Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16800

Experiment: Stem-Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Upstate
3,624,624	-		DZA65_RS16795	0.26	-1.7
3,624,624	-		DZA65_RS16795	0.26	+0.2
3,624,624	-		DZA65_RS16795	0.26	-0.7
3,624,624	-		DZA65_RS16795	0.26	-0.9
3,624,752	-		DZA65_RS16795	0.36	-0.4
3,624,761	-		DZA65_RS16795	0.37	-0.7
3,624,767	+		DZA65_RS16795	0.38	-1.9
3,624,767	+		DZA65_RS16795	0.38	+2.2
3,624,851	-		DZA65_RS16795	0.45	+0.3
3,624,851	-		DZA65_RS16795	0.45	+4.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-0.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+2.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-0.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+1.6
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-1.1
3,624,914	+				-1.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+0.5
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+0.6
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-1.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-1.1
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-0.5
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+1.9
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-0.7
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	+0.6
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-0.7
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-1.9
3,624,914	+		DZA65_RS16795	0.50	-1.4
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+0.7
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+0.3
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+1.8
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	-0.3
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+0.7
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	-1.7
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+0.2
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	-0.1
3,624,915	-		DZA65_RS16795	0.50	+0.4
3,624,939	-		DZA65_RS16795	0.52	-1.8
3,624,939	-		DZA65_RS16795	0.52	-0.9
3,624,939	-		DZA65_RS16795	0.52	+1.5
3,624,998	+		DZA65_RS16795	0.57	-1.1
3,625,157	+		DZA65_RS16795	0.71	+0.0
3,625,157	+		DZA65_RS16795	0.71	-0.9
3,625,157	+		DZA65_RS16795	0.71	-1.9
3,625,157	+		DZA65_RS16795	0.71	+0.5
3,625,157	+				+2.8
3,625,158	-		DZA65_RS16795	0.71	-1.4
3,625,158	-		DZA65_RS16795	0.71	+1.9
3,625,158	-		DZA65_RS16795	0.71	+1.4
3,625,169	+		DZA65_RS16795	0.72	+0.7
3,625,169	+		DZA65_RS16795	0.72	+0.3
3,625,169	+		DZA65_RS16795	0.72	-1.7
3,625,170	-		DZA65_RS16795	0.72	-0.5
3,625,170	-		DZA65_RS16795	0.72	+0.2
3,625,170	-				-2.4
3,625,202	+		DZA65_RS16795	0.75	+0.9
3,625,208	+		DZA65_RS16795	0.75	+1.4
3,625,208	+		DZA65_RS16795	0.75	+0.6
3,625,208	+		DZA65_RS16795	0.75	-0.5
3,625,208	+		DZA65_RS16795	0.75	+1.9
3,625,208	+		DZA65_RS16795	0.75	+1.9
3,625,209	-		DZA65_RS16795	0.75	-0.9
3,625,209	-		DZA65_RS16795	0.75	-2.4
3,625,209	-		DZA65_RS16795	0.75	+0.9
3,625,209	-		DZA65_RS16795	0.75	-1.7
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	+0.4
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	-0.7
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	+2.2
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	+0.4
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	+3.2
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	-0.1
3,625,210	+		DZA65_RS16795	0.75	-0.1
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	+2.0
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	+1.7
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	+0.9
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	-1.9
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	+0.8
3,625,211	-		DZA65_RS16795	0.75	-0.4
3,625,430	+				-1.7
3,625,430	+				-1.1
3,625,430	+				+1.3
3,625,431	-				+1.6
3,625,431	-				-0.9
3,625,431	-				+1.6
3,625,431	-				-0.7
3,625,462	+				-1.1
3,625,463	-				+0.2
3,625,474	+				-1.1
3,625,474	+				-1.4
3,625,474	+				+0.7
3,625,475	-				-0.7
3,625,475	-				-1.4
3,625,499	+				-0.7
3,625,499	+				-1.5
3,625,500	-				+1.4
3,625,500	-				-1.4
3,625,603	-				-2.3
3,625,674	-				+1.9
3,625,710	+				+1.3
3,625,722	+				+1.4
3,625,722	+				-0.3
3,625,722	+				-1.9
3,625,722	+				+0.3
3,625,722	+				+0.9
3,625,722	+				+0.6
3,625,722	+				+0.1
3,625,722	+				+0.0
3,625,722	+				-3.4
3,625,722	+				-0.1
3,625,722	+				-2.4
3,625,722	+				+1.1
3,625,722	+				-1.8
3,625,723	-				-1.7
3,625,723	-				-0.4
3,625,723	-				+2.7
3,625,723	-				+1.2
3,625,723	-				-0.1
3,625,723	-				-2.9
3,625,723	-				-0.7
3,625,723	-				-0.5
3,625,723	-				-1.4
3,625,723	-				+0.7
3,625,723	-				+1.2
3,625,723	-				-0.7
3,625,723	-				-1.4
3,625,723	-				-1.4
3,625,723	-				-1.9
3,625,723	-				+2.0
3,625,725	+				+2.3
3,625,750	+		DZA65_RS16800	0.10	-1.4
3,625,778	+		DZA65_RS16800	0.12	-1.7
3,625,778	+		DZA65_RS16800	0.12	-2.1
3,625,778	+		DZA65_RS16800	0.12	-0.7
3,625,779	-		DZA65_RS16800	0.12	+0.9
3,625,779	-		DZA65_RS16800	0.12	+2.7
3,625,779	-		DZA65_RS16800	0.12	-1.5
3,625,779	-		DZA65_RS16800	0.12	+0.1
3,625,815	-		DZA65_RS16800	0.14	-1.4
3,625,815	-		DZA65_RS16800	0.14	-2.3
3,625,840	+		DZA65_RS16800	0.16	+2.2
3,625,961	+		DZA65_RS16800	0.23	+0.9
3,625,961	+		DZA65_RS16800	0.23	-1.4
3,625,962	-		DZA65_RS16800	0.23	-0.1
3,625,986	+		DZA65_RS16800	0.25	-1.2
3,625,986	+		DZA65_RS16800	0.25	-1.4
3,625,989	+		DZA65_RS16800	0.25	-1.4
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	-0.7
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	-0.3
