Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23

Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS22460

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

download SVG

download strain data

Per-strain Table

Position	Strand	LocusTag	Fraction	PDB
				remove
4,856,138	+	DZA65_RS22445	0.48	-0.0
4,856,138	+	DZA65_RS22445	0.48	-0.5
4,856,138	+	DZA65_RS22445	0.48	-0.4
4,856,139	-	DZA65_RS22445	0.48	+0.3
4,856,139	-	DZA65_RS22445	0.48	-0.4
4,856,139	-	DZA65_RS22445	0.48	-0.6
4,856,182	+	DZA65_RS22445	0.53	+0.3
4,856,205	+	DZA65_RS22445	0.56	-0.1
4,856,205	+	DZA65_RS22445	0.56	+0.3
4,856,205	+	DZA65_RS22445	0.56	+0.2
4,856,205	+	DZA65_RS22445	0.56	+0.4
4,856,206	-	DZA65_RS22445	0.56	+1.2
4,856,206	-	DZA65_RS22445	0.56	+0.3
4,856,236	-	DZA65_RS22445	0.60	+0.6
4,856,331	-	DZA65_RS22445	0.72	-0.4
4,856,361	+	DZA65_RS22445	0.76	+0.0
4,856,362	-	DZA65_RS22445	0.76	-1.4
4,856,404	+	DZA65_RS22445	0.82	+0.6
4,856,405	-	DZA65_RS22445	0.82	-1.0
4,856,405	-	DZA65_RS22445	0.82	+1.6
4,856,433	+	DZA65_RS22445	0.85	-1.1
4,856,434	-	DZA65_RS22445	0.85	+2.2
4,856,434	-	DZA65_RS22445	0.85	+0.1
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	-1.4
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	+0.3
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	+1.3
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	-0.0
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	-0.6
4,856,454	+	DZA65_RS22445	0.88	-0.0
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	+1.0
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	-1.2
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	-0.2
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	+1.0
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	+0.2
4,856,455	-	DZA65_RS22445	0.88	+2.2
4,856,472	+			-0.2
4,856,472	+			-0.2
4,856,472	+			-0.2
4,856,472	+			-1.1
4,856,472	+			+1.7
4,856,472	+			-1.0
4,856,472	+			-0.6
4,856,472	+			+0.4
4,856,473	-			+0.3
4,856,473	-			-0.8
4,856,473	-			+0.2
4,856,473	-			-1.4
4,856,473	-			-1.2
4,856,473	-			-2.0
4,856,473	-			-1.7
4,856,473	-			-0.6
4,856,473	-			+0.0
4,856,473	-			-1.6
4,856,475	-			-1.0
4,856,548	+			+2.2
4,856,549	-			+1.4
4,856,557	+			+1.1
4,856,557	+			+0.1
4,856,574	-			-0.4
4,856,574	-			-0.6
4,856,580	+			+0.2
4,856,581	-			+0.7
4,856,744	-	DZA65_RS22450	0.61	-0.6
4,856,744	-	DZA65_RS22450	0.61	-1.1
4,856,744	-	DZA65_RS22450	0.61	+0.6
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+1.1
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+0.1
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	-0.2
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+0.6
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+0.4
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+1.2
4,856,820	+			+1.2
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	-0.2
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+0.1
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	-1.0
4,856,820	+	DZA65_RS22450	0.90	+0.1
4,856,821	-			-0.7
4,856,821	-			-0.0
4,856,821	-			-0.2
4,856,821	-			-0.4
4,856,821	-			+2.7
4,856,821	-			-1.0
4,856,821	-			-0.1
4,856,821	-			+0.6
4,856,821	-			+0.0
4,856,821	-			+1.6
4,856,821	-			-0.4
4,856,963	+	DZA65_RS22455	0.36	-0.3
4,856,963	+	DZA65_RS22455	0.36	-0.7
4,856,963	+	DZA65_RS22455	0.36	-1.2
4,856,963	+	DZA65_RS22455	0.36	+0.2
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	-2.0
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	-0.2
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	-0.4
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	+0.7
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	-0.0
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	-0.2
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	+0.6
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	+0.2
4,856,964	-	DZA65_RS22455	0.37	+1.1
4,857,068	-	DZA65_RS22455	0.78	-0.8
4,857,122	+			-0.5
4,857,122	+			+0.3
4,857,122	+			-2.2
4,857,123	-			+0.6
4,857,123	-			+0.4
4,857,209	+	DZA65_RS22460	0.17	-0.6
4,857,209	+	DZA65_RS22460	0.17	+0.8
4,857,210	-	DZA65_RS22460	0.17	-0.2
4,857,210	-	DZA65_RS22460	0.17	-2.7
4,857,212	+	DZA65_RS22460	0.17	+1.0
4,857,212	+	DZA65_RS22460	0.17	-0.1
4,857,212	+	DZA65_RS22460	0.17	-0.2
4,857,212	+	DZA65_RS22460	0.17	-0.2
4,857,212	+	DZA65_RS22460	0.17	+1.3
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	+0.8
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	-0.1
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	+0.3
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	+0.6
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	-3.1
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	-0.3
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	+0.1
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	-0.7
4,857,213	-	DZA65_RS22460	0.17	-2.4
4,857,235	+	DZA65_RS22460	0.21	-1.7
4,857,236	-	DZA65_RS22460	0.21	-0.4
4,857,467	+	DZA65_RS22460	0.60	-0.0
4,857,467	+	DZA65_RS22460	0.60	-0.9
4,857,467	+	DZA65_RS22460	0.60	+0.3
4,857,468	-	DZA65_RS22460	0.60	-1.2
4,857,468	-	DZA65_RS22460	0.60	-0.7
4,857,513	+	DZA65_RS22460	0.68	-0.4
4,857,514	-	DZA65_RS22460	0.68	-0.1
4,857,569	-	DZA65_RS22460	0.77	-1.0
4,857,575	-	DZA65_RS22460	0.79	-0.2
4,857,633	+	DZA65_RS22460	0.88	-0.0
4,857,633	+	DZA65_RS22460	0.88	-2.1
4,857,634	-	DZA65_RS22460	0.88	-1.2
4,857,674	-			-0.0
4,857,674	-			-0.4
4,857,674	-			-1.0
4,857,723	+			-0.7
4,857,745	-			+0.1
4,857,745	-			-2.1
4,857,745	-			-1.3
