Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS21325

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
4,612,528	+		DZA65_RS21315	0.74	+0.3
4,612,528	+		DZA65_RS21315	0.74	-1.8
4,612,529	-		DZA65_RS21315	0.74	-1.5
4,612,563	+		DZA65_RS21315	0.78	+2.3
4,612,563	+		DZA65_RS21315	0.78	-0.3
4,612,563	+		DZA65_RS21315	0.78	+0.3
4,612,563	+		DZA65_RS21315	0.78	-2.8
4,612,563	+		DZA65_RS21315	0.78	+1.0
4,612,564	-		DZA65_RS21315	0.78	-0.5
4,612,564	-		DZA65_RS21315	0.78	+1.4
4,612,565	-		DZA65_RS21315	0.78	-0.4
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	+0.9
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	-1.5
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	-0.5
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	-0.6
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	+0.5
4,612,607	+		DZA65_RS21315	0.83	+1.5
4,612,608	-		DZA65_RS21315	0.83	+2.0
4,612,608	-		DZA65_RS21315	0.83	-0.9
4,612,635	+		DZA65_RS21315	0.86	-0.4
4,612,635	+		DZA65_RS21315	0.86	+0.2
4,612,665	+		DZA65_RS21315	0.89	+1.3
4,612,665	+		DZA65_RS21315	0.89	+0.3
4,612,665	+		DZA65_RS21315	0.89	+0.2
4,612,666	-		DZA65_RS21315	0.90	+0.9
4,612,666	-		DZA65_RS21315	0.90	-0.9
4,612,666	-		DZA65_RS21315	0.90	+0.2
4,612,724	+				-0.6
4,612,725	-				+0.3
4,612,725	-				-1.6
4,612,746	-				+0.9
4,612,775	+				-1.8
4,612,775	+				+1.3
4,612,775	+				-1.3
4,612,775	+				+0.5
4,612,775	+				+0.8
4,612,775	+				-0.0
4,612,776	-				+0.5
4,612,776	-				+0.2
4,612,776	-				+0.4
4,612,776	-				-0.3
4,613,021	+		DZA65_RS21320	0.34	+0.1
4,613,055	+		DZA65_RS21320	0.39	+0.8
4,613,055	+		DZA65_RS21320	0.39	-0.2
4,613,055	+		DZA65_RS21320	0.39	-1.8
4,613,056	-		DZA65_RS21320	0.39	-2.0
4,613,056	-		DZA65_RS21320	0.39	+1.1
4,613,069	+		DZA65_RS21320	0.41	+0.1
4,613,070	-		DZA65_RS21320	0.41	-0.6
4,613,082	+		DZA65_RS21320	0.42	-0.4
4,613,160	+		DZA65_RS21320	0.53	+0.6
4,613,161	-		DZA65_RS21320	0.53	-1.1
4,613,161	-		DZA65_RS21320	0.53	+1.4
4,613,161	-		DZA65_RS21320	0.53	-0.2
4,613,166	+		DZA65_RS21320	0.53	-1.8
4,613,166	+		DZA65_RS21320	0.53	+0.3
4,613,166	+		DZA65_RS21320	0.53	-0.9
4,613,166	+		DZA65_RS21320	0.53	-1.8
4,613,167	-		DZA65_RS21320	0.53	+0.1
4,613,167	-		DZA65_RS21320	0.53	-0.4
4,613,172	+		DZA65_RS21320	0.54	+0.5
4,613,172	+		DZA65_RS21320	0.54	-1.5
4,613,172	+		DZA65_RS21320	0.54	-1.5
4,613,172	+		DZA65_RS21320	0.54	+1.0
4,613,173	-		DZA65_RS21320	0.54	+1.1
4,613,173	-		DZA65_RS21320	0.54	+0.7
4,613,175	+		DZA65_RS21320	0.55	-0.5
4,613,175	+		DZA65_RS21320	0.55	-0.0
4,613,175	+		DZA65_RS21320	0.55	-1.0
4,613,175	+		DZA65_RS21320	0.55	-0.0
4,613,176	-		DZA65_RS21320	0.55	-2.4
4,613,176	-		DZA65_RS21320	0.55	+0.1
4,613,176	-		DZA65_RS21320	0.55	+0.1
4,613,176	-				+1.5
4,613,200	-		DZA65_RS21320	0.58	-1.0
4,613,200	-		DZA65_RS21320	0.58	+0.7
4,613,217	+		DZA65_RS21320	0.60	+0.4
4,613,217	+		DZA65_RS21320	0.60	-0.5
4,613,217	+		DZA65_RS21320	0.60	+1.6
4,613,217	+		DZA65_RS21320	0.60	+0.5
4,613,217	+		DZA65_RS21320	0.60	-1.0
4,613,218	-		DZA65_RS21320	0.60	+0.4
4,613,218	-		DZA65_RS21320	0.60	-0.9
4,613,218	-		DZA65_RS21320	0.60	+0.3
4,613,218	-		DZA65_RS21320	0.60	-0.3
