Strain Fitness in Escherichia coli ECRC101

Strain Fitness in Escherichia coli ECRC101 around MCAODC_04435

Experiment: Bas58

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

download SVG

download strain data

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Bas58
					remove
895,603	-	frvB	MCAODC_04430	0.31	+0.4
895,649	-	frvB	MCAODC_04430	0.34	+1.1
895,657	-	frvB	MCAODC_04430	0.34	+0.1
895,657	-	frvB	MCAODC_04430	0.34	-0.2
895,657	-	frvB	MCAODC_04430	0.34	-1.7
895,657	-	frvB	MCAODC_04430	0.34	+0.5
895,688	+	frvB	MCAODC_04430	0.37	-0.4
895,689	-	frvB	MCAODC_04430	0.37	-1.0
895,689	-	frvB	MCAODC_04430	0.37	+0.9
895,723	-	frvB	MCAODC_04430	0.39	+0.6
895,723	-	frvB	MCAODC_04430	0.39	-1.4
895,723	-	frvB	MCAODC_04430	0.39	-0.2
895,723	-	frvB	MCAODC_04430	0.39	-0.7
895,744	+	frvB	MCAODC_04430	0.40	+0.1
895,744	+	frvB	MCAODC_04430	0.40	+0.3
895,745	-	frvB	MCAODC_04430	0.40	+0.3
895,745	-	frvB	MCAODC_04430	0.40	-2.9
895,746	+	frvB	MCAODC_04430	0.41	-0.5
895,746	+	frvB	MCAODC_04430	0.41	-2.8
895,746	+	frvB	MCAODC_04430	0.41	+0.3
895,746	+	frvB	MCAODC_04430	0.41	+0.5
895,747	-	frvB	MCAODC_04430	0.41	-0.2
895,747	-	frvB	MCAODC_04430	0.41	+0.1
895,802	-	frvB	MCAODC_04430	0.44	+0.4
895,928	+	frvB	MCAODC_04430	0.53	+0.8
895,928	+	frvB	MCAODC_04430	0.53	-0.7
895,928	+	frvB	MCAODC_04430	0.53	+1.3
895,928	+	frvB	MCAODC_04430	0.53	+0.2
895,928	+	frvB	MCAODC_04430	0.53	+0.2
895,929	-	frvB	MCAODC_04430	0.53	+0.7
895,929	-	frvB	MCAODC_04430	0.53	+0.9
895,929	-	frvB	MCAODC_04430	0.53	+1.1
895,965	+	frvB	MCAODC_04430	0.56	-0.2
895,993	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.2
895,993	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.1
895,993	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	+1.1
895,993	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.5
895,994	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.4
895,994	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	-1.6
895,994	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	-1.0
895,994	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	+0.2
895,996	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	+0.3
895,996	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.2
895,996	+	frvB	MCAODC_04430	0.58	-1.7
895,997	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	-1.0
895,997	-	frvB	MCAODC_04430	0.58	-0.5
896,037	-	frvB	MCAODC_04430	0.61	+0.1
896,053	-	frvB	MCAODC_04430	0.62	-2.0
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.3
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.2
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.3
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-2.5
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	+1.6
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-1.0
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-1.0
896,179	+	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.4
896,180	-	frvB	MCAODC_04430	0.71	+0.1
896,180	-	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.5
896,180	-	frvB	MCAODC_04430	0.71	+0.5
896,180	-	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.1
896,189	-	frvB	MCAODC_04430	0.71	-0.4
896,280	+	frvB	MCAODC_04430	0.78	-1.3
896,281	-	frvB	MCAODC_04430	0.78	-0.9
896,329	+	frvB	MCAODC_04430	0.81	-0.9
896,367	+	frvB	MCAODC_04430	0.84	-2.4
896,474	+				+0.3
896,474	+				+1.8
896,529	+				+0.7
896,604	+				+0.6
896,605	-				-0.1
896,605	-				-0.3
896,743	+	frvX	MCAODC_04435	0.14	-0.4
896,743	+	frvX	MCAODC_04435	0.14	-0.4
896,744	-	frvX	MCAODC_04435	0.14	-0.3
896,773	+	frvX	MCAODC_04435	0.17	+0.6
896,774	-	frvX	MCAODC_04435	0.17	-0.1
896,774	-	frvX	MCAODC_04435	0.17	-2.0
896,831	-	frvX	MCAODC_04435	0.22	-0.3
896,883	+	frvX	MCAODC_04435	0.27	+0.4
896,883	+	frvX	MCAODC_04435	0.27	-2.2
896,884	-	frvX	MCAODC_04435	0.27	-0.9
897,052	+	frvX	MCAODC_04435	0.43	-0.5
897,116	-	frvX	MCAODC_04435	0.49	-0.4
897,147	+	frvX	MCAODC_04435	0.52	-1.1
897,150	+	frvX	MCAODC_04435	0.52	-0.0
897,150	+	frvX	MCAODC_04435	0.52	+1.3
897,150	+	frvX	MCAODC_04435	0.52	-0.3
