Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS18615

Experiment: Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Atlantic
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	-0.5
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	+2.4
4,008,746	+		DZA65_RS18610	0.32	+1.4
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.2
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	-0.6
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	+0.3
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	+0.8
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	+0.5
4,008,786	+		DZA65_RS18610	0.36	+0.3
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+1.6
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+0.8
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+0.0
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+0.2
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+0.6
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	-2.7
4,008,787	-		DZA65_RS18610	0.36	+1.0
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	-3.0
4,008,790	+				-0.7
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	+0.1
4,008,790	+		DZA65_RS18610	0.36	-1.6
4,008,791	-		DZA65_RS18610	0.36	-0.7
4,008,852	+		DZA65_RS18610	0.42	-2.2
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	-0.2
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.4
4,008,853	-				+2.1
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.7
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.7
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+0.3
4,008,853	-		DZA65_RS18610	0.42	+1.3
4,008,885	+		DZA65_RS18610	0.45	+1.0
4,008,886	-		DZA65_RS18610	0.45	+1.2
4,008,886	-		DZA65_RS18610	0.45	-0.5
4,008,895	+		DZA65_RS18610	0.46	+2.6
4,008,895	+		DZA65_RS18610	0.46	-2.0
4,008,896	-		DZA65_RS18610	0.46	+2.6
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	-0.7
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+2.8
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	-1.5
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	-0.5
4,008,936	+		DZA65_RS18610	0.49	+1.0
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	-1.0
4,008,937	-				+0.8
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	-1.7
4,008,937	-		DZA65_RS18610	0.49	+0.4
4,009,117	+		DZA65_RS18610	0.65	-0.4
4,009,118	-		DZA65_RS18610	0.65	+0.2
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+2.4
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+0.8
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	-2.0
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	+1.8
4,009,146	+		DZA65_RS18610	0.68	-1.3
4,009,147	-		DZA65_RS18610	0.68	-0.3
4,009,147	-		DZA65_RS18610	0.68	+1.3
4,009,290	+		DZA65_RS18610	0.80	+1.8
4,009,290	+		DZA65_RS18610	0.80	-0.2
4,009,291	-		DZA65_RS18610	0.80	+1.7
4,009,291	-		DZA65_RS18610	0.80	-0.2
4,009,309	+		DZA65_RS18610	0.82	+2.0
4,009,309	+		DZA65_RS18610	0.82	-0.4
4,009,310	-		DZA65_RS18610	0.82	-0.3
4,009,310	-		DZA65_RS18610	0.82	+0.4
4,009,375	+		DZA65_RS18610	0.88	-0.2
4,009,376	-		DZA65_RS18610	0.88	-0.5
4,009,376	-		DZA65_RS18610	0.88	+1.0
4,009,409	-				+0.5
4,009,409	-				-0.1
4,009,409	-				-0.2
4,009,428	+				-0.5
4,009,428	+				+0.5
4,009,428	+				+0.1
4,009,428	+				-0.6
4,009,428	+				-3.2
4,009,428	+				-1.5
4,009,429	-				+0.1
4,009,429	-				-0.9
4,009,429	-				-0.4
4,009,429	-				-1.5
4,009,528	-				+2.2
4,009,596	+				-0.5
4,009,596	+				+1.6
4,009,596	+				+0.9
4,009,596	+				-0.8
4,009,597	-				+0.0
4,009,597	-				+0.6
4,009,597	-				-2.0
4,009,600	+				+0.8
4,009,601	-				+0.7
4,009,607	+				-0.9
4,009,607	+				-3.2
4,009,607	+				-0.9
4,009,608	-				+0.6
4,009,608	-				+1.4
4,009,608	-				-1.1
4,009,608	-				-2.0
4,009,608	-				+0.8
4,009,642	+				+1.4
4,009,642	+				+0.7
4,009,642	+				-0.7
4,009,651	+				+1.8
4,009,651	+				-0.7
4,009,652	-				+1.1
4,009,680	+				+2.3
4,009,742	+				-2.2
4,009,743	-				+0.3
4,009,743	-				-1.7
4,009,743	-				+1.4
4,009,754	+				+1.6
4,009,755	-				-0.7
4,009,755	-				-1.5
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.3
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.5
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.2
4,009,842	+		DZA65_RS18615	0.13	+0.8
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	+0.3
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	-2.3
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	-2.6
4,009,843	-		DZA65_RS18615	0.13	+2.4
4,009,870	-		DZA65_RS18615	0.16	-1.7
4,009,878	+		DZA65_RS18615	0.17	+2.7
