Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16275

Experiment: M9+glycerol

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	M9+glycerol
3,529,473	+		DZA65_RS16270	0.54	+0.2
3,529,473	+		DZA65_RS16270	0.54	-2.0
3,529,473	+		DZA65_RS16270	0.54	-0.8
3,529,473	+		DZA65_RS16270	0.54	-0.5
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	+1.0
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	+1.5
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	+0.2
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	-0.0
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	-0.8
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	-1.1
3,529,474	-		DZA65_RS16270	0.54	-0.6
3,529,527	+		DZA65_RS16270	0.56	+1.0
3,529,527	+		DZA65_RS16270	0.56	+0.8
3,529,528	-		DZA65_RS16270	0.56	-0.2
3,529,529	+		DZA65_RS16270	0.56	+0.1
3,529,529	+		DZA65_RS16270	0.56	-0.3
3,529,530	-		DZA65_RS16270	0.56	-0.3
3,529,530	-		DZA65_RS16270	0.56	+0.2
3,529,530	-		DZA65_RS16270	0.56	+1.0
3,529,530	-		DZA65_RS16270	0.56	-1.5
3,529,530	-		DZA65_RS16270	0.56	-0.9
3,529,662	+		DZA65_RS16270	0.63	-1.5
3,529,662	+		DZA65_RS16270	0.63	+1.2
3,529,663	-		DZA65_RS16270	0.63	-0.3
3,529,663	-		DZA65_RS16270	0.63	+0.2
3,529,663	-		DZA65_RS16270	0.63	-1.6
3,529,690	-		DZA65_RS16270	0.64	-0.6
3,529,709	+		DZA65_RS16270	0.65	+0.1
3,529,741	+		DZA65_RS16270	0.67	+0.3
3,529,741	+		DZA65_RS16270	0.67	+1.4
3,529,742	-		DZA65_RS16270	0.67	-1.3
3,529,768	-		DZA65_RS16270	0.68	+1.3
3,529,791	+		DZA65_RS16270	0.69	-1.0
3,529,791	+		DZA65_RS16270	0.69	-1.6
3,529,792	-		DZA65_RS16270	0.69	-0.4
3,529,792	-		DZA65_RS16270	0.69	+0.6
3,529,792	-		DZA65_RS16270	0.69	-0.4
3,529,792	-		DZA65_RS16270	0.69	+0.1
3,529,794	+		DZA65_RS16270	0.69	-0.6
3,529,795	-		DZA65_RS16270	0.69	-1.3
3,529,795	-		DZA65_RS16270	0.69	+1.3
3,529,795	-		DZA65_RS16270	0.69	-1.0
3,529,795	-		DZA65_RS16270	0.69	-1.8
3,529,797	+		DZA65_RS16270	0.69	-0.9
3,529,798	-		DZA65_RS16270	0.69	+0.3
3,529,798	-		DZA65_RS16270	0.69	-1.1
3,529,817	+		DZA65_RS16270	0.70	-0.2
3,529,817	+		DZA65_RS16270	0.70	-0.8
3,529,817	+		DZA65_RS16270	0.70	+1.0
3,529,865	+		DZA65_RS16270	0.72	+0.8
3,529,865	+		DZA65_RS16270	0.72	-0.3
3,529,865	+		DZA65_RS16270	0.72	-0.7
3,529,865	+		DZA65_RS16270	0.72	-1.3
3,529,865	+		DZA65_RS16270	0.72	-0.5
3,529,866	-		DZA65_RS16270	0.73	+0.3
3,529,866	-		DZA65_RS16270	0.73	-0.4
3,529,866	-		DZA65_RS16270	0.73	-0.2
3,529,866	-		DZA65_RS16270	0.73	-0.0
3,529,869	+		DZA65_RS16270	0.73	-1.3
3,529,942	-		DZA65_RS16270	0.76	-0.3
3,529,964	+		DZA65_RS16270	0.77	+0.2
3,529,992	+		DZA65_RS16270	0.79	+0.3
3,529,992	+		DZA65_RS16270	0.79	+0.7
3,529,993	-		DZA65_RS16270	0.79	+0.2
3,530,037	+		DZA65_RS16270	0.81	-0.2
3,530,037	+		DZA65_RS16270	0.81	-0.7
3,530,040	+		DZA65_RS16270	0.81	+0.5
3,530,040	+		DZA65_RS16270	0.81	+1.6
3,530,040	+		DZA65_RS16270	0.81	+0.6
3,530,041	-		DZA65_RS16270	0.81	+0.7
3,530,041	-		DZA65_RS16270	0.81	+1.0
3,530,059	-		DZA65_RS16270	0.82	-1.0
3,530,059	-		DZA65_RS16270	0.82	+0.1
3,530,072	+		DZA65_RS16270	0.82	+0.0
3,530,072	+		DZA65_RS16270	0.82	-2.3
3,530,073	-		DZA65_RS16270	0.82	-0.4
3,530,073	-		DZA65_RS16270	0.82	+0.3
3,530,076	+		DZA65_RS16270	0.83	-0.2
3,530,076	+				+1.0
3,530,077	-		DZA65_RS16270	0.83	+1.6
3,530,077	-		DZA65_RS16270	0.83	+0.4
3,530,175	+		DZA65_RS16270	0.87	-0.0
3,530,195	+		DZA65_RS16270	0.88	-0.5
