Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11890

Experiment: M9+glycerol

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	M9+glycerol
2,538,088	+		DZA65_RS11885	0.52	-1.5
2,538,089	-		DZA65_RS11885	0.52	-0.1
2,538,089	-		DZA65_RS11885	0.52	-0.2
2,538,093	+		DZA65_RS11885	0.52	-0.7
2,538,093	+		DZA65_RS11885	0.52	-0.5
2,538,116	+		DZA65_RS11885	0.54	-0.5
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	-3.3
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	-1.0
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	-1.7
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	+0.0
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	-0.2
2,538,121	+		DZA65_RS11885	0.54	-1.9
2,538,122	-		DZA65_RS11885	0.54	-0.5
2,538,122	-		DZA65_RS11885	0.54	+0.1
2,538,122	-		DZA65_RS11885	0.54	+0.1
2,538,122	-		DZA65_RS11885	0.54	+0.3
2,538,126	-		DZA65_RS11885	0.55	+0.4
2,538,205	+		DZA65_RS11885	0.60	-1.6
2,538,205	+		DZA65_RS11885	0.60	+0.2
2,538,206	-		DZA65_RS11885	0.60	-0.0
2,538,206	-		DZA65_RS11885	0.60	+0.4
2,538,284	+		DZA65_RS11885	0.65	-0.8
2,538,339	+				-0.0
2,538,340	-		DZA65_RS11885	0.69	-0.9
2,538,386	-		DZA65_RS11885	0.72	-0.9
2,538,386	-		DZA65_RS11885	0.72	-0.6
2,538,392	+		DZA65_RS11885	0.73	+0.3
2,538,439	-		DZA65_RS11885	0.76	-1.0
2,538,466	+		DZA65_RS11885	0.78	-1.5
2,538,466	+		DZA65_RS11885	0.78	-0.5
2,538,466	+		DZA65_RS11885	0.78	-0.5
2,538,484	+		DZA65_RS11885	0.79	+0.6
2,538,484	+		DZA65_RS11885	0.79	-1.6
2,538,485	-		DZA65_RS11885	0.79	-0.2
2,538,502	+		DZA65_RS11885	0.80	-0.8
2,538,502	+		DZA65_RS11885	0.80	-1.0
2,538,503	-		DZA65_RS11885	0.80	-1.0
2,538,503	-		DZA65_RS11885	0.80	-0.3
2,538,506	+		DZA65_RS11885	0.81	-1.5
2,538,507	-		DZA65_RS11885	0.81	-1.3
2,538,507	-		DZA65_RS11885	0.81	-0.5
2,538,642	+		DZA65_RS11885	0.90	+0.8
2,538,642	+		DZA65_RS11885	0.90	-1.5
2,538,642	+		DZA65_RS11885	0.90	-0.1
2,538,643	-		DZA65_RS11885	0.90	+0.1
2,538,696	-				-0.4
2,538,801	+				+0.1
2,538,802	-				+0.4
2,538,802	-				+0.8
2,538,804	+				+0.4
2,538,805	-				-0.2
2,538,805	-				-1.0
2,538,813	-				-0.5
2,538,820	-				-1.6
2,538,820	-				-0.8
2,538,919	+				+0.1
2,538,920	-				-0.8
2,538,920	-				-2.3
2,538,949	+				-0.9
2,538,949	+				-1.5
2,538,950	-				-0.2
2,538,950	-				+0.3
2,538,950	-				+1.1
2,538,951	+				-0.2
2,538,952	-				-1.4
2,538,952	-				-0.5
2,538,952	-				-0.5
2,538,952	-				+0.2
2,538,955	+				-0.5
2,538,956	-				+0.8
2,539,091	+				+0.1
2,539,091	+				-1.3
2,539,197	+		DZA65_RS11890	0.19	-1.9
2,539,197	+		DZA65_RS11890	0.19	-1.0
2,539,198	-		DZA65_RS11890	0.19	-0.6
2,539,198	-		DZA65_RS11890	0.19	+0.2
2,539,371	+		DZA65_RS11890	0.34	+0.5
2,539,371	+		DZA65_RS11890	0.34	-0.6
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	-0.5
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	-3.3
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	+0.0
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	-0.9
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	-0.2
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	-1.8
2,539,378	+		DZA65_RS11890	0.35	+0.9
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-0.1