4,009,878	+		DZA65_RS18615	0.17	-1.5
4,009,879	-		DZA65_RS18615	0.18	+0.3
4,009,879	-		DZA65_RS18615	0.18	-1.5
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-0.8
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	+1.3
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	+0.5
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	+0.3
4,009,886	-		DZA65_RS18615	0.18	-1.0
4,009,928	+		DZA65_RS18615	0.23	+0.2
4,009,929	-		DZA65_RS18615	0.23	-1.0
4,010,021	-		DZA65_RS18615	0.34	+1.8
4,010,038	+		DZA65_RS18615	0.35	-1.7
4,010,038	+		DZA65_RS18615	0.35	+0.8
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-1.5
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-2.2
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-0.7
4,010,049	+		DZA65_RS18615	0.37	-1.5
4,010,050	-		DZA65_RS18615	0.37	-0.2
4,010,050	-		DZA65_RS18615	0.37	+0.2
4,010,127	+		DZA65_RS18615	0.46	-0.2
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	-0.3
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	-0.5
4,010,134	+		DZA65_RS18615	0.46	+0.8
4,010,135	-		DZA65_RS18615	0.46	+0.1
4,010,135	-				-0.7
4,010,167	-		DZA65_RS18615	0.50	+1.1
4,010,309	+		DZA65_RS18615	0.66	-0.2
4,010,309	+		DZA65_RS18615	0.66	+2.1
4,010,334	-		DZA65_RS18615	0.69	+0.0
4,010,334	-		DZA65_RS18615	0.69	+0.2
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+2.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.2
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.2
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-2.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.0
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-2.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.2
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.3
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.1
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.7
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.4
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-0.6
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	-1.9
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,408	+		DZA65_RS18615	0.77	+1.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.4
4,010,409	-				-1.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.4
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.0
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+1.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.6
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-2.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.7
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.0
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.8
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.2
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.1
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	+0.5
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.3
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-1.7
4,010,409	-		DZA65_RS18615	0.77	-0.2
4,010,410	+		DZA65_RS18615	0.78	+1.2
4,010,410	+		DZA65_RS18615	0.78	+0.5
4,010,411	-		DZA65_RS18615	0.78	-1.2
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-0.5
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	-0.4
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	+0.8
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	+0.6
4,010,450	+		DZA65_RS18615	0.82	+1.1
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.7
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.7
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+0.9
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.5
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.2
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+1.0
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	-0.5
4,010,451	-		DZA65_RS18615	0.82	+1.5
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.1
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.3
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-2.1
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	+1.1
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	-2.3
4,010,508	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.3
4,010,509	-				+0.8
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+1.0
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+1.8
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+0.4
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	+1.8
4,010,509	-		DZA65_RS18615	0.89	-0.6
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.3
