Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS11495

Experiment: Stem-Upstate

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Upstate
2,452,488	-				-0.1
2,452,565	+				+5.5
2,452,570	+				+1.2
2,452,608	-				+1.6
2,452,671	+				+4.1
2,452,672	-				-1.6
2,452,679	+				+0.2
2,452,679	+				-0.5
2,452,679	+				-0.4
2,452,745	+				-2.4
2,452,746	-				-0.1
2,452,830	-		DZA65_RS11490	0.16	+2.2
2,452,869	+		DZA65_RS11490	0.25	-0.9
2,452,869	+		DZA65_RS11490	0.25	+0.2
2,452,907	+		DZA65_RS11490	0.33	+5.3
2,452,907	+		DZA65_RS11490	0.33	-0.6
2,452,908	-		DZA65_RS11490	0.34	-1.8
2,452,976	+		DZA65_RS11490	0.49	-0.8
2,452,976	+		DZA65_RS11490	0.49	-2.0
2,452,976	+		DZA65_RS11490	0.49	+0.2
2,452,977	-		DZA65_RS11490	0.49	+0.3
2,453,139	+		DZA65_RS11490	0.87	-1.0
2,453,139	+		DZA65_RS11490	0.87	-1.1
2,453,139	+		DZA65_RS11490	0.87	-0.6
2,453,405	+				+1.2
2,453,415	+				-0.4
2,453,416	-				-1.6
2,453,416	-				-1.0
2,453,416	-				+0.6
2,453,416	-				-0.6
2,453,416	-				+1.2
2,453,455	-				-1.4
2,453,532	+				-0.3
2,453,532	+				+0.4
2,453,532	+				-0.8
2,453,532	+				+0.2
2,453,532	+				-0.2
2,453,533	-				+0.2
2,453,533	-				+0.2
2,453,730	+				-2.1
2,453,730	+				+0.2
2,453,730	+				-1.3
2,453,731	-				-1.4
2,453,791	-		DZA65_RS11495	0.10	-0.8
2,453,823	-		DZA65_RS11495	0.11	-1.9
2,453,834	+		DZA65_RS11495	0.11	-1.5
2,453,835	-		DZA65_RS11495	0.11	-0.2
2,453,835	-		DZA65_RS11495	0.11	-0.8
2,453,918	+		DZA65_RS11495	0.13	+0.3
2,454,111	+		DZA65_RS11495	0.17	+3.9
2,454,111	+		DZA65_RS11495	0.17	-2.5
2,454,111	+		DZA65_RS11495	0.17	+0.2
2,454,112	-		DZA65_RS11495	0.17	-0.3
2,454,112	-		DZA65_RS11495	0.17	+3.1
2,454,112	-		DZA65_RS11495	0.17	+0.2
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	-1.3
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	-1.4
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	-2.1
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	-0.7
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	+1.2
2,454,204	+		DZA65_RS11495	0.19	-0.6
2,454,205	-		DZA65_RS11495	0.19	-0.4
2,454,205	-		DZA65_RS11495	0.19	-2.1
2,454,205	-		DZA65_RS11495	0.19	-1.4
2,454,207	+		DZA65_RS11495	0.19	+0.2
2,454,207	+		DZA65_RS11495	0.19	-1.4
2,454,207	+		DZA65_RS11495	0.19	+0.6
2,454,207	+				-0.4
2,454,207	+		DZA65_RS11495	0.19	+1.2
2,454,207	+		DZA65_RS11495	0.19	-0.4
2,454,208	-		DZA65_RS11495	0.19	+1.2
2,454,208	-		DZA65_RS11495	0.19	-0.4
2,454,210	+		DZA65_RS11495	0.19	+0.9
2,454,210	+		DZA65_RS11495	0.19	-0.6
2,454,211	-		DZA65_RS11495	0.19	-0.5
2,454,211	-		DZA65_RS11495	0.19	-0.6
2,454,271	-		DZA65_RS11495	0.20	-1.1
2,454,478	-		DZA65_RS11495	0.24	-0.1
2,454,616	+		DZA65_RS11495	0.27	-1.0
2,454,617	-		DZA65_RS11495	0.27	-1.8
2,454,709	-		DZA65_RS11495	0.29	-1.3
2,454,815	+		DZA65_RS11495	0.31	+1.2
2,454,815	+		DZA65_RS11495	0.31	-2.3
2,454,815	+		DZA65_RS11495	0.31	-0.6
2,454,815	+		DZA65_RS11495	0.31	-2.0
2,454,816	-		DZA65_RS11495	0.31	-0.0
2,454,816	-		DZA65_RS11495	0.31	+2.3
2,454,816	-		DZA65_RS11495	0.31	+0.4
2,454,816	-		DZA65_RS11495	0.31	-0.7
2,454,816	-		DZA65_RS11495	0.31	-0.0
2,454,819	+		DZA65_RS11495	0.31	+1.2
2,454,819	+		DZA65_RS11495	0.31	-1.6
2,454,819	+		DZA65_RS11495	0.31	-1.1
2,454,820	-		DZA65_RS11495	0.31	-0.6
2,454,820	-		DZA65_RS11495	0.31	+0.8
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.3
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-2.5
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.8
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.5
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.9
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.2
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.1
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.4
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.1
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.4
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.8
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.0
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	+1.2
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.2
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,899	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.2
