Strain Fitness in Dickeya dianthicola ME23 around DZA65_RS16805

Experiment: Stem-Norland

Only strains with sufficient reads to estimate fitness are shown, but the strain fitness values are still rather noisy and may be biased towards zero. Strains near the edge of a gene are not shown as being associated with that gene (they are in grey). Strains in the central 10-90% of a gene are color coded by the insertion's strand. Usually, "+" means that the selectable marker is encoded on the forward strand, i.e., transcribed rightward.

Per-strain Table

Position	Strand	Gene	LocusTag	Fraction	Stem-Norland
3,626,345	-		DZA65_RS16800	0.46	+1.1
3,626,345	-		DZA65_RS16800	0.46	+1.9
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-0.9
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-2.0
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-0.5
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-1.6
3,626,443	+		DZA65_RS16800	0.52	-0.8
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	+0.9
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	+2.3
3,626,444	-		DZA65_RS16800	0.52	+0.2
3,626,563	+		DZA65_RS16800	0.59	+1.3
3,626,564	-		DZA65_RS16800	0.59	-0.7
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	+2.7
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	+0.3
3,626,566	+		DZA65_RS16800	0.60	-0.3
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	+1.3
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	+0.8
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	-2.0
3,626,614	+		DZA65_RS16800	0.62	-1.3
3,626,615	-		DZA65_RS16800	0.63	-1.0
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	+2.0
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	-1.3
3,626,700	+		DZA65_RS16800	0.68	+1.5
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	-1.0
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	-0.3
3,626,701	-		DZA65_RS16800	0.68	+1.6
3,626,704	+		DZA65_RS16800	0.68	+0.9
3,626,705	-		DZA65_RS16800	0.68	-0.5
3,626,705	-				-1.0
3,626,755	-		DZA65_RS16800	0.71	-1.0
3,626,755	-		DZA65_RS16800	0.71	-1.0
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+0.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+1.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-0.9
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-1.0
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-0.7
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+2.0
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	+0.5
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-0.3
3,626,782	+		DZA65_RS16800	0.73	-0.1
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.3
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-2.5
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+2.3
3,626,783	-				+0.3
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.7
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.2
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+1.6
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-0.8
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.0
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	-1.7
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+1.0
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+1.0
3,626,783	-		DZA65_RS16800	0.73	+0.7
3,626,813	+		DZA65_RS16800	0.75	+0.8
3,626,814	-		DZA65_RS16800	0.75	+0.3
3,626,935	+		DZA65_RS16800	0.82	-0.0
3,626,936	-		DZA65_RS16800	0.82	-0.0
3,627,046	+		DZA65_RS16800	0.89	-0.3
3,627,046	+		DZA65_RS16800	0.89	-1.0
3,627,073	+				-0.3
3,627,080	-				+1.7
3,627,161	+				+0.0
3,627,161	+				+0.3
3,627,162	-				-0.7
3,627,232	+				+2.3
3,627,245	+				+0.2
3,627,245	+				-1.4
3,627,246	-				-0.7
3,627,253	+				-3.0
3,627,253	+				+0.8
3,627,254	-				-1.0
3,627,256	-				+1.0
3,627,263	+				+0.4
3,627,296	+				-0.5
3,627,296	+				-0.1
3,627,297	-				-1.0
3,627,297	-				+0.5
3,627,297	-				-0.7
3,627,297	-				-0.4
3,627,302	+				+1.3
3,627,303	-				-1.1
3,627,310	+				+0.7
3,627,310	+				+1.3
3,627,310	+				+0.3
3,627,310	+				-0.3
3,627,310	+				+1.5
3,627,310	+				-2.4
3,627,311	-				+0.9
3,627,311	-				+0.5
3,627,311	-				-1.0
3,627,311	-				-0.1
3,627,311	-				-2.3
3,627,311	-				+0.1
3,627,311	-				-0.8
3,627,311	-				+0.1
3,627,316	+				-0.7
3,627,316	+				-0.0
3,627,316	+				-0.2
3,627,316	+				-1.4
3,627,316	+				-0.9
3,627,316	+				+0.2
3,627,316	+				+1.8
3,627,316	+				+1.0
3,627,316	+				+0.2
3,627,316	+				+0.5
3,627,316	+				-0.7
3,627,316	+				-1.3
3,627,316	+				-0.1
3,627,316	+				+0.3
3,627,316	+				-0.7
3,627,316	+				+0.5
3,627,316	+				+1.6
3,627,316	+				+0.3
3,627,316	+				+0.9
3,627,316	+				+2.0
3,627,316	+				-0.7
3,627,316	+				+0.1
3,627,316	+				-0.9
3,627,317	-				+0.3
3,627,317	-				-0.3
3,627,317	-				-0.7
3,627,317	-				-0.0
3,627,317	-				+1.3
3,627,317	-				-0.3
3,627,317	-				+0.3
3,627,317	-				+0.1
3,627,317	-				+0.3
3,627,317	-				-0.1
3,627,322	-				+2.1
3,627,322	-				-0.0
3,627,372	+				+0.4
3,627,372	+				-0.1
3,627,372	+				-1.5
3,627,373	-				-0.3
