Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23

Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16480

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

download SVG

download strain data

Per-strain Table

Position	Strand	LocusTag	Fraction	Stem-Upstate
				remove
3,568,087	-	DZA65_RS16470	0.31	-1.2
3,568,087	-	DZA65_RS16470	0.31	-0.3
3,568,087	-	DZA65_RS16470	0.31	-0.8
3,568,094	+	DZA65_RS16470	0.32	-1.0
3,568,126	-	DZA65_RS16470	0.37	-0.2
3,568,126	-	DZA65_RS16470	0.37	-0.3
3,568,126	-	DZA65_RS16470	0.37	+0.1
3,568,126	-	DZA65_RS16470	0.37	+0.4
3,568,152	+	DZA65_RS16470	0.41	-1.3
3,568,175	+	DZA65_RS16470	0.45	-0.1
3,568,175	+	DZA65_RS16470	0.45	+1.1
3,568,175	+	DZA65_RS16470	0.45	+0.5
3,568,222	+	DZA65_RS16470	0.52	-1.1
3,568,222	+	DZA65_RS16470	0.52	+1.8
3,568,222	+	DZA65_RS16470	0.52	+0.6
3,568,222	+	DZA65_RS16470	0.52	-0.5
3,568,223	-	DZA65_RS16470	0.52	+0.5
3,568,223	-	DZA65_RS16470	0.52	+2.9
3,568,349	+	DZA65_RS16470	0.71	-0.5
3,568,350	-	DZA65_RS16470	0.71	+1.5
3,568,350	-	DZA65_RS16470	0.71	+0.6
3,568,382	+	DZA65_RS16470	0.76	+0.2
3,568,382	+	DZA65_RS16470	0.76	-0.1
3,568,382	+	DZA65_RS16470	0.76	+0.5
3,568,382	+	DZA65_RS16470	0.76	+0.5
3,568,383	-	DZA65_RS16470	0.76	+0.2
3,568,387	+	DZA65_RS16470	0.77	+2.4
3,568,387	+	DZA65_RS16470	0.77	-0.8
3,568,387	+	DZA65_RS16470	0.77	-1.3
3,568,387	+	DZA65_RS16470	0.77	-2.0
3,568,388	-	DZA65_RS16470	0.77	-0.3
3,568,388	-	DZA65_RS16470	0.77	-0.5
3,568,388	-	DZA65_RS16470	0.77	+1.0
3,568,388	-	DZA65_RS16470	0.77	-1.7
3,568,399	+	DZA65_RS16470	0.79	+0.5
3,568,399	+	DZA65_RS16470	0.79	+1.3
3,568,399	+	DZA65_RS16470	0.79	+0.5
3,568,399	+	DZA65_RS16470	0.79	+0.0
3,568,400	-	DZA65_RS16470	0.79	+1.8
3,568,400	-	DZA65_RS16470	0.79	-0.1
3,568,400	-	DZA65_RS16470	0.79	+1.5
3,568,400	-	DZA65_RS16470	0.79	-1.5
3,568,400	-	DZA65_RS16470	0.79	-0.1
3,568,429	+	DZA65_RS16470	0.83	-1.8
3,568,429	+	DZA65_RS16470	0.83	-0.0
3,568,436	+	DZA65_RS16470	0.84	+1.5
3,568,437	-	DZA65_RS16470	0.84	-3.0
3,568,437	-	DZA65_RS16470	0.84	-1.7
3,568,437	-	DZA65_RS16470	0.84	-0.4
3,568,468	-	DZA65_RS16470	0.89	+1.3
3,568,525	+			+0.6
3,568,526	-			+2.8
3,568,577	+			-0.3
3,568,577	+			+1.5
3,568,577	+			+0.7
3,568,577	+			-0.3
3,568,578	-			-0.3
3,568,578	-			-0.1
3,568,582	+			+0.3
3,568,599	+			-1.7
3,568,599	+			+0.2
3,568,599	+			+0.5
3,568,599	+			-0.5
3,568,599	+			-1.1
3,568,599	+			+1.5
3,568,599	+			-0.5
3,568,599	+			-0.1
3,568,599	+			-1.8
3,568,599	+			+0.9
3,568,599	+			+0.5
3,568,599	+			+1.0
3,568,599	+			+1.8
3,568,599	+			-0.3
3,568,599	+			-1.3
3,568,599	+			+1.2
3,568,600	-			-1.8
3,568,600	-			-1.3
3,568,600	-			-1.1
3,568,600	-			-0.1
3,568,600	-			-0.0
3,568,600	-			-1.3
3,568,600	-			-1.1
3,568,600	-			+1.5
3,568,600	-			+0.9
3,568,600	-			+1.2
3,568,600	-			+1.1
3,568,600	-			+1.7
3,568,600	-			-0.5
3,568,600	-			-1.8
3,568,600	-			+0.6
3,568,600	-			+2.5
3,568,644	-	DZA65_RS16475	0.22	-1.5
3,568,644	-	DZA65_RS16475	0.22	+1.5
3,568,743	+	DZA65_RS16475	0.50	+0.6
3,568,743	+	DZA65_RS16475	0.50	-0.1
3,568,743	+	DZA65_RS16475	0.50	-0.8
3,568,744	-	DZA65_RS16475	0.51	-1.7
3,568,744	-	DZA65_RS16475	0.51	-0.5
3,568,744	-	DZA65_RS16475	0.51	+1.5
3,568,744	-	DZA65_RS16475	0.51	-2.1
3,568,759	-	DZA65_RS16475	0.55	+0.5
3,568,759	-	DZA65_RS16475	0.55	-1.1
3,568,846	+	DZA65_RS16475	0.80	+0.3
3,568,846	+	DZA65_RS16475	0.80	-0.7
3,568,846	+	DZA65_RS16475	0.80	-1.3
3,568,846	+	DZA65_RS16475	0.80	-2.2
3,568,846	+	DZA65_RS16475	0.80	+1.8
3,568,906	+			-0.7
3,568,906	+			+1.8
