Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS10085

Experiment: Stem-Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Atlantic
2,133,965	+				+2.6
2,133,979	+				+0.9
2,133,980	-				-1.4
2,133,993	+				-0.8
2,134,204	-				-2.1
2,134,204	-				-1.0
2,134,224	+				-0.5
2,134,224	+				+0.2
2,134,224	+				-0.4
2,134,225	-				-1.0
2,134,261	+		DZA65_RS10080	0.14	+0.6
2,134,262	-		DZA65_RS10080	0.14	-0.8
2,134,300	-		DZA65_RS10080	0.19	-0.5
2,134,300	-				+0.5
2,134,400	+		DZA65_RS10080	0.33	-2.1
2,134,401	-		DZA65_RS10080	0.33	+0.6
2,134,409	+		DZA65_RS10080	0.34	-0.2
2,134,409	+		DZA65_RS10080	0.34	-2.1
2,134,410	-		DZA65_RS10080	0.34	-0.4
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	+1.8
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	+0.8
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	-3.0
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	-1.8
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	-1.1
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	+0.1
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	-0.4
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	-2.1
2,134,462	+		DZA65_RS10080	0.41	+1.6
2,134,463	-		DZA65_RS10080	0.42	+0.8
2,134,463	-		DZA65_RS10080	0.42	+0.1
2,134,463	-		DZA65_RS10080	0.42	-1.2
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	+0.3
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	+0.9
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	-1.2
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	+0.9
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	-0.1
2,134,466	+		DZA65_RS10080	0.42	+0.2
2,134,467	-		DZA65_RS10080	0.42	+1.8
2,134,467	-				+1.9
2,134,467	-		DZA65_RS10080	0.42	-0.0
2,134,467	-		DZA65_RS10080	0.42	-0.2
2,134,467	-		DZA65_RS10080	0.42	+3.2
2,134,467	-		DZA65_RS10080	0.42	+0.5
2,134,543	+		DZA65_RS10080	0.53	+0.4
2,134,543	+		DZA65_RS10080	0.53	+1.0
2,134,543	+		DZA65_RS10080	0.53	+0.7
2,134,543	+		DZA65_RS10080	0.53	-0.4
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	-2.8
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	+0.7
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	-1.6
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	+0.4
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	-1.1
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	+0.9
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	+1.2
2,134,544	-		DZA65_RS10080	0.53	+1.8
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	-0.5
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	+0.1
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	+0.5
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	+0.9
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	+2.3
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	+1.6
2,134,678	+		DZA65_RS10080	0.71	-1.6
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	+0.4
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	+0.2
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	-0.1
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	+1.7
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	+1.0
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	-0.8
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	-0.1
2,134,679	-		DZA65_RS10080	0.71	-0.5
2,134,683	-		DZA65_RS10080	0.72	-0.6
2,134,708	+		DZA65_RS10080	0.75	+0.9
2,134,708	+		DZA65_RS10080	0.75	-1.4
2,134,708	+		DZA65_RS10080	0.75	-1.2
2,134,709	-		DZA65_RS10080	0.75	+0.3
2,134,833	+				+0.3
2,134,833	+				-2.0
2,134,833	+				+1.2
2,134,834	-				+1.2
2,134,834	-				+0.8
2,134,834	-				+0.6
2,134,834	-				-1.8
2,134,834	-				-2.6
2,134,834	-				+0.5
2,134,895	+				-0.2
2,134,896	-				-1.8
2,134,912	+				+0.5
2,134,914	+				-0.8
2,134,914	+				-0.5
2,134,914	+				-1.0
2,134,914	+				+0.2
2,134,914	+				-1.5
2,134,915	-				+0.2
