Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS21145

Experiment: Stem-Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Upstate
4,571,004	+		DZA65_RS21140	0.25	-0.1
4,571,004	+		DZA65_RS21140	0.25	-1.1
4,571,005	-		DZA65_RS21140	0.26	-0.6
4,571,097	+		DZA65_RS21140	0.34	-0.8
4,571,098	-		DZA65_RS21140	0.34	-0.3
4,571,098	-		DZA65_RS21140	0.34	-0.4
4,571,117	+		DZA65_RS21140	0.35	+1.6
4,571,117	+		DZA65_RS21140	0.35	-1.8
4,571,134	+		DZA65_RS21140	0.37	-0.4
4,571,134	+		DZA65_RS21140	0.37	-1.0
4,571,134	+		DZA65_RS21140	0.37	+0.6
4,571,135	-		DZA65_RS21140	0.37	-0.8
4,571,158	+				+2.2
4,571,158	+		DZA65_RS21140	0.39	-0.1
4,571,158	+		DZA65_RS21140	0.39	-0.4
4,571,158	+		DZA65_RS21140	0.39	-1.4
4,571,158	+		DZA65_RS21140	0.39	-0.1
4,571,209	-		DZA65_RS21140	0.43	-0.4
4,571,211	+		DZA65_RS21140	0.43	-0.0
4,571,211	+		DZA65_RS21140	0.43	-0.3
4,571,212	-		DZA65_RS21140	0.43	+0.2
4,571,212	-		DZA65_RS21140	0.43	-0.6
4,571,212	-		DZA65_RS21140	0.43	-1.1
4,571,212	-		DZA65_RS21140	0.43	+0.6
4,571,250	+		DZA65_RS21140	0.47	+1.2
4,571,481	+		DZA65_RS21140	0.67	-1.0
4,571,481	+		DZA65_RS21140	0.67	+1.9
4,571,481	+		DZA65_RS21140	0.67	-2.0
4,571,482	-		DZA65_RS21140	0.67	-0.7
4,571,482	-		DZA65_RS21140	0.67	-0.6
4,571,482	-		DZA65_RS21140	0.67	+1.2
4,571,482	-		DZA65_RS21140	0.67	+0.2
4,571,511	+		DZA65_RS21140	0.69	-0.4
4,571,518	-				+0.9
4,571,683	+		DZA65_RS21140	0.84	-1.0
4,571,683	+		DZA65_RS21140	0.84	-0.6
4,571,683	+		DZA65_RS21140	0.84	-0.8
4,571,684	-		DZA65_RS21140	0.84	-0.8
4,571,713	+		DZA65_RS21140	0.87	+0.9
4,571,870	+				-1.0
4,571,870	+				-0.8
4,571,870	+				-0.4
4,571,870	+				-0.5
4,571,870	+				+0.6
4,571,870	+				+0.9
4,571,870	+				+0.6
4,571,870	+				+0.7
4,571,870	+				-1.0
4,571,870	+				-2.7
4,571,870	+				-1.3
4,571,870	+				-2.0
4,571,871	-				+0.2
4,571,871	-				-2.3
4,571,871	-				+1.0
4,571,871	-				-1.8
4,571,871	-				-1.1
4,571,871	-				+0.2
4,571,937	+				-1.3
4,571,937	+				+1.7
4,571,937	+				+0.4
4,571,937	+				+1.8
4,571,937	+				+0.0
4,571,937	+				-1.5
4,571,937	+				-1.0
4,571,937	+				-0.6
4,571,937	+				+0.2
4,571,937	+				+0.2
4,571,938	-				-0.7
4,571,938	-				-1.3
4,571,938	-				+0.3
4,571,938	-				-1.7
4,571,938	-				+0.1
4,571,938	-				-0.9
4,571,938	-				-0.8
4,571,938	-				+0.2
4,571,938	-				+0.6
4,571,938	-				-1.1
4,571,938	-				-0.6
4,571,938	-				-1.8
4,571,938	-				-0.6
4,571,938	-				-1.0
4,571,938	-				+0.6
4,571,938	-				-0.4
4,571,943	-				-0.1
4,571,943	-				-1.6
4,571,943	-				-0.7
4,571,981	-				-0.8
4,571,981	-				+1.2
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	-0.8
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	+0.6
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	-1.3
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	-0.3
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	+0.2
4,572,136	+		DZA65_RS21145	0.25	+1.2
4,572,137	-		DZA65_RS21145	0.25	-1.4
4,572,137	-		DZA65_RS21145	0.25	-0.3
4,572,137	-		DZA65_RS21145	0.25	+0.6
4,572,137	-		DZA65_RS21145	0.25	+0.6
4,572,137	-		DZA65_RS21145	0.25	-2.4
4,572,389	+		DZA65_RS21145	0.58	-0.3
4,572,390	-		DZA65_RS21145	0.58	+2.8
4,572,390	-		DZA65_RS21145	0.58	+0.0
4,572,390	-		DZA65_RS21145	0.58	+0.2
4,572,444	+		DZA65_RS21145	0.65	-0.3
4,572,445	-		DZA65_RS21145	0.65	-1.1
4,572,445	-		DZA65_RS21145	0.65	+0.9
4,572,445	-		DZA65_RS21145	0.65	+1.9
4,572,445	-		DZA65_RS21145	0.65	+1.9
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	+2.2
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	+1.4
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	-0.1
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	-2.1
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	-0.6
4,572,483	+		DZA65_RS21145	0.70	-0.2
4,572,484	-		DZA65_RS21145	0.70	-0.8
4,572,502	-		DZA65_RS21145	0.73	-0.4
4,572,535	+		DZA65_RS21145	0.77	-0.6
4,572,536	-		DZA65_RS21145	0.77	-1.0
4,572,536	-		DZA65_RS21145	0.77	-0.8
4,572,686	-				+0.5
4,572,686	-				+0.9
4,572,698	+				+0.6
4,572,704	-				+1.2
4,572,774	+				+1.0
4,572,774	+				-1.3
4,572,774	+				+0.2
4,572,775	-				+0.2
4,572,775	-				+0.2
4,572,795	+		DZA65_RS21150	0.11	-1.0
4,572,795	+		DZA65_RS21150	0.11	+1.2
4,572,795	+		DZA65_RS21150	0.11	+0.2
4,572,795	+		DZA65_RS21150	0.11	-0.1
4,572,922	+		DZA65_RS21150	0.30	-0.8
4,572,922	+		DZA65_RS21150	0.30	-1.5
4,572,923	-		DZA65_RS21150	0.30	-0.6
4,572,976	+		DZA65_RS21150	0.38	-0.4
4,572,976	+		DZA65_RS21150	0.38	-0.4
4,572,977	-		DZA65_RS21150	0.38	-0.8
4,572,977	-		DZA65_RS21150	0.38	-2.4
4,572,984	+		DZA65_RS21150	0.39	+1.2
4,572,985	-		DZA65_RS21150	0.40	-0.4
4,573,075	+		DZA65_RS21150	0.53	-1.3
4,573,075	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.7
4,573,075	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.1
4,573,075	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.4
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.3
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.2
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.2
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.2
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.1