3,568,906	+			-2.0
3,568,906	+			-0.2
3,568,906	+			-1.1
3,568,906	+			+0.9
3,568,906	+			+0.6
3,568,907	-			-0.2
3,568,907	-			-1.4
3,568,907	-			-1.1
3,568,907	-			-0.5
3,568,907	-			-1.7
3,568,929	+			+0.7
3,568,929	+			-0.5
3,568,970	+			-0.3
3,568,970	+			-0.9
3,568,971	-			-1.7
3,568,987	+			-1.0
3,568,987	+			+0.3
3,568,987	+			+0.3
3,568,987	+			-0.1
3,568,987	+			+1.5
3,568,987	+			-1.8
3,568,987	+			-0.1
3,568,987	+			+0.7
3,568,987	+			+0.7
3,568,987	+			-0.1
3,568,987	+			-1.8
3,568,987	+			-0.8
3,568,987	+			-0.1
3,568,987	+			-0.8
3,568,987	+			-0.1
3,568,987	+			+0.9
3,568,987	+			+0.3
3,568,987	+			-0.8
3,568,987	+			-0.5
3,568,987	+			+0.5
3,568,987	+			-0.5
3,568,988	-			-0.8
3,568,988	-			-0.7
3,568,988	-			+0.5
3,568,988	-			-0.6
3,568,988	-			+0.7
3,568,988	-			+0.5
3,568,988	-			+0.5
3,568,988	-			-1.4
3,568,988	-			-0.5
3,568,988	-			-0.1
3,568,988	-			+1.1
3,568,988	-			+0.7
3,568,988	-			+1.2
3,568,988	-			+0.1
3,568,999	+			+0.3
3,568,999	+			+0.9
3,569,000	-			-1.3
3,569,024	-			-0.8
3,569,037	+			+1.1
3,569,037	+			+3.5
3,569,037	+			-0.1
3,569,037	+			-0.8
3,569,038	-			-0.2
3,569,038	-			-0.8
3,569,038	-			+0.0
3,569,038	-			+0.2
3,569,064	+			+0.1
3,569,064	+			+0.2
3,569,065	-			+0.9
3,569,065	-			-1.4
3,569,130	+	DZA65_RS16480	0.22	+0.5
3,569,130	+	DZA65_RS16480	0.22	+1.5
3,569,130	+	DZA65_RS16480	0.22	+1.5
3,569,130	+	DZA65_RS16480	0.22	-2.2
3,569,229	+	DZA65_RS16480	0.61	+1.1
3,569,229	+	DZA65_RS16480	0.61	-2.0
3,569,230	-	DZA65_RS16480	0.61	+0.5
3,569,230	-	DZA65_RS16480	0.61	-0.6
3,569,230	-	DZA65_RS16480	0.61	+0.1
3,569,230	-	DZA65_RS16480	0.61	+1.2
3,569,230	-	DZA65_RS16480	0.61	-1.3
3,569,231	+	DZA65_RS16480	0.62	-0.2
3,569,231	+			+0.5
3,569,231	+	DZA65_RS16480	0.62	-1.1
3,569,231	+	DZA65_RS16480	0.62	-0.1
3,569,231	+	DZA65_RS16480	0.62	+0.2
3,569,231	+	DZA65_RS16480	0.62	+0.9
3,569,232	-	DZA65_RS16480	0.62	-0.1
3,569,232	-	DZA65_RS16480	0.62	+0.1
3,569,232	-	DZA65_RS16480	0.62	-1.0
3,569,274	+	DZA65_RS16480	0.78	+0.5
3,569,274	+	DZA65_RS16480	0.78	+0.5
3,569,291	+	DZA65_RS16480	0.85	-2.2
3,569,292	-	DZA65_RS16480	0.85	-0.7
3,569,309	+			+0.5
3,569,309	+			-0.8
3,569,309	+			-1.2
3,569,310	-			-0.1
3,569,310	-			-0.4
3,569,310	-			+1.5
3,569,310	-			-0.3
3,569,311	+			-1.8
3,569,311	+			-1.6
3,569,311	+			-1.1
3,569,311	+			-2.2
3,569,311	+			-0.6
3,569,311	+			-1.7
3,569,311	+			-0.8
3,569,311	+			-0.1
3,569,311	+			-1.7
3,569,311	+			+0.2
3,569,311	+			+0.1
3,569,311	+			+0.5
3,569,311	+			-2.0
3,569,311	+			-0.8
3,569,311	+			+0.9
3,569,311	+			+0.5
3,569,311	+			-0.5
3,569,311	+			+0.5
3,569,311	+			-1.8
3,569,311	+			+0.5
3,569,311	+			+0.7
3,569,311	+			-0.0
3,569,312	-			+0.5
3,569,312	-			-0.3
3,569,312	-			+0.1
3,569,312	-			-0.8
3,569,312	-			+0.3
3,569,312	-			+1.4
3,569,312	-			+0.7
3,569,312	-			-0.5
3,569,312	-			-0.5
3,569,312	-			+0.5
3,569,312	-			+1.7
3,569,312	-			-1.3
3,569,312	-			-0.8
3,569,312	-			-0.0
3,569,312	-			+0.7
3,569,312	-			+1.5
3,569,312	-			-0.6
3,569,312	-			+1.5
3,569,312	-			+0.9
3,569,312	-			+0.5
3,569,312	-			+0.5
3,569,385	+			-1.7
3,569,386	-			+1.3
3,569,386	-			-0.5
3,569,386	-			-2.2
3,569,474	+	DZA65_RS16485	0.20	+0.7
3,569,474	+	DZA65_RS16485	0.20	-1.8
3,569,474	+	DZA65_RS16485	0.20	-1.7
3,569,474	+	DZA65_RS16485	0.20	-0.3
3,569,475	-	DZA65_RS16485	0.20	+1.5
3,569,475	-	DZA65_RS16485	0.20	-1.7
3,569,475	-	DZA65_RS16485	0.20	-0.1
3,569,475	-	DZA65_RS16485	0.20	+1.1
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.7
