Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS21270

Experiment: Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Atlantic
4,594,103	-				-1.9
4,594,109	-				+0.1
4,594,109	-				+0.6
4,594,109	-				-0.3
4,594,109	-				-0.5
4,594,137	-				-0.4
4,594,148	-				-0.7
4,594,153	-				-0.3
4,594,153	-				-2.1
4,594,153	-				+0.6
4,594,153	-				-0.9
4,594,153	-				-2.3
4,594,183	-				-0.0
4,594,183	-				-0.5
4,594,183	-				-0.2
4,594,242	-				+0.0
4,594,242	-				+0.1
4,594,273	-				-0.3
4,594,273	-				-0.0
4,594,273	-				-0.7
4,594,276	-				-1.1
4,594,281	-				-0.7
4,594,281	-				-0.6
4,594,281	-				+1.1
4,594,281	-				-0.7
4,594,281	-				-0.9
4,594,285	-				-1.3
4,594,285	-				+0.4
4,594,285	-				-0.1
4,594,285	-				-0.8
4,594,290	-				-0.3
4,594,297	-				+1.0
4,594,309	-				+0.4
4,594,309	-				-2.4
4,594,309	-				-1.4
4,594,309	-				+1.1
4,594,309	-				-0.7
4,594,394	+				+1.1
4,594,394	+				-0.6
4,594,395	-				+0.1
4,594,395	-				-0.4
4,594,495	-		DZA65_RS21265	0.31	-2.1
4,594,503	+		DZA65_RS21265	0.34	-0.1
4,594,508	+		DZA65_RS21265	0.35	-0.3
4,594,508	+		DZA65_RS21265	0.35	-0.6
4,594,543	-		DZA65_RS21265	0.46	-1.0
4,594,611	+		DZA65_RS21265	0.67	+0.3
4,594,669	+		DZA65_RS21265	0.84	-0.7
4,594,669	+		DZA65_RS21265	0.84	-1.1
4,594,737	+				-1.6
4,594,738	-				+0.5
4,594,738	-				-0.3
4,594,738	-				-0.1
4,594,738	-				+0.3
4,594,738	-				-1.8
4,594,738	-				-2.7
4,594,744	-				-0.2
4,594,744	-				-0.3
4,594,763	-				-2.1
4,594,770	+				-0.3
4,594,770	+				-1.4
4,594,770	+				-0.2
4,594,771	-				+0.9
4,594,771	-				+0.5
4,594,771	-				-0.9
4,594,771	-				-0.9
4,594,771	-				-0.5
4,594,771	-				-1.1
4,594,784	+				-0.6
4,594,784	+				-1.9
4,594,785	-				+0.4
4,594,806	+				-0.7
4,594,814	+				-0.8
4,594,814	+				-0.4
4,594,814	+				-0.2
4,594,814	+				-0.4
4,594,814	+				-0.1
4,594,814	+				+0.3
4,594,814	+				-0.3
4,594,815	-				-0.7
4,594,815	-				-1.3
4,594,815	-				-1.4
4,594,815	-				-1.7
4,594,815	-				-2.2
4,594,818	+				-0.3
4,594,818	+				-0.4
4,594,819	-				-0.4
4,594,819	-				+0.3
4,594,825	+				+0.3
4,594,825	+				-0.7
4,594,826	-				-1.5
4,594,831	-				-0.1
4,594,831	-				-1.1
4,594,916	+				-0.4
4,594,985	-		DZA65_RS21270	0.11	-0.8
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	-0.1
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	+0.9
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	+0.3
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	+0.3
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	-1.6
4,595,036	+		DZA65_RS21270	0.15	-0.4
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-1.4
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-0.9
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-1.7
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-0.9
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-1.9
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-2.1
4,595,037	-		DZA65_RS21270	0.15	-0.9
4,595,046	+		DZA65_RS21270	0.16	-1.0
4,595,046	+		DZA65_RS21270	0.16	-0.4
4,595,047	-		DZA65_RS21270	0.16	-1.0
4,595,047	-		DZA65_RS21270	0.16	-2.9
4,595,141	+		DZA65_RS21270	0.23	-1.2
4,595,193	+		DZA65_RS21270	0.28	-1.9
4,595,193	+		DZA65_RS21270	0.28	-0.0
4,595,194	-		DZA65_RS21270	0.28	-1.1
4,595,194	-		DZA65_RS21270	0.28	-1.1
4,595,194	-		DZA65_RS21270	0.28	-0.8
4,595,247	-		DZA65_RS21270	0.32	-0.7
4,595,280	+		DZA65_RS21270	0.34	-0.4
4,595,280	+		DZA65_RS21270	0.34	-0.1
4,595,280	+		DZA65_RS21270	0.34	-0.3
4,595,280	+		DZA65_RS21270	0.34	-0.2
4,595,281	-		DZA65_RS21270	0.34	-0.1
4,595,281	-		DZA65_RS21270	0.34	+0.3
4,595,303	+		DZA65_RS21270	0.36	-0.6