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-1.6
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-0.4
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-0.0
3,530,196	-				+1.0
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-0.7
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-0.9
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-1.8
3,530,196	-		DZA65_RS16270	0.88	-1.7
3,530,203	+		DZA65_RS16270	0.89	-0.2
3,530,203	+		DZA65_RS16270	0.89	-0.5
3,530,204	-		DZA65_RS16270	0.89	-1.0
3,530,204	-		DZA65_RS16270	0.89	-0.2
3,530,204	-		DZA65_RS16270	0.89	-0.3
3,530,204	-		DZA65_RS16270	0.89	-1.8
3,530,204	-		DZA65_RS16270	0.89	-1.3
3,530,205	+		DZA65_RS16270	0.89	+1.0
3,530,206	-		DZA65_RS16270	0.89	+0.8
3,530,256	+				+0.0
3,530,256	+				-0.0
3,530,256	+				-1.1
3,530,256	+				+1.2
3,530,257	-				+1.4
3,530,259	+				-1.0
3,530,259	+				+1.9
3,530,391	+				-0.9
3,530,437	+				+0.7
3,530,437	+				-0.0
3,530,437	+				-0.1
3,530,438	-				-0.8
3,530,438	-				+0.6
3,530,438	-				-0.6
3,530,438	-				+0.3
3,530,453	-				-0.4
3,530,520	+				-0.0
3,530,521	-				-2.5
3,530,521	-				-0.0
3,530,646	-		DZA65_RS16275	0.14	-1.5
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.8
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.8
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.0
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.8
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	+0.6
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	+0.2
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.7
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	+0.2
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-0.7
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	+0.2
3,530,700	+		DZA65_RS16275	0.18	-1.3
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	+1.1
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	+0.5
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	-0.3
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	+0.1
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	-1.0
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	-0.0
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	+0.2
3,530,701	-		DZA65_RS16275	0.18	-1.0
3,530,728	-		DZA65_RS16275	0.20	-0.1
3,530,753	+		DZA65_RS16275	0.21	+0.2
3,530,762	+		DZA65_RS16275	0.22	+0.7
3,530,763	-		DZA65_RS16275	0.22	-0.1
3,530,768	+		DZA65_RS16275	0.22	-1.8
3,530,769	-		DZA65_RS16275	0.22	-0.3
3,530,825	+		DZA65_RS16275	0.26	+1.2
3,530,825	+		DZA65_RS16275	0.26	+1.0
3,530,826	-				+1.4
3,530,933	-		DZA65_RS16275	0.33	-1.0
3,530,939	+		DZA65_RS16275	0.34	+0.4
3,530,939	+		DZA65_RS16275	0.34	-0.2
3,530,939	+		DZA65_RS16275	0.34	+0.3
3,530,939	+		DZA65_RS16275	0.34	+0.6
3,530,940	-		DZA65_RS16275	0.34	+0.7
3,530,940	-		DZA65_RS16275	0.34	-0.7
3,530,940	-		DZA65_RS16275	0.34	-0.7
3,530,995	+		DZA65_RS16275	0.38	-2.3
3,530,995	+		DZA65_RS16275	0.38	-1.6
3,530,996	-		DZA65_RS16275	0.38	-1.3
3,530,996	-		DZA65_RS16275	0.38	+0.7
3,530,996	-		DZA65_RS16275	0.38	-1.0
3,531,001	+		DZA65_RS16275	0.38	-0.3
3,531,002	-		DZA65_RS16275	0.38	+0.7
3,531,002	-		DZA65_RS16275	0.38	-0.1
3,531,037	+		DZA65_RS16275	0.40	-1.2
3,531,048	+		DZA65_RS16275	0.41	-1.0
3,531,049	-		DZA65_RS16275	0.41	-1.3
3,531,049	-		DZA65_RS16275	0.41	+0.5
3,531,080	+		DZA65_RS16275	0.43	+1.0