4,573,076	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.1
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.8
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	+0.9
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.6
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	+0.7
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	+1.6
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-1.9
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-1.6
4,573,077	+				+1.6
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.4
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	+2.2
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	+0.2
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-0.0
4,573,077	+		DZA65_RS21150	0.53	-1.4
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.4
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-1.3
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.2
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.7
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-1.5
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-2.1
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.8
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.0
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.4
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.0
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.2
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-1.3
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	-0.2
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.2
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+1.3
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.6
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+0.6
4,573,078	-		DZA65_RS21150	0.53	+2.2
4,573,167	+		DZA65_RS21150	0.67	-0.4
4,573,167	+		DZA65_RS21150	0.67	-0.6
4,573,167	+		DZA65_RS21150	0.67	+0.6
4,573,168	-		DZA65_RS21150	0.67	+0.6
4,573,168	-		DZA65_RS21150	0.67	+1.6
4,573,168	-		DZA65_RS21150	0.67	+0.6
4,573,168	-		DZA65_RS21150	0.67	+0.8
4,573,216	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.3
4,573,217	-		DZA65_RS21150	0.74	-2.2
4,573,217	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.0
4,573,217	-		DZA65_RS21150	0.74	+1.0
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-0.4
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-0.4
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.3
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.6
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.4
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-1.0
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.2
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.5
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+2.2
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-0.6
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-2.5
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	+0.6
4,573,218	+		DZA65_RS21150	0.74	-0.8
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.5
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.8
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.1
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-2.4
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+0.0
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+1.2
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.7
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+0.5
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-0.6
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-0.5
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+0.6
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+0.6
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.3
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-0.1
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-0.1
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-1.5
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	+0.6
4,573,219	-		DZA65_RS21150	0.74	-0.9
4,573,338	+				-1.5
4,573,338	+				-0.1
4,573,338	+				+3.2
4,573,338	+				-0.1
4,573,338	+				+0.6
4,573,338	+				-0.8
4,573,338	+				-2.3
4,573,338	+				+0.2
4,573,339	-				+0.2
4,573,339	-				-1.1
4,573,339	-				-1.1
4,573,339	-				-0.1
4,573,339	-				+0.9
4,573,339	-				-1.0
4,573,339	-				-1.3
4,573,339	-				-0.1
4,573,339	-				-1.1
4,573,339	-				-1.1
4,573,339	-				+0.6
4,573,339	-				+1.2
4,573,371	+				-0.6
4,573,371	+				-2.1
4,573,371	+				-0.1
4,573,371	+				-1.0
4,573,371	+				-1.1
4,573,371	+				-0.5
4,573,372	-				+0.6
4,573,372	-				+2.2
4,573,384	+				-1.1
4,573,385	-				-2.7
4,573,385	-				-1.9
4,573,397	+				+1.2
4,573,397	+				+0.1
4,573,397	+				+0.3
4,573,398	-				+0.6
4,573,403	+				+1.2
4,573,403	+				-0.7
4,573,403	+				-0.6
4,573,403	+				-2.0
4,573,403	+				-0.4
4,573,403	+				-1.9
4,573,403	+				-0.1
4,573,403	+				-0.1
4,573,403	+				-1.1
4,573,404	-				+0.2
4,573,404	-				-2.6
4,573,404	-				-0.9
4,573,404	-				+0.6
4,573,404	-				+0.6
4,573,404	-				-0.6
4,573,421	+				-0.4
4,573,421	+				+0.2
4,573,421	+				+1.6
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