Strain Fitness in Pseudomonas putida KT2440 around PP_1882

Experiment: P. putida Sci small MOI 0.1

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	P. putida Sci small MOI 0.1
2,108,391	+		PP_1881	0.54	-4.0
2,108,397	+		PP_1881	0.54	-2.0
2,108,398	-		PP_1881	0.54	-0.2
2,108,433	+		PP_1881	0.56	+0.1
2,108,547	-		PP_1881	0.61	-3.1
2,108,557	+		PP_1881	0.62	-0.3
2,108,557	+		PP_1881	0.62	-3.0
2,108,557	+		PP_1881	0.62	+0.9
2,108,557	+		PP_1881	0.62	-4.1
2,108,558	-		PP_1881	0.62	+0.2
2,108,560	+		PP_1881	0.62	-2.5
2,108,569	+		PP_1881	0.62	-4.5
2,108,570	-		PP_1881	0.62	-3.8
2,108,570	-		PP_1881	0.62	-3.0
2,108,570	-		PP_1881	0.62	-2.5
2,108,596	-		PP_1881	0.64	-3.9
2,108,596	-		PP_1881	0.64	-0.5
2,108,617	-		PP_1881	0.65	-1.3
2,108,657	+		PP_1881	0.67	-2.7
2,108,662	+		PP_1881	0.67	-2.7
2,108,663	-		PP_1881	0.67	+1.0
2,108,663	-		PP_1881	0.67	+0.8
2,108,663	-		PP_1881	0.67	-3.3
2,108,696	-		PP_1881	0.69	-3.3
2,108,708	-		PP_1881	0.69	+0.1
2,108,711	+		PP_1881	0.69	-4.1
2,108,712	-		PP_1881	0.69	+1.6
2,108,723	+		PP_1881	0.70	+2.6
2,108,724	-		PP_1881	0.70	-0.7
2,108,724	-		PP_1881	0.70	-5.0
2,108,742	+		PP_1881	0.71	-3.1
2,108,742	+		PP_1881	0.71	-3.4
2,108,742	+		PP_1881	0.71	-3.4
2,108,743	-		PP_1881	0.71	-4.1
2,108,743	-		PP_1881	0.71	+0.4
2,108,779	+		PP_1881	0.73	-0.4
2,108,779	+		PP_1881	0.73	-1.2
2,108,780	-		PP_1881	0.73	-2.3
2,108,780	-		PP_1881	0.73	-0.9
2,108,780	-		PP_1881	0.73	-3.7
2,108,881	+		PP_1881	0.78	+0.6
2,108,881	+		PP_1881	0.78	-4.5
2,108,882	-		PP_1881	0.78	+0.8
2,108,882	-		PP_1881	0.78	-2.7
2,108,882	-		PP_1881	0.78	-3.4
2,108,882	-		PP_1881	0.78	-1.5
2,109,076	+		PP_1881	0.87	-3.7
2,109,076	+		PP_1881	0.87	+0.1
2,109,253	+				+0.2
2,109,303	+				+1.3
2,109,331	+				-2.7
2,109,331	+				+0.3
2,109,332	-				-3.3
2,109,332	-				-3.0
2,109,389	-				+0.2
2,109,448	-				+1.6
2,109,579	-				+0.3
2,109,579	-				-3.9
2,109,580	+				-4.2
2,109,580	+				+1.9
2,109,581	-				+0.7
2,109,581	-				+1.2
2,109,653	+				+0.5
2,109,653	+				-3.7
2,109,653	+				-3.4
2,109,654	-				-3.7
2,109,654	-				-1.0
2,109,758	+				+0.2
2,109,759	-				-3.3
2,109,759	-				-3.9
2,109,898	-		PP_1882	0.10	+1.8
2,109,948	+		PP_1882	0.11	-2.5
2,109,948	+		PP_1882	0.11	+2.0
2,109,949	-		PP_1882	0.11	-3.7
2,109,949	-		PP_1882	0.11	+0.4
2,109,949	-		PP_1882	0.11	-0.9
2,109,960	+		PP_1882	0.12	-4.0