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	+0.5
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.3
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-2.8
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	+0.5
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-1.5
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	+2.2
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	+0.9
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.3
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	+2.1
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-2.8
3,569,480	+	DZA65_RS16485	0.21	-1.5
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-1.7
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.1
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.2
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.1
3,569,481	-			-1.3
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	-2.0
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.1
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	+1.1
3,569,481	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.5
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.1
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.3
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.8
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-0.5
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	+0.3
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	+1.0
3,569,482	+	DZA65_RS16485	0.21	-2.1
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.7
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	-1.0
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.0
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.5
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.7
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.3
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.8
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	-0.3
3,569,483	-	DZA65_RS16485	0.21	+0.0
3,569,497	+			+0.7
3,569,511	-	DZA65_RS16485	0.25	-1.0
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	+0.7
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	+0.5
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	-0.6
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	+0.2
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	+0.2
3,569,521	+	DZA65_RS16485	0.26	+1.2
3,569,522	-	DZA65_RS16485	0.26	+0.9
3,569,522	-			-0.8
3,569,522	-	DZA65_RS16485	0.26	+0.2
3,569,522	-	DZA65_RS16485	0.26	+0.1
3,569,616	+	DZA65_RS16485	0.38	+0.1
3,569,616	+	DZA65_RS16485	0.38	+0.7
3,569,616	+	DZA65_RS16485	0.38	-1.8
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	-0.1
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	+1.1
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	+1.5
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	-0.7
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	-1.3
3,569,617	-	DZA65_RS16485	0.38	-1.1
3,569,619	+	DZA65_RS16485	0.38	+0.2
3,569,619	+	DZA65_RS16485	0.38	+1.1
3,569,619	+	DZA65_RS16485	0.38	+1.2
3,569,619	+	DZA65_RS16485	0.38	-0.5
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	-0.0
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	+0.5
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	+0.3
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	-2.2
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	+1.5
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	+0.5
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	-0.5
