Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS19905

Experiment: PDB

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	PDB
4,306,082	-		DZA65_RS19900	0.23	-0.0
4,306,218	-		DZA65_RS19900	0.38	-1.2
4,306,218	-		DZA65_RS19900	0.38	+0.9
4,306,218	-		DZA65_RS19900	0.38	+0.9
4,306,218	-		DZA65_RS19900	0.38	+0.5
4,306,240	+		DZA65_RS19900	0.40	-0.2
4,306,240	+		DZA65_RS19900	0.40	+0.5
4,306,240	+		DZA65_RS19900	0.40	+0.9
4,306,240	+		DZA65_RS19900	0.40	+1.3
4,306,256	+		DZA65_RS19900	0.42	-0.1
4,306,256	+		DZA65_RS19900	0.42	-0.5
4,306,256	+		DZA65_RS19900	0.42	+0.2
4,306,257	-		DZA65_RS19900	0.42	+0.8
4,306,257	-		DZA65_RS19900	0.42	+0.7
4,306,257	-		DZA65_RS19900	0.42	-0.1
4,306,329	+		DZA65_RS19900	0.50	+0.7
4,306,329	+		DZA65_RS19900	0.50	-0.6
4,306,329	+		DZA65_RS19900	0.50	-0.6
4,306,329	+		DZA65_RS19900	0.50	-0.2
4,306,329	+		DZA65_RS19900	0.50	-0.1
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-2.1
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-0.1
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	+0.3
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-0.8
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-1.3
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-0.9
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	+0.5
4,306,330	-		DZA65_RS19900	0.50	-0.1
4,306,333	+		DZA65_RS19900	0.51	-0.1
4,306,333	+		DZA65_RS19900	0.51	-0.5
4,306,333	+		DZA65_RS19900	0.51	+0.3
4,306,334	-		DZA65_RS19900	0.51	-0.1
4,306,334	-		DZA65_RS19900	0.51	+0.3
4,306,334	-				-1.5
4,306,334	-		DZA65_RS19900	0.51	+0.2
4,306,334	-		DZA65_RS19900	0.51	+1.3
4,306,348	+		DZA65_RS19900	0.52	+1.7
4,306,348	+		DZA65_RS19900	0.52	-2.5
4,306,348	+		DZA65_RS19900	0.52	+0.2
4,306,348	+		DZA65_RS19900	0.52	-0.6
4,306,348	+		DZA65_RS19900	0.52	-0.1
4,306,349	-		DZA65_RS19900	0.52	-1.1
4,306,349	-		DZA65_RS19900	0.52	-0.7
4,306,349	-		DZA65_RS19900	0.52	+1.5
4,306,364	+		DZA65_RS19900	0.54	-0.3
4,306,366	+		DZA65_RS19900	0.54	-0.2
4,306,366	+		DZA65_RS19900	0.54	-0.6
4,306,390	+		DZA65_RS19900	0.57	+0.7
4,306,390	+		DZA65_RS19900	0.57	-0.3
4,306,391	-		DZA65_RS19900	0.57	-0.3
4,306,391	-		DZA65_RS19900	0.57	-1.3
4,306,456	+		DZA65_RS19900	0.64	-0.2
4,306,456	+		DZA65_RS19900	0.64	-1.8
4,306,489	+		DZA65_RS19900	0.68	+0.1
4,306,489	+		DZA65_RS19900	0.68	-0.2
4,306,489	+		DZA65_RS19900	0.68	-0.3
4,306,489	+		DZA65_RS19900	0.68	-1.5
4,306,490	-		DZA65_RS19900	0.68	+0.2
4,306,490	-		DZA65_RS19900	0.68	-0.7
4,306,492	+		DZA65_RS19900	0.68	-0.6
4,306,492	+		DZA65_RS19900	0.68	+0.1
4,306,492	+		DZA65_RS19900	0.68	-1.1
4,306,492	+		DZA65_RS19900	0.68	+0.5
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	-0.5
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	+2.1
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	+0.8
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	-0.9
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	+0.9
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	+0.5
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	-0.6
4,306,493	-		DZA65_RS19900	0.68	+0.4
4,306,605	+		DZA65_RS19900	0.81	+0.2