4,613,218	-		DZA65_RS21320	0.60	-1.0
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	+0.7
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	-0.8
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	+1.1
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	+0.3
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	-1.0
4,613,232	+		DZA65_RS21320	0.62	-0.4
4,613,233	-		DZA65_RS21320	0.62	+0.3
4,613,233	-		DZA65_RS21320	0.62	+2.1
4,613,233	-		DZA65_RS21320	0.62	-0.1
4,613,233	-		DZA65_RS21320	0.62	-1.5
4,613,233	-		DZA65_RS21320	0.62	+1.0
4,613,251	-		DZA65_RS21320	0.64	-0.7
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	-0.4
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	+0.1
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	+2.2
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	+2.2
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	-0.1
4,613,291	+		DZA65_RS21320	0.70	+1.5
4,613,292	-		DZA65_RS21320	0.70	-0.1
4,613,292	-		DZA65_RS21320	0.70	-0.6
4,613,295	-		DZA65_RS21320	0.70	+0.2
4,613,295	-		DZA65_RS21320	0.70	-0.7
4,613,295	-		DZA65_RS21320	0.70	-0.1
4,613,295	-		DZA65_RS21320	0.70	+0.4
4,613,295	-		DZA65_RS21320	0.70	+0.4
4,613,322	+		DZA65_RS21320	0.74	+0.4
4,613,488	-				+0.1
4,613,520	+				+0.4
4,613,520	+				+0.4
4,613,521	-				-0.5
4,613,614	+		DZA65_RS21325	0.12	+0.3
4,613,614	+		DZA65_RS21325	0.12	-0.1
4,613,615	-		DZA65_RS21325	0.12	+0.5
4,613,615	-		DZA65_RS21325	0.12	+0.1
4,613,615	-		DZA65_RS21325	0.12	-0.0
4,613,620	+		DZA65_RS21325	0.13	+0.5
4,613,620	+		DZA65_RS21325	0.13	-0.3
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	-0.3
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	-1.0
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	-0.2
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	+0.9
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	-1.0
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	+0.2
4,613,621	-		DZA65_RS21325	0.13	-1.8
4,613,676	-		DZA65_RS21325	0.20	+0.3
4,613,723	+		DZA65_RS21325	0.27	+1.1
4,613,723	+		DZA65_RS21325	0.27	+0.8
4,613,723	+		DZA65_RS21325	0.27	+0.5
4,613,724	-		DZA65_RS21325	0.27	-2.0
4,613,731	+		DZA65_RS21325	0.28	-1.0
4,613,731	+		DZA65_RS21325	0.28	-0.3
4,613,732	-		DZA65_RS21325	0.28	-0.2
4,613,732	-		DZA65_RS21325	0.28	-0.9
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	+0.2
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	+0.2
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	-1.8
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	-1.8
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	+0.5
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	+0.5
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	+1.1
4,613,779	+		DZA65_RS21325	0.34	-0.9
4,613,780	-		DZA65_RS21325	0.34	-1.5
4,613,780	-		DZA65_RS21325	0.34	-1.0
4,613,780	-		DZA65_RS21325	0.34	-1.6
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	+0.3
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	-0.3
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	+0.5
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	-0.8