3,627,373	-				-0.9
3,627,373	-				+1.3
3,627,373	-				+0.7
3,627,373	-				+1.1
3,627,373	-				-0.3
3,627,373	-				+0.3
3,627,373	-				-0.7
3,627,373	-				-1.2
3,627,373	-				-2.2
3,627,398	+				-1.5
3,627,398	+				-0.9
3,627,398	+				-1.3
3,627,398	+				-0.3
3,627,398	+				-0.7
3,627,399	-				+1.3
3,627,399	-				-2.0
3,627,399	-				-2.4
3,627,399	-				-1.0
3,627,399	-				-0.8
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	+0.9
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-1.0
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	+2.6
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-1.0
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-0.0
3,627,515	+		DZA65_RS16805	0.18	-1.1
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-0.1
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-2.2
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+1.3
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-0.6
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+0.9
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	+0.5
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-0.9
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-0.1
3,627,516	-		DZA65_RS16805	0.18	-1.7
3,627,517	+		DZA65_RS16805	0.18	-0.2
3,627,628	+		DZA65_RS16805	0.28	-0.2
3,627,629	-		DZA65_RS16805	0.28	+1.3
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	+0.9
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	-1.5
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	+0.1
3,627,785	+		DZA65_RS16805	0.43	-1.0
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+0.3
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	-1.0
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+1.0
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+1.0
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+0.3
3,627,786	-		DZA65_RS16805	0.43	+1.3
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	-0.3
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	-0.3
3,627,812	+		DZA65_RS16805	0.45	+0.5
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	-1.3
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	-0.0
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	-1.6
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	-1.5
3,627,854	+		DZA65_RS16805	0.49	+0.4
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+0.2
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.3
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.0
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.5
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-3.4
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-1.0
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.8
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+0.5
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	+0.3
3,627,855	-		DZA65_RS16805	0.49	-0.2
3,627,893	-		DZA65_RS16805	0.52	-2.3
3,627,913	+		DZA65_RS16805	0.54	+0.0
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	+0.3
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	-0.7
3,627,914	-		DZA65_RS16805	0.54	-0.7
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	+0.3
3,628,027	+		DZA65_RS16805	0.65	-0.4
3,628,028	-		DZA65_RS16805	0.65	-0.1
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+1.3
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-0.1
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+0.1
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	-1.3
3,628,037	+		DZA65_RS16805	0.66	+0.7
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+0.3
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+0.3
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	+1.0
3,628,038	-		DZA65_RS16805	0.66	-0.7
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	+0.3
3,628,100	+		DZA65_RS16805	0.71	-0.7
3,628,101	-		DZA65_RS16805	0.71	-1.3
3,628,168	+		DZA65_RS16805	0.78	+0.0
3,628,169	-		DZA65_RS16805	0.78	+2.3
3,628,182	+		DZA65_RS16805	0.79	+0.5
3,628,183	-				+0.1
3,628,183	-		DZA65_RS16805	0.79	-0.5
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-2.0
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	-0.6
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+0.2
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+0.3
3,628,210	+		DZA65_RS16805	0.81	+1.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.6
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.0
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-1.3
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.2
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.4
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.9
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	-0.3
3,628,211	-				-1.0
3,628,211	-		DZA65_RS16805	0.81	+0.7
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	+1.3
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	-1.3
3,628,214	+		DZA65_RS16805	0.82	+2.9
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	+1.5
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	+0.1
