Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS21865

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.5
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.3
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-1.0
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-1.3
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.2
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.1
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.8
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.3
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.4
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.3
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+3.9
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.2
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.1
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.1
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.3
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-1.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.9
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.7
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.9
4,722,873	+				+1.6
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.7
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+0.8
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	+1.1
4,722,873	+		DZA65_RS21855	0.50	-0.2
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-3.2
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.7
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.3
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.9
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.0
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.2
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.0
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.4
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.9
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.3
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.6
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.6
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.4
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+1.0
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.4
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.0
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.0
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.3
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.2
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.6
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-2.2
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.1
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.6
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.9
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.3
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	+0.3
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-0.9
4,722,874	-		DZA65_RS21855	0.50	-1.8
4,722,895	-		DZA65_RS21855	0.52	-1.4
4,722,895	-		DZA65_RS21855	0.52	-1.4
4,722,936	+		DZA65_RS21855	0.56	+1.1
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	+1.0
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.6
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.1
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	+1.1
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.4
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	+1.1
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.4
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	+0.4
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.6
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-1.3
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.8
4,722,937	+		DZA65_RS21855	0.56	-0.0
4,722,938	-		DZA65_RS21855	0.56	+0.5
4,722,938	-		DZA65_RS21855	0.56	-0.0
4,722,941	-		DZA65_RS21855	0.56	+0.2
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.1