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	+1.0
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-1.6
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-1.8
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-0.3
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	+0.3
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-0.6
2,539,379	-		DZA65_RS11890	0.35	-1.2
2,539,382	+		DZA65_RS11890	0.35	-2.8
2,539,383	-		DZA65_RS11890	0.35	-0.7
2,539,524	+		DZA65_RS11890	0.48	-1.3
2,539,524	+		DZA65_RS11890	0.48	-1.3
2,539,524	+		DZA65_RS11890	0.48	-0.7
2,539,524	+		DZA65_RS11890	0.48	-0.4
2,539,525	-		DZA65_RS11890	0.48	+0.3
2,539,525	-		DZA65_RS11890	0.48	+0.8
2,539,525	-		DZA65_RS11890	0.48	-0.0
2,539,526	+		DZA65_RS11890	0.48	-1.5
2,539,527	-		DZA65_RS11890	0.48	-1.0
2,539,527	-		DZA65_RS11890	0.48	-0.8
2,539,527	-		DZA65_RS11890	0.48	-0.0
2,539,527	-				-0.5
2,539,555	-		DZA65_RS11890	0.51	-0.4
2,539,578	+		DZA65_RS11890	0.53	+1.3
2,539,579	-		DZA65_RS11890	0.53	-0.9
2,539,579	-		DZA65_RS11890	0.53	+0.1
2,539,579	-		DZA65_RS11890	0.53	+0.9
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	-0.9
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	-1.5
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	-0.8
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	-0.0
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	+0.1
2,539,635	+		DZA65_RS11890	0.58	-2.0
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	+0.4
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	-1.2
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	-1.5
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	-1.6
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	-1.8
2,539,636	-		DZA65_RS11890	0.58	+0.5
2,539,711	+		DZA65_RS11890	0.65	-0.5
2,539,711	+		DZA65_RS11890	0.65	-2.0
2,539,711	+		DZA65_RS11890	0.65	-2.2
2,539,711	+		DZA65_RS11890	0.65	-1.8
2,539,712	-		DZA65_RS11890	0.65	-0.5
2,539,712	-		DZA65_RS11890	0.65	-0.7
2,539,735	+		DZA65_RS11890	0.67	+0.1
2,539,735	+		DZA65_RS11890	0.67	-0.8
2,539,736	-		DZA65_RS11890	0.67	-0.2
2,539,848	+		DZA65_RS11890	0.77	-0.7
2,539,849	-		DZA65_RS11890	0.77	+0.4
2,539,866	+		DZA65_RS11890	0.78	-0.4
2,539,866	+		DZA65_RS11890	0.78	-1.0
2,539,866	+		DZA65_RS11890	0.78	-0.8
2,539,866	+		DZA65_RS11890	0.78	-0.5
2,539,867	-		DZA65_RS11890	0.78	+1.2
2,539,867	-		DZA65_RS11890	0.78	-2.0
2,539,867	-		DZA65_RS11890	0.78	-0.7
2,539,921	+				-1.8
2,539,921	+		DZA65_RS11890	0.83	-0.0
2,539,921	+		DZA65_RS11890	0.83	-2.3
2,539,921	+		DZA65_RS11890	0.83	+0.1
2,539,921	+		DZA65_RS11890	0.83	-2.0
2,539,922	-		DZA65_RS11890	0.83	-1.5
2,539,922	-		DZA65_RS11890	0.83	-0.5
2,539,925	+		DZA65_RS11890	0.84	-1.0
2,540,001	+				+0.5
2,540,002	-				-0.3
2,540,002	-				-0.5
2,540,002	-				-0.5
2,540,002	-				+1.0
2,540,094	+				-0.9
2,540,095	-				-1.0
2,540,095	-				+1.4
2,540,112	+				-1.3
2,540,130	+				+0.5
2,540,130	+				+0.6
2,540,131	-				-2.3
2,540,131	-				+1.1
2,540,131	-				-0.7
2,540,131	-				-0.2
2,540,148	+				-1.5
2,540,148	+				-1.0
2,540,148	+				+0.5
2,540,148	+				+1.4
2,540,166	+				-0.3
2,540,166	+				-1.2
2,540,166	+				-0.1
2,540,166	+				-1.2
