Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11445

Experiment: Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Atlantic
2,434,792	+		DZA65_RS11440	0.46	+1.2
2,434,810	-		DZA65_RS11440	0.47	-0.0
2,434,829	-		DZA65_RS11440	0.49	-1.1
2,434,861	+		DZA65_RS11440	0.51	-0.8
2,434,862	-		DZA65_RS11440	0.51	-0.3
2,434,864	+		DZA65_RS11440	0.51	-0.1
2,434,865	-		DZA65_RS11440	0.51	+0.3
2,434,865	-		DZA65_RS11440	0.51	+0.2
2,434,917	-		DZA65_RS11440	0.55	-3.0
2,434,920	-		DZA65_RS11440	0.55	+0.9
2,434,928	+		DZA65_RS11440	0.55	-1.4
2,434,928	+		DZA65_RS11440	0.55	+0.6
2,434,928	+		DZA65_RS11440	0.55	-0.7
2,434,956	+		DZA65_RS11440	0.57	+0.3
2,434,966	+		DZA65_RS11440	0.58	+0.2
2,434,990	+		DZA65_RS11440	0.60	+1.1
2,434,991	-				+3.1
2,435,002	+		DZA65_RS11440	0.61	-2.0
2,435,002	+		DZA65_RS11440	0.61	+0.4
2,435,007	+		DZA65_RS11440	0.61	+0.1
2,435,011	+		DZA65_RS11440	0.61	-1.0
2,435,011	+		DZA65_RS11440	0.61	+0.0
2,435,011	+		DZA65_RS11440	0.61	-1.3
2,435,012	-		DZA65_RS11440	0.61	+0.7
2,435,137	+		DZA65_RS11440	0.70	+0.5
2,435,138	-		DZA65_RS11440	0.70	-0.3
2,435,161	-		DZA65_RS11440	0.72	-1.3
2,435,245	+		DZA65_RS11440	0.78	+0.6
2,435,327	-		DZA65_RS11440	0.83	+0.3
2,435,337	+		DZA65_RS11440	0.84	-1.7
2,435,338	-		DZA65_RS11440	0.84	+1.7
2,435,338	-		DZA65_RS11440	0.84	+0.1
2,435,415	-		DZA65_RS11440	0.89	+1.2
2,435,422	+		DZA65_RS11440	0.90	-0.5
2,435,422	+		DZA65_RS11440	0.90	-2.3
2,435,740	+				+1.2
2,435,799	-		DZA65_RS11445	0.11	+0.3
2,435,989	-		DZA65_RS11445	0.25	+1.7
2,436,115	+		DZA65_RS11445	0.35	-1.1
2,436,134	+		DZA65_RS11445	0.36	-0.1
2,436,155	-		DZA65_RS11445	0.38	-2.0
2,436,158	+		DZA65_RS11445	0.38	-0.6
2,436,159	-		DZA65_RS11445	0.38	+0.5
2,436,159	-		DZA65_RS11445	0.38	+0.8
2,436,196	+		DZA65_RS11445	0.41	-0.2
2,436,209	+		DZA65_RS11445	0.42	+0.8
2,436,213	+		DZA65_RS11445	0.42	+1.5
2,436,289	+		DZA65_RS11445	0.47	-1.7
2,436,326	-		DZA65_RS11445	0.50	+1.3
2,436,353	-		DZA65_RS11445	0.52	+0.7
2,436,394	-		DZA65_RS11445	0.55	+0.9
2,436,398	-		DZA65_RS11445	0.56	+0.7
2,436,499	+		DZA65_RS11445	0.63	+1.3
2,436,590	+		DZA65_RS11445	0.70	-0.9
2,436,590	+		DZA65_RS11445	0.70	-0.6
2,436,591	-		DZA65_RS11445	0.70	-2.0
2,436,591	-		DZA65_RS11445	0.70	+0.6
2,436,610	+		DZA65_RS11445	0.71	+0.3
2,436,611	-		DZA65_RS11445	0.71	+0.9
2,436,611	-		DZA65_RS11445	0.71	+0.3
2,436,611	-		DZA65_RS11445	0.71	-1.7
2,436,614	+		DZA65_RS11445	0.71	-0.4
2,436,614	+		DZA65_RS11445	0.71	+0.4
2,436,615	-		DZA65_RS11445	0.72	-2.5
2,436,626	+		DZA65_RS11445	0.72	+1.3
2,436,627	-		DZA65_RS11445	0.72	+1.3
2,436,629	-				+2.2
2,436,682	+		DZA65_RS11445	0.76	+0.6
2,436,690	-		DZA65_RS11445	0.77	+0.5
2,436,749	+		DZA65_RS11445	0.81	-0.1
2,436,750	-		DZA65_RS11445	0.81	+1.3
2,436,750	-		DZA65_RS11445	0.81	-2.1
2,436,750	-		DZA65_RS11445	0.81	-1.9
2,436,750	-		DZA65_RS11445	0.81	-0.2
2,436,750	-		DZA65_RS11445	0.81	+1.2
2,436,766	+		DZA65_RS11445	0.83	+0.5
2,436,767	-		DZA65_RS11445	0.83	+0.6
2,436,769	+		DZA65_RS11445	0.83	-1.3
2,436,769	+		DZA65_RS11445	0.83	-0.3
2,436,770	-		DZA65_RS11445	0.83	+0.6
2,436,770	-		DZA65_RS11445	0.83	+0.1
2,436,772	+		DZA65_RS11445	0.83	+2.3
2,436,772	+		DZA65_RS11445	0.83	-0.6
2,436,773	-		DZA65_RS11445	0.83	-1.1
2,436,773	-		DZA65_RS11445	0.83	-0.2
2,436,773	-		DZA65_RS11445	0.83	+0.7
2,436,786	+		DZA65_RS11445	0.84	-1.3
2,436,786	+		DZA65_RS11445	0.84	+0.3
2,436,834	+		DZA65_RS11445	0.88	-0.5
2,436,834	+		DZA65_RS11445	0.88	+2.3
2,436,843	+		DZA65_RS11445	0.88	-0.1
2,436,844	-		DZA65_RS11445	0.88	-0.6
2,436,848	-		DZA65_RS11445	0.89	+0.5
2,436,856	+		DZA65_RS11445	0.89	+1.0
2,436,856	+		DZA65_RS11445	0.89	+0.5
2,436,857	-		DZA65_RS11445	0.89	+2.8
2,436,857	-		DZA65_RS11445	0.89	-0.7
2,436,857	-		DZA65_RS11445	0.89	+0.5
2,436,876	+				-0.5
2,436,877	-				+1.4
2,436,932	-				+1.6
2,436,939	+				+2.5
2,436,939	+				+1.9
2,436,939	+				-0.1
2,436,940	-				+0.3
2,436,940	-				-1.3
2,436,952	-				+0.6
2,436,967	+				+0.3
2,436,968	-				-0.1
2,436,998	+				+2.0