2,109,985	-		PP_1882	0.12	-3.8
2,109,985	-		PP_1882	0.12	-2.0
2,109,985	-		PP_1882	0.12	+1.5
2,110,009	+		PP_1882	0.13	-0.0
2,110,009	+		PP_1882	0.13	-0.8
2,110,010	-		PP_1882	0.13	+0.9
2,110,010	-		PP_1882	0.13	-1.3
2,110,010	-		PP_1882	0.13	-2.3
2,110,010	-				-1.3
2,110,013	+		PP_1882	0.13	+0.7
2,110,014	-		PP_1882	0.13	+1.0
2,110,014	-		PP_1882	0.13	-1.3
2,110,060	+		PP_1882	0.14	-4.1
2,110,060	+		PP_1882	0.14	+1.7
2,110,061	-		PP_1882	0.14	-4.3
2,110,111	+		PP_1882	0.15	+2.1
2,110,111	+		PP_1882	0.15	-0.7
2,110,112	-		PP_1882	0.15	-0.4
2,110,112	-		PP_1882	0.15	-3.8
2,110,114	+				-1.3
2,110,114	+		PP_1882	0.15	-4.3
2,110,115	-		PP_1882	0.15	-4.5
2,110,210	+		PP_1882	0.17	+0.3
2,110,211	-		PP_1882	0.17	+0.8
2,110,291	+		PP_1882	0.18	-3.5
2,110,298	+		PP_1882	0.19	+1.2
2,110,298	+		PP_1882	0.19	-4.5
2,110,299	-		PP_1882	0.19	+0.9
2,110,300	+		PP_1882	0.19	+1.2
2,110,435	+		PP_1882	0.21	-0.2
2,110,546	+		PP_1882	0.24	+1.3
2,110,547	-		PP_1882	0.24	-4.3
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-3.7
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-3.4
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-3.5
2,110,552	+		PP_1882	0.24	+1.5
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-2.7
2,110,552	+		PP_1882	0.24	+0.5
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-3.7
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-4.3
2,110,552	+		PP_1882	0.24	-3.3
2,110,553	-		PP_1882	0.24	+0.7
2,110,553	-		PP_1882	0.24	+1.8
2,110,553	-		PP_1882	0.24	+0.8
2,110,553	-		PP_1882	0.24	+1.3
2,110,553	-		PP_1882	0.24	-4.3
2,110,553	-		PP_1882	0.24	-3.3
2,110,553	-		PP_1882	0.24	-0.9
2,110,553	-		PP_1882	0.24	-3.9
2,110,553	-		PP_1882	0.24	-3.6
2,110,607	-		PP_1882	0.25	-2.5
2,110,607	-		PP_1882	0.25	-3.9
2,110,657	+		PP_1882	0.26	-0.1
2,110,657	+		PP_1882	0.26	+0.9
2,110,658	-		PP_1882	0.26	+0.0
2,110,703	+		PP_1882	0.27	-3.0
2,110,703	+		PP_1882	0.27	+1.9
2,110,805	-		PP_1882	0.29	+2.1
2,110,805	-		PP_1882	0.29	-2.7
2,110,805	-				+0.3
2,110,882	+		PP_1882	0.31	-3.1
2,110,882	+		PP_1882	0.31	+1.1
2,110,882	+		PP_1882	0.31	+1.0
2,110,883	-		PP_1882	0.31	-2.3
2,110,883	-		PP_1882	0.31	-3.1
2,110,883	-		PP_1882	0.31	+1.0
2,110,883	-		PP_1882	0.31	-2.9
2,110,883	-		PP_1882	0.31	-0.2
2,111,118	+		PP_1882	0.35	+0.1
2,111,118	+		PP_1882	0.35	-2.9
2,111,118	+		PP_1882	0.35	+1.2