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	-0.7
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	+1.3
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	-1.9
3,626,041	+		DZA65_RS16800	0.28	-1.4
3,626,042	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.9
3,626,042	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.8
3,626,042	-		DZA65_RS16800	0.28	+1.9
3,626,042	-		DZA65_RS16800	0.28	+0.1
3,626,042	-		DZA65_RS16800	0.28	+0.5
3,626,043	+		DZA65_RS16800	0.28	+0.2
3,626,043	+				-1.7
3,626,043	+		DZA65_RS16800	0.28	-0.1
3,626,043	+		DZA65_RS16800	0.28	+2.8
3,626,043	+		DZA65_RS16800	0.28	+1.2
3,626,044	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.8
3,626,044	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.5
3,626,044	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.5
3,626,044	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.3
3,626,044	-		DZA65_RS16800	0.28	-0.8
3,626,257	+		DZA65_RS16800	0.41	-3.1
3,626,257	+		DZA65_RS16800	0.41	-1.4
3,626,258	-		DZA65_RS16800	0.41	+0.8
3,626,258	-		DZA65_RS16800	0.41	-0.4
3,626,258	-		DZA65_RS16800	0.41	+2.1
3,626,258	-		DZA65_RS16800	0.41	-1.5
3,626,286	+		DZA65_RS16800	0.43	+1.8
3,626,287	-		DZA65_RS16800	0.43	-0.1
3,626,345	-		DZA65_RS16800	0.46	-2.3
3,626,345	-		DZA65_RS16800	0.46	+0.1
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-1.0
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-1.9
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-1.4
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	+2.3
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-0.4
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	-2.3
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	-0.1
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	-1.5
3,626,563	+		DZA65_RS16800	0.59	-1.9
3,626,564	-		DZA65_RS16800	0.59	-0.1
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	-0.9
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	-1.1
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	-1.2
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	+3.5
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	-1.4
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	+0.9
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	-3.2
3,626,615	-		DZA65_RS16800	0.63	-0.7
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	-2.1
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	+3.8
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	+1.7
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	+1.2
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	-0.3
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	-1.1
3,626,704	+		DZA65_RS16800	0.68	-1.1
3,626,705	-		DZA65_RS16800	0.68	+2.1
3,626,705	-				-1.3
3,626,755	-		DZA65_RS16800	0.71	-1.7
3,626,755	-		DZA65_RS16800	0.71	-2.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-3.0
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.1
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+1.6
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+1.7
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.1
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+0.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+2.5
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-2.3
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.1
3,626,783	-				+0.9
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+1.5
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.9
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-0.5
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.1
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.4
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.5
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.4
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+1.9
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.1
3,626,813	+		DZA65_RS16800	0.75	-1.9
3,626,814	-		DZA65_RS16800	0.75	-0.8
3,626,935	+		DZA65_RS16800	0.82	-0.5
3,626,936	-		DZA65_RS16800	0.82	-0.7
3,627,046	+		DZA65_RS16800	0.89	-0.1
3,627,046	+		DZA65_RS16800	0.89	-1.1
3,627,073	+				-0.5
3,627,080	-				+2.7
3,627,161	+				+0.6
3,627,161	+				+0.9
3,627,162	-				-0.7
3,627,232	+				+1.9
3,627,245	+				-2.8
3,627,245	+				+1.7
3,627,246	-				+0.3
3,627,253	+				+1.2
3,627,253	+				-1.5
3,627,254	-				+0.3
3,627,256	-				-1.5
3,627,263	+				+1.9
3,627,296	+				+1.4
3,627,296	+				+0.7
3,627,297	-				-1.4
3,627,297	-				+1.6
3,627,297	-				-1.4
3,627,297	-				-2.3
3,627,302	+				-2.1
3,627,303	-				-0.6
3,627,310	+				-1.4
3,627,310	+				-2.1
3,627,310	+				-1.9
3,627,310	+				-1.1
3,627,310	+				-0.1
3,627,310	+				-0.7
3,627,311	-				+2.5
3,627,311	-				+1.7
3,627,311	-				-0.2
3,627,311	-				+0.5
3,627,311	-				+1.4
3,627,311	-				-1.7
3,627,311	-				+0.4
3,627,311	-				-1.7
3,627,316	+				-1.7
3,627,316	+				-1.1
3,627,316	+				-0.4
3,627,316	+				-1.7
3,627,316	+				-1.5
3,627,316	+				+3.6
3,627,316	+				-3.0
3,627,316	+				+0.2
3,627,316	+				-1.7
3,627,316	+				+1.7
3,627,316	+				+2.5
3,627,316	+				+0.9
3,627,316	+				+2.4
3,627,316	+				-0.1
3,627,316	+				+0.3
3,627,316	+				-1.3
3,627,316	+				-1.1
3,627,316	+				+0.9
3,627,316	+				+1.8
3,627,316	+				+2.7
3,627,316	+				-0.1
3,627,316	+				+1.2
3,627,316	+				-0.1
3,627,317	-				-1.1
3,627,317	-				+0.3
3,627,317	-				-1.1
3,627,317	-				+1.9
3,627,317	-				+2.2
3,627,317	-				-1.4
3,627,317	-				-0.4
3,627,317	-				-0.2
3,627,317	-				+0.2