4,595,303	+		DZA65_RS21270	0.36	-1.6
4,595,303	+		DZA65_RS21270	0.36	-1.4
4,595,303	+		DZA65_RS21270	0.36	+0.9
4,595,303	+		DZA65_RS21270	0.36	-1.5
4,595,304	-		DZA65_RS21270	0.36	-1.5
4,595,304	-		DZA65_RS21270	0.36	-0.4
4,595,349	+		DZA65_RS21270	0.40	-1.0
4,595,349	+		DZA65_RS21270	0.40	-1.2
4,595,349	+		DZA65_RS21270	0.40	-0.1
4,595,350	-		DZA65_RS21270	0.40	-1.3
4,595,350	-		DZA65_RS21270	0.40	-1.4
4,595,350	-		DZA65_RS21270	0.40	-1.3
4,595,350	-		DZA65_RS21270	0.40	-0.1
4,595,350	-		DZA65_RS21270	0.40	-1.8
4,595,440	+		DZA65_RS21270	0.47	-0.7
4,595,441	-		DZA65_RS21270	0.47	-1.4
4,595,445	+		DZA65_RS21270	0.47	-0.7
4,595,446	-		DZA65_RS21270	0.47	-2.7
4,595,490	+		DZA65_RS21270	0.51	-1.2
4,595,491	-		DZA65_RS21270	0.51	-0.8
4,595,491	-		DZA65_RS21270	0.51	+0.9
4,595,547	+		DZA65_RS21270	0.55	-0.9
4,595,547	+		DZA65_RS21270	0.55	-1.0
4,595,548	-		DZA65_RS21270	0.55	-0.2
4,595,548	-		DZA65_RS21270	0.55	-0.8
4,595,548	-		DZA65_RS21270	0.55	-1.1
4,595,651	+		DZA65_RS21270	0.63	-1.4
4,595,651	+		DZA65_RS21270	0.63	-0.9
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-0.7
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-3.1
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-1.5
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-3.5
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-1.5
4,595,652	-		DZA65_RS21270	0.63	-2.8
4,595,762	+		DZA65_RS21270	0.72	-0.1
4,595,782	+		DZA65_RS21270	0.73	-0.7
4,595,782	+		DZA65_RS21270	0.73	+0.7
4,595,782	+		DZA65_RS21270	0.73	-0.1
4,595,783	-		DZA65_RS21270	0.73	-1.6
4,595,783	-		DZA65_RS21270	0.73	-1.4
4,595,783	-		DZA65_RS21270	0.73	-0.5
4,595,801	+		DZA65_RS21270	0.75	-0.7
4,595,802	-		DZA65_RS21270	0.75	-0.1
4,595,821	+		DZA65_RS21270	0.76	-2.7
4,595,821	+		DZA65_RS21270	0.76	-1.1
4,595,821	+		DZA65_RS21270	0.76	-1.5
4,595,821	+		DZA65_RS21270	0.76	-0.6
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-1.1
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	+0.9
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-0.3
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-0.7
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-1.1
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-1.8
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-0.6
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-0.1
4,595,822	-		DZA65_RS21270	0.76	-1.7
4,595,829	+		DZA65_RS21270	0.77	-1.4
4,595,829	+		DZA65_RS21270	0.77	-1.3
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	-2.6
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	-1.9
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	-2.4
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	-3.0
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	+0.3
4,595,830	-		DZA65_RS21270	0.77	+0.1
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	-2.6
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	-0.2
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	-1.8
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	-1.8
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	-0.4
4,595,856	+		DZA65_RS21270	0.79	+0.1
4,595,857	-		DZA65_RS21270	0.79	-0.7
4,595,857	-		DZA65_RS21270	0.79	-1.1
4,595,857	-		DZA65_RS21270	0.79	-1.8
4,595,857	-		DZA65_RS21270	0.79	+0.7
4,595,901	+		DZA65_RS21270	0.83	+1.2
4,595,902	-		DZA65_RS21270	0.83	-2.2
4,595,902	-		DZA65_RS21270	0.83	-0.7
4,595,928	+		DZA65_RS21270	0.85	-1.1
4,595,928	+		DZA65_RS21270	0.85	+0.4
4,595,928	+		DZA65_RS21270	0.85	+0.1
4,595,928	+		DZA65_RS21270	0.85	-0.8
4,595,929	-		DZA65_RS21270	0.85	-0.5
4,595,929	-		DZA65_RS21270	0.85	-2.7