2,134,915	-				-1.0
2,134,915	-				+1.9
2,135,002	+				+1.2
2,135,003	-				+2.0
2,135,003	-				-2.6
2,135,070	+				+0.2
2,135,075	+		DZA65_RS10085	0.10	-1.0
2,135,075	+		DZA65_RS10085	0.10	+0.7
2,135,075	+		DZA65_RS10085	0.10	+0.0
2,135,075	+		DZA65_RS10085	0.10	+0.2
2,135,076	-		DZA65_RS10085	0.10	-1.2
2,135,076	-		DZA65_RS10085	0.10	+0.4
2,135,076	-		DZA65_RS10085	0.10	-1.1
2,135,076	-		DZA65_RS10085	0.10	+0.2
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-0.4
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	+0.5
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	+0.2
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	+1.3
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-1.8
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-0.9
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-0.8
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-1.1
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-0.4
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	-0.2
2,135,152	+		DZA65_RS10085	0.15	+1.2
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	+1.3
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	+0.5
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	+0.9
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	-0.8
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	+0.6
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	-0.3
2,135,153	-		DZA65_RS10085	0.15	+0.4
2,135,170	+		DZA65_RS10085	0.16	-2.8
2,135,170	+		DZA65_RS10085	0.16	+0.2
2,135,192	+		DZA65_RS10085	0.18	-0.4
2,135,192	+		DZA65_RS10085	0.18	-0.9
2,135,192	+		DZA65_RS10085	0.18	+0.2
2,135,193	-		DZA65_RS10085	0.18	+0.7
2,135,193	-		DZA65_RS10085	0.18	-1.7
2,135,193	-		DZA65_RS10085	0.18	+3.0
2,135,193	-		DZA65_RS10085	0.18	-0.4
2,135,193	-		DZA65_RS10085	0.18	-1.0
2,135,200	-		DZA65_RS10085	0.18	-1.8
2,135,200	-		DZA65_RS10085	0.18	-1.8
2,135,200	-		DZA65_RS10085	0.18	+1.3
2,135,225	+		DZA65_RS10085	0.20	-1.4
2,135,225	+		DZA65_RS10085	0.20	-1.0
2,135,225	+		DZA65_RS10085	0.20	-0.7
2,135,226	-		DZA65_RS10085	0.20	+0.2
2,135,326	+		DZA65_RS10085	0.26	+0.8
2,135,327	-		DZA65_RS10085	0.26	+0.2
2,135,327	-		DZA65_RS10085	0.26	+0.7
2,135,327	-		DZA65_RS10085	0.26	+0.2
2,135,327	-		DZA65_RS10085	0.26	-1.8
2,135,379	-		DZA65_RS10085	0.29	+0.9
2,135,422	+		DZA65_RS10085	0.32	-0.8
2,135,422	+		DZA65_RS10085	0.32	-0.3
2,135,422	+		DZA65_RS10085	0.32	+0.2
2,135,423	-		DZA65_RS10085	0.32	-0.8
2,135,448	+		DZA65_RS10085	0.34	-0.2
2,135,449	-		DZA65_RS10085	0.34	-2.1
2,135,449	-		DZA65_RS10085	0.34	+0.2
2,135,622	+		DZA65_RS10085	0.45	-0.1
2,135,622	+		DZA65_RS10085	0.45	+0.4
2,135,642	+		DZA65_RS10085	0.46	-1.6
2,135,642	+		DZA65_RS10085	0.46	-2.1
2,135,642	+		DZA65_RS10085	0.46	+0.4
2,135,643	-		DZA65_RS10085	0.46	-1.8
2,135,643	-		DZA65_RS10085	0.46	-0.2
2,135,690	+		DZA65_RS10085	0.49	-1.4
2,135,690	+		DZA65_RS10085	0.49	-0.4
2,135,691	-		DZA65_RS10085	0.49	+1.5
2,135,691	-		DZA65_RS10085	0.49	-1.8
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-0.8
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-2.1
2,135,845	+				+1.2
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-0.1
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-0.9
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	+0.2
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	+0.5
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-2.1
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-0.4
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	+0.8
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-0.1
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	+0.4
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-1.1
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	+1.0
2,135,845	+		DZA65_RS10085	0.59	-1.4
2,135,846	-		DZA65_RS10085	0.59	-0.1
2,135,846	-		DZA65_RS10085	0.59	-2.1
