Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11060

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
2,339,322	+		DZA65_RS11055	0.30	+0.5
2,339,322	+		DZA65_RS11055	0.30	+0.1
2,339,323	-		DZA65_RS11055	0.30	-0.4
2,339,323	-		DZA65_RS11055	0.30	+0.2
2,339,323	-		DZA65_RS11055	0.30	+0.3
2,339,323	-		DZA65_RS11055	0.30	+0.1
2,339,323	-		DZA65_RS11055	0.30	+0.0
2,339,402	-		DZA65_RS11055	0.44	-1.7
2,339,513	+		DZA65_RS11055	0.63	-1.0
2,339,513	+		DZA65_RS11055	0.63	-0.3
2,339,513	+		DZA65_RS11055	0.63	-0.5
2,339,513	+		DZA65_RS11055	0.63	+0.1
2,339,514	-		DZA65_RS11055	0.63	-0.1
2,339,518	-		DZA65_RS11055	0.64	-0.6
2,339,544	+		DZA65_RS11055	0.68	-0.0
2,339,544	+		DZA65_RS11055	0.68	-0.5
2,339,544	+		DZA65_RS11055	0.68	-1.9
2,339,544	+				+0.9
2,339,544	+		DZA65_RS11055	0.68	+1.0
2,339,545	-		DZA65_RS11055	0.68	+0.3
2,339,545	-		DZA65_RS11055	0.68	-0.7
2,339,654	+		DZA65_RS11055	0.87	-0.5
2,339,654	+		DZA65_RS11055	0.87	-1.1
2,339,675	+				-0.8
2,339,719	-				+0.8
2,339,719	-				-0.7
2,339,719	-				+0.5
2,339,719	-				-0.1
2,339,719	-				+0.7
2,339,719	-				+0.3
2,339,729	+				-1.7
2,339,729	+				-0.5
2,339,730	-				-0.7
2,339,730	-				-0.3
2,339,739	-				+0.8
2,339,788	+				-0.7
2,339,788	+				+1.7
2,339,789	-				+1.1
2,339,797	+				+1.7
2,339,797	+				-0.1
2,339,839	-				+0.5
2,340,005	+				-1.3
2,340,075	+				-2.0
2,340,075	+				+1.1
2,340,075	+				+0.3
2,340,075	+				-2.0
2,340,076	-				-0.0
2,340,076	-				-0.7
2,340,076	-				-1.7
2,340,076	-				-0.2
2,340,076	-				-0.6
2,340,086	-				+1.3
2,340,093	+				-0.1
2,340,093	+				-3.0
2,340,093	+				-0.7
2,340,094	-				-2.3
2,340,094	-				-0.9
2,340,094	-				+1.0
2,340,094	-				+1.0
2,340,094	-				-0.8
2,340,094	-				-1.0
2,340,094	-				+1.4
2,340,094	-				-0.7
2,340,103	+				-0.7
2,340,104	-				+1.0
2,340,107	+				-0.3
2,340,107	+				+0.3
2,340,108	-				-1.5
2,340,108	-				-0.2
2,340,108	-				-0.4
2,340,108	-				-0.9
2,340,108	-				+0.3
2,340,108	-				+1.9
2,340,108	-				-0.6
2,340,108	-				+1.9
2,340,108	-				-0.7
2,340,111	+				+1.0
2,340,111	+				-1.3
2,340,111	+				+0.1
2,340,111	+				-0.2
2,340,111	+				+0.3
2,340,112	-				-1.6
2,340,112	-				-1.5
2,340,112	-				-0.3
2,340,112	-				-1.5
2,340,112	-				-0.5
2,340,121	+				-0.4
2,340,121	+				-1.0
2,340,121	+				+1.5
2,340,122	-				-0.9
2,340,122	-				-1.7
2,340,122	-				+0.9
2,340,127	+				-0.2
2,340,127	+				-1.6
2,340,127	+				-0.3
2,340,127	+				-1.0
2,340,127	+				+1.2
2,340,127	+				+0.1
2,340,127	+				+0.8
2,340,127	+				+1.9
2,340,127	+				-0.5
2,340,127	+				+0.2
2,340,128	-				-0.6
2,340,128	-				-0.1
2,340,128	-				-0.5
2,340,128	-				-0.2
2,340,128	-				+0.6
2,340,128	-				-0.1
2,340,128	-				-1.2
2,340,143	+				-2.6
2,340,143	+				+0.5
2,340,143	+				+1.1
2,340,143	+				+0.9
2,340,143	+				+0.3
2,340,143	+				+0.2
2,340,143	+				-0.2
2,340,143	+				+0.2
2,340,144	-				+0.5
2,340,144	-				-0.6
2,340,144	-				-0.7
2,340,144	-				-0.6
2,340,144	-				+0.2
2,340,144	-				+0.1
2,340,144	-				+0.1
2,340,144	-				-0.5
2,340,208	+				-0.1
2,340,286	+				+0.3
2,340,286	+				+0.9
2,340,287	-				+0.3
2,340,287	-				-0.2
2,340,320	-		DZA65_RS11060	0.11	+1.0