4,595,929	-		DZA65_RS21270	0.85	-1.4
4,595,958	+		DZA65_RS21270	0.87	-1.4
4,595,958	+		DZA65_RS21270	0.87	-0.9
4,595,958	+		DZA65_RS21270	0.87	+0.5
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-0.9
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-0.9
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-0.1
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-0.9
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-1.7
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	-1.6
4,595,959	-		DZA65_RS21270	0.87	+0.9
4,595,972	+		DZA65_RS21270	0.88	-0.7
4,595,972	+		DZA65_RS21270	0.88	+0.1
4,595,972	+		DZA65_RS21270	0.88	-2.4
4,595,973	-		DZA65_RS21270	0.88	-1.9
4,595,988	+		DZA65_RS21270	0.89	-1.7
4,595,988	+		DZA65_RS21270	0.89	-0.1
4,595,988	+		DZA65_RS21270	0.89	-0.9
4,595,988	+		DZA65_RS21270	0.89	-1.4
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-1.1
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-0.6
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-0.3
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-3.7
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-2.1
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-0.3
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-0.1
4,595,989	-		DZA65_RS21270	0.89	-1.1
4,596,102	-				-0.9
4,596,110	+				-0.7
4,596,110	+				-0.7
4,596,154	+				-2.3
4,596,154	+				-1.1
4,596,154	+				-0.9
4,596,170	+				-0.7
4,596,221	+				-0.1
4,596,221	+				-1.0
4,596,221	+				-1.1
4,596,222	-				+0.3
4,596,246	+				-1.6
4,596,369	-		DZA65_RS21275	0.16	-0.9
4,596,369	-		DZA65_RS21275	0.16	-0.9
4,596,489	+		DZA65_RS21275	0.24	-1.9
4,596,489	+		DZA65_RS21275	0.24	+0.9
4,596,489	+		DZA65_RS21275	0.24	-2.2
4,596,489	+		DZA65_RS21275	0.24	-2.3
4,596,490	-		DZA65_RS21275	0.24	-0.4
4,596,490	-		DZA65_RS21275	0.24	-0.9
4,596,490	-		DZA65_RS21275	0.24	+0.0
4,596,490	-		DZA65_RS21275	0.24	+0.6
4,596,493	+		DZA65_RS21275	0.24	-0.7
4,596,493	+		DZA65_RS21275	0.24	-3.4
4,596,493	+		DZA65_RS21275	0.24	-1.3
4,596,493	+		DZA65_RS21275	0.24	-1.8
4,596,494	-		DZA65_RS21275	0.24	+1.5
4,596,494	-		DZA65_RS21275	0.24	-0.9
4,596,594	+		DZA65_RS21275	0.31	-0.7
4,596,594	+		DZA65_RS21275	0.31	-3.0
4,596,595	-		DZA65_RS21275	0.31	-1.1
4,596,649	-		DZA65_RS21275	0.34	+0.3
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-2.4
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.5
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.4
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.1
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.7
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	+1.9
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.4
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.6
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	+0.7
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-1.3
4,596,820	+		DZA65_RS21275	0.46	-0.1
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-0.1
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-1.6
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-0.7
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-1.1
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-1.9
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-1.2
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	+0.9
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	+0.3
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-2.4
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-1.3
4,596,821	-		DZA65_RS21275	0.46	-2.4
4,596,835	-		DZA65_RS21275	0.47	-1.4
4,597,022	-		DZA65_RS21275	0.59	+0.6
4,597,091	-		DZA65_RS21275	0.64	-0.7