897,151	-	frvX	MCAODC_04435	0.52	+0.1
897,151	-	frvX	MCAODC_04435	0.52	+0.8
897,151	-	frvX	MCAODC_04435	0.52	-1.3
897,159	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.3
897,159	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.4
897,159	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	-1.2
897,159	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	-2.4
897,160	-	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.7
897,160	-	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.3
897,160	-	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.5
897,163	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	+0.2
897,163	+	frvX	MCAODC_04435	0.53	-1.2
897,164	-	frvX	MCAODC_04435	0.54	-1.5
897,175	+	frvX	MCAODC_04435	0.55	+0.8
897,175	+	frvX	MCAODC_04435	0.55	-0.6
897,307	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	+0.7
897,307	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	-0.1
897,307	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	-1.3
897,307	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	+0.5
897,313	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	-0.9
897,313	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	-0.4
897,313	+	frvX	MCAODC_04435	0.67	-1.2
897,314	-	frvX	MCAODC_04435	0.68	-0.4
897,314	-	frvX	MCAODC_04435	0.68	+0.1
897,314	-	frvX	MCAODC_04435	0.68	+0.4
897,372	+	frvX	MCAODC_04435	0.73	-2.2
897,418	+	frvX	MCAODC_04435	0.77	+1.3
897,419	-	frvX	MCAODC_04435	0.77	-0.5
897,419	-	frvX	MCAODC_04435	0.77	-0.5
897,419	-	frvX	MCAODC_04435	0.77	-0.1
897,427	-	frvX	MCAODC_04435	0.78	+0.5
897,477	-	frvX	MCAODC_04435	0.83	+1.3
897,477	-	frvX	MCAODC_04435	0.83	+0.1
897,483	+	frvX	MCAODC_04435	0.83	-0.4
897,484	-	frvX	MCAODC_04435	0.83	-1.1
897,550	+	frvX	MCAODC_04435	0.90	-1.9
897,569	+				+0.6
897,612	+				-0.8
897,612	+				+1.1
897,613	-				-1.3
897,659	+				+0.3
897,660	-				-0.9
897,660	-				-0.9
897,681	-				+1.0
897,681	-				+0.1
897,778	+				-0.3
897,779	-				-0.1
897,789	+				-0.8
897,789	+				+1.0
897,810	+				+0.1
897,811	-				+0.3
897,918	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	+0.1
897,918	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	-0.5
897,918	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	+0.9
897,918	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	-2.6
897,928	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	+1.1
897,928	-	frvR	MCAODC_04440	0.15	-0.1
897,934	-	frvR	MCAODC_04440	0.16	+0.4
897,963	+	frvR	MCAODC_04440	0.17	-2.2
897,963	+	frvR	MCAODC_04440	0.17	-2.1
897,964	-	frvR	MCAODC_04440	0.17	+0.5
897,964	-	frvR	MCAODC_04440	0.17	+0.4
897,964	-	frvR	MCAODC_04440	0.17	+0.9
898,131	-	frvR	MCAODC_04440	0.27	-0.4
898,146	-	frvR	MCAODC_04440	0.28	+1.1
898,169	+	frvR	MCAODC_04440	0.29	-0.7
898,169	+	frvR	MCAODC_04440	0.29	+0.4
898,169	+	frvR	MCAODC_04440	0.29	-1.4
898,170	-	frvR	MCAODC_04440	0.29	-0.1
898,170	-	frvR	MCAODC_04440	0.29	+1.1
898,220	-	frvR	MCAODC_04440	0.32	+1.3
898,220	-	frvR	MCAODC_04440	0.32	-0.6
898,246	+	frvR	MCAODC_04440	0.33	-0.7
898,247	-	frvR	MCAODC_04440	0.34	-0.1
898,247	-	frvR	MCAODC_04440	0.34	+0.3
898,258	-	frvR	MCAODC_04440	0.34	-0.5
898,302	-	frvR	MCAODC_04440	0.37	-0.8
898,302	-	frvR	MCAODC_04440	0.37	-0.7
898,320	+	frvR	MCAODC_04440	0.38	-2.5
898,321	-	frvR	MCAODC_04440	0.38	+0.1
898,321	-	frvR	MCAODC_04440	0.38	-0.8
898,321	-	frvR	MCAODC_04440	0.38	+0.4
898,321	-	frvR	MCAODC_04440	0.38	+0.4
898,350	-	frvR	MCAODC_04440	0.39	+0.1
898,398	-	frvR	MCAODC_04440	0.42	+1.2
898,398	-	frvR	MCAODC_04440	0.42	-0.1
898,458	+	frvR	MCAODC_04440	0.46	+0.5
898,459	-	frvR	MCAODC_04440	0.46	-0.2
898,459	-	frvR	MCAODC_04440	0.46	+1.8
898,462	-	frvR	MCAODC_04440	0.46	-0.1
898,468	-	frvR	MCAODC_04440	0.46	-1.5
898,500	-	frvR	MCAODC_04440	0.48	-1.5
898,500	-	frvR	MCAODC_04440	0.48	-0.3
898,502	+	frvR	MCAODC_04440	0.48	+0.5
898,502	+	frvR	MCAODC_04440	0.48	-0.1
898,502	+	frvR	MCAODC_04440	0.48	+1.5
898,608	+	frvR	MCAODC_04440	0.54	-0.9

Or see this region's nucleotide sequence