3,627,317	-				-2.3
3,627,322	-				-2.1
3,627,322	-				+0.3
3,627,372	+				+0.2
3,627,372	+				+1.1
3,627,372	+				+0.2
3,627,373	-				-1.1
3,627,373	-				-1.2
3,627,373	-				-1.7
3,627,373	-				+0.8
3,627,373	-				+1.3
3,627,373	-				-0.3
3,627,373	-				-0.1
3,627,373	-				+0.9
3,627,373	-				+0.5
3,627,373	-				+0.1
3,627,398	+				+0.4
3,627,398	+				-1.4
3,627,398	+				-0.7
3,627,398	+				+2.1
3,627,398	+				+1.9
3,627,399	-				-1.4
3,627,399	-				+0.2
3,627,399	-				-0.7
3,627,399	-				+0.3
3,627,399	-				-1.3
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-1.1
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-1.1
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	+0.3
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-0.4
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-3.0
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-0.4
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+1.1
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+0.9
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-1.7
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+0.3
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-0.1
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+1.8
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+1.7
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-1.4
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-3.0
3,627,517	+		DZA65_RS16805	0.18	+1.9
3,627,628	+		DZA65_RS16805	0.28	+0.6
3,627,629	-		DZA65_RS16805	0.28	+0.7
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	-0.3
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	+1.4
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	-1.9
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	-1.5
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-0.0
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+1.7
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-0.1
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-1.4
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-1.7
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-0.9
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	-0.7
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	-0.1
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	+3.2
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	+0.2
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	+0.2
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	+3.5
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	-1.5
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	+0.6
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.2
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.7
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-2.1
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-3.1
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.0
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+0.3
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+0.1
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+1.2
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.1
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+2.0
3,627,893	-		DZA65_RS16805	0.52	+1.3
3,627,913	+		DZA65_RS16805	0.54	+1.0
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	-0.1
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	-0.2
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	-0.1
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	+0.7
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	+0.5
3,628,028	-		DZA65_RS16805	0.65	+0.1
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-2.5
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-0.4
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+0.0
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-1.7
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-1.4
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+0.9
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-0.7
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-1.4
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+0.5
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	+0.4
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	-0.4
3,628,101	-		DZA65_RS16805	0.71	+0.9
3,628,168	+		DZA65_RS16805	0.78	-2.4
3,628,169	-		DZA65_RS16805	0.78	-0.7
3,628,182	+		DZA65_RS16805	0.79	+0.9
3,628,183	-				+0.7
3,628,183	-		DZA65_RS16805	0.79	-1.1
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+3.9
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-1.4
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-0.3
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-1.9
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+0.9
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+1.8
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+2.8
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.1
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.5
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.8
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+1.5
3,628,211	-				-0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-2.3
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	+0.2
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	-1.9
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	-0.7
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	-2.3
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	-0.9
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	-1.9