4,306,605	+		DZA65_RS19900	0.81	-0.7
4,306,605	+		DZA65_RS19900	0.81	+0.8
4,306,606	-		DZA65_RS19900	0.81	+0.4
4,306,696	+				-2.1
4,306,696	+				-0.2
4,306,697	-				-0.5
4,306,697	-				+0.9
4,306,745	+				+1.2
4,306,745	+				+0.8
4,306,745	+				-0.3
4,306,746	-				+1.4
4,306,785	-				+1.8
4,306,786	+				-0.7
4,306,787	-				+0.1
4,306,787	-				-0.1
4,306,787	-				+0.4
4,306,787	-				-2.6
4,306,787	-				-0.6
4,306,838	+				-1.1
4,306,838	+				-0.4
4,306,839	-				-2.1
4,306,839	-				-2.2
4,306,839	-				+1.7
4,306,839	-				-2.3
4,306,839	-				+1.6
4,306,905	+				+1.4
4,307,025	+				-1.0
4,307,026	-				+0.5
4,307,026	-				-2.3
4,307,026	-				-0.6
4,307,092	+				-0.3
4,307,093	-				+1.1
4,307,208	+		DZA65_RS19905	0.16	+0.1
4,307,208	+		DZA65_RS19905	0.16	-0.8
4,307,208	+		DZA65_RS19905	0.16	-0.2
4,307,208	+		DZA65_RS19905	0.16	+0.7
4,307,208	+		DZA65_RS19905	0.16	-1.3
4,307,209	-		DZA65_RS19905	0.16	+0.3
4,307,209	-		DZA65_RS19905	0.16	+0.6
4,307,253	+		DZA65_RS19905	0.19	-1.3
4,307,254	-		DZA65_RS19905	0.19	-2.1
4,307,283	+		DZA65_RS19905	0.21	-0.1
4,307,298	+		DZA65_RS19905	0.21	-0.4
4,307,298	+		DZA65_RS19905	0.21	-0.8
4,307,299	-		DZA65_RS19905	0.22	-1.1
4,307,487	+		DZA65_RS19905	0.33	+2.0
4,307,488	-		DZA65_RS19905	0.33	+0.8
4,307,505	+		DZA65_RS19905	0.34	-0.3
4,307,505	+		DZA65_RS19905	0.34	-0.5
4,307,506	-		DZA65_RS19905	0.34	-1.5
4,307,506	-		DZA65_RS19905	0.34	-1.8
4,307,515	-		DZA65_RS19905	0.34	-1.7
4,307,668	+		DZA65_RS19905	0.44	+0.9
4,307,783	+		DZA65_RS19905	0.51	+0.9
4,307,784	-		DZA65_RS19905	0.51	+0.1
4,307,832	+		DZA65_RS19905	0.53	-0.8
4,307,832	+		DZA65_RS19905	0.53	-0.3
4,307,832	+		DZA65_RS19905	0.53	+0.4
4,307,832	+		DZA65_RS19905	0.53	-0.4
4,307,832	+		DZA65_RS19905	0.53	-1.2
4,307,833	-		DZA65_RS19905	0.54	+1.0
4,307,860	+		DZA65_RS19905	0.55	-1.2
4,307,861	-		DZA65_RS19905	0.55	-2.7
4,307,941	-		DZA65_RS19905	0.60	-0.9
4,307,992	+		DZA65_RS19905	0.63	+0.5
4,307,992	+		DZA65_RS19905	0.63	+0.3
4,307,992	+		DZA65_RS19905	0.63	-1.1
4,307,992	+		DZA65_RS19905	0.63	+0.1
4,307,992	+		DZA65_RS19905	0.63	+0.1
4,307,993	-		DZA65_RS19905	0.63	+0.1
4,307,993	-		DZA65_RS19905	0.63	-0.5
4,308,039	+		DZA65_RS19905	0.66	-1.1
4,308,039	+		DZA65_RS19905	0.66	-2.1
4,308,039	+		DZA65_RS19905	0.66	-1.2
4,308,040	-		DZA65_RS19905	0.66	+0.0
4,308,040	-		DZA65_RS19905	0.66	+0.0
4,308,047	+		DZA65_RS19905	0.66	-1.1
4,308,047	+		DZA65_RS19905	0.66	-0.0
4,308,047	+		DZA65_RS19905	0.66	-0.7
4,308,047	+		DZA65_RS19905	0.66	-2.1
4,308,048	-		DZA65_RS19905	0.66	+0.3
4,308,048	-		DZA65_RS19905	0.66	-0.2
4,308,048	-		DZA65_RS19905	0.66	+0.2
4,308,048	-		DZA65_RS19905	0.66	+0.1
4,308,049	+		DZA65_RS19905	0.66	-1.1
4,308,049	+		DZA65_RS19905	0.66	-1.3
4,308,049	+		DZA65_RS19905	0.66	+0.3
4,308,050	-		DZA65_RS19905	0.66	-1.3
4,308,093	+		DZA65_RS19905	0.69	-0.5
4,308,105	+		DZA65_RS19905	0.70	-2.3
4,308,107	+		DZA65_RS19905	0.70	+0.3
4,308,108	-		DZA65_RS19905	0.70	-0.5
4,308,108	-		DZA65_RS19905	0.70	-0.2
4,308,172	-		DZA65_RS19905	0.74	+0.3
4,308,172	-		DZA65_RS19905	0.74	-1.3
4,308,173	+		DZA65_RS19905	0.74	-1.1
4,308,173	+		DZA65_RS19905	0.74	+1.1
