Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16490

Experiment: Stem-Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Atlantic
3,569,130	+		DZA65_RS16480	0.22	-2.8
3,569,130	+		DZA65_RS16480	0.22	-1.4
3,569,130	+		DZA65_RS16480	0.22	-2.4
3,569,130	+		DZA65_RS16480	0.22	+1.1
3,569,229	+		DZA65_RS16480	0.61	-2.1
3,569,229	+		DZA65_RS16480	0.61	-0.7
3,569,230	-		DZA65_RS16480	0.61	-1.8
3,569,230	-		DZA65_RS16480	0.61	-1.2
3,569,230	-		DZA65_RS16480	0.61	-0.4
3,569,230	-		DZA65_RS16480	0.61	+2.0
3,569,230	-		DZA65_RS16480	0.61	-1.2
3,569,231	+		DZA65_RS16480	0.62	+0.3
3,569,231	+				+1.9
3,569,231	+		DZA65_RS16480	0.62	+1.5
3,569,231	+		DZA65_RS16480	0.62	+0.9
3,569,231	+		DZA65_RS16480	0.62	-2.4
3,569,231	+		DZA65_RS16480	0.62	+0.5
3,569,232	-		DZA65_RS16480	0.62	-1.1
3,569,232	-		DZA65_RS16480	0.62	-0.3
3,569,232	-		DZA65_RS16480	0.62	+0.4
3,569,274	+		DZA65_RS16480	0.78	+0.0
3,569,274	+		DZA65_RS16480	0.78	+1.4
3,569,291	+		DZA65_RS16480	0.85	-2.8
3,569,292	-		DZA65_RS16480	0.85	-0.6
3,569,309	+				-0.6
3,569,309	+				-2.1
3,569,309	+				-1.1
3,569,310	-				+0.1
3,569,310	-				+0.7
3,569,310	-				+2.1
3,569,310	-				+1.4
3,569,311	+				-0.9
3,569,311	+				-0.6
3,569,311	+				+0.2
3,569,311	+				-0.8
3,569,311	+				-0.2
3,569,311	+				-0.5
3,569,311	+				-1.8
3,569,311	+				-0.6
3,569,311	+				+1.3
3,569,311	+				-0.4
3,569,311	+				+0.1
3,569,311	+				+0.3
3,569,311	+				+0.5
3,569,311	+				+0.9
3,569,311	+				+1.1
3,569,311	+				+0.5
3,569,311	+				+1.2
3,569,311	+				+0.5
3,569,311	+				-1.5
3,569,311	+				-1.1
3,569,311	+				-1.1
3,569,311	+				-0.6
3,569,312	-				-0.2
3,569,312	-				-1.1
3,569,312	-				+0.3
3,569,312	-				-2.4
3,569,312	-				-0.6
3,569,312	-				+0.3
3,569,312	-				+0.0
3,569,312	-				-1.3
3,569,312	-				+0.5
3,569,312	-				+0.9
3,569,312	-				+0.0
3,569,312	-				-1.3
3,569,312	-				+0.2
3,569,312	-				-1.2
3,569,312	-				-0.4
3,569,312	-				+0.5
3,569,312	-				+0.1
3,569,312	-				-0.3
3,569,312	-				-1.9
3,569,312	-				+0.5
3,569,312	-				+1.1
3,569,385	+				+0.6
3,569,386	-				-0.3
3,569,386	-				-0.9
3,569,386	-				+0.4
3,569,474	+		DZA65_RS16485	0.20	-0.6
3,569,474	+		DZA65_RS16485	0.20	-0.2
3,569,474	+		DZA65_RS16485	0.20	+1.5
3,569,474	+		DZA65_RS16485	0.20	+0.8
3,569,475	-		DZA65_RS16485	0.20	+1.5
3,569,475	-		DZA65_RS16485	0.20	+0.6
3,569,475	-		DZA65_RS16485	0.20	-0.2
3,569,475	-		DZA65_RS16485	0.20	-2.8
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+1.2
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	-0.1
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	-0.4
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.0
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.8
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	-1.1
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	-1.5
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.2
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.8
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.1
3,569,480	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.2
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.8
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	-0.8
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	-1.8
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	-2.1
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.5
3,569,481	-				-2.5
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.5
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	-2.3
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.0
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.7
3,569,481	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.5
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.3
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.3
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.8
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.2
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	+0.1
3,569,482	+		DZA65_RS16485	0.21	-1.1
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.7
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	-0.1
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.4
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.1
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.8
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+0.1
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	+1.7
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	-1.6
3,569,483	-		DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,497	+				+0.5
3,569,511	-		DZA65_RS16485	0.25	-2.3
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	+1.1
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	+0.5
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	-0.5
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	-0.5
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	+1.7
3,569,521	+		DZA65_RS16485	0.26	+1.6
3,569,522	-		DZA65_RS16485	0.26	-0.7
3,569,522	-				-2.8
3,569,522	-		DZA65_RS16485	0.26	-0.3
3,569,522	-		DZA65_RS16485	0.26	+0.5