2,111,119	-		PP_1882	0.35	-4.3
2,111,119	-		PP_1882	0.35	-2.5
2,111,119	-		PP_1882	0.35	-0.9
2,111,137	+		PP_1882	0.36	-3.3
2,111,138	-		PP_1882	0.36	-0.6
2,111,197	+		PP_1882	0.37	-4.5
2,111,197	+		PP_1882	0.37	-0.5
2,111,198	-		PP_1882	0.37	+0.8
2,111,198	-		PP_1882	0.37	+0.5
2,111,222	-		PP_1882	0.37	-4.1
2,111,264	+		PP_1882	0.38	-3.6
2,111,264	+		PP_1882	0.38	-3.7
2,111,265	-		PP_1882	0.38	+0.5
2,111,265	-		PP_1882	0.38	-3.4
2,111,338	+		PP_1882	0.40	-0.9
2,111,338	+		PP_1882	0.40	+0.1
2,111,338	+		PP_1882	0.40	-3.3
2,111,467	+		PP_1882	0.42	+0.8
2,111,468	-		PP_1882	0.42	+0.7
2,111,468	-		PP_1882	0.42	+1.1
2,111,468	-		PP_1882	0.42	-3.5
2,111,542	+		PP_1882	0.44	-0.8
2,111,542	+		PP_1882	0.44	-0.2
2,111,542	+		PP_1882	0.44	-0.5
2,111,543	-		PP_1882	0.44	+0.2
2,111,543	-		PP_1882	0.44	-3.5
2,111,571	+		PP_1882	0.45	-3.3
2,111,571	+		PP_1882	0.45	-5.0
2,111,571	+		PP_1882	0.45	-1.0
2,111,596	+		PP_1882	0.45	-2.5
2,111,596	+		PP_1882	0.45	-4.1
2,111,686	+		PP_1882	0.47	-4.0
2,111,686	+		PP_1882	0.47	+0.6
2,111,686	+		PP_1882	0.47	-2.5
2,111,708	+		PP_1882	0.47	+0.8
2,111,749	+		PP_1882	0.48	-0.8
2,111,749	+		PP_1882	0.48	-4.0
2,111,750	-		PP_1882	0.48	-0.2
2,111,812	+		PP_1882	0.49	-3.9
2,111,812	+		PP_1882	0.49	+0.4
2,111,812	+		PP_1882	0.49	-3.7
2,111,812	+		PP_1882	0.49	+0.0
2,111,813	-		PP_1882	0.50	-4.2
2,111,813	-		PP_1882	0.50	+1.1
2,111,813	-		PP_1882	0.50	+2.0
2,111,818	+		PP_1882	0.50	-3.7
2,112,008	-		PP_1882	0.54	-3.1
2,112,051	+		PP_1882	0.54	-4.2
2,112,051	+		PP_1882	0.54	-0.4
2,112,051	+		PP_1882	0.54	-0.6
2,112,052	-		PP_1882	0.54	+1.2
2,112,052	-				-0.7
2,112,052	-		PP_1882	0.54	-2.0
2,112,112	+		PP_1882	0.56	-4.4
2,112,112	+		PP_1882	0.56	+1.0
2,112,140	-		PP_1882	0.56	+0.3
2,112,191	-		PP_1882	0.57	-2.3
2,112,199	+		PP_1882	0.57	-3.9
2,112,200	-		PP_1882	0.57	-0.1
2,112,200	-		PP_1882	0.57	-3.6
2,112,200	-		PP_1882	0.57	+0.9
2,112,368	-		PP_1882	0.61	-4.0
2,112,368	-				+0.3
2,112,442	+		PP_1882	0.62	-0.4
2,112,443	-		PP_1882	0.62	-0.9
2,112,481	+		PP_1882	0.63	+2.2
2,112,595	-		PP_1882	0.65	+1.4
2,112,595	-		PP_1882	0.65	+1.9
2,112,595	-				-1.3
2,112,614	-		PP_1882	0.66	-3.9
2,112,700	+		PP_1882	0.68	-4.3
2,112,701	-		PP_1882	0.68	-3.3
2,112,704	-		PP_1882	0.68	+0.2
2,112,706	+		PP_1882	0.68	+0.2
2,112,707	-		PP_1882	0.68	+0.4
2,112,823	+		PP_1882	0.70	-0.2
2,112,823	+		PP_1882	0.70	-0.3
