Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16400

Experiment: Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Atlantic
3,554,901	+		DZA65_RS16395	0.63	-0.0
3,554,901	+		DZA65_RS16395	0.63	-0.7
3,554,901	+		DZA65_RS16395	0.63	+1.1
3,554,902	-		DZA65_RS16395	0.63	-0.5
3,554,902	-		DZA65_RS16395	0.63	-0.1
3,554,934	+		DZA65_RS16395	0.64	-0.0
3,554,934	+		DZA65_RS16395	0.64	-0.8
3,554,934	+		DZA65_RS16395	0.64	-2.7
3,554,935	-		DZA65_RS16395	0.64	+1.3
3,554,935	-		DZA65_RS16395	0.64	+1.0
3,554,935	-		DZA65_RS16395	0.64	-0.4
3,554,935	-		DZA65_RS16395	0.64	+1.0
3,554,958	+		DZA65_RS16395	0.65	+0.2
3,554,959	-		DZA65_RS16395	0.65	-0.4
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.1
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-0.5
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.6
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-1.0
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-1.2
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.8
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.2
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-0.2
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-2.6
3,554,980	+		DZA65_RS16395	0.66	-0.6
3,554,981	-		DZA65_RS16395	0.66	-0.4
3,554,981	-		DZA65_RS16395	0.66	-0.4
3,554,981	-		DZA65_RS16395	0.66	-0.7
3,554,981	-		DZA65_RS16395	0.66	-0.2
3,554,981	-		DZA65_RS16395	0.66	+0.7
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	+1.4
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.7
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.1
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	+1.7
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	-0.0
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	+0.1
3,554,982	+		DZA65_RS16395	0.66	-0.6
3,555,004	+		DZA65_RS16395	0.67	+0.2
3,555,004	+		DZA65_RS16395	0.67	-0.5
3,555,005	-		DZA65_RS16395	0.67	+0.9
3,555,005	-		DZA65_RS16395	0.67	+0.3
3,555,005	-		DZA65_RS16395	0.67	+1.4
3,555,088	+		DZA65_RS16395	0.70	-2.4
3,555,146	+		DZA65_RS16395	0.72	-0.2
3,555,184	+		DZA65_RS16395	0.74	-1.4
3,555,199	+		DZA65_RS16395	0.74	-1.0
3,555,200	-		DZA65_RS16395	0.74	-0.0
3,555,225	+		DZA65_RS16395	0.75	+0.4
3,555,225	+		DZA65_RS16395	0.75	+0.3
3,555,225	+		DZA65_RS16395	0.75	-0.2
3,555,225	+		DZA65_RS16395	0.75	+1.0
3,555,225	+		DZA65_RS16395	0.75	-0.8
3,555,226	-		DZA65_RS16395	0.75	+0.2
3,555,226	-		DZA65_RS16395	0.75	-0.7
3,555,226	-		DZA65_RS16395	0.75	+0.6
3,555,226	-		DZA65_RS16395	0.75	+0.6
3,555,235	+		DZA65_RS16395	0.76	+1.1
3,555,235	+		DZA65_RS16395	0.76	-2.0
3,555,235	+		DZA65_RS16395	0.76	+2.0
3,555,236	-		DZA65_RS16395	0.76	+1.2
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	-1.0
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	+0.3
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	-1.0
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	-0.5
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	-0.1
3,555,237	+		DZA65_RS16395	0.76	+0.4
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+0.2
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+0.4
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+1.6
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+1.2
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+0.8
3,555,238	-		DZA65_RS16395	0.76	+0.1
3,555,290	-		DZA65_RS16395	0.78	+0.4
3,555,330	+		DZA65_RS16395	0.79	+0.6
3,555,357	+		DZA65_RS16395	0.80	+0.6
3,555,357	+		DZA65_RS16395	0.80	+3.2
3,555,357	+		DZA65_RS16395	0.80	-0.4
3,555,357	+		DZA65_RS16395	0.80	-1.4
3,555,357	+		DZA65_RS16395	0.80	-0.4
3,555,358	-		DZA65_RS16395	0.81	-0.4
3,555,358	-		DZA65_RS16395	0.81	+1.3
3,555,358	-		DZA65_RS16395	0.81	-1.5
3,555,428	-		DZA65_RS16395	0.83	-0.6
3,555,428	-		DZA65_RS16395	0.83	+0.6
3,555,428	-		DZA65_RS16395	0.83	+2.2
3,555,438	+		DZA65_RS16395	0.84	+0.1
3,555,439	-		DZA65_RS16395	0.84	-1.3
3,555,556	+		DZA65_RS16395	0.88	-1.0
3,555,556	+		DZA65_RS16395	0.88	-0.4
3,555,584	+		DZA65_RS16395	0.89	+0.6
3,555,584	+		DZA65_RS16395	0.89	-1.2
3,555,585	-		DZA65_RS16395	0.89	+0.8
3,555,585	-		DZA65_RS16395	0.89	+1.3
3,555,588	+		DZA65_RS16395	0.89	-2.4