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	+0.0
3,569,620	-	DZA65_RS16485	0.38	-1.1
3,569,639	+	DZA65_RS16485	0.41	-0.4
3,569,680	+	DZA65_RS16485	0.46	+0.1
3,569,680	+	DZA65_RS16485	0.46	+0.4
3,569,681	-	DZA65_RS16485	0.46	+0.9
3,569,681	-	DZA65_RS16485	0.46	+0.4
3,569,681	-	DZA65_RS16485	0.46	+2.2
3,569,681	-	DZA65_RS16485	0.46	+0.7
3,569,776	-	DZA65_RS16485	0.58	-0.5
3,569,828	+	DZA65_RS16485	0.65	-0.3
3,569,828	+	DZA65_RS16485	0.65	-2.2
3,569,828	+	DZA65_RS16485	0.65	-1.5
3,569,828	+	DZA65_RS16485	0.65	+0.6
3,569,829	-	DZA65_RS16485	0.65	-0.3
3,569,829	-	DZA65_RS16485	0.65	-2.2
3,569,829	-	DZA65_RS16485	0.65	+1.2
3,569,829	-	DZA65_RS16485	0.65	-0.1
3,569,856	+			-1.3
3,569,856	+	DZA65_RS16485	0.69	-2.0
3,569,857	-	DZA65_RS16485	0.69	-1.3
3,569,866	+	DZA65_RS16485	0.70	+0.1
3,569,866	+	DZA65_RS16485	0.70	-1.8
3,569,866	+	DZA65_RS16485	0.70	-0.3
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	-1.0
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	+1.8
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	+0.6
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	+0.2
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	-1.3
3,569,867	-	DZA65_RS16485	0.70	-0.1
3,569,878	-	DZA65_RS16485	0.71	-2.2
3,569,958	+	DZA65_RS16485	0.82	-0.1
3,569,958	+	DZA65_RS16485	0.82	+1.7
3,569,959	-	DZA65_RS16485	0.82	-0.8
3,569,959	-	DZA65_RS16485	0.82	-1.0
3,569,959	-	DZA65_RS16485	0.82	-2.4
3,569,959	-	DZA65_RS16485	0.82	-0.8
3,569,975	+	DZA65_RS16485	0.84	+0.2
3,569,975	+	DZA65_RS16485	0.84	+0.9
3,569,976	-	DZA65_RS16485	0.84	+0.5
3,569,976	-	DZA65_RS16485	0.84	-2.0
3,570,048	+			-1.3
3,570,070	+			-0.5
3,570,070	+			-0.4
3,570,070	+			-2.7
3,570,070	+			-0.2
3,570,070	+			+2.2
3,570,070	+			+2.1
3,570,070	+			-0.1
3,570,070	+			+0.3
3,570,070	+			-0.5
3,570,070	+			-0.3
3,570,070	+			+0.5
3,570,070	+			+0.6
3,570,070	+			+0.8
3,570,071	-			-0.3
3,570,071	-			-1.0
3,570,071	-			-2.9
3,570,071	-			-0.2
3,570,071	-			+2.3
3,570,071	-			-1.2
3,570,071	-			-0.3
3,570,071	-			-2.1
3,570,071	-			-0.7
3,570,071	-			-0.5
3,570,071	-			-0.5
3,570,071	-			-2.0
3,570,071	-			+0.8
3,570,071	-			+0.2
3,570,074	+			+0.1
3,570,077	+			+0.4
3,570,077	+			+0.5
3,570,077	+			-0.1
3,570,078	-			+0.2
3,570,078	-			-0.1
3,570,078	-			-1.1
3,570,078	-			-0.4
3,570,078	-			+0.9
3,570,081	+			+0.5
3,570,082	-			-0.8
3,570,082	-			-0.1
3,570,082	-			+0.9
3,570,156	-	DZA65_RS16490	0.24	-0.5
3,570,205	+	DZA65_RS16490	0.45	+0.2
3,570,205	+	DZA65_RS16490	0.45	-2.3
3,570,205	+	DZA65_RS16490	0.45	-2.3
3,570,206	-	DZA65_RS16490	0.46	+1.2
3,570,206	-	DZA65_RS16490	0.46	+0.1
3,570,206	-	DZA65_RS16490	0.46	-1.4
3,570,212	+	DZA65_RS16490	0.48	+0.9
3,570,212	+	DZA65_RS16490	0.48	+0.8
3,570,212	+	DZA65_RS16490	0.48	+1.0
3,570,213	-	DZA65_RS16490	0.49	+0.1
3,570,262	+	DZA65_RS16490	0.69	-1.2
3,570,262	+	DZA65_RS16490	0.69	+0.5
3,570,262	+	DZA65_RS16490	0.69	-0.1
3,570,262	+	DZA65_RS16490	0.69	-2.5
3,570,262	+	DZA65_RS16490	0.69	-0.8
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	+1.5
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	-0.2
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	+0.9
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	-0.4
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	+1.5
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	-2.2
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	-2.6
3,570,263	-	DZA65_RS16490	0.70	-0.6
3,570,266	+	DZA65_RS16490	0.71	-0.1
3,570,267	-	DZA65_RS16490	0.71	-2.0

Or see this region's nucleotide sequence