Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS18580

Experiment: Stem-Atlantic

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Atlantic
4,002,960	-		DZA65_RS18570	0.89	+0.3
4,002,997	+				+0.1
4,002,997	+				+0.1
4,002,998	-				+1.0
4,002,998	-				+0.9
4,002,998	-				-0.2
4,003,000	+				+0.7
4,003,000	+				+0.0
4,003,000	+				-0.2
4,003,001	-				+1.0
4,003,001	-				-1.2
4,003,001	-				-1.0
4,003,087	+				-1.0
4,003,087	+				+1.2
4,003,087	+				-0.2
4,003,087	+				-1.8
4,003,087	+				-0.5
4,003,087	+				+0.1
4,003,087	+				+0.0
4,003,088	-				+0.0
4,003,088	-				+0.8
4,003,088	-				-2.4
4,003,088	-				+0.3
4,003,088	-				-1.0
4,003,088	-				-0.8
4,003,121	+				+1.7
4,003,121	+				+1.2
4,003,122	-				+0.8
4,003,244	+		DZA65_RS18575	0.21	-0.3
4,003,244	+		DZA65_RS18575	0.21	-1.0
4,003,245	-		DZA65_RS18575	0.21	+0.0
4,003,245	-		DZA65_RS18575	0.21	+1.6
4,003,245	-		DZA65_RS18575	0.21	-2.2
4,003,252	+		DZA65_RS18575	0.22	+1.0
4,003,252	+		DZA65_RS18575	0.22	-1.3
4,003,253	-		DZA65_RS18575	0.22	-0.5
4,003,265	-		DZA65_RS18575	0.23	-1.3
4,003,453	+		DZA65_RS18575	0.46	+1.0
4,003,453	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.8
4,003,453	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.8
4,003,454	-		DZA65_RS18575	0.46	-0.4
4,003,454	-		DZA65_RS18575	0.46	+1.4
4,003,454	-		DZA65_RS18575	0.46	-0.6
4,003,454	-		DZA65_RS18575	0.46	+1.3
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.0
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	-0.3
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	-1.8
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.6
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.9
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	-0.4
4,003,457	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.5
4,003,458	-		DZA65_RS18575	0.46	+1.5
4,003,458	-		DZA65_RS18575	0.46	+0.3
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	-0.1
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.7
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	-0.8
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	-2.6
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	-1.0
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	+1.5
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	+0.3
4,003,459	+		DZA65_RS18575	0.46	-0.1
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-1.6
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+3.3
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-0.4
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+1.3
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-1.3
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-0.3
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+1.0
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-1.1
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-1.0
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	-2.0
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+1.8
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+0.0
4,003,460	-		DZA65_RS18575	0.47	+1.0
4,003,486	+		DZA65_RS18575	0.50	+1.4
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	+1.5
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	+0.9
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	+1.0
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	-0.7
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	+0.0
4,003,493	+		DZA65_RS18575	0.50	-1.2
4,003,494	-		DZA65_RS18575	0.51	+0.6
4,003,494	-		DZA65_RS18575	0.51	+0.0
4,003,535	+		DZA65_RS18575	0.55	+0.8
4,003,536	-		DZA65_RS18575	0.56	-0.8
4,003,693	+		DZA65_RS18575	0.74	-2.0
4,003,694	-		DZA65_RS18575	0.74	+0.0
4,003,694	-		DZA65_RS18575	0.74	-0.2
4,003,715	+		DZA65_RS18575	0.77	+0.0
4,003,716	-		DZA65_RS18575	0.77	+0.2
4,003,744	+		DZA65_RS18575	0.80	-0.6
4,003,744	+		DZA65_RS18575	0.80	+0.0
4,003,745	-		DZA65_RS18575	0.80	+0.7
4,003,745	-		DZA65_RS18575	0.80	+0.1
4,003,745	-		DZA65_RS18575	0.80	-0.2
4,003,771	+		DZA65_RS18575	0.83	+1.0
4,003,771	+		DZA65_RS18575	0.83	+0.7
4,003,843	-				+0.0
4,003,843	-				-0.9
4,003,934	+				+1.5
4,003,934	+				+0.0
4,003,935	-				-0.8
4,003,935	-				+0.0
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	-0.5
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	+1.5