2,540,166	+				-0.5
2,540,166	+				-1.0
2,540,166	+				-0.0
2,540,166	+				-1.8
2,540,166	+				+0.1
2,540,167	-				-1.0
2,540,167	-				-0.2
2,540,167	-				-0.2
2,540,200	+				-0.8
2,540,200	+				-0.5
2,540,201	-				-1.0
2,540,201	-				+0.5
2,540,201	-				-0.8
2,540,201	-				-0.7
2,540,329	+				-1.8
2,540,329	+				-0.5
2,540,330	-				+0.1
2,540,330	-				-1.5
2,540,339	+				+2.1
2,540,394	+		DZA65_RS11895	0.11	-1.7
2,540,486	-		DZA65_RS11895	0.18	+0.3
2,540,486	-		DZA65_RS11895	0.18	-2.0
2,540,527	+		DZA65_RS11895	0.22	+0.4
2,540,528	-		DZA65_RS11895	0.22	-1.3
2,540,528	-		DZA65_RS11895	0.22	+0.1
2,540,543	+		DZA65_RS11895	0.23	-3.8
2,540,543	+		DZA65_RS11895	0.23	-0.1
2,540,543	+		DZA65_RS11895	0.23	-1.0
2,540,543	+		DZA65_RS11895	0.23	-1.3
2,540,562	+		DZA65_RS11895	0.24	-0.0
2,540,562	+		DZA65_RS11895	0.24	+0.4
2,540,562	+		DZA65_RS11895	0.24	+0.5
2,540,562	+		DZA65_RS11895	0.24	-0.1
2,540,562	+		DZA65_RS11895	0.24	+0.2
2,540,563	-		DZA65_RS11895	0.25	+0.1
2,540,563	-		DZA65_RS11895	0.25	-0.7
2,540,563	-		DZA65_RS11895	0.25	+0.8
2,540,563	-		DZA65_RS11895	0.25	-0.9
2,540,565	+				-1.5
2,540,565	+		DZA65_RS11895	0.25	+0.2
2,540,565	+		DZA65_RS11895	0.25	-1.5
2,540,565	+		DZA65_RS11895	0.25	-0.9
2,540,565	+				+2.0
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	-2.0
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	-0.1
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	-0.7
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	+0.2
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	+1.0
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	+0.2
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	+0.9
2,540,566	-		DZA65_RS11895	0.25	-1.8
2,540,590	+		DZA65_RS11895	0.27	-0.7
2,540,590	+		DZA65_RS11895	0.27	+0.4
2,540,590	+				-0.0
2,540,590	+		DZA65_RS11895	0.27	-0.7
2,540,590	+		DZA65_RS11895	0.27	+0.9
2,540,591	-		DZA65_RS11895	0.27	-1.5
2,540,591	-		DZA65_RS11895	0.27	+0.3
2,540,591	-		DZA65_RS11895	0.27	+0.4
2,540,591	-		DZA65_RS11895	0.27	-0.1
2,540,592	+				+1.9
2,540,592	+		DZA65_RS11895	0.27	-1.8
2,540,592	+		DZA65_RS11895	0.27	+0.4
2,540,592	+		DZA65_RS11895	0.27	-0.9
2,540,592	+		DZA65_RS11895	0.27	-1.8
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	+0.2
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	+0.5
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	-1.5
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	+1.7
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	+0.1
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	-0.7
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	+1.0
2,540,593	-		DZA65_RS11895	0.27	-1.0
2,540,691	+		DZA65_RS11895	0.35	-2.2
2,540,692	-		DZA65_RS11895	0.35	-0.3
2,540,692	-		DZA65_RS11895	0.35	+1.2
2,540,692	-		DZA65_RS11895	0.35	+0.5
2,540,692	-		DZA65_RS11895	0.35	+0.3
2,540,692	-		DZA65_RS11895	0.35	-0.6
2,540,739	+				-1.0
2,540,739	+		DZA65_RS11895	0.38	-0.0
2,540,740	-		DZA65_RS11895	0.38	-0.3
2,540,740	-		DZA65_RS11895	0.38	-0.0
2,540,855	+		DZA65_RS11895	0.48	-0.5
2,540,855	+		DZA65_RS11895	0.48	-0.6
2,540,855	+		DZA65_RS11895	0.48	-0.6
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