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	-0.1
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	+1.5
4,613,896	+		DZA65_RS21325	0.50	-0.7
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	-0.0
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	-0.5
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	+0.5
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	-2.0
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	+0.3
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	+0.9
4,613,897	-				-1.5
4,613,897	-		DZA65_RS21325	0.50	-1.3
4,613,899	+		DZA65_RS21325	0.50	-1.0
4,613,900	-		DZA65_RS21325	0.50	+0.5
4,613,900	-		DZA65_RS21325	0.50	+1.0
4,613,905	-		DZA65_RS21325	0.51	+0.1
4,613,905	-		DZA65_RS21325	0.51	-1.5
4,613,911	+		DZA65_RS21325	0.52	-1.6
4,613,912	-		DZA65_RS21325	0.52	-0.7
4,613,975	+		DZA65_RS21325	0.61	-1.2
4,613,975	+		DZA65_RS21325	0.61	+0.3
4,614,054	+		DZA65_RS21325	0.71	+0.2
4,614,054	+		DZA65_RS21325	0.71	+0.3
4,614,054	+		DZA65_RS21325	0.71	-0.6
4,614,054	+		DZA65_RS21325	0.71	-0.2
4,614,054	+		DZA65_RS21325	0.71	-0.2
4,614,055	-		DZA65_RS21325	0.71	+0.4
4,614,163	+		DZA65_RS21325	0.86	+0.4
4,614,163	+		DZA65_RS21325	0.86	-0.0
4,614,163	+		DZA65_RS21325	0.86	-0.9
4,614,164	-		DZA65_RS21325	0.86	+1.3
4,614,210	+				+0.1
4,614,210	+				-1.9
4,614,306	-				-0.1
4,614,306	-				+0.3
4,614,320	+				-0.1
4,614,320	+				+1.3
4,614,320	+				-0.0
4,614,321	-				-2.5
4,614,321	-				-0.8
4,614,325	+				-1.2
4,614,326	-				+1.1
4,614,399	+				+0.7
4,614,400	-				-2.0
4,614,565	+		DZA65_RS21330	0.11	-0.6
4,614,565	+		DZA65_RS21330	0.11	-2.0
4,614,566	-		DZA65_RS21330	0.11	-0.8
4,614,566	-		DZA65_RS21330	0.11	+2.0
4,614,566	-		DZA65_RS21330	0.11	+0.5
4,614,573	+		DZA65_RS21330	0.11	+1.4
4,614,573	+		DZA65_RS21330	0.11	+0.5
4,614,573	+		DZA65_RS21330	0.11	+0.5
4,614,574	-		DZA65_RS21330	0.11	-0.0
4,614,574	-		DZA65_RS21330	0.11	-1.3
4,614,574	-		DZA65_RS21330	0.11	+1.1
4,614,586	+		DZA65_RS21330	0.12	+0.1
4,614,586	+		DZA65_RS21330	0.12	+0.6
4,614,586	+		DZA65_RS21330	0.12	+0.1
4,614,586	+		DZA65_RS21330	0.12	-0.2
4,614,587	-		DZA65_RS21330	0.12	+0.7
4,614,636	+		DZA65_RS21330	0.15	+0.3
4,614,636	+		DZA65_RS21330	0.15	-1.9
4,614,636	+		DZA65_RS21330	0.15	+0.8
4,614,637	-		DZA65_RS21330	0.15	-0.4
4,614,637	-		DZA65_RS21330	0.15	-1.0
4,614,637	-		DZA65_RS21330	0.15	+1.0
4,614,681	+		DZA65_RS21330	0.18	-0.6
4,614,681	+		DZA65_RS21330	0.18	-3.3
4,614,681	+		DZA65_RS21330	0.18	-0.4
4,614,681	+		DZA65_RS21330	0.18	-1.3
4,614,681	+		DZA65_RS21330	0.18	+2.1
4,614,682	-		DZA65_RS21330	0.18	+0.6
4,614,682	-		DZA65_RS21330	0.18	-0.0
4,614,682	-		DZA65_RS21330	0.18	+0.3
4,614,682	-		DZA65_RS21330	0.18	-0.2
4,614,732	+		DZA65_RS21330	0.22	+0.3
4,614,808	+		DZA65_RS21330	0.27	-0.2
4,614,808	+		DZA65_RS21330	0.27	+1.0
4,614,808	+		DZA65_RS21330	0.27	+1.3
4,614,809	-		DZA65_RS21330	0.27	-0.7
4,614,809	-		DZA65_RS21330	0.27	-0.0
4,614,809	-		DZA65_RS21330	0.27	-1.2
4,614,837	+				-0.3
4,614,837	+		DZA65_RS21330	0.28	-0.6
4,614,838	-		DZA65_RS21330	0.28	+1.0
4,614,914	+		DZA65_RS21330	0.33	-0.3
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