2,436,998	+				+0.6
2,436,998	+				+1.5
2,436,998	+				+0.3
2,436,998	+				+1.1
2,436,999	-				-1.0
2,436,999	-				-0.7
2,436,999	-				-0.0
2,436,999	-				+1.3
2,436,999	-				-0.1
2,437,002	+				+0.3
2,437,002	+				-0.9
2,437,002	+				-0.2
2,437,002	+				-1.3
2,437,002	+				-0.6
2,437,003	-				-3.3
2,437,003	-				-0.3
2,437,005	+				-1.5
2,437,005	+				-1.5
2,437,007	+				+1.7
2,437,007	+				+0.2
2,437,007	+				+0.1
2,437,007	+				+0.5
2,437,008	-				-1.7
2,437,008	-				-0.7
2,437,018	+				-2.4
2,437,019	-				-0.4
2,437,046	+				-1.3
2,437,047	-				+1.2
2,437,089	+				-0.3
2,437,124	+				+1.6
2,437,146	-				-0.6
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+1.1
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.0
2,437,185	+		DZA65_RS11450	0.13	+0.5
2,437,186	-		DZA65_RS11450	0.13	-0.2
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	-0.0
2,437,187	+		DZA65_RS11450	0.13	+0.3
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	+0.3
2,437,188	-		DZA65_RS11450	0.13	+0.7
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.9
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-2.9
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.9
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	+2.1
2,437,221	+		DZA65_RS11450	0.17	-0.5
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	+0.4
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-0.7
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-0.3
2,437,222	-		DZA65_RS11450	0.17	-1.5
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.8
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.0
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	+1.3
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-1.7
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-1.0
2,437,269	+				+0.3
2,437,269	+		DZA65_RS11450	0.22	-0.7
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.0
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	+1.1
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.2
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-2.0
2,437,270	-		DZA65_RS11450	0.22	-1.1
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-1.0
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	-0.0
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	+0.3
2,437,276	-		DZA65_RS11450	0.22	+2.2
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	+1.5
2,437,346	+		DZA65_RS11450	0.30	-0.7
2,437,375	+		DZA65_RS11450	0.33	-0.4
2,437,481	+		DZA65_RS11450	0.44	-0.2
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-1.0
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.9
2,437,579	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.1
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-1.7
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.7
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+2.9
2,437,580	-		DZA65_RS11450	0.54	+1.1
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-2.7
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.4
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-1.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.6
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.5
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.0
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	-1.5
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,583	+		DZA65_RS11450	0.54	+1.2
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.5
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.3
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.1
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	+0.8
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.7
2,437,584	-		DZA65_RS11450	0.54	-0.0
2,437,613	+		DZA65_RS11450	0.57	-1.3
2,437,677	+		DZA65_RS11450	0.64	-0.9
2,437,726	+		DZA65_RS11450	0.69	-2.0
2,437,775	+		DZA65_RS11450	0.74	+0.0
2,437,945	-				+0.9
2,437,967	+				-0.7
2,437,968	-				+2.1
2,437,968	-				-1.3
2,437,968	-				-0.8
2,437,968	-				-1.2
2,437,968	-				-0.7