Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16300

Experiment: Stem-Norland

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Norland
3,533,494	-		DZA65_RS16285	0.85	-1.8
3,533,494	-		DZA65_RS16285	0.85	-0.5
3,533,534	+				-0.5
3,533,586	+				+0.3
3,533,586	+				-2.4
3,533,616	-				-1.9
3,533,631	-		DZA65_RS16290	0.12	-2.9
3,533,631	-		DZA65_RS16290	0.12	-1.3
3,533,633	+		DZA65_RS16290	0.12	-1.3
3,533,634	-		DZA65_RS16290	0.13	+0.2
3,533,671	-		DZA65_RS16290	0.23	+0.9
3,533,671	-		DZA65_RS16290	0.23	+0.3
3,533,727	+		DZA65_RS16290	0.38	+0.4
3,533,816	+		DZA65_RS16290	0.62	-2.4
3,533,816	+		DZA65_RS16290	0.62	+1.5
3,533,817	-		DZA65_RS16290	0.62	-1.5
3,533,817	-		DZA65_RS16290	0.62	+0.2
3,533,817	-		DZA65_RS16290	0.62	+0.1
3,533,817	-		DZA65_RS16290	0.62	+1.6
3,533,901	-		DZA65_RS16290	0.85	+1.1
3,533,901	-		DZA65_RS16290	0.85	-1.5
3,533,940	+				-0.4
3,533,940	+				+2.4
3,533,943	+				-0.9
3,533,943	+				-1.5
3,533,943	+				-1.2
3,533,944	-				-0.5
3,533,975	+				+0.2
3,533,975	+				-2.1
3,533,975	+				-3.5
3,533,976	-				-1.3
3,533,976	-				-0.9
3,533,976	-				-1.3
3,533,980	+				-2.4
3,533,989	+				+0.1
3,533,989	+				-0.5
3,533,989	+				-0.2
3,533,990	-				-1.8
3,533,990	-				-1.8
3,533,990	-				-0.9
3,534,038	+		DZA65_RS16295	0.16	+0.5
3,534,038	+		DZA65_RS16295	0.16	-0.9
3,534,040	+		DZA65_RS16295	0.16	-0.7
3,534,041	-		DZA65_RS16295	0.16	+2.1
3,534,041	-		DZA65_RS16295	0.16	+1.5
3,534,041	-		DZA65_RS16295	0.16	+0.5
3,534,063	-		DZA65_RS16295	0.20	+0.1
3,534,092	+		DZA65_RS16295	0.26	+1.1
3,534,092	+		DZA65_RS16295	0.26	-0.3
3,534,156	-		DZA65_RS16295	0.37	-1.8
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-2.1
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	+0.8
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-1.6
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-1.3
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-2.4
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	+0.1
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-0.2
3,534,175	+		DZA65_RS16295	0.41	-0.5
3,534,176	-		DZA65_RS16295	0.41	-0.1
3,534,176	-		DZA65_RS16295	0.41	+1.1
3,534,176	-		DZA65_RS16295	0.41	-0.5
3,534,186	-		DZA65_RS16295	0.43	-0.4
3,534,215	+		DZA65_RS16295	0.48	+1.5
3,534,216	-		DZA65_RS16295	0.48	+0.9
3,534,216	-		DZA65_RS16295	0.48	-0.4
3,534,293	+		DZA65_RS16295	0.62	-3.6
3,534,293	+		DZA65_RS16295	0.62	+0.2
3,534,294	-		DZA65_RS16295	0.63	-2.5
3,534,294	-		DZA65_RS16295	0.63	+0.5
3,534,297	+		DZA65_RS16295	0.63	-0.5
3,534,446	+				+0.8
3,534,446	+				-1.8
3,534,463	-				+1.6
3,534,463	-				+0.1
3,534,463	-				-2.4
3,534,463	-				-1.4
3,534,537	+				+1.1
3,534,537	+				-0.3
3,534,538	-				+1.6
3,534,538	-				+0.1
3,534,749	-		DZA65_RS16300	0.28	-1.1
3,534,809	-		DZA65_RS16300	0.34	+0.1
3,534,862	+		DZA65_RS16300	0.40	+3.4
3,534,887	-		DZA65_RS16300	0.43	-0.5
3,534,887	-		DZA65_RS16300	0.43	+1.2
3,535,075	+		DZA65_RS16300	0.63	-0.9
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	-1.3
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	+4.0
3,535,142	-		DZA65_RS16300	0.70	-0.5
3,535,150	+		DZA65_RS16300	0.71	+0.5
3,535,158	+		DZA65_RS16300	0.72	-1.1
3,535,159	-		DZA65_RS16300	0.72	+1.3
3,535,173	+		DZA65_RS16300	0.74	-1.1
3,535,174	-		DZA65_RS16300	0.74	+1.6
3,535,230	+		DZA65_RS16300	0.80	+0.5
3,535,250	-		DZA65_RS16300	0.82	-1.4
3,535,257	-		DZA65_RS16300	0.83	-0.4
3,535,261	+		DZA65_RS16300	0.83	+1.1
3,535,261	+		DZA65_RS16300	0.83	-0.2
3,535,280	+		DZA65_RS16300	0.85	-0.2
3,535,280	+		DZA65_RS16300	0.85	-1.3
3,535,281	-		DZA65_RS16300	0.85	+1.1
3,535,288	-		DZA65_RS16300	0.86	-2.1
3,535,367	+				-1.9
3,535,379	+				-0.5
3,535,379	+				+0.1
3,535,380	-				+0.9
3,535,384	+				-1.9
3,535,384	+				-0.9
3,535,384	+				-0.0
3,535,413	-				+0.7
3,535,499	+		DZA65_RS16305	0.14	+0.1
3,535,499	+		DZA65_RS16305	0.14	+0.8
3,535,500	-		DZA65_RS16305	0.14	-1.8
3,535,543	+		DZA65_RS16305	0.17	-0.9
3,535,544	-		DZA65_RS16305	0.17	-1.3
3,535,544	-		DZA65_RS16305	0.17	-0.8
3,535,586	-		DZA65_RS16305	0.21	-1.5
3,535,586	-		DZA65_RS16305	0.21	+0.5
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	+0.5
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	+1.1
3,535,679	+		DZA65_RS16305	0.28	-0.5
3,535,680	-		DZA65_RS16305	0.28	+0.6
3,535,680	-		DZA65_RS16305	0.28	-2.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.1