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.2
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	+0.1
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.6
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.9
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.1
4,723,003	+		DZA65_RS21855	0.63	-0.1
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	-0.6
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	-2.0
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	+1.1
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	+0.4
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	+0.4
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	-0.7
4,723,004	-				+0.6
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	+0.7
4,723,004	-		DZA65_RS21855	0.63	-0.0
4,723,016	+		DZA65_RS21855	0.64	-2.8
4,723,016	+		DZA65_RS21855	0.64	+0.6
4,723,017	-		DZA65_RS21855	0.64	-0.3
4,723,017	-		DZA65_RS21855	0.64	+0.8
4,723,017	-		DZA65_RS21855	0.64	-1.4
4,723,017	-		DZA65_RS21855	0.64	+0.2
4,723,063	+		DZA65_RS21855	0.69	-1.4
4,723,064	-		DZA65_RS21855	0.69	-0.4
4,723,064	-		DZA65_RS21855	0.69	+0.4
4,723,104	+		DZA65_RS21855	0.73	-0.5
4,723,104	+		DZA65_RS21855	0.73	-1.0
4,723,104	+		DZA65_RS21855	0.73	-0.3
4,723,105	-		DZA65_RS21855	0.73	-0.1
4,723,105	-		DZA65_RS21855	0.73	-1.5
4,723,182	+		DZA65_RS21855	0.81	+0.5
4,723,182	+		DZA65_RS21855	0.81	+0.5
4,723,182	+		DZA65_RS21855	0.81	+0.4
4,723,238	-		DZA65_RS21855	0.86	-1.8
4,723,238	-		DZA65_RS21855	0.86	-2.0
4,723,285	+				-1.9
4,723,285	+				+2.0
4,723,285	+				+0.6
4,723,285	+				+0.8
4,723,286	-				-1.1
4,723,286	-				-0.6
4,723,286	-				+0.2
4,723,286	-				-0.7
4,723,287	+				+0.4
4,723,287	+				-1.0
4,723,288	-				+0.1
4,723,288	-				+0.1
4,723,288	-				+0.6
4,723,288	-				-0.7
4,723,288	-				-0.1
4,723,288	-				+0.2
4,723,370	+				+0.8
4,723,371	-				+0.3
4,723,371	-				-2.2
4,723,376	+				-1.4
4,723,376	+				+1.0
4,723,376	+				-2.8
4,723,376	+				-1.2
4,723,376	+				+0.3
4,723,376	+				-0.2
4,723,376	+				-1.8
4,723,376	+				-1.4
4,723,377	-				-0.7
4,723,377	-				-0.3
4,723,377	-				-0.0
4,723,377	-				+0.4
4,723,572	+		DZA65_RS21860	0.39	-0.9
4,723,572	+		DZA65_RS21860	0.39	+0.1
4,723,573	-		DZA65_RS21860	0.40	+1.0
4,723,573	-		DZA65_RS21860	0.40	+1.1
4,723,822	-				-0.8
4,723,824	+				-1.0
4,723,824	+				+0.1
4,723,824	+				-0.4
4,723,824	+				+1.6
4,723,824	+				+0.8
4,723,824	+				+0.4
4,723,824	+				+1.4
4,723,824	+				+0.2
4,723,824	+				+0.3
4,723,824	+				+0.1
4,723,824	+				-0.1
4,723,824	+				+0.9
4,723,825	-				-0.1
4,723,825	-				-0.8
4,723,825	-				-0.2
4,723,825	-				+0.3
4,723,825	-				+2.0
4,723,825	-				-0.6
4,723,825	-				+1.0
4,723,825	-				-0.3
4,723,825	-				+0.7
4,723,825	-				-0.6
4,723,829	+				-2.3
4,723,829	+				-0.6
4,723,829	+				+1.1
4,723,829	+				-1.0
4,723,829	+				+1.6
4,723,829	+				+1.0
4,723,829	+				+0.8
4,723,829	+				-1.2
4,723,829	+				-1.0
4,723,830	-				+1.0
4,723,830	-				+0.3
4,723,830	-				+0.4
4,723,830	-				+0.4
4,723,830	-				-0.1
4,723,830	-				+0.1
4,723,830	-				-0.3
4,723,830	-				+0.2
4,723,830	-				+1.0
4,723,830	-				-0.8
4,723,830	-				+0.4
4,723,859	+				-0.4
4,723,859	+				+0.4
4,723,859	+				-0.2
4,723,859	+				+0.1
4,723,859	+				-0.6
4,723,859	+				-1.5
4,723,859	+				+0.8
4,723,859	+				+0.0
4,723,859	+				+1.7
4,723,859	+				+1.7
4,723,859	+				-0.4
4,723,859	+				+0.8
4,723,860	-				+0.3
4,723,860	-				+0.4
4,723,860	-				-0.0
4,723,860	-				+0.1
4,723,860	-				+0.6
4,723,860	-				+0.6
4,723,860	-				-2.8
4,723,860	-				+2.4
4,723,860	-				-0.4
4,723,860	-				-0.4
4,723,860	-				-0.7
4,723,860	-				-0.0
4,723,878	-				-1.6
4,723,886	+				-0.3
4,723,886	+				+0.3
4,723,886	+				-1.0
4,723,908	+				-0.8
4,723,909	-				-2.2
4,723,909	-				+1.1
4,723,909	-				-0.0
4,723,910	+				+0.4
4,723,910	+				-2.6
4,723,910	+				-2.1
4,723,910	+				-0.7
4,723,911	-				-0.4
4,723,911	-				-0.1