2,112,823	+		PP_1882	0.70	-3.4
2,112,830	-		PP_1882	0.70	-3.8
2,112,830	-		PP_1882	0.70	+1.2
2,112,929	-		PP_1882	0.72	+1.0
2,112,952	+		PP_1882	0.73	-3.1
2,113,013	+		PP_1882	0.74	-3.1
2,113,013	+		PP_1882	0.74	+1.8
2,113,013	+		PP_1882	0.74	-0.6
2,113,013	+		PP_1882	0.74	+0.5
2,113,014	-		PP_1882	0.74	-4.2
2,113,014	-		PP_1882	0.74	-2.0
2,113,014	-		PP_1882	0.74	-2.7
2,113,014	-		PP_1882	0.74	-3.7
2,113,014	-		PP_1882	0.74	-3.9
2,113,014	-		PP_1882	0.74	+0.8
2,113,018	+		PP_1882	0.74	-2.3
2,113,018	+		PP_1882	0.74	+1.4
2,113,018	+		PP_1882	0.74	-3.1
2,113,018	+		PP_1882	0.74	-1.7
2,113,018	+		PP_1882	0.74	+0.1
2,113,018	+		PP_1882	0.74	+0.4
2,113,018	+		PP_1882	0.74	-3.6
2,113,019	-		PP_1882	0.74	-0.7
2,113,019	-		PP_1882	0.74	+1.3
2,113,019	-		PP_1882	0.74	-3.7
2,113,019	-		PP_1882	0.74	-1.3
2,113,144	+		PP_1882	0.77	+1.9
2,113,144	+		PP_1882	0.77	-3.0
2,113,144	+		PP_1882	0.77	-2.4
2,113,144	+		PP_1882	0.77	+0.2
2,113,145	-		PP_1882	0.77	+0.2
2,113,145	-		PP_1882	0.77	-1.7
2,113,164	+		PP_1882	0.77	-4.4
2,113,164	+		PP_1882	0.77	-0.0
2,113,164	+		PP_1882	0.77	+0.8
2,113,164	+		PP_1882	0.77	+1.1
2,113,165	-		PP_1882	0.77	-3.1
2,113,165	-		PP_1882	0.77	+0.7
2,113,279	+				+3.3
2,113,280	-		PP_1882	0.79	-3.3
2,113,280	-				-1.3
2,113,285	+		PP_1882	0.80	+1.4
2,113,285	+		PP_1882	0.80	-4.6
2,113,285	+		PP_1882	0.80	-0.4
2,113,285	+		PP_1882	0.80	+1.3
2,113,286	-		PP_1882	0.80	-0.5
2,113,286	-		PP_1882	0.80	-3.3
2,113,286	-		PP_1882	0.80	-1.3
2,113,286	-		PP_1882	0.80	+0.3
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2,114,602	+				-0.6
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2,114,603	-				-2.3
2,114,603	-				+0.6
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2,114,604	+				-0.1
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2,114,605	-				-0.3
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2,114,668	+		PP_1883	0.10	+0.2
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2,114,748	+		PP_1883	0.15	+1.4
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2,114,839	+		PP_1883	0.20	-1.1
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2,114,917	+		PP_1883	0.24	-4.1
2,114,917	+		PP_1883	0.24	+0.9
2,114,918	-		PP_1883	0.24	-0.8
2,114,918	-		PP_1883	0.24	+0.8
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2,115,282	+		PP_1883	0.44	-5.0