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-2.4
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.4
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-1.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.3
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.3
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.6
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	+0.2
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-1.8
3,535,759	+		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.2
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.3
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.4
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.6
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+0.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.8
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-1.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-2.6
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-3.3
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-2.1
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.9
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.7
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+1.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.8
3,535,760	-				-1.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	-0.5
3,535,760	-		DZA65_RS16305	0.35	+1.8
3,535,802	+		DZA65_RS16305	0.38	+2.6
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	-0.9
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	-1.5
3,535,803	-		DZA65_RS16305	0.38	+0.5
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	+1.2
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	-2.6
3,535,807	+		DZA65_RS16305	0.38	-2.0
3,535,808	-		DZA65_RS16305	0.38	+0.1
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	+1.2
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	-0.9
3,535,892	+		DZA65_RS16305	0.45	+0.6
3,535,893	-				-0.9
3,535,893	-		DZA65_RS16305	0.45	-1.5
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-0.9
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-2.3
3,535,909	-		DZA65_RS16305	0.46	-1.4
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	-2.9
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	+1.1
3,535,978	-		DZA65_RS16305	0.52	+1.4
3,536,049	-		DZA65_RS16305	0.58	+0.1
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-2.5
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-2.4
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-2.8
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.4
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.6
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	+0.1
3,536,108	+		DZA65_RS16305	0.62	-0.5
3,536,109	-		DZA65_RS16305	0.62	-2.3
3,536,109	-		DZA65_RS16305	0.62	-3.1
3,536,116	+		DZA65_RS16305	0.63	-1.2
3,536,116	+		DZA65_RS16305	0.63	-1.5
3,536,117	-		DZA65_RS16305	0.63	-1.3
3,536,133	+		DZA65_RS16305	0.64	-0.3
3,536,133	+		DZA65_RS16305	0.64	-1.8
3,536,134	-		DZA65_RS16305	0.64	+0.3
3,536,134	-		DZA65_RS16305	0.64	-2.1
3,536,135	+		DZA65_RS16305	0.65	+0.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.3
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	+0.6
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-2.6
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.5
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-1.3
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-0.1
3,536,215	+		DZA65_RS16305	0.71	-1.8
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-1.8
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+1.5
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.5
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+1.8
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-1.8
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+0.2
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	-0.9
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+2.7
3,536,216	-		DZA65_RS16305	0.71	+2.2
3,536,248	-		DZA65_RS16305	0.74	-1.3
3,536,248	-		DZA65_RS16305	0.74	+1.1
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-2.5
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-2.3
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	+1.1
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-0.8
3,536,371	-		DZA65_RS16305	0.83	-1.9