3,555,588	+		DZA65_RS16395	0.89	-0.2
3,555,589	-		DZA65_RS16395	0.89	+1.4
3,555,589	-		DZA65_RS16395	0.89	+0.2
3,555,650	-				-0.4
3,555,650	-				+2.3
3,555,747	+				+1.3
3,555,747	+				-1.6
3,555,748	-				-0.6
3,555,748	-				+0.3
3,555,763	+				-1.2
3,555,764	-				-0.7
3,555,764	-				+0.7
3,555,764	-				+0.3
3,555,764	-				-2.4
3,555,764	-				+0.8
3,555,764	-				+0.6
3,555,764	-				-0.0
3,555,793	+				-0.2
3,555,793	+				-0.5
3,555,794	-				-0.8
3,555,857	+				+0.8
3,555,861	-				-1.0
3,555,861	-				-0.2
3,555,868	+				-0.4
3,555,868	+				-0.7
3,555,868	+				+1.9
3,555,868	+				-0.1
3,555,869	-				-0.2
3,555,896	-				-0.9
3,555,975	+		DZA65_RS16400	0.18	+1.3
3,555,975	+		DZA65_RS16400	0.18	-2.9
3,555,976	-		DZA65_RS16400	0.18	+0.6
3,555,976	-		DZA65_RS16400	0.18	-2.0
3,556,021	+		DZA65_RS16400	0.26	+0.5
3,556,022	-		DZA65_RS16400	0.27	-0.2
3,556,022	-		DZA65_RS16400	0.27	-1.7
3,556,043	-		DZA65_RS16400	0.31	+0.1
3,556,043	-		DZA65_RS16400	0.31	-2.2
3,556,043	-		DZA65_RS16400	0.31	-1.1
3,556,054	+		DZA65_RS16400	0.33	+0.6
3,556,055	-		DZA65_RS16400	0.33	+0.3
3,556,055	-		DZA65_RS16400	0.33	-1.6
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	+1.1
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	+0.6
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	-0.2
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	-0.7
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	+0.2
3,556,083	+		DZA65_RS16400	0.38	+0.9
3,556,084	-		DZA65_RS16400	0.38	+0.4
3,556,084	-		DZA65_RS16400	0.38	-1.1
3,556,084	-		DZA65_RS16400	0.38	-0.0
3,556,084	-		DZA65_RS16400	0.38	-0.4
3,556,084	-		DZA65_RS16400	0.38	-0.7
3,556,102	+		DZA65_RS16400	0.41	-1.4
3,556,103	-		DZA65_RS16400	0.42	-0.4
3,556,103	-		DZA65_RS16400	0.42	-1.0
3,556,103	-		DZA65_RS16400	0.42	-0.0
3,556,111	+		DZA65_RS16400	0.43	-1.2
3,556,111	+		DZA65_RS16400	0.43	+4.1
3,556,112	-		DZA65_RS16400	0.43	+2.6
3,556,112	-		DZA65_RS16400	0.43	+0.4
3,556,201	+		DZA65_RS16400	0.60	+2.9
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	-0.2
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	+0.4
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	+2.2
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	-0.4
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	-0.4
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	+0.3
3,556,202	-		DZA65_RS16400	0.60	-1.7
3,556,261	+		DZA65_RS16400	0.71	-2.2
3,556,261	+		DZA65_RS16400	0.71	+0.6
3,556,261	+		DZA65_RS16400	0.71	-0.4
3,556,261	+		DZA65_RS16400	0.71	+0.9
3,556,271	-		DZA65_RS16400	0.73	-1.7
3,556,271	-		DZA65_RS16400	0.73	+1.9
3,556,271	-		DZA65_RS16400	0.73	+0.1
3,556,271	-		DZA65_RS16400	0.73	+0.3
3,556,271	-		DZA65_RS16400	0.73	+1.4
3,556,304	-		DZA65_RS16400	0.79	-1.4
3,556,304	-		DZA65_RS16400	0.79	-0.0
3,556,304	-		DZA65_RS16400	0.79	-0.2
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	-0.7
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.6
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.9
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.2
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	+1.2
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	-2.3
3,556,335	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.2
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	-0.9
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	+0.6
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	-1.0
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	+2.2
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	+1.9
3,556,336	-		DZA65_RS16400	0.85	+1.3
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	-0.0
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	-0.4
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.2
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	+0.4
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	-1.4
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	-2.4
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	+1.3
3,556,339	+		DZA65_RS16400	0.85	-0.4
3,556,340	-		DZA65_RS16400	0.86	+0.6
3,556,340	-		DZA65_RS16400	0.86	-0.4
3,556,340	-		DZA65_RS16400	0.86	+1.0