2,340,375	-		DZA65_RS11060	0.14	+0.7
2,340,378	-		DZA65_RS11060	0.15	-0.4
2,340,444	+		DZA65_RS11060	0.18	+1.3
2,340,444	+		DZA65_RS11060	0.18	-1.1
2,340,445	-		DZA65_RS11060	0.19	-1.3
2,340,445	-		DZA65_RS11060	0.19	-1.3
2,340,455	+				+1.4
2,340,455	+		DZA65_RS11060	0.19	-0.4
2,340,456	-		DZA65_RS11060	0.19	-1.4
2,340,456	-		DZA65_RS11060	0.19	-0.7
2,340,528	-		DZA65_RS11060	0.23	+1.9
2,340,528	-		DZA65_RS11060	0.23	+1.6
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	-0.9
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	-1.0
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	-1.3
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	-1.3
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	+2.6
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	+0.9
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	-0.9
2,340,529	+		DZA65_RS11060	0.23	+1.0
2,340,530	-		DZA65_RS11060	0.23	+0.3
2,340,530	-		DZA65_RS11060	0.23	-0.6
2,340,530	-		DZA65_RS11060	0.23	-0.9
2,340,530	-		DZA65_RS11060	0.23	-0.3
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	+0.6
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	-0.1
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	+0.0
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	-0.7
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	-0.5
2,340,533	+		DZA65_RS11060	0.24	-0.7
2,340,534	-		DZA65_RS11060	0.24	+0.1
2,340,534	-		DZA65_RS11060	0.24	-1.7
2,340,534	-		DZA65_RS11060	0.24	+0.5
2,340,569	-		DZA65_RS11060	0.26	-0.3
2,340,591	+		DZA65_RS11060	0.27	-0.1
2,340,591	+		DZA65_RS11060	0.27	+1.0
2,340,592	-		DZA65_RS11060	0.27	-0.4
2,340,592	-		DZA65_RS11060	0.27	-1.1
2,340,592	-		DZA65_RS11060	0.27	-0.7
2,340,622	+		DZA65_RS11060	0.29	-0.1
2,340,623	-		DZA65_RS11060	0.29	-1.0
2,340,671	-		DZA65_RS11060	0.32	-0.3
2,340,708	+		DZA65_RS11060	0.34	-1.0
2,340,722	+		DZA65_RS11060	0.35	-0.3
2,340,722	+		DZA65_RS11060	0.35	+0.5
2,340,722	+		DZA65_RS11060	0.35	+0.8
2,340,723	-		DZA65_RS11060	0.35	-0.2
2,340,749	+		DZA65_RS11060	0.36	-0.4
2,340,750	-		DZA65_RS11060	0.36	-0.5
2,340,750	-		DZA65_RS11060	0.36	-0.0
2,340,751	+		DZA65_RS11060	0.36	+1.1
2,340,751	+		DZA65_RS11060	0.36	+1.2
2,340,751	+		DZA65_RS11060	0.36	-0.0
2,340,752	-		DZA65_RS11060	0.36	-0.7
2,340,752	-		DZA65_RS11060	0.36	+0.3
2,340,779	+		DZA65_RS11060	0.38	+1.0
2,340,779	+		DZA65_RS11060	0.38	-0.1
2,340,788	-		DZA65_RS11060	0.39	-2.9
2,340,807	+		DZA65_RS11060	0.40	-1.7
2,340,824	+		DZA65_RS11060	0.41	+0.3
2,340,824	+		DZA65_RS11060	0.41	-0.1
2,340,883	+		DZA65_RS11060	0.44	+1.0
2,340,883	+		DZA65_RS11060	0.44	-1.0
2,340,884	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.0
2,340,884	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.1
2,340,884	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.0
2,340,884	-		DZA65_RS11060	0.44	-1.0
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.4
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.6
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+1.2
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.8
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.0