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	-2.2
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	+1.8
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	+1.0
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	+0.2
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	-0.7
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	-3.0
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	-0.2
4,004,058	+		DZA65_RS18580	0.18	+2.0
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	+0.7
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	+0.9
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	-0.8
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	+0.7
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	-1.0
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	-1.3
4,004,059	-		DZA65_RS18580	0.18	-1.3
4,004,132	+		DZA65_RS18580	0.27	+0.6
4,004,184	+		DZA65_RS18580	0.34	+0.4
4,004,197	+		DZA65_RS18580	0.35	+2.9
4,004,197	+		DZA65_RS18580	0.35	+0.0
4,004,197	+		DZA65_RS18580	0.35	+1.4
4,004,197	+		DZA65_RS18580	0.35	+3.1
4,004,198	-		DZA65_RS18580	0.35	-1.8
4,004,198	-		DZA65_RS18580	0.35	+1.6
4,004,198	-		DZA65_RS18580	0.35	-1.3
4,004,198	-		DZA65_RS18580	0.35	-1.8
4,004,198	-		DZA65_RS18580	0.35	+0.6
4,004,215	-		DZA65_RS18580	0.37	+0.0
4,004,355	+		DZA65_RS18580	0.54	+0.8
4,004,355	+		DZA65_RS18580	0.54	-0.2
4,004,355	+		DZA65_RS18580	0.54	-1.3
4,004,355	+		DZA65_RS18580	0.54	-0.8
4,004,355	+		DZA65_RS18580	0.54	-0.3
4,004,356	-		DZA65_RS18580	0.54	-0.1
4,004,396	-		DZA65_RS18580	0.59	+2.3
4,004,396	-		DZA65_RS18580	0.59	+1.3
4,004,433	+		DZA65_RS18580	0.64	-0.6
4,004,433	+		DZA65_RS18580	0.64	-1.9
4,004,433	+		DZA65_RS18580	0.64	-1.8
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	+0.9
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	-0.6
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	-2.0
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	+0.0
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	-2.8
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	+1.3
4,004,434	-		DZA65_RS18580	0.64	+0.0
4,004,454	+		DZA65_RS18580	0.66	+1.2
4,004,455	-		DZA65_RS18580	0.66	+1.7
4,004,493	+		DZA65_RS18580	0.71	-1.3
4,004,543	-		DZA65_RS18580	0.77	-0.6
4,004,545	+		DZA65_RS18580	0.77	-0.6
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.3
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.3
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.4
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	+0.1
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	+1.5
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-2.2
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	+1.4
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	+0.5
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-1.6
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.6
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-3.0
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-1.0
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.2
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	-0.3
4,004,586	+		DZA65_RS18580	0.82	+0.1
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-1.7
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-0.3
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+1.2
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+0.5
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-1.0
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-0.1
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-0.4
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+0.8
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+0.7
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+0.5
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	+0.2
4,004,587	-		DZA65_RS18580	0.82	-0.4
4,004,854	+				-2.6
4,004,854	+				+0.8
4,004,854	+				+1.0
4,004,854	+				+1.6
4,004,854	+				-0.4
4,004,855	-				+0.4
4,004,855	-				+2.6
4,004,855	-				+1.4
4,004,855	-				-2.0
4,004,856	+				-1.8
4,004,857	-				+0.7
4,004,857	-				+0.9
4,004,857	-				-0.6
4,004,931	+		DZA65_RS18585	0.17	+0.6
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-1.2
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-0.2