4,857,745	-			-0.4
4,857,760	+			+0.4
4,857,760	+			-1.2
4,857,760	+			-0.7
4,857,760	+			-0.7
4,857,761	-			+0.2
4,857,761	-			-0.1
4,857,761	-			-0.0
4,857,776	+			-0.5
4,857,776	+			+0.6
4,857,776	+			-0.7
4,857,777	-			+0.4
4,857,777	-			+0.3
4,857,777	-			-0.7
4,857,777	-			-0.4
4,857,777	-			-0.9
4,857,792	+			-1.2
4,857,792	+			+0.3
4,857,801	+			+0.1
4,857,801	+			+0.6
4,857,801	+			-0.8
4,857,801	+			-0.8
4,857,801	+			-0.1
4,857,801	+			-0.2
4,857,802	-			+0.1
4,857,802	-			-0.6
4,857,802	-			-1.0
4,857,802	-			-0.6
4,857,818	+			+0.5
4,857,818	+			-0.4
4,857,818	+			-0.2
4,857,818	+			-0.4
4,857,819	-			-0.4
4,857,819	-			-1.3
4,857,819	-			-1.8
4,857,819	-			-0.9
4,857,819	-			-0.8
4,857,819	-			+0.3
4,857,819	-			-1.7
4,857,909	-			-1.7
4,857,909	-			+1.6
4,857,909	-			+0.1
4,857,927	+			-0.4
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	-0.7
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	+0.8
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	-2.4
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	-2.9
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	+0.7
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	+0.7
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	-2.0
4,858,002	+	DZA65_RS22465	0.14	+0.3
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-1.1
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	+0.4
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	+0.0
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-1.4
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-0.2
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	+0.4
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-0.6
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	+1.3
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-1.5
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-2.2
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	-0.3
4,858,003	-	DZA65_RS22465	0.14	+0.4
4,858,060	-	DZA65_RS22465	0.18	-1.2
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	-1.6
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	+0.5
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	+0.9
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	-1.0
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	-1.4
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	-0.4
4,858,155	+	DZA65_RS22465	0.25	-1.3
4,858,156	-	DZA65_RS22465	0.25	+0.6
4,858,156	-	DZA65_RS22465	0.25	-1.7
4,858,247	+	DZA65_RS22465	0.32	-0.7
4,858,247	+	DZA65_RS22465	0.32	-0.4
4,858,248	-	DZA65_RS22465	0.32	+1.1
4,858,248	-	DZA65_RS22465	0.32	-0.4
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.4
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	-1.0
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.1
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	+1.7
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.4
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	+0.4
4,858,279	+	DZA65_RS22465	0.34	-1.7
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-0.7
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-1.6
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	+0.4
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	+1.6
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-2.0
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	+0.4
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	+1.3
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-1.0
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-0.0
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	+1.0
4,858,280	-	DZA65_RS22465	0.34	-0.0
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-1.1
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.2
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	+0.7
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-1.6
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.7
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.4
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-2.6
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	+0.8
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	+0.7
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.4
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	+1.6
4,858,283	+	DZA65_RS22465	0.34	-0.0
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	+1.2
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	-0.2
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	-0.9
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	+0.9
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	-2.0
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	+0.4
4,858,284	-	DZA65_RS22465	0.34	-3.0
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.4
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.3
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.9
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	-1.2
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.4
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.6
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+1.2
4,858,298	+	DZA65_RS22465	0.35	+0.8
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-2.5
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.2
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.3
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.8
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.5
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.6