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+1.1
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+1.7
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+0.5
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.9
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.0
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+0.9
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.9
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.9
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	+0.3
2,340,887	+		DZA65_RS11060	0.44	-0.8
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.1
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-1.5
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.3
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.7
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.9
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.1
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.1
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.3
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+0.1
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-1.3
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.2
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	+1.0
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-1.3
2,340,888	-		DZA65_RS11060	0.44	-0.3
2,340,889	+		DZA65_RS11060	0.44	-1.5
2,340,950	+		DZA65_RS11060	0.48	+0.0
2,340,950	+		DZA65_RS11060	0.48	-0.1
2,340,951	-		DZA65_RS11060	0.48	-1.1
2,340,951	-		DZA65_RS11060	0.48	-1.1
2,340,951	-		DZA65_RS11060	0.48	+1.2
2,340,951	-		DZA65_RS11060	0.48	+1.4
2,340,968	+		DZA65_RS11060	0.49	+0.4
2,340,968	+		DZA65_RS11060	0.49	-0.6
2,340,968	+		DZA65_RS11060	0.49	+1.2
2,340,968	+		DZA65_RS11060	0.49	-0.9
2,340,968	+		DZA65_RS11060	0.49	+2.0
2,340,969	-		DZA65_RS11060	0.49	+0.0
2,340,969	-		DZA65_RS11060	0.49	+0.1
2,340,969	-		DZA65_RS11060	0.49	+0.1
2,340,998	+		DZA65_RS11060	0.51	+0.7
2,340,999	-		DZA65_RS11060	0.51	+0.3
2,340,999	-		DZA65_RS11060	0.51	-1.4
2,340,999	-		DZA65_RS11060	0.51	+0.3
2,341,109	-		DZA65_RS11060	0.57	+0.5
2,341,164	+		DZA65_RS11060	0.60	+0.3
2,341,164	+		DZA65_RS11060	0.60	+1.0
2,341,165	-		DZA65_RS11060	0.61	+0.5
2,341,165	-		DZA65_RS11060	0.61	-2.9
2,341,165	-		DZA65_RS11060	0.61	-0.7
2,341,165	-		DZA65_RS11060	0.61	+0.0
2,341,165	-		DZA65_RS11060	0.61	-2.3
2,341,179	-		DZA65_RS11060	0.61	-0.0
2,341,244	+		DZA65_RS11060	0.65	+1.4
2,341,244	+		DZA65_RS11060	0.65	+0.1
2,341,245	-		DZA65_RS11060	0.65	-0.5
2,341,245	-		DZA65_RS11060	0.65	-0.9
2,341,245	-		DZA65_RS11060	0.65	-0.1
2,341,259	+		DZA65_RS11060	0.66	-0.7
2,341,259	+		DZA65_RS11060	0.66	+0.3
2,341,259	+		DZA65_RS11060	0.66	-0.5
2,341,260	-		DZA65_RS11060	0.66	-0.2
2,341,260	-		DZA65_RS11060	0.66	-0.7
2,341,260	-		DZA65_RS11060	0.66	+1.5
2,341,292	+		DZA65_RS11060	0.68	-2.7
2,341,311	+		DZA65_RS11060	0.69	-1.5
2,341,311	+		DZA65_RS11060	0.69	+0.4
2,341,322	-		DZA65_RS11060	0.70	-0.0
2,341,322	-		DZA65_RS11060	0.70	-0.3
2,341,381	+		DZA65_RS11060	0.73	-1.7
2,341,382	-		DZA65_RS11060	0.73	-0.5
2,341,430	+		DZA65_RS11060	0.76	-1.3
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