3,628,215	-		DZA65_RS16805	0.82	+1.3
3,628,243	+		DZA65_RS16805	0.84	-1.0
3,628,244	-		DZA65_RS16805	0.84	-0.7
3,628,268	+		DZA65_RS16805	0.87	+0.8
3,628,269	-		DZA65_RS16805	0.87	+0.7
3,628,304	+		DZA65_RS16805	0.90	+1.3
3,628,305	-				-0.7
3,628,328	-				-0.5
3,628,367	+				-1.8
3,628,368	-				-0.3
3,628,383	+				-2.6
3,628,383	+				-1.9
3,628,384	-				-0.4
3,628,384	-				-3.5
3,628,571	-		DZA65_RS16810	0.21	-1.7
3,628,609	+		DZA65_RS16810	0.32	-0.7
3,628,609	+		DZA65_RS16810	0.32	-0.3
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	-0.7
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	+1.0
3,628,610	-		DZA65_RS16810	0.33	-0.6
3,628,624	+				-0.3
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-0.2
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-2.2
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-0.7
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	-1.2
3,628,624	+		DZA65_RS16810	0.37	+0.8
3,628,625	-		DZA65_RS16810	0.37	-1.9
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-1.4
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-0.7
3,628,686	+				-2.0
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-2.2
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	-1.3
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	+0.1
3,628,686	+		DZA65_RS16810	0.55	+0.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.0
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.3
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-1.0
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+0.3
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	+1.1
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-2.0
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.7
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.4
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.3
3,628,687	-		DZA65_RS16810	0.55	-0.5
3,628,738	+		DZA65_RS16810	0.71	+0.7
3,628,739	-		DZA65_RS16810	0.71	-0.7
3,628,778	+		DZA65_RS16810	0.82	-1.9
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	+1.3
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-1.0
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-0.9
3,628,790	+		DZA65_RS16810	0.86	-1.6
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	+1.1
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	+0.6
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	-1.4
3,628,791	-		DZA65_RS16810	0.86	-0.7
3,628,813	+				-1.6
3,628,814	-				-1.9
3,628,816	+				-1.0
3,628,817	-				-0.3
3,628,849	-				-0.9
3,628,858	+				-1.0
3,628,858	+				+1.0
3,628,858	+				-0.7
3,628,858	+				-0.7
3,628,858	+				-1.9
3,628,858	+				+2.0
3,628,858	+				-2.4
3,628,858	+				+2.1
3,628,858	+				-0.9
3,628,859	-				-2.4
3,628,859	-				+0.5
3,628,859	-				+0.3
3,628,859	-				-0.7
3,628,859	-				-1.8
3,628,859	-				+0.5
3,628,859	-				-0.3
3,628,859	-				+0.4
3,628,859	-				+0.6
3,628,859	-				+0.3
3,628,862	+				-2.2
3,628,863	-				-1.0
3,628,863	-				+0.5
3,628,913	+				+1.0
3,628,918	+				-1.7
3,628,919	-				+0.3
3,628,919	-				+0.3
3,628,919	-				-0.4
3,628,919	-				+0.6
3,628,919	-				-1.7
3,628,924	+				+0.2
3,628,924	+				+0.3
3,628,925	-				+0.7
3,628,925	-				+1.4
3,628,925	-				-0.3
3,628,925	-				-1.8
3,629,000	+				+0.3
3,629,031	+				+0.5
3,629,032	-				-1.7
3,629,040	+				-1.0
3,629,040	+				-1.9
3,629,040	+				-0.7
3,629,041	-				-0.6
3,629,041	-				-2.6
3,629,045	+				+0.9
3,629,053	+				-0.7
3,629,053	+				-2.1
3,629,053	+				-0.8
3,629,053	+				-2.0
3,629,053	+				-1.6
3,629,054	-				+0.9
3,629,054	-				-0.9
3,629,054	-				-0.9
3,629,054	-				+0.1
3,629,054	-				-1.9
3,629,054	-				-1.0
3,629,054	-				+0.1
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	-0.4
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	+0.7
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	-0.5
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	-0.3
3,629,057	+		DZA65_RS16815	0.10	+0.3
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	-1.0
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	-0.1
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	+0.9
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	-0.3
3,629,058	-		DZA65_RS16815	0.10	-1.3
3,629,090	+		DZA65_RS16815	0.12	-0.0
3,629,090	+		DZA65_RS16815	0.12	-0.7
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	-0.6
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	-3.0
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	+0.4
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	-0.9
3,629,091	-		DZA65_RS16815	0.13	-0.5
3,629,102	+		DZA65_RS16815	0.13	+1.6
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	-3.2
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	-2.2
3,629,145	+		DZA65_RS16815	0.17	-0.1
3,629,260	-		DZA65_RS16815	0.25	+0.3
3,629,319	-		DZA65_RS16815	0.30	+0.3
3,629,375	-		DZA65_RS16815	0.34	-1.4
3,629,377	+		DZA65_RS16815	0.34	-1.4
3,629,378	-		DZA65_RS16815	0.34	-1.0
3,629,378	-		DZA65_RS16815	0.34	-0.3