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.7
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.8
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	+2.6
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	+0.6
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	-0.7
4,010,516	+		DZA65_RS18615	0.89	-1.1
4,010,517	-		DZA65_RS18615	0.90	+0.7
4,010,517	-		DZA65_RS18615	0.90	+1.2
4,010,538	+				+1.5
4,010,538	+				+2.1
4,010,538	+				+1.2
4,010,538	+				+2.2
4,010,538	+				+1.9
4,010,539	-				-0.1
4,010,539	-				+1.0
4,010,546	+				-3.1
4,010,546	+				-0.2
4,010,546	+				-1.1
4,010,546	+				+0.8
4,010,547	-				-1.2
4,010,547	-				-0.4
4,010,547	-				+0.8
4,010,547	-				-0.4
4,010,547	-				+1.4
4,010,549	+				-0.2
4,010,549	+				+1.4
4,010,549	+				-0.2
4,010,550	-				-0.3
4,010,560	+				-0.3
4,010,560	+				-0.2
4,010,561	-				-0.2
4,010,701	+				+1.8
4,010,702	-				+0.3
4,010,703	+				-1.7
4,010,712	+				+1.0
4,010,712	+				+0.5
4,010,712	+				+0.5
4,010,713	-				+1.8
4,010,739	+				+0.3
4,010,740	-				+0.5
4,010,740	-				+1.3
4,010,760	+				+2.6
4,010,760	+				-2.6
4,010,760	+				+1.8
4,010,760	+				+4.8
4,010,760	+				-1.5
4,010,760	+				-0.4
4,010,760	+				-2.0
4,010,760	+				+4.2
4,010,760	+				-0.5
4,010,760	+				-0.4
4,010,760	+				+2.3
4,010,761	-				+0.1
4,010,761	-				+0.6
4,010,761	-				+0.0
4,010,761	-				-0.5
4,010,761	-				-0.2
4,010,761	-				+1.5
4,010,761	-				+0.4
4,010,761	-				+0.8
4,010,761	-				+2.1
4,010,761	-				+3.6
4,010,761	-				-0.0
4,010,769	-				+0.8
4,010,769	-				+0.8
4,010,769	-				+0.4
4,010,815	+				+0.3
4,010,824	+				+1.0
4,010,824	+				-0.3
4,010,825	+				-0.1
4,010,826	+				-0.4
4,010,826	+				+0.8
4,010,826	+				+0.2
4,010,826	+				-2.0
4,010,826	+				-0.6
4,010,826	+				+1.8
4,010,826	+				-1.0
4,010,826	+				-0.8
4,010,826	+				+0.1
4,010,826	+				-0.5
4,010,826	+				-0.5
4,010,826	+				-0.2
4,010,826	+				+0.3
4,010,826	+				-1.6
4,010,828	+				-0.9
4,010,828	+				+0.2
4,010,828	+				-1.5
4,010,828	+				-0.0
4,010,828	+				-1.5
4,010,828	+				-1.5
4,010,828	+				-0.4
4,010,828	+				+0.8
4,010,828	+				+0.4
4,010,828	+				-2.4
4,010,828	+				-1.3
4,010,828	+				-2.6
4,010,828	+				+0.8
4,010,828	+				-2.0
4,010,828	+				+0.5
4,010,828	+				+1.5
4,010,828	+				-0.6
4,010,828	+				-0.2
4,010,828	+				-1.0
4,010,828	+				+0.2
4,010,828	+				+1.1
4,010,845	+				-0.1
4,010,845	+				-0.8
4,010,845	+				+2.6
4,010,845	+				+0.3
4,010,845	+				+0.6
4,010,845	+				+0.2
4,010,845	+				+0.0
4,010,846	-				+0.2
4,010,846	-				-2.0
4,010,846	-				+0.7
4,010,846	-				-0.7
4,010,846	-				+0.0
4,010,847	+				-0.7
4,010,847	+				-0.1
4,010,847	+				+0.1
4,010,848	-				+1.0
4,010,848	-				-0.9
4,010,866	+				+0.7
4,010,876	+				+1.3
4,010,876	+				+1.1
4,010,877	-				-0.7
4,010,877	-				+0.8
4,010,918	+				+3.4
4,010,918	+				-0.2
4,010,966	+				-1.5
4,010,966	+				-1.7
4,010,967	-				+0.8
4,010,967	-				-1.0
4,011,047	+				-0.5
4,011,048	-				-2.2
4,011,048	-				-1.5
4,011,145	-		DZA65_RS18620	0.14	+0.5
4,011,157	+		DZA65_RS18620	0.16	+1.3
4,011,157	+		DZA65_RS18620	0.16	-1.0
4,011,157	+		DZA65_RS18620	0.16	-0.6
4,011,158	-		DZA65_RS18620	0.16	-1.7
4,011,158	-		DZA65_RS18620	0.16	-0.3
4,011,205	+		DZA65_RS18620	0.20	-0.5
4,011,206	-		DZA65_RS18620	0.20	-0.5
4,011,214	+		DZA65_RS18620	0.21	-0.2
4,011,215	-		DZA65_RS18620	0.21	-1.5
4,011,215	-		DZA65_RS18620	0.21	+0.5
4,011,324	+		DZA65_RS18620	0.32	-0.2
4,011,325	-		DZA65_RS18620	0.32	-1.2
4,011,325	-		DZA65_RS18620	0.32	-0.2
4,011,474	+		DZA65_RS18620	0.46	-0.4
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.5
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	-0.9
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.5
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	-0.4
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.7
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.3
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+1.2
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+1.0
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.5
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	-1.0
4,011,480	+		DZA65_RS18620	0.47	-0.8
4,011,481	-		DZA65_RS18620	0.47	+1.1
4,011,481	-		DZA65_RS18620	0.47	-0.9
4,011,481	-		DZA65_RS18620	0.47	-0.0
4,011,481	-		DZA65_RS18620	0.47	-1.7
4,011,484	+		DZA65_RS18620	0.47	+0.1
4,011,485	-		DZA65_RS18620	0.47	-1.2
4,011,537	+		DZA65_RS18620	0.52	+0.8
4,011,548	+		DZA65_RS18620	0.53	-1.5
4,011,549	-		DZA65_RS18620	0.54	+1.8
4,011,549	-		DZA65_RS18620	0.54	-0.4