4,723,911	-				-2.2
4,723,911	-				-2.9
4,723,911	-				-1.1
4,723,911	-				-1.5
4,723,928	+				+0.1
4,723,928	+				+0.2
4,723,928	+				+0.7
4,723,928	+				+1.9
4,723,928	+				-1.0
4,723,928	+				+0.2
4,723,928	+				-0.1
4,723,929	-				-0.1
4,723,929	-				+1.3
4,723,959	+				+0.1
4,723,959	+				+0.1
4,723,959	+				+0.5
4,723,960	-				+1.3
4,723,964	-				+0.4
4,723,992	+				-2.4
4,723,994	+				+0.7
4,723,994	+				+0.1
4,723,994	+				+0.1
4,723,994	+				-0.4
4,723,994	+				-0.4
4,723,994	+				+0.1
4,724,010	+				+0.3
4,724,010	+				-1.2
4,724,010	+				+0.3
4,724,010	+				+0.0
4,724,010	+				+0.6
4,724,010	+				+0.0
4,724,010	+				-0.0
4,724,011	-				+0.6
4,724,011	-				+0.2
4,724,024	+				-0.1
4,724,024	+				+0.6
4,724,025	-				-0.4
4,724,025	-				+1.6
4,724,120	+				-0.4
4,724,120	+				+2.3
4,724,121	-				+0.2
4,724,121	-				+2.0
4,724,121	-				+1.4
4,724,151	+				+0.2
4,724,152	-				-0.4
4,724,168	+				-0.3
4,724,168	+				+0.6
4,724,168	+				+0.2
4,724,168	+				-1.8
4,724,168	+				-0.2
4,724,168	+				-1.9
4,724,169	-				+0.3
4,724,169	-				+1.4
4,724,169	-				+0.6
4,724,169	-				+0.5
4,724,207	+				+0.6
4,724,207	+				-1.5
4,724,207	+				-0.3
4,724,207	+				-2.0
4,724,207	+				+1.0
4,724,207	+				+0.4
4,724,207	+				-0.3
4,724,207	+				-1.4
4,724,207	+				+0.8
4,724,207	+				+1.3
4,724,207	+				-0.7
4,724,207	+				-0.3
4,724,207	+				+0.9
4,724,207	+				-0.4
4,724,208	-				+1.3
4,724,208	-				-0.3
4,724,208	-				-0.2
4,724,208	-				+0.6
4,724,208	-				+0.1
4,724,208	-				+0.7
4,724,208	-				-0.8
4,724,226	-				+0.6
4,724,226	-				+1.2
4,724,240	+				+0.4
4,724,240	+				-2.8
4,724,240	+				+0.1
4,724,240	+				+0.3
4,724,240	+				+0.1
4,724,241	-				-0.8
4,724,241	-				-1.0
4,724,241	-				+0.1
4,724,241	-				-1.0
4,724,241	-				+1.4
4,724,241	-				-0.1
4,724,246	+				-0.9
4,724,246	+				-0.4
4,724,246	+				+0.1
4,724,247	-				+0.3
4,724,247	-				+0.9
4,724,247	-				+0.2
4,724,247	-				+1.6
4,724,247	-				-0.2
4,724,247	-				+0.4
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4,725,591	-		DZA65_RS21865	0.44	+0.8
4,725,591	-		DZA65_RS21865	0.44	-1.3
4,725,597	-		DZA65_RS21865	0.44	+0.3
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4,725,636	-		DZA65_RS21865	0.45	+0.4
4,725,637	+		DZA65_RS21865	0.45	-0.7
4,725,637	+		DZA65_RS21865	0.45	-0.6
4,725,667	-		DZA65_RS21865	0.46	-0.1
4,725,667	-		DZA65_RS21865	0.46	+1.6
4,725,707	+				+1.1
4,725,707	+		DZA65_RS21865	0.47	-2.0
4,725,707	+		DZA65_RS21865	0.47	-0.9
4,725,708	-				+0.6
4,725,708	-		DZA65_RS21865	0.47	+1.1
4,725,708	-		DZA65_RS21865	0.47	+2.0
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4,725,719	+		DZA65_RS21865	0.47	+0.4
4,725,720	-		DZA65_RS21865	0.47	+1.3
4,725,720	-		DZA65_RS21865	0.47	-0.1
4,725,885	-		DZA65_RS21865	0.51	+0.7
4,725,918	+		DZA65_RS21865	0.52	-1.4
4,725,918	+		DZA65_RS21865	0.52	+1.2
4,725,918	+		DZA65_RS21865	0.52	+1.6
4,725,918	+		DZA65_RS21865	0.52	+3.3
4,725,919	-		DZA65_RS21865	0.52	+2.1
4,725,919	-		DZA65_RS21865	0.52	+0.9
4,725,919	-		DZA65_RS21865	0.52	+0.4
4,726,070	+		DZA65_RS21865	0.56	+0.3
4,726,070	+		DZA65_RS21865	0.56	-1.8
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4,728,739	+		DZA65_RS21870	0.37	+0.2
4,728,739	+		DZA65_RS21870	0.37	-1.2
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4,728,757	+		DZA65_RS21870	0.38	+0.6
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4,728,757	+		DZA65_RS21870	0.38	-2.9
4,728,757	+		DZA65_RS21870	0.38	-0.0
4,728,758	-		DZA65_RS21870	0.38	+0.3
4,728,763	+		DZA65_RS21870	0.38	+0.3
4,728,772	+		DZA65_RS21870	0.38	-0.7
4,728,793	+		DZA65_RS21870	0.39	+0.1
4,728,793	+		DZA65_RS21870	0.39	+0.8
4,728,793	+		DZA65_RS21870	0.39	+1.8
4,728,793	+		DZA65_RS21870	0.39	-0.1
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4,728,794	-		DZA65_RS21870	0.39	-0.2
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4,728,794	-		DZA65_RS21870	0.39	+0.6