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.2
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-3.0
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-1.0
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.7
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.2
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.6
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.1
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-1.4
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.3
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.9
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	+0.6
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-1.7
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-1.2
4,858,299	-	DZA65_RS22465	0.35	-0.3
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-2.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.2
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-1.2
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,385	+			+1.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.9
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.2
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-1.5
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.2
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.3
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.9
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.8
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.1
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.3
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+2.6
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.1
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.8
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.3
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.9
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.9
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,385	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.3
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.5
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+1.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.0
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+1.0
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.5
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.2
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.7
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.9
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.7
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+1.1
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.4
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.0
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.3
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.7
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.9
4,858,386	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.4
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.1
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.2
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.8
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	+0.4
4,858,389	+	DZA65_RS22465	0.42	+1.0
4,858,390	-	DZA65_RS22465	0.42	-0.2
4,858,390	-	DZA65_RS22465	0.42	-2.4
4,858,390	-	DZA65_RS22465	0.42	-1.7
4,858,390	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,390	-	DZA65_RS22465	0.42	+0.6
4,858,407	-	DZA65_RS22465	0.43	+1.1
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.2
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-0.4
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+1.6
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.3
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.2
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-0.3
4,858,458	+			-0.4
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-1.7
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.9
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-1.3
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-0.4
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.1
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.6
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	-0.3
4,858,458	+	DZA65_RS22465	0.47	+0.9
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.4
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.7
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-2.0
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.1
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.1
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.4
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	+0.9
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.0
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	+0.6
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.4
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	+1.0
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.7
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.1
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	+0.1
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.8
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.7
4,858,459	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.3
4,858,460	+	DZA65_RS22465	0.47	-1.6
4,858,461	-	DZA65_RS22465	0.47	+0.8
4,858,461	-	DZA65_RS22465	0.47	+1.3
4,858,461	-	DZA65_RS22465	0.47	-0.9
4,858,506	-	DZA65_RS22465	0.50	+0.6
4,858,506	-	DZA65_RS22465	0.50	+0.1
4,858,658	+	DZA65_RS22465	0.61	-1.1

Or see this region's nucleotide sequence