3,531,080	+		DZA65_RS16275	0.43	-0.0
3,531,081	-		DZA65_RS16275	0.43	-0.1
3,531,103	+		DZA65_RS16275	0.45	+0.2
3,531,103	+		DZA65_RS16275	0.45	-0.2
3,531,103	+		DZA65_RS16275	0.45	-0.3
3,531,104	-		DZA65_RS16275	0.45	-0.6
3,531,104	-		DZA65_RS16275	0.45	-0.2
3,531,104	-		DZA65_RS16275	0.45	-0.0
3,531,203	+		DZA65_RS16275	0.52	-0.9
3,531,204	-		DZA65_RS16275	0.52	-0.7
3,531,204	-		DZA65_RS16275	0.52	+1.7
3,531,219	+		DZA65_RS16275	0.53	+0.4
3,531,219	+		DZA65_RS16275	0.53	+0.3
3,531,220	-		DZA65_RS16275	0.53	-0.0
3,531,220	-		DZA65_RS16275	0.53	-1.0
3,531,220	-		DZA65_RS16275	0.53	+0.3
3,531,257	+		DZA65_RS16275	0.55	-0.5
3,531,257	+		DZA65_RS16275	0.55	-0.4
3,531,258	-		DZA65_RS16275	0.55	+1.2
3,531,258	-		DZA65_RS16275	0.55	-1.3
3,531,285	+		DZA65_RS16275	0.57	+0.4
3,531,285	+		DZA65_RS16275	0.57	-0.0
3,531,285	+		DZA65_RS16275	0.57	+0.2
3,531,285	+		DZA65_RS16275	0.57	+0.3
3,531,285	+		DZA65_RS16275	0.57	-1.8
3,531,286	-		DZA65_RS16275	0.57	-2.6
3,531,286	-		DZA65_RS16275	0.57	+0.4
3,531,299	+		DZA65_RS16275	0.58	+1.1
3,531,299	+		DZA65_RS16275	0.58	+1.0
3,531,300	-		DZA65_RS16275	0.58	-0.8
3,531,300	-		DZA65_RS16275	0.58	-0.5
3,531,300	-		DZA65_RS16275	0.58	-0.3
3,531,332	+		DZA65_RS16275	0.60	+0.5
3,531,359	+		DZA65_RS16275	0.62	-1.3
3,531,430	+				+1.6
3,531,430	+		DZA65_RS16275	0.67	-1.1
3,531,431	-		DZA65_RS16275	0.67	-0.0
3,531,473	+		DZA65_RS16275	0.70	+0.3
3,531,474	-		DZA65_RS16275	0.70	+1.4
3,531,520	+		DZA65_RS16275	0.73	-0.0
3,531,520	+		DZA65_RS16275	0.73	-2.0
3,531,520	+		DZA65_RS16275	0.73	+1.3
3,531,520	+		DZA65_RS16275	0.73	+1.2
3,531,520	+		DZA65_RS16275	0.73	-2.6
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	-0.4
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	+0.2
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	-0.2
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	-0.1
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	+1.0
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	+1.8
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	-2.3
3,531,521	-		DZA65_RS16275	0.73	-0.0
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	+0.8
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	+0.7
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	+0.8
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	-0.2
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	-1.8
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	+0.3
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	-0.9
3,531,530	+		DZA65_RS16275	0.74	+1.4
3,531,531	-		DZA65_RS16275	0.74	-1.2
3,531,531	-		DZA65_RS16275	0.74	+1.0
3,531,531	-		DZA65_RS16275	0.74	+0.4
3,531,531	-		DZA65_RS16275	0.74	+0.8
3,531,644	-		DZA65_RS16275	0.81	-1.1
3,531,698	+		DZA65_RS16275	0.85	+0.4
3,531,698	+		DZA65_RS16275	0.85	+1.4
3,531,699	-		DZA65_RS16275	0.85	-1.3
3,531,699	-		DZA65_RS16275	0.85	-0.2
3,531,699	-		DZA65_RS16275	0.85	-1.5
3,531,719	+		DZA65_RS16275	0.87	+0.3
3,531,719	+		DZA65_RS16275	0.87	+0.2
3,531,719	+		DZA65_RS16275	0.87	-0.9
3,531,758	-		DZA65_RS16275	0.89	-0.6
3,531,772	-				-0.8
3,531,772	-				-1.3
3,531,772	-				+0.4
3,531,772	-				-0.2
3,531,846	-				+0.6
3,531,862	+				-0.8
3,531,869	+				+0.4
3,531,869	+				-1.3
3,531,869	+				+0.2
3,531,869	+				+0.5
3,531,870	-				-0.0
3,531,870	-				+0.2
3,531,870	-				-0.7
3,531,870	-				+0.1