3,569,616	+		DZA65_RS16485	0.38	-2.3
3,569,616	+		DZA65_RS16485	0.38	-2.1
3,569,616	+		DZA65_RS16485	0.38	+0.5
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	+0.1
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	+1.3
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	+1.1
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	-1.9
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	-2.8
3,569,617	-		DZA65_RS16485	0.38	+1.1
3,569,619	+		DZA65_RS16485	0.38	-0.2
3,569,619	+		DZA65_RS16485	0.38	+0.5
3,569,619	+		DZA65_RS16485	0.38	-0.1
3,569,619	+		DZA65_RS16485	0.38	+0.6
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	+0.3
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-1.3
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-1.6
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	+0.7
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	+0.5
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-1.5
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-0.6
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-2.9
3,569,620	-		DZA65_RS16485	0.38	-0.2
3,569,639	+		DZA65_RS16485	0.41	+0.5
3,569,680	+		DZA65_RS16485	0.46	+1.5
3,569,680	+		DZA65_RS16485	0.46	+0.7
3,569,681	-		DZA65_RS16485	0.46	-0.2
3,569,681	-		DZA65_RS16485	0.46	+1.7
3,569,681	-		DZA65_RS16485	0.46	+0.5
3,569,681	-		DZA65_RS16485	0.46	-1.3
3,569,776	-		DZA65_RS16485	0.58	-1.5
3,569,828	+		DZA65_RS16485	0.65	-1.2
3,569,828	+		DZA65_RS16485	0.65	-2.3
3,569,828	+		DZA65_RS16485	0.65	+1.9
3,569,828	+		DZA65_RS16485	0.65	+0.1
3,569,829	-		DZA65_RS16485	0.65	+0.5
3,569,829	-		DZA65_RS16485	0.65	-1.3
3,569,829	-		DZA65_RS16485	0.65	-0.5
3,569,829	-		DZA65_RS16485	0.65	-1.7
3,569,856	+				-1.1
3,569,856	+		DZA65_RS16485	0.69	+1.0
3,569,857	-		DZA65_RS16485	0.69	+0.5
3,569,866	+		DZA65_RS16485	0.70	-1.0
3,569,866	+		DZA65_RS16485	0.70	+0.0
3,569,866	+		DZA65_RS16485	0.70	-1.8
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	+1.4
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	+1.6
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	+0.1
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	+0.5
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	-1.1
3,569,867	-		DZA65_RS16485	0.70	-1.1
3,569,878	-		DZA65_RS16485	0.71	+0.4
3,569,958	+		DZA65_RS16485	0.82	-0.2
3,569,958	+		DZA65_RS16485	0.82	-2.2
3,569,959	-		DZA65_RS16485	0.82	-0.3
3,569,959	-		DZA65_RS16485	0.82	-0.1
3,569,959	-		DZA65_RS16485	0.82	+0.6
3,569,959	-		DZA65_RS16485	0.82	-0.1
3,569,975	+		DZA65_RS16485	0.84	+0.0
3,569,975	+		DZA65_RS16485	0.84	+0.8
3,569,976	-		DZA65_RS16485	0.84	-0.7
3,569,976	-		DZA65_RS16485	0.84	+0.2
3,570,048	+				-1.3
3,570,070	+				-0.9
3,570,070	+				-0.2
3,570,070	+				+0.9
3,570,070	+				+1.3
3,570,070	+				-1.1
3,570,070	+				+0.1
3,570,070	+				+0.2
3,570,070	+				-0.1
3,570,070	+				-0.1
3,570,070	+				-0.5
3,570,070	+				+3.0
3,570,070	+				+1.1
3,570,070	+				+0.5
3,570,071	-				+0.2
3,570,071	-				-2.9
3,570,071	-				-0.2
3,570,071	-				+2.5
3,570,071	-				-2.5
3,570,071	-				+0.4
3,570,071	-				-0.5
3,570,071	-				+0.5
3,570,071	-				+0.3
3,570,071	-				+1.3
3,570,071	-				-2.3
3,570,071	-				-1.8
3,570,071	-				-0.1
3,570,071	-				-0.5
3,570,074	+				+0.7
3,570,077	+				-0.4
3,570,077	+				+0.5
3,570,077	+				+0.3
3,570,078	-				-0.3
3,570,078	-				-0.5
3,570,078	-				-0.5
3,570,078	-				+0.9
3,570,078	-				-0.9
3,570,081	+				-0.1
3,570,082	-				+0.5
3,570,082	-				+2.2
3,570,082	-				+0.3
3,570,156	-		DZA65_RS16490	0.24	+0.3
3,570,205	+		DZA65_RS16490	0.45	-1.1
3,570,205	+		DZA65_RS16490	0.45	+0.1
3,570,205	+		DZA65_RS16490	0.45	+0.2
3,570,206	-		DZA65_RS16490	0.46	-0.8
3,570,206	-		DZA65_RS16490	0.46	+0.7
3,570,206	-		DZA65_RS16490	0.46	-0.1
3,570,212	+		DZA65_RS16490	0.48	-0.2
3,570,212	+		DZA65_RS16490	0.48	+0.5
3,570,212	+		DZA65_RS16490	0.48	-1.5
3,570,213	-		DZA65_RS16490	0.49	+0.2
3,570,262	+		DZA65_RS16490	0.69	+0.3
3,570,262	+		DZA65_RS16490	0.69	-0.6
3,570,262	+		DZA65_RS16490	0.69	-2.1
3,570,262	+		DZA65_RS16490	0.69	-0.7
3,570,262	+		DZA65_RS16490	0.69	+0.5
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	-1.1
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	-1.2
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	+0.3
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	+1.4
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	+0.1
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	-0.6
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	+0.4
3,570,263	-		DZA65_RS16490	0.70	-0.1
3,570,266	+		DZA65_RS16490	0.71	-0.8
3,570,267	-		DZA65_RS16490	0.71	+0.3
3,570,341	+				-0.3
3,570,392	-				-1.8
3,570,421	+				+2.5
3,570,421	+				+0.2
3,570,421	+				+0.3
3,570,421	+				+1.2
3,570,421	+				+0.5
3,570,421	+				-0.5
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3,570,912	+		DZA65_RS16495	0.73	-0.7
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3,570,988	+		DZA65_RS16495	0.83	-2.1
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