_RS04865	0.21	+0.3
1,007,898	+		DZA65_RS04865	0.23	+0.4
1,007,898	+		DZA65_RS04865	0.23	+0.2
1,007,899	-		DZA65_RS04865	0.23	-1.2
1,007,899	-		DZA65_RS04865	0.23	+1.2
1,007,899	-		DZA65_RS04865	0.23	+0.4
1,007,901	+		DZA65_RS04865	0.23	-0.5
1,007,901	+		DZA65_RS04865	0.23	+1.2
1,007,901	+		DZA65_RS04865	0.23	-0.6
1,007,902	-		DZA65_RS04865	0.23	-0.2
1,007,942	+		DZA65_RS04865	0.25	-0.8
1,007,943	-		DZA65_RS04865	0.25	-0.3
1,007,961	+		DZA65_RS04865	0.26	-0.3
1,007,961	+				+2.8
1,007,961	+		DZA65_RS04865	0.26	+0.2
1,007,962	-		DZA65_RS04865	0.26	-1.9
1,007,962	-		DZA65_RS04865	0.26	+1.4
1,007,962	-		DZA65_RS04865	0.26	+0.4
1,007,962	-				-0.9
1,007,963	+		DZA65_RS04865	0.26	-0.2
1,007,963	+		DZA65_RS04865	0.26	+0.4
1,007,964	-		DZA65_RS04865	0.26	-1.5
1,007,964	-		DZA65_RS04865	0.26	-1.9
1,007,964	-		DZA65_RS04865	0.26	+0.3
1,008,016	+		DZA65_RS04865	0.28	-0.8
1,008,017	-		DZA65_RS04865	0.29	-0.7
1,008,084	+		DZA65_RS04865	0.32	+1.7
1,008,101	+		DZA65_RS04865	0.33	-0.2
1,008,102	-		DZA65_RS04865	0.33	+1.2
1,008,121	+		DZA65_RS04865	0.34	-0.6
1,008,121	+		DZA65_RS04865	0.34	-0.7
1,008,156	+				+0.0
1,008,159	-		DZA65_RS04865	0.36	+0.1
1,008,159	-		DZA65_RS04865	0.36	+1.0
1,008,182	-		DZA65_RS04865	0.37	-0.6
1,008,182	-		DZA65_RS04865	0.37	-0.6
1,008,182	-		DZA65_RS04865	0.37	+0.6
1,008,238	+		DZA65_RS04865	0.39	-1.2
1,008,238	+		DZA65_RS04865	0.39	+1.8
1,008,239	-		DZA65_RS04865	0.40	-0.1
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	+0.4
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	+2.1
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	-0.2
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	-0.0
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	+0.4
1,008,372	+		DZA65_RS04865	0.46	-1.2
1,008,373	-		DZA65_RS04865	0.46	-1.9
1,008,373	-		DZA65_RS04865	0.46	-1.2
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