3,531,903	+				-2.2
3,531,904	+				+1.0
3,531,904	-				+0.4
3,531,911	+				-1.1
3,531,911	+				-2.0
3,531,915	+				-1.2
3,531,915	+				-1.3
3,531,916	-				-0.0
3,531,926	-				-0.3
3,531,957	+				+0.3
3,532,004	+				-0.9
3,532,004	+				-1.3
3,532,019	+				-2.3
3,532,019	+				+0.3
3,532,019	+				+0.5
3,532,019	+				+0.3
3,532,019	+				-0.8
3,532,019	+				+0.6
3,532,020	-				-0.0
3,532,020	-				-1.8
3,532,020	-				-0.6
3,532,020	-				-1.6
3,532,020	-				-0.6
3,532,023	+				-1.6
3,532,023	+				-0.8
3,532,024	-				-0.0
3,532,024	-				+0.4
3,532,024	-				-0.8
3,532,024	-				+1.6
3,532,024	-				-1.3
3,532,024	-				-0.5
3,532,024	-				-0.4
3,532,109	+		DZA65_RS16280	0.17	-0.6
3,532,112	+		DZA65_RS16280	0.17	+0.8
3,532,239	-		DZA65_RS16280	0.27	-0.2
3,532,280	-		DZA65_RS16280	0.31	-0.1
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	-1.0
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	-0.5
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	-1.6
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	+1.3
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	-1.0
3,532,295	+		DZA65_RS16280	0.32	-0.2
3,532,296	-		DZA65_RS16280	0.32	-0.4
3,532,296	-		DZA65_RS16280	0.32	+0.3
3,532,296	-		DZA65_RS16280	0.32	-0.6
3,532,296	-		DZA65_RS16280	0.32	+0.5
3,532,297	+		DZA65_RS16280	0.32	-0.6
3,532,297	+		DZA65_RS16280	0.32	-0.7
3,532,298	-		DZA65_RS16280	0.32	-0.8
3,532,367	-				-0.0
3,532,367	-		DZA65_RS16280	0.38	+1.6
3,532,463	+		DZA65_RS16280	0.46	+0.2
3,532,464	-		DZA65_RS16280	0.46	-0.7
3,532,544	+		DZA65_RS16280	0.53	+0.8
3,532,550	+		DZA65_RS16280	0.53	+0.6
3,532,551	-		DZA65_RS16280	0.53	-0.4
3,532,551	-		DZA65_RS16280	0.53	-1.0
3,532,551	-		DZA65_RS16280	0.53	+0.4
3,532,570	+		DZA65_RS16280	0.55	+1.6
3,532,628	+		DZA65_RS16280	0.60	-1.6
3,532,628	+		DZA65_RS16280	0.60	-1.0
3,532,628	+		DZA65_RS16280	0.60	+0.5
3,532,644	+		DZA65_RS16280	0.61	+0.3
3,532,645	-		DZA65_RS16280	0.61	-1.3
3,532,645	-		DZA65_RS16280	0.61	-0.0
3,532,677	-		DZA65_RS16280	0.64	-0.0
3,532,677	-		DZA65_RS16280	0.64	-0.3
3,532,678	+		DZA65_RS16280	0.64	-0.4
3,532,678	+		DZA65_RS16280	0.64	-0.4
3,532,678	+		DZA65_RS16280	0.64	-0.2
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	-0.3
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	-0.6
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	-1.7
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	+0.5
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	+0.3
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	+1.2
3,532,679	-		DZA65_RS16280	0.64	-1.7
3,532,720	+		DZA65_RS16280	0.67	+1.4
3,532,720	+		DZA65_RS16280	0.67	-0.6
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	-0.5
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	+1.2
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	-1.0
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	-2.0
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	-1.1
3,532,721	-		DZA65_RS16280	0.67	-0.0
3,532,723	-		DZA65_RS16280	0.67	-0.7
3,532,723	-		DZA65_RS16280	0.67	+1.9
3,532,723	-		DZA65_RS16280	0.67	+1.0
3,532,742	+		DZA65_RS16280	0.69	+0.1
3,532,743	-		DZA65_RS16280	0.69	+1.5
3,532,882	-				-1.0
3,532,911	+		DZA65_RS16280	0.83	+0.8
3,532,911	+		DZA65_RS16280	0.83	-0.0
3,532,911	+		DZA65_RS16280	0.83	+0.4
3,532,911	+		DZA65_RS16280	0.83	-0.3
3,532,911	+		DZA65_RS16280	0.83	-0.3