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-0.9
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-0.2
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-0.5
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	+0.3
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-2.0
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	-0.5
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	+1.0
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	+0.0
4,004,973	+		DZA65_RS18585	0.21	+0.3
4,004,974	-		DZA65_RS18585	0.21	+1.3
4,004,974	-		DZA65_RS18585	0.21	+1.6
4,004,974	-		DZA65_RS18585	0.21	-1.8
4,004,974	-		DZA65_RS18585	0.21	-1.3
4,005,012	+		DZA65_RS18585	0.25	+0.8
4,005,012	+		DZA65_RS18585	0.25	-1.3
4,005,012	+		DZA65_RS18585	0.25	+0.6
4,005,013	-		DZA65_RS18585	0.25	-1.0
4,005,068	+		DZA65_RS18585	0.30	+2.6
4,005,068	+		DZA65_RS18585	0.30	-1.6
4,005,068	+		DZA65_RS18585	0.30	-1.4
4,005,103	-		DZA65_RS18585	0.33	+0.0
4,005,103	-		DZA65_RS18585	0.33	+0.6
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	-0.6
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	+1.8
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	+1.8
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	+0.0
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	+0.2
4,005,327	+		DZA65_RS18585	0.55	-1.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+1.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-1.1
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-1.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-1.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-1.6
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+2.3
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-0.1
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+1.5
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+0.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+0.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+0.9
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	-2.3
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+0.0
4,005,328	-		DZA65_RS18585	0.55	+0.9
4,005,371	+		DZA65_RS18585	0.59	-2.0
4,005,371	+		DZA65_RS18585	0.59	-0.3
4,005,371	+		DZA65_RS18585	0.59	-1.3
4,005,372	-		DZA65_RS18585	0.59	+2.0
4,005,372	-		DZA65_RS18585	0.59	-2.2
4,005,372	-		DZA65_RS18585	0.59	+0.4
4,005,372	-		DZA65_RS18585	0.59	-1.2
4,005,372	-		DZA65_RS18585	0.59	-0.2
4,005,383	-		DZA65_RS18585	0.60	+1.5
4,005,391	+		DZA65_RS18585	0.61	-0.3
4,005,411	+		DZA65_RS18585	0.62	-0.4
4,005,411	+		DZA65_RS18585	0.62	-0.0
4,005,411	+		DZA65_RS18585	0.62	+0.5
4,005,411	+		DZA65_RS18585	0.62	+1.0
4,005,412	-		DZA65_RS18585	0.63	-0.4
4,005,412	-		DZA65_RS18585	0.63	+0.4
4,005,412	-		DZA65_RS18585	0.63	+0.2
4,005,412	-		DZA65_RS18585	0.63	-1.3
4,005,412	-		DZA65_RS18585	0.63	-0.6
4,005,480	+		DZA65_RS18585	0.69	-1.6
4,005,480	+		DZA65_RS18585	0.69	+1.4
4,005,480	+		DZA65_RS18585	0.69	-0.1
4,005,480	+		DZA65_RS18585	0.69	+0.3
4,005,481	-		DZA65_RS18585	0.69	+0.2
4,005,481	-		DZA65_RS18585	0.69	+1.8
4,005,481	-		DZA65_RS18585	0.69	+1.1
4,005,481	-		DZA65_RS18585	0.69	-2.6
4,005,627	+		DZA65_RS18585	0.83	+1.0
4,005,627	+		DZA65_RS18585	0.83	-0.2
4,005,627	+		DZA65_RS18585	0.83	-1.8
4,005,628	-		DZA65_RS18585	0.83	-0.9
4,005,628	-		DZA65_RS18585	0.83	+1.0
4,005,628	-		DZA65_RS18585	0.83	-1.0
4,005,628	-		DZA65_RS18585	0.83	+0.5
4,005,628	-		DZA65_RS18585	0.83	+1.0
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	+0.8
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	+0.0
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	+1.0
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	-0.2
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	-1.6
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	+1.1
4,005,653	-		DZA65_RS18585	0.85	-1.2
4,005,673	+		DZA65_RS18585	0.87	-1.3
4,005,673	+		DZA65_RS18585	0.87	-3.6
4,005,683	-				+2.2
4,005,691	+		DZA65_RS18585	0.89	+0.9
4,005,694	+		DZA65_RS18585	0.89	-0.6
4,005,694	+		DZA65_RS18585	0.89	+0.6
4,005,694	+		DZA65_RS18585	0.89	+2.5
4,005,695	-		DZA65_RS18585	0.89	+1.4
4,005,695	-		DZA65_RS18585	0.89	-2.1
4,005,695	-		DZA65_RS18585	0.89	+1.6
4,005,695	-		DZA65_RS18585	0.89	-2.4
4,005,695	-		DZA65_RS18585	0.89	-2.7