4,308,173	+		DZA65_RS19905	0.74	-1.6
4,308,173	+		DZA65_RS19905	0.74	+0.9
4,308,173	+		DZA65_RS19905	0.74	-1.8
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	-0.2
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	-0.4
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	+0.2
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	-2.3
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	-0.5
4,308,174	-		DZA65_RS19905	0.74	-1.8
4,308,186	+		DZA65_RS19905	0.75	-1.5
4,308,187	-		DZA65_RS19905	0.75	-2.5
4,308,246	+		DZA65_RS19905	0.78	-0.1
4,308,247	-		DZA65_RS19905	0.78	-0.5
4,308,247	-		DZA65_RS19905	0.78	-0.6
4,308,251	+		DZA65_RS19905	0.79	-1.7
4,308,251	+		DZA65_RS19905	0.79	-0.3
4,308,252	-		DZA65_RS19905	0.79	-1.2
4,308,252	-		DZA65_RS19905	0.79	+0.5
4,308,252	-		DZA65_RS19905	0.79	+1.8
4,308,252	-		DZA65_RS19905	0.79	+0.4
4,308,252	-		DZA65_RS19905	0.79	-1.1
4,308,255	+		DZA65_RS19905	0.79	+0.5
4,308,415	-		DZA65_RS19905	0.88	-1.3
4,308,415	-		DZA65_RS19905	0.88	+0.1
4,308,422	+		DZA65_RS19905	0.89	+0.5
4,308,422	+		DZA65_RS19905	0.89	-2.6
4,308,423	-		DZA65_RS19905	0.89	-0.0
4,308,423	-		DZA65_RS19905	0.89	-0.8
4,308,423	-		DZA65_RS19905	0.89	-0.1
4,308,423	-		DZA65_RS19905	0.89	-0.5
4,308,426	-		DZA65_RS19905	0.89	-1.2
4,308,447	+				+0.2
4,308,448	-				-0.2
4,308,451	-				-0.2
4,308,502	-				+3.1
4,308,502	-				-1.8
4,308,512	+				-0.3
4,308,512	+				-0.5
4,308,549	+				-0.2
4,308,549	+				+0.9
4,308,549	+				+0.3
4,308,550	-				+0.5
4,308,550	-				-0.3
4,308,553	+				-0.9
4,308,554	-				+1.3
4,308,554	-				-0.3
4,308,554	-				-1.1
4,308,589	+				-0.2
4,308,590	-				-0.3
4,308,614	+				-2.6
4,308,640	+				+0.5
4,308,667	-				+0.5
4,308,671	+				+0.3
4,308,672	-				+0.3
4,308,685	+				-0.6
4,308,690	+				-0.4
4,308,716	-				+0.5
4,308,736	+				+0.3
4,308,736	+				+0.3
4,308,737	-				-0.5
4,308,737	-				+1.1
4,308,737	-				-0.9
4,308,784	-				+2.1
4,308,787	+				-0.7
4,308,795	-				+0.5
4,308,842	-				+0.3
4,308,885	+				+0.3
4,308,886	-				-1.0
4,308,887	+				+0.4
4,308,887	+				-1.3
4,308,887	+				+2.9
4,308,887	+				+0.7
4,308,888	-				-0.0
4,308,888	-				+0.2
4,308,888	-				-0.4
4,308,888	-				+0.2
4,308,888	-				-0.6
4,308,948	+				-0.4
4,308,949	-				+0.8
4,309,097	+		DZA65_RS19910	0.24	-0.0
4,309,145	-		DZA65_RS19910	0.33	+0.6
4,309,166	-		DZA65_RS19910	0.36	-0.5
4,309,283	+		DZA65_RS19910	0.58	-0.8
4,309,284	-		DZA65_RS19910	0.58	+0.9
4,309,471	+				-0.2
4,309,471	+				-0.3
4,309,471	+				+0.8
4,309,471	+				+1.5
4,309,471	+				-0.1
4,309,471	+				+0.2
4,309,471	+				-0.3
4,309,471	+				-0.0
4,309,471	+				+3.0
4,309,471	+				-0.5
4,309,471	+				-2.3
4,309,471	+				-1.6
4,309,471	+				+1.0
4,309,471	+				-1.0
4,309,471	+				+0.5
4,309,471	+				-0.0
4,309,471	+				+0.7
4,309,471	+				+0.5
4,309,471	+				-0.5
4,309,472	-				-0.9
4,309,472	-				+1.0
4,309,472	-				-3.3
4,309,472	-				-1.2
4,309,472	-				-0.0
4,309,472	-				-0.7
4,309,472	-				+0.2
4,309,472	-				-0.2
4,309,472	-				+0.3
4,309,472	-				-0.3
4,309,472	-				-0.4
4,309,472	-				+0.8
4,309,472	-				-0.8
4,309,497	-				+1.0
4,309,593	-				-0.2
4,309,593	-				-0.5