3,556,340	-		DZA65_RS16400	0.86	-0.1
3,556,340	-		DZA65_RS16400	0.86	+0.3
3,556,357	+		DZA65_RS16400	0.89	+0.4
3,556,358	-		DZA65_RS16400	0.89	+0.6
3,556,358	-		DZA65_RS16400	0.89	+0.6
3,556,358	-		DZA65_RS16400	0.89	+1.8
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	+0.6
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	-0.6
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	-0.7
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	+0.3
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	-0.7
3,556,359	+		DZA65_RS16400	0.89	+0.3
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	-3.0
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	+1.3
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	-1.4
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	+0.4
3,556,360	-				+0.6
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	+1.4
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	+0.6
3,556,360	-		DZA65_RS16400	0.89	+0.1
3,556,397	+				-0.4
3,556,398	-				+0.1
3,556,419	-				-0.0
3,556,419	-				+0.9
3,556,419	-				-1.5
3,556,433	+				-1.0
3,556,433	+				-2.1
3,556,433	+				-0.5
3,556,433	+				-1.5
3,556,433	+				-0.1
3,556,434	-				+0.6
3,556,434	-				+0.9
3,556,434	-				-0.4
3,556,434	-				+0.1
3,556,434	-				+0.2
3,556,434	-				+0.6
3,556,434	-				-0.2
3,556,434	-				-0.4
3,556,434	-				-0.2
3,556,488	+		DZA65_RS16405	0.15	-0.2
3,556,489	-		DZA65_RS16405	0.15	-0.8
3,556,489	-		DZA65_RS16405	0.15	+2.7
3,556,505	-		DZA65_RS16405	0.19	-1.0
3,556,505	-		DZA65_RS16405	0.19	-0.7
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	-1.6
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	+0.3
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	+0.1
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	+1.7
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	-2.2
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	-0.0
3,556,541	+		DZA65_RS16405	0.27	-0.4
3,556,542	-		DZA65_RS16405	0.27	-0.2
3,556,542	-		DZA65_RS16405	0.27	-1.7
3,556,559	+		DZA65_RS16405	0.31	+0.3
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	+1.4
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	+0.1
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	+1.1
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	-0.0
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	+1.3
3,556,616	+		DZA65_RS16405	0.43	-0.1
3,556,617	-		DZA65_RS16405	0.43	-0.2
3,556,620	+		DZA65_RS16405	0.44	-1.4
3,556,717	+		DZA65_RS16405	0.65	-2.4
3,556,717	+		DZA65_RS16405	0.65	+0.7
3,556,717	+		DZA65_RS16405	0.65	+0.9
3,556,718	-		DZA65_RS16405	0.65	+0.6
3,556,718	-		DZA65_RS16405	0.65	-0.1
3,556,718	-		DZA65_RS16405	0.65	+0.3
3,556,718	-		DZA65_RS16405	0.65	-0.4
3,556,785	+		DZA65_RS16405	0.79	-0.3
3,556,806	+		DZA65_RS16405	0.84	-0.0
3,556,842	+				-0.2
3,556,842	+				-0.1
3,556,842	+				+1.2
3,556,842	+				+0.4
3,556,842	+				-1.0
3,556,842	+				+0.4
3,556,842	+				-0.0
3,556,843	-				-0.5
3,556,875	+				-1.0
3,556,875	+				-0.7
3,556,875	+				-0.7
3,556,875	+				-2.7
3,556,876	-				+1.0
3,556,876	-				-0.7
3,556,927	-				+2.2
3,556,971	-				-0.7
3,556,992	+				-1.7
3,556,992	+				-0.4
3,556,993	-				-0.3
3,556,993	-				+0.9
3,556,993	-				-1.4
3,557,032	+				-1.1
3,557,032	+				-1.4
3,557,033	-				+2.6
3,557,033	-				-0.2
3,557,062	+				-0.1
3,557,062	+				-1.4
3,557,069	+				-0.8
3,557,088	+				+0.1
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	+0.9
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	+0.6
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	-1.0
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	-2.0
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	+0.7
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	-1.7
3,557,171	+		DZA65_RS16410	0.12	+1.3
3,557,172	-		DZA65_RS16410	0.12	+0.8
3,557,172	-		DZA65_RS16410	0.12	-2.4
3,557,172	-		DZA65_RS16410	0.12	+0.6
3,557,172	-		DZA65_RS16410	0.12	-0.5
3,557,172	-		DZA65_RS16410	0.12	-1.4
3,557,396	+		DZA65_RS16410	0.21	-1.2
3,557,396	+				+1.9
3,557,396	+		DZA65_RS16410	0.21	-0.7
3,557,400	-		DZA65_RS16410	0.21	+1.0
3,557,400	-		DZA65_RS16410	0.21	-1.4