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	+0.9
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.0
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	+0.8
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.7
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	+1.2
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.2
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	+1.0
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,900	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.8
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	+1.2
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	-0.4
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.6
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.4
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	+0.1
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	-1.4
2,454,923	+		DZA65_RS11495	0.33	-2.0
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.5
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.0
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	-0.8
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	+1.9
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.0
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	+0.2
2,454,924	-		DZA65_RS11495	0.33	-1.1
2,454,928	-		DZA65_RS11495	0.34	-0.6
2,455,003	-		DZA65_RS11495	0.35	+5.0
2,455,072	-		DZA65_RS11495	0.37	-1.0
2,455,091	+		DZA65_RS11495	0.37	-1.3
2,455,091	+		DZA65_RS11495	0.37	-0.8
2,455,160	+		DZA65_RS11495	0.38	-0.2
2,455,160	+		DZA65_RS11495	0.38	-0.6
2,455,161	-		DZA65_RS11495	0.38	-0.8
2,455,368	-		DZA65_RS11495	0.43	-0.6
2,455,375	-		DZA65_RS11495	0.43	+0.9
2,455,491	+		DZA65_RS11495	0.45	+0.1
2,455,492	-		DZA65_RS11495	0.45	-0.7
2,455,492	-		DZA65_RS11495	0.45	+0.2
2,455,779	-		DZA65_RS11495	0.51	-1.4
2,455,779	-		DZA65_RS11495	0.51	-0.9
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-0.8
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-0.2
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-1.8
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-0.0
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-1.3
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	+0.4
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	+1.2
2,455,807	+		DZA65_RS11495	0.51	-2.0
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	-2.2
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	+1.8
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	-0.2
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	-0.0
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	+5.6
2,455,808	-		DZA65_RS11495	0.52	-1.1
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	+1.8
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	+0.0
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	-0.8
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	+1.2
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	+0.2
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	+0.4
2,455,809	+		DZA65_RS11495	0.52	-0.8
2,455,810	-		DZA65_RS11495	0.52	-0.4
2,455,810	-		DZA65_RS11495	0.52	-2.4
2,455,810	-		DZA65_RS11495	0.52	-1.1
2,455,810	-		DZA65_RS11495	0.52	-0.4
2,455,868	+		DZA65_RS11495	0.53	-0.4
2,455,868	+		DZA65_RS11495	0.53	-0.1
2,455,868	+		DZA65_RS11495	0.53	-0.5
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	-0.6
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	-1.5
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	-1.1
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	-0.1
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	-1.0
2,455,869	-		DZA65_RS11495	0.53	+0.0
2,455,880	+		DZA65_RS11495	0.53	-0.0
2,455,880	+		DZA65_RS11495	0.53	-1.8
2,455,893	+		DZA65_RS11495	0.53	-1.1
2,455,894	-		DZA65_RS11495	0.53	-0.8
2,455,894	-		DZA65_RS11495	0.53	-1.1
2,455,894	-		DZA65_RS11495	0.53	+1.2
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-1.6
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-0.0
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-0.4
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-0.4