2,135,846	-		DZA65_RS10085	0.59	+0.1
2,135,846	-		DZA65_RS10085	0.59	-0.8
2,135,846	-		DZA65_RS10085	0.59	-0.9
2,136,051	+		DZA65_RS10085	0.71	-1.5
2,136,051	+		DZA65_RS10085	0.71	+0.2
2,136,051	+		DZA65_RS10085	0.71	+0.2
2,136,051	+		DZA65_RS10085	0.71	-2.1
2,136,052	-		DZA65_RS10085	0.71	-0.1
2,136,108	-		DZA65_RS10085	0.75	+1.0
2,136,214	+		DZA65_RS10085	0.82	+0.3
2,136,215	-		DZA65_RS10085	0.82	+2.8
2,136,215	-		DZA65_RS10085	0.82	+0.3
2,136,249	-		DZA65_RS10085	0.84	-0.2
2,136,249	-		DZA65_RS10085	0.84	-0.6
2,136,249	-		DZA65_RS10085	0.84	-1.8
2,136,341	+		DZA65_RS10085	0.90	-1.4
2,136,391	+				-0.1
2,136,392	-				-0.0
2,136,392	-				+0.2
2,136,392	-				+0.1
2,136,405	+				+0.6
2,136,418	+				+0.2
2,136,418	+				-2.2
2,136,418	+				-0.4
2,136,418	+				+0.1
2,136,419	-				+0.5
2,136,419	-				-0.1
2,136,421	+				-0.5
2,136,422	-				-0.2
2,136,422	-				+1.2
2,136,438	-				-0.5
2,136,466	+				-0.8
2,136,467	-				+0.8
2,136,467	-				+0.3
2,136,506	+				-0.5
2,136,506	+				-1.8
2,136,506	+				+0.2
2,136,507	-				-1.5
2,136,507	-				+0.6
2,136,507	-				-0.5
2,136,507	-				+2.1
2,136,514	+				+0.9
2,136,547	+				-0.7
2,136,552	+				+0.2
2,136,553	-				-0.8
2,136,566	+				-0.0
2,136,881	+				+0.0
2,136,900	-				-1.4
2,136,903	-				-0.3
2,136,955	+				-0.4
2,136,955	+				-1.1
2,136,957	+				-0.5
2,136,958	-				+1.0
2,137,027	+				-1.9
2,137,030	-				-0.4
2,137,059	+				+0.6
2,137,060	-				-0.5
2,137,060	-				-0.7
2,137,227	+		DZA65_RS10090	0.21	-0.8
2,137,228	-		DZA65_RS10090	0.21	-0.1
2,137,246	+		DZA65_RS10090	0.23	-0.8
2,137,246	+		DZA65_RS10090	0.23	+1.6
2,137,247	-		DZA65_RS10090	0.23	+0.9
2,137,247	-		DZA65_RS10090	0.23	-0.0
2,137,247	-		DZA65_RS10090	0.23	+0.2
2,137,247	-		DZA65_RS10090	0.23	-1.4
2,137,247	-		DZA65_RS10090	0.23	-0.8
2,137,274	+		DZA65_RS10090	0.25	-1.2
2,137,294	+		DZA65_RS10090	0.26	-1.6
2,137,295	-		DZA65_RS10090	0.26	-1.1
2,137,296	+		DZA65_RS10090	0.26	+0.9
2,137,316	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.5
2,137,316	-		DZA65_RS10090	0.28	-1.8
2,137,316	-		DZA65_RS10090	0.28	-2.8
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+1.2
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+0.2
2,137,321	+				-1.4
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-2.4
2,137,321	+				+1.2
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-1.8
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-1.1
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-0.4
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+0.4
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+0.3
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+2.1
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+1.0
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-0.6
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	+1.2
2,137,321	+		DZA65_RS10090	0.28	-2.4
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.8
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.2
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	-0.3
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.2
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	-0.0
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.3
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	-1.4
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	+0.9
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	-0.2
2,137,322	-		DZA65_RS10090	0.28	-0.0
2,137,324	-		DZA65_RS10090	0.29	-1.1
2,137,324	-		DZA65_RS10090	0.29	+0.8
2,137,335	+		DZA65_RS10090	0.29	+0.5
2,137,335	+		DZA65_RS10090	0.29	+0.2
2,137,335	+		DZA65_RS10090	0.29	+0.2
2,137,393	-		DZA65_RS10090	0.34	-0.5
2,137,393	-		DZA65_RS10090	0.34	-0.6
2,137,455	+		DZA65_RS10090	0.38	-0.5
2,137,456	-		DZA65_RS10090	0.38	-1.4
2,137,456	-		DZA65_RS10090	0.38	-2.6
2,137,456	-		DZA65_RS10090	0.38	+0.2