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-0.3
2,456,009	+				+0.2
2,456,009	+		DZA65_RS11495	0.56	-0.8
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-0.6
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	+0.3
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-1.4
2,456,010	-				-1.4
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-1.8
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-0.4
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-0.8
2,456,010	-		DZA65_RS11495	0.56	-0.2
2,456,249	-				-0.4
2,456,451	+		DZA65_RS11495	0.65	+1.2
2,456,535	+		DZA65_RS11495	0.66	+0.9
2,456,535	+		DZA65_RS11495	0.66	-1.1
2,456,536	-		DZA65_RS11495	0.66	+0.2
2,456,536	-		DZA65_RS11495	0.66	-0.6
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	-1.1
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	-0.5
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	+1.4
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	-0.8
2,456,606	+				-1.8
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	+0.2
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	-0.8
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	+1.2
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	+0.2
2,456,606	+		DZA65_RS11495	0.68	+1.0
2,456,607	-		DZA65_RS11495	0.68	-1.0
2,456,607	-		DZA65_RS11495	0.68	-0.4
2,456,673	+		DZA65_RS11495	0.69	-2.4
2,456,674	-		DZA65_RS11495	0.69	+0.6
2,456,688	-		DZA65_RS11495	0.69	-2.0
2,456,911	-		DZA65_RS11495	0.74	-1.8
2,456,988	-		DZA65_RS11495	0.76	-2.0
2,457,135	+		DZA65_RS11495	0.79	+2.2
2,457,318	+		DZA65_RS11495	0.82	-1.4
2,457,319	-		DZA65_RS11495	0.82	-0.4
2,457,347	+		DZA65_RS11495	0.83	-0.4
2,457,347	+		DZA65_RS11495	0.83	+1.2
2,457,348	-		DZA65_RS11495	0.83	-1.0
2,457,348	-		DZA65_RS11495	0.83	-1.0
2,457,348	-		DZA65_RS11495	0.83	-0.2
2,457,348	-		DZA65_RS11495	0.83	+1.7
2,457,432	-		DZA65_RS11495	0.85	+0.4
2,457,432	-		DZA65_RS11495	0.85	-0.8
2,457,432	-		DZA65_RS11495	0.85	-1.0
2,457,432	-		DZA65_RS11495	0.85	-1.4
2,457,448	+		DZA65_RS11495	0.85	-0.4
2,457,448	+		DZA65_RS11495	0.85	-2.1
2,457,449	-		DZA65_RS11495	0.85	+1.2
2,457,449	-		DZA65_RS11495	0.85	-0.3
2,457,449	-		DZA65_RS11495	0.85	-0.2
2,457,449	-		DZA65_RS11495	0.85	-0.0
2,457,449	-		DZA65_RS11495	0.85	-0.6
2,457,483	+		DZA65_RS11495	0.86	-0.8
2,457,484	-		DZA65_RS11495	0.86	+0.2
2,457,487	+		DZA65_RS11495	0.86	-0.2
2,457,488	-		DZA65_RS11495	0.86	+0.3
2,457,488	-		DZA65_RS11495	0.86	-0.6
2,457,540	+		DZA65_RS11495	0.87	+0.2
2,457,541	-		DZA65_RS11495	0.87	-1.6
2,457,603	-		DZA65_RS11495	0.88	-1.3
2,457,612	+		DZA65_RS11495	0.88	+0.2
2,457,661	-		DZA65_RS11495	0.89	-1.9
2,457,723	+				-0.4
2,457,789	+				-0.4
2,457,789	+				-2.0
2,457,790	-				+0.7
2,457,793	+				-1.0
2,457,793	+				+4.0
2,457,793	+				-0.5
2,457,793	+				+4.2
2,457,794	-				-1.3
2,457,794	-				-0.4
2,457,794	-				-1.6
2,457,964	-				-0.7
2,457,964	-				-0.4
2,457,964	-				-1.6
2,457,964	-				-1.4
2,458,164	+				+0.2
2,458,165	-				-1.2
2,458,165	-				+1.2
2,458,173	+				+0.2
2,458,174	-				-1.0
2,458,174	-				-0.0
2,458,174	-				-1.0
2,458,209	-				+0.2
2,458,212	+				+1.2
2,458,212	+				-0.8
2,458,212	+				-0.4
2,458,213	-				-0.8
2,458,213	-				-0.4
2,458,225	+				-1.2
2,458,226	-				-0.6
2,458,226	-				-2.9
2,458,228	+				+0.1
2,458,228	+				-1.2
2,458,228	+				-1.4
2,458,229	-				-0.8
2,458,229	-				+0.4
2,458,229	-				+0.9
2,458,229	-				+0.2
2,458,229	-				-1.2
2,458,229	-				+0.2
2,458,229	-				+1.2
2,458,229	-				+0.2
2,458,229	-				+1.7
2,458,229	-				-1.0
2,458,229	-				-0.1
2,458,229	-				+1.2
2,458,229	-				-1.8
2,458,229	-				+1.2
2,458,229	-				-1.2
2,458,235	+				+0.4
2,458,235	+				+0.2
2,458,236	-				-1.5
2,458,236	-				+0.0
2,458,236	-				-0.3
2,458,238	-				-0.7
2,458,320	+				-0.2
2,458,407	+				-0.6
2,458,407	+				+0.0
2,458,407	+				-0.3
2,458,408	-				-2.2
2,458,408	-				-0.5
2,458,408	-				+0.9
2,458,408	-				-0.2
2,458,408	-				+4.8
2,458,416	+				-1.0
2,458,435	-				+2.2
2,458,609	-		DZA65_RS11500	0.19	-1.8
2,458,854	-		DZA65_RS11500	0.42	-1.6
2,459,031	+		DZA65_RS11500	0.59	-1.8
2,459,031	+		